Das Seminar für Katholische Theologie entstand 1957/1958 im Zuge der Schaffung von wissenschaftlich-theologischen Einrichtungen an der Freien Universität Berlin. Es sollte damals keine katholisch-theologische Fakultät aufgebaut werden, wohl aber eine konfessionell ausgerichtete Institution der Forschung und Lehre.

Vorrangig war die Ausbildung von Lehrkräften für das Schulfach Katholische Religion. Zudem sollte für alle Studierenden eine wissenschaftlich fundierte, methodische Auseinandersetzung mit christlichen Glaubenssätzen, wie sie die römisch-katholische Kirche vertritt, angeboten werden. In die Frühphase des Seminars fielen die Reformen der Katholischen Kirche und Theologie infolge des Zweiten Vatikanischen Konzils (1962–1965).

Auf den Lehrstuhl für Katholische Systematische Theologie wurde 1956 der Luxemburger Marcel Reding berufen, der bis dahin in Graz gelehrt hatte. Für ihn wurde eine nicht ganz selbstverständliche Ausnahme gemacht, forderte doch das damalige Beamtenrecht die deutsche Staatsangehörigkeit für Professoren. Der Lehrbetrieb wurde zum Wintersemester 1957/1958 aufgenommen. Anfänglich war das Seminar noch gemeinsam mit der Evangelischen Theologie in einem Gebäude untergebracht, bevor dieses dann Räumlichkeiten in der Ihnestraße 31 übernahm.

Lehrveranstaltungen wurden über einen längeren Zeitraum auch in dem Gebäude in der Boltzmannstraße 4 angeboten, in dem ebenso die Religionswissenschaft und die Islamwissenschaft untergebracht waren. In seiner Lehrtätigkeit setzte Reding den Akzent auf die kritische Würdigung des Atheismus und fokussierte dabei vor allem auf eine Auseinandersetzung mit Karl Marx. Das Ende der Professur Redings fiel zusammen mit der Integration eines Teils der Pädagogischen Hochschule (PH) in die Freie Universität Berlin im Jahr 1980.

Die Professur des Jesuitenpaters Bruno Schlegelberger, die dieser seit 1974 an der PH innegehabt hatte, wurde nun zu einer ordentlichen Professur für Systematische Theologie an der Freien Universität Berlin umgewandelt. Für eine Übergangszeit war er als einziger Hochschullehrer für das Seminar verantwortlich. Im Zuge der Integration sollte das Seminar in Abstimmung zwischen dem Land Berlin und dem Bistum mit vier Professuren ausgestattet werden.

Die weitere Bestellung von Professoren zog sich einige Zeit lang hin. Von 1982 bis 1988 übernahm Ludger Honnefelder einen Teil der Lehre, seinen Forschungsschwerpunkt bildete die Philosophie des Mittelalters. Der Bibelwissenschaftler Lorenz Oberlinner, der zeitgleich mit Honnefelder an die Freie Universität gekommen war, verließ sie ein Jahr später. Von 1985 bis 1991 war Werner Simon Professor für Religionspädagogik und Didaktik der Katholischen Religionslehre am Hause.

In Nachfolge Honnefelders lehrte Matthias Lutz- Bachmann von 1989 bis 1994 am Seminar für Katholische Theologie. Die deutsche Vereinigung zeitigte für die katholische Theologie in Berlin im besonderen Maße Folgen. Es begannen intensive Diskussionen über die Errichtung einer eigenen Katholisch-Theologischen Fakultät – angesiedelt an der Humboldt-Universität. Das Land Berlin und das Erzbistum Berlin (seit 1994) konnten sich jedoch nicht auf eine Neugründung verständigen.

Als Lutz-Bachmann das Seminar 1994 verließ, waren der 1992 für Biblische Theologie (Neues Testament) berufene Rainer Kampling und Bruno Schlegelberger die einzigen Hochschullehrer für Katholische Theologie. Angesichts der möglichen Neugründung einer Katholischen Fakultät an der Humboldt-Universität blieben die beiden zu der Zeit vakanten Stellen unbesetzt, und die Ausstattung des Seminars war fortan auf zwei Professuren beschränkt.

Bruno Schlegelberger wurde 1999 emeritiert. Er widmete sich unter anderem Studien zum Christentum in Südamerika. Seine Nachfolge trat im Jahr 2000 Michael Bongardt an, dessen Forschungen sich unter anderem den Philosophen Søren Kierkegaard und Ernst Cassirer widmeten. Bongardt schied 2003 aus dem Priesteramt aus und übernahm im Jahr 2006 eine Professur am Institut für Vergleichende Ethik am selben Fachbereich.

Seitdem werden Forschung und Lehre am Seminar von Rainer Kampling geprägt, zudem konnten zwei Juniorprofessuren eingerichtet werden. 2009 wurde Anja Middelbeck- Varwick berufen, 2010 Matthias Remenyi. Derzeit sind insgesamt knapp 30 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter am Seminar beschäftigt. Bis zum Umzug wurde die Bibliothek gemeinsam mit dem Institut für Vergleichende Ethik genutzt.

Kampling widmet sich in seiner wissenschaftlichen Tätigkeit im besonderen Maße den jüdisch-christlichen Beziehungen; er ist Mitglied im Dachverband der Gesellschaften für Christlich-jüdische Zusammenarbeit, im Deutschen Koordinierungsrat und im Kuratorium der entsprechenden Gesellschaft in Berlin.

Er forscht zudem zur Rezeptionsgeschichte der Bibel, den synoptischen Evangelien sowie zu Fragen der sozialen Struktur und der materiellen Kultur frühchristlicher Gemeinden. Juniorprofessorin Anja Middelbeck-Varwick widmet sich in ihrer Forschung der Interkulturellen Theologie; der Schwerpunkt liegt auf Fragen der Ekklesiologie, der Mission und der christlich-muslimischen Beziehungen. Das Forschungsgebiet von Juniorprofessor Matthias Remenyi sind Fragen der Eschatologie, der theologischen Anthropologie und der Ekklesiologie.