Die aus Mitgliedern der DFG und des Bundesforschungsministeriums gebildete Jury begründete ihre Entscheidung damit, dass Hackenberger zu den am meisten erfolgversprechenden deutschen Nachwuchswissenschaftlern der Bioorganischen Chemie gehöre. Vor allem mit seinen Arbeiten zur chemischen Methodenentwicklung habe er sich binnen kurzer Zeit international einen Namen gemacht. Die von ihm entwickelte „Staudinger-Phosphit-Ligation“, eine hochselektive chemische Reaktion, die für biologische Anwendungen unter idealen milden Bedingungen abläuft, erleichtere die gezielte Verknüpfung von Proteinen mit organischen Substanzen. Diese gezielte Funktionalisierung von Proteinen stellt eines der größten Probleme der Biologischen Chemie dar und ist Christian Hackenbergers Forschungsgebiet: „Das Besondere bei unseren Experimenten ist, dass wir chemische Methoden mit biochemischen Verfahren kombinieren. Biochemisch in dem Sinne, dass wir unser Ausgangsmaterial nicht selbst herstellen, indem wir eine Reaktion an die andere reihen, sondern dass Bakterien oder ganze Zellen diese Aufgabe übernehmen.“

Als Ausgangssubstanzen für chemische Reaktionen verwendet Hackenberger Proteine, die verändert und veredelt werden. Er beschreibt das so: „In der Natur gibt es einen Mechanismus, der Proteine durch spezifische Enzyme in verschiedene Varianten mit jeweils unterschiedlichen Eigenschaften umwandelt. Dieser fundamentale Prozess interessiert uns.“ Durch ihn würden fast sämtliche komplexen Vorgänge in Zellen, etwa die Zellteilung oder Transportprozesse, gesteuert. „Wir wollen vor allem die enzymatischen Reaktionen durch chemische ersetzen, um sie noch besser untersuchen und verstehen zu können. Kurz gesagt: Wir wollen chemische Reaktionen unter zellulären Bedingungen durchführen“, sagt Hackenberger. Dadurch könne man beispielsweise bestimmte Proteine in eine stabilere Form bringen oder sie unter dem Mikroskop sichtbar machen. Das stabile Protein könnte dann als Pharmazeutikum eingesetzt werden.

Nach dem Postdoktorat am Massachusetts Institute of Technology wechselte Hackenberger 2005 an die Freie Universität, wo er seitdem eine Emmy-Noether-Gruppe der DFG leitet.