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Software

Viele Software-Pakete können nur verwendet werden, nachdem sie mit dem Befehl module des Systems Lmod in die Umgebung des Nutzers geladen wurden. Die wichtigsten Unterbefehle sind:

  • avail : zeigt die verfügbare Module an
  • help : zeit die Hilfe für ein Modul
  • add : lädt ein Modul
  • rm : entfernt ein Modul
  • list : zeigt alle im Moment geladene Module
  • show : zeigt alle Module, die von dem Module als Abhängigkeiten geladen werden. sowie Umgebungsvariablen, die gesetzt werden

Von manchen Software-Paketen gibt es mehrere Versionen, z.B.

$ module av hdf5
-------------------- /trinity/shared/easybuild/modules/all ---------------------
   HDF5/1.10.1-intel-2018a HDF5/1.10.2-foss-2018b
   HDF5/1.10.1-intel-2018b HDF5/1.10.2-intel-2018b (D)

  Where 
   D: Default Module

Wenn der Name des Moduls vollständig angegeben wird, dann wird genau diese Version des Programms geladen:

$ module add HDF5/1.10.2-foss-2018b

Wenn lediglich der Anfang des Modulnames angegeben wird, dann wird die Version geladen, die alphabetisch die letzte ist:, d.h:

$ module add HDF5

wird die HDF Version 1.10.2 laden, die mit der Toolchain intel-2018b compiliert wurde.

Im Allgemeinen muss man lediglich das eine Modul für das Programm, das man verwenden will, laden. Andere Module, die das Programm benötigt, werden automatisch geladen. Wenn Sie aber doch mehrere Module laden, dann müssen diese kompatiblen Toolchains angehören, z.B.

module add Biopython/1.78-foss-2020b
module add matplotlib/3.3.3-foss-2020b

oder auch

module add Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0
module add Seaborn/0.11.1-foss-2020b

da foss/2020b von GCCcore/10.2.0 abhängt (vgl. module info foss/2020b).

Bitte beachten Sie, dass Software, das innerhalb der letzten 24 Stunden bereitgestellt wurde, eventuell nicht in der Ausgabe von module av erscheint. Dies liegt an einem Caching-Mechanismus, der eine Beschleunigung von module-Kommandos bewirken soll. Allerdings, auch wenn ein Modul nicht angezeigt wird, kann es trotzdem mittels module add geladen werden. Sie können auch mit der Option --ignore_cache den Befehl module dazu zwingen, den Cache zu ignorieren, e.g.

$ module --ignore_cache av hdf5

Weitere Details entnehmen Sie man module oder der Nutzungsanleitung von Lmod

Anmerkung: In Allgemeinen  raten wir davon ab, Module in einem Start-Skript wie .bashrc zu laden.  Laden Sie bitte stattdessen Module erst dann, wenn sie explizit benötigt werden.

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