Die Sinologie wurde 1956 an der Freien Universität etabliert. Der anfänglich berufene Walter Fuchs (1902–1979) war fachlich ausgewiesen für die neuere chinesische Geschichte, die mandschurische Sprache und Literatur und chinesische Kartographie, doch politisch belastet.

Er war 1938 nach China übergesiedelt und von 1940 an am Deutschland-Institut in Peking tätig gewesen. Nachdem er 1947 China hatte verlassen müssen, wurde er eine Zeit lang interniert und hatte als ehemaliges NSDAP-Mitglied zunächst Schwierigkeiten, seine wissenschaftliche Karriere fortzusetzen. Nach Habilitation und Lehrverpflichtung in München übernahm er dort eine Stelle am Museum für Völkerkunde, bis er schließlich die Professur an der Freien Universität Berlin antrat.

Nach seinem Weggang 1959/1960 – er trat zunächst eine längere Forschungsreise an und wechselte schließlich an die Universität Köln – folgte ihm 1961 Alfred Hoffmann (1911–1997) nach, mit dem Fuchs noch aus China eng bekannt war. Hoffmann, ein Spezialist für chinesische Literatur, war von 1940 bis 1943 ebenfalls am Deutschland-Institut beschäftigt gewesen; er kehrte 1953 nach Deutschland zurück. Als begeisterter Ornithologe veröffentlichte er auch ein Glossar der heute gültigen chinesischen Vogelnamen. 1964 verließ er bereits wieder die Freie Universität Berlin, seine Stelle blieb bis 1969 unbesetzt.

Während der Zeit der Studentenbewegung lag die Leitung des Ostasiatischen Instituts bei Hans Eckardt vom Japanologischen Seminar. Eckardt, von 1938 bis 1945 in Kyoto Leiter des japanisch-deutschen Forschungsinstituts, war Mitglied der NSDAP-Auslandsorganisation gewesen. Wegen seines Verhaltens sowie antisemitischer und sexistischer Äußerungen lief ein Disziplinarverfahren der Universität gegen ihn; als dieses eingestellt wurde, kam es 1967/1968 zu Aktionen der Studierenden, unter anderem auch zur Besetzung des Ostasiatischen Seminars – der ersten studentischen Institutsbesetzung in der Bundesrepublik Deutschland.

Mit der Berufung von Bodo Wiethoff, Sinohistoriker aus Bochum, erfuhr das Studium der Sinologie am Institut 1969 eine Wandlung: Die bisher vorrangig auf die Vormoderne bezogene philologische oder sprachliche Ausrichtung orientierte sich nun stärker zu einer auf die Moderne hin ausgerichteten Gesellschafts- und Geschichtswissenschaft. Im Jahr 1971 bezog das Ostasiatische Institut die große, ehemals von Max Schmeling bewohnte Villa in der Podbielskiallee 42; gleichzeitig wurde eine weitere Villa in der Podbielskiallee 56 genutzt.

Die Räumlichkeiten teilten sich die Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler der Sinologie und der Japanologie. Die Sinologie untergliederte sich nun in Gesellschaft und Geschichte Chinas einerseits und die Sprachpropädeutik andererseits. Kuo Heng-yü (1929–2011) übernahm die neu geschaffene zweite Professur zur chinesischen Politik. Er forschte und lehrte mehr als 23 Jahre hinweg bis 1994.

Er engagierte sich auch für den Ausbau der deutsch-chinesischen Zusammenarbeit und betonte die weltpolitische Bedeutung Chinas. Bodo Wiethoff verließ 1977 die Freie Universität; 1983 übernahm Erling von Mende dessen Nachfolge. Er forschte bis zu seinem Eintritt in den Ruhestand 2007 zur frühneuzeitlichen Sozial- und Wirtschaftsgeschichte Chinas, von der Ming- bis zur Qing-Ära (1368–1911). Eine dritte Professur übernahm 1990 Mechthild Leutner, die sich der neueren chinesischen Geschichte und Zeitgeschichte widmete, auch sie ist mittlerweile im Ruhestand.

Der Politologe Eberhard Sandschneider ist seit 1998 für die Politik Chinas im 20. Jahrhundert zuständig. Bettina Gransow, am Institut ausgebildet und qualifiziert für den Bereich Gesellschaft Chinas, ist seit 1999 ebenfalls regelmäßig in Forschung und Lehre des Instituts tätig. Klaus Mühlhahn, der nach Professuren in Finnland und an der Indiana University in den USA seit 2010 eine Professur für die Geschichte und Kultur Chinas innehat, wurde 2014 zugleich einer der vier Vizepräsidenten der Freien Universität Berlin.

Mit 400 Studierenden ist das Institut für Sinologie das größte seiner Art in der Bundesrepublik Deutschland. Seit 2006 kooperiert das Institut für Sinologie mit dem Konfuzius-Institut an der Freien Universität, das als gemeinnütziger Verein die Kenntnis der chinesischen Sprache und Kultur im Ausland fördert. Initiiert von der Chinesischen Staatlichen Leitungsgruppe für Chinesisch als Fremdsprache in Beijing, wurde das Institut an der Freien Universität mit Sitz in der Goßlerstraße 2–4 als das erste seiner Art in Deutschland errichtet.