Die Abrechnung der Ausgaben eines Projektes sollte zeitnah erfolgen, andernfalls wird sie vom Zuwender angemahnt. Diese Abrechnung, der so genannte "abschließende Verwendungsnachweis", wird je nach Zuwender unterschiedlich gehandhabt: sie kann sich über den gesamten Forschungszeitraum erstrecken oder auch (wenn zwischenzeitlich jährliche Abrechnungen erfolgt sind) lediglich über die letzten Monate des Projektes. Der Schlussnachweis wird von der Projektleitung bzw. einem/r von der Projektleitung bestimmten Mitarbeiter/in erstellt und dann zur Prüfung an die/ den zuständigen Sachbearbeiter der Drittmittelverwaltung geschickt. Nach erfolgter Prüfung und gegebenenfalls Korrektur wird der Nachweis dann an den Zuwender geschickt.