Die naturwissenschaftlichen Fächer der Freien Universität gehören nach Einschätzung des gemeinnützigen Centrums für Hochschulentwicklung zu den besten Europas. In dem auf ZEIT ONLINE veröffentlichten Hochschulvergleich „ExcellenceRanking 2010“ verbesserten sich die Biologie, Chemie und Physik der Universität in die höchste Kategorie, die ExcellenceGruppe. Positiv bewertet wurden vor allem die Forschungsstärke und internationale Orientierung der Angebote und der Wissenschaftler. Bereits im „ExcellenceRanking 2009“ kam die Fakultät für Politikwissenschaft, die bundesweit zu den Top-Adressen für Masterstudierende und Promovierende zählt, in die „Excellence Group“.
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