Die Auswahl der Stipendiatinnen und Stipendiaten beruht auf den gesetzlich vorgegebenen Auswahlkriterien. In erster Linie werden die Stipendien aufgrund herausragender Studienleistungen bzw. bei Studienanfängern herausragender Schulleistungen vergeben. Zusätzlich werden besondere Erfolge, Berufstätigkeiten, Praktika, gesellschaftliches, ehrenamtliches Engagement sowie besondere persönliche und familiäre Umstände berücksichtigt. Hierzu zählen z. B. Behinderungen oder chronische Krankheiten, Studium mit Kind oder Pflege von Angehörigen, ein Migrationshintergrund oder ähnliches.

Gesetzliche Grundlage der Vergabe von Deutschlandstipendien ist das Gesetz zur Schaffung eines nationalen Stipendienprogramms (Stipendienprogramm- Gesetz – StipG) vom 21. Juli 2010 (BGBl. I S. 957), geändert durch Gesetz vom 21. Dezember 2010 (BGBl. I S. 2204) in Verbindung mit der Verordnung zur Durchführung des Stipendienprogramm-Gesetzes (Stipendienprogramm-Verordnung – StipV) vom 20. Dezember 2010 (BGBl. I, S. 2197). Die Vergabe der Deutschlandstipendien an der Freien Universität Berlin erfolgt nach der Richtlinie zur Vergabe von Deutschlandstipendien an der Freien Universität Berlin, die das Präsidium der Freien Universität Berlin am 29.08.2011 erlassen hat.

Die Auswahlkommission wird durch das Präsidium eingesetzt und setzt sich unter dem Vorsitz des Vizepräsidenten für Studium und Lehre aus mindestens einer Hochschullehrerin oder einem Hochschullehrer aus jeder der folgenden vier Fächergruppen zusammen:

 
1. Naturwissenschaften,
2. Lebenswissenschaften,
3. Geistes- und Kulturwissenschaften,
4. Sozial-, Wirtschafts- und Rechtswissenschaften, sowie
mindestens einer akademischen Mitarbeiterin oder einem akademischen Mitarbeiter und mindestens einer oder einem Studierenden zusammen.

Die Kommission entscheidet über die Gewährung der Stipendien auf Grundlage der gesetzlich vorgegebenen Auswahlkriterien (s. § 2 Absatz 2 Stipendienprogramm-Verordnung) anhand der Angaben, die Bewerberinnen und Bewerber in ihrer Bewerbung machen. Die Kommissionsentscheidung ist Grundlage der Stipendienbewilligung durch das Präsidium.

Es besteht kein Rechtsanspruch auf eine Förderung nach dem Stipendienprogramm-Gesetz.