Der Hochschulvertrag für die Jahre 2006 bis 2009 verpflichtete die Berliner Universitäten u.a. "zum Einsatz von Controlling-Maßnahmen zur internen Ressourcensteuerung" (Präambel) sowie zur Anwendung einer Kosten- und Leistungsrechnung (§ 8, Abs. 3), um die Wirtschaftlichkeit zu verbessern und vergleichbare Daten zwischen den Hochschulen herzustellen. Diese Anforderung führte die Freie Universität nicht in völliges Neuland. Vielmehr befasste sich die Institution seit dem Jahr 2000 intensiv mit diesem Themenfeld.

Im Jahr 2000 beauftragte die Freie Universität die Firma Kienbaum mit der Ausarbeitung von Empfehlungen für eine Kosten- und Leistungsrechnung. Der Fokus der Empfehlungen und der Folgeaktivitäten lag dabei auf der Veränderung der Steuerungs- und Budgetierungsprozesse für die wissenschaftlichen Bereiche sowie der Reorganisation und Professionalisierung der Verwaltung und der zentralen Services. In Fortsetzung der bisherigen Entwicklungsschritte wurde nun auch die Weiterentwicklung des Rechnungswesens insbesondere durch Einführung einer Kostenträgerrechnung realisiert. Die Freie Universität hatte sich entschieden, mit der KLR ein Instrument zu implementieren, das die Weiterentwicklung der Verwaltungs- und Servicebereiche der Universität unterstützt.

Ein Sonderthema ist die Umstellung der Drittmittelfinanzierung auf Vollkosten. Nicht zuletzt seit der Verabschiedung des 7. EU-Rahmenprogramms bietet sich die Möglichkeit einer Refinanzierung von Infrastruktur- und Verwaltungskosten. Durch den projektbezogenen Ausweis dieser Kosten, was durch den Einsatz der KLR ermöglicht wird, können diese zusätzlich zu den beantragten Projektmitteln eingeworben werden.