Seit Anfang Dezember 2012 ist Prof. Dr. Katharina J. Franke als Professorin für Experimentelle Nanophysik an der Freien Universität Berlin beschäftigt. Zuvor war sie bereits als Juniorprofessorin am Fachbereich Physik der Freien Universität tätig. Als Gruppenleiterin der AG Franke beteiligt Franke sich u. a. am Sonderforschungsbereich 658 "Molecular Switches".