2007 wurde die Freie Universität Berlin im Rahmen der Exzellenzinitiative des Bundes und der Länder ausgezeichnet. Als eine von bundesweit neun Universitäten wurde sie in allen drei Förderlinien ausgezeichnet und konnte damit ihre Position als Internationale Netzwerkuniversität festigen und weiter ausbauen. 2012 ist sie erneut in der Exzellenzinitiative erfolgreich gewesen und ist nun eine von elf Exzellenzuniversitäten bundesweit.

Die drei großen Berliner Universitäten, neben der Freien Universität Berlin sind das die Humboldt-Universität zu Berlin und die Technische Universität Berlin sowie die Charité – Universitätsmedizin Berlin, haben sich 2018 zur Berlin University Alliance zusammengeschlossen. Mit einem Kooperationsvertrag haben die vier Partnerinnen bekräftigt, dass sie ihre erfolgreiche Zusammenarbeit im Bereich der Einwerbung von Drittmitteln, der Umsetzung spezialisierter Studiengänge sowie bei hochschulpolitischen Fragestellungen intensivieren und institutionell verfestigen wollen.

Seit 2019 wird die Freie Universität Berlin als Teil des Exzellenzverbunds Berlin University Alliance im Exzellenzstrategie-Wettbewerb des Bundes und der Länder gefördert.