Seit 1. Februar 2017 ist Nikki Vercauteren am Fachbereich Mathematik und Informatik der Freien Universität Juniorprofessorin für Angewandte Mathematik/Analyse geowissenschaftlicher Daten mit Mehrskalencharakter. Zuvor war sie Wissenschaftliche Mitarbeiterin an der dort angesiedelten Arbeitsgruppe Geophysical Fluid Dynamics.