Zur Begleitung des Verfahrens der Systemakkreditierung ist gemäß § 24 BlnStudAkkV eine Akkreditierungsagentur vorgesehen. Als Ergebnis eines öffentlichen Vergabeverfahrens, bei dem hochschulinterne Expert*innen einbezogen wurden, hat das Präsidium der Freien Universität im Juni 2020 das Akkreditierungs-, Zertifizierungs- und Qualitätssicherungsinstitut (ACQUIN) damit beauftragt.