Klimaschutz ist nicht nur eine Frage energieeffizienter Technik. Auch im organisatorischen und verhaltensbezogenen Bereich gibt es vielfältige Energieeinsparpotentiale. Mit dem 2007 eingeführten Prämiensystem erhalten die Fachbereiche finanzielle Anreize, entsprechende Energieeinsparungen zu realisieren. Dem Prämienmodell liegt folgendes Muster zugrunde: Den Fachbereichen wird jährlich eine Prämie aus zentralen Mitteln gewährt, wenn der Energieverbrauch in ihren Liegenschaften einen zuvor festgelegten Referenzverbrauch (die sogenannte Baseline) unterschreitet. Die Prämie liegt bei 50 Prozent der erzielten jährlichen Kostensenkungen. Eine Überschreitung der Baseline hingegen, also ein gestiegener Strom- und Wärmeverbrauch, muss kostenseitig zu 100 Prozent von den Fachbereichen aus ihren Budgets getragen werden. Nahezu alle Fachbereiche der Universität erhielten in den Jahren 2008 bis 2019 Prämienzahlungen und haben somit ihren Energieverbrauch gegenüber dem Referenzjahr reduziert. Die jährliche Prämie des besonders energieintensiven Fachbereichs Biologie, Chemie, Pharmazie lag bei bis zu 270.000 Euro.

Das Prämiensystem hat seit 2000/2001 wesentlich zum Rückgang des Energieverbrauchs um rund 30 Prozent beigetragen. Flächenbereinigt - ohne die seit 2010 neu gebauten Gebäuden - liegt der Rückgang sogar bei 34 Prozent. Ein weiterer positiver Effekt ist, dass einige Fachbereiche die Prämieneinnahmen in weitere Energieeffizienzmaßnahmen investiert haben, beispielsweise in die Beschaffung energiesparender Kühlschränke oder Monitore.