In der Begründung der Andrew W. Mellon Foundation heißt es, Prof. Schäfer zähle zu den bedeutendsten Judaistik-Forschern für die Zeit der Antike und des frühen Mittelalters. Der Einfluss seines wissenschaftlichen Werks reiche allerdings weit über das Fach der Judaistik hinaus. So prägten seine historischen und analytischen Arbeiten die Forschung in anderen geistes- und religionswissenschaftlichen Feldern, darunter die Forschung über Mystik, über die Literatur der Renaissance und über das frühe Christentum. Prof. Schäfer habe maßgeblich dazu beigetragen, die Tradition jüdischer Studien in Deutschland wiederzubeleben und damit die Wissenschaftslandschaft in anderen europäischen Staaten beeinflusst.