Für die folgenden Projekte hat die Freie Universität Berlin Vollanträge eingereicht:

Graduiertenschulen:

1. Friedrich Schlegel Graduate School of Literary Studies (Sprecher: Prof. Dr. Alt)
2. Graduate School: Muslim Cultures and Societies: Unity and Diversity (Sprecher: Prof. Dr. Freitag / Prof. Dr. Krämer)

Exzellenzcluster:

1. Topoi. The Formation and Transformation of Space and Knowledge in Ancient Civilizations – gemeinsamer Antrag mit der Humboldt-Universität zu Berlin (Sprecher: Prof. Dr. Fless / Prof. Dr. Rapp -HU Berlin-)
2. Successful learning in modern knowledge societies: Individual and institutional prerequisites (Sprecher: Prof. Dr. Hannover / Prof. Dr. Eid)
3. Languages of Emotion (Sprecher: Prof. Dr. Menninghaus)

Gemeinsame Anträge der Freien Universität Berlin und Humboldt-Universität zu Berlin im Bereich der humanmedizinischen Fakultät (Charité):

1. Graduiertenschule: Berlin-Brandenburg School for Regenerative Therapies (Sprecher: Prof. Dr. Duda)
2. Exzellenzcluster: Neurocure. Towards a better outcome of Neurological Disorder (Sprecher: Prof. Dr. Schmitz)

Zukunftskonzept für die Freie Universität Berlin:

International Network University

Bereits am 13. Oktober 2006 hat die Strategiekommission in der ersten Staffel des Exzellenzwettbewerbs zwei Graduiertenschulen der Freien Universität Berlin bewilligt: den Antrag des John-F.-Kennedy-Instituts für eine „Graduate School of North American Studies“ sowie den gemeinsamen Antrag der drei Berliner Universitäten für eine „Berlin Mathematical School“.