Die Auswahlkommission wird durch das Präsidium eingesetzt und setzt sich unter dem Vorsitz des Vizepräsidenten für Studium und Lehre aus mindestens einer Hochschullehrerin oder einem Hochschullehrer aus jeder der folgenden vier Fächergruppen zusammen:

1. Naturwissenschaften,
2. Lebenswissenschaften,
3. Geistes- und Kulturwissenschaften,
4. Sozial-, Wirtschafts- und Rechtswissenschaften, sowie
mindestens einer akademischen Mitarbeiterin oder einem akademischen Mitarbeiter und mindestens einer oder einem Studierenden.

Die Kommission entscheidet über die Gewährung der Stipendien auf Grundlage der gesetzlich vorgegebenen Auswahlkriterien (s. § 2 Absatz 2 Stipendienprogramm-Verordnung) anhand der Angaben, die Bewerberinnen und Bewerber in ihrer Bewerbung machen. Die Kommissionsentscheidung ist Grundlage der Stipendienbewilligung durch das Präsidium.