Software
Viele Software-Pakete können nur verwendet werden, nachdem sie mit dem Befehl module
des Systems Lmod in die Umgebung des Nutzers geladen wurden. Die wichtigsten Unterbefehle sind:
avail
: zeigt die verfügbare Module anhelp
: zeit die Hilfe für ein Moduladd
: lädt ein Modulrm
: entfernt ein Modullist
: zeigt alle im Moment geladene Moduleshow
: zeigt alle Module, die von dem Module als Abhängigkeiten geladen werden. sowie Umgebungsvariablen, die gesetzt werden
Von manchen Software-Paketen gibt es mehrere Versionen, z.B.
$ module av hdf5 -------------------- /trinity/shared/easybuild/modules/all --------------------- HDF5/1.10.1-intel-2018a HDF5/1.10.2-foss-2018b HDF5/1.10.1-intel-2018b HDF5/1.10.2-intel-2018b (D) Where D: Default Module
Wenn der Name des Moduls vollständig angegeben wird, dann wird genau diese Version des Programms geladen:
$ module add HDF5/1.10.2-foss-2018b
Wenn lediglich der Anfang des Modulnames angegeben wird, dann wird die Version geladen, die alphabetisch die letzte ist:, d.h:
$ module add HDF5
wird die HDF Version 1.10.2 laden, die mit der Toolchain intel-2018b
compiliert wurde.
Im Allgemeinen muss man lediglich das eine Modul für das Programm, das man verwenden will, laden. Andere Module, die das Programm benötigt, werden automatisch geladen. Wenn Sie aber doch mehrere Module laden, dann müssen diese kompatiblen Toolchains angehören, z.B.
module add Biopython/1.78-foss-2020b module add matplotlib/3.3.3-foss-2020b
oder auch
module add Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0 module add Seaborn/0.11.1-foss-2020b
da foss/2020b
von GCCcore/10.2.0
abhängt (vgl. module info foss/2020b
).
Bitte beachten Sie, dass Software, das innerhalb der letzten 24 Stunden bereitgestellt wurde, eventuell nicht in der Ausgabe von module av
erscheint. Dies liegt an einem Caching-Mechanismus, der eine Beschleunigung von module
-Kommandos bewirken soll. Allerdings, auch wenn ein Modul nicht angezeigt wird, kann es trotzdem mittels module add
geladen werden. Sie können auch mit der Option --ignore_cache
den Befehl module
dazu zwingen, den Cache zu ignorieren, e.g.
$ module --ignore_cache av hdf5
Weitere Details entnehmen Sie man module
oder der Nutzungsanleitung von Lmod.
Anmerkung: In Allgemeinen raten wir davon ab, Module in einem Start-Skript wie .bashrc
zu laden. Laden Sie bitte stattdessen Module erst dann, wenn sie explizit benötigt werden.