Die Religionen der Menschheit zeugen von immerwährender Sinnsuche, der Suche nach dem Woher und Wohin, nach einer Ordnung der Dinge. Auf universitärer Ebene war die Auseinandersetzung mit solchen Fragen vor allem an die Theologien gebunden.

Die konfessions- und religionsübergreifende wissenschaftliche Auseinandersetzung in einem theologisch ungebundenen Fach Religionswissenschaft wurde mit der Gründung der Freien Universität Berlin entscheidend gestärkt. Hier wurde auch nicht dem Beispiel amerikanischer Universitäten gefolgt, an denen die Religionswissenschaft meist in ein Department of Religion oder eine Divinity School eingebettet ist.

Der Gründungsgedanke wurde in Gesprächen zwischen dem Orientalisten Walther Braune (1900–1989) und dem exilierten protestantischen Theologen Paul Tillich (1886–1965) entwickelt. Eingebunden war auch eine Studentenschaft, „die noch einmal davongekommen oder wieder aufgetaucht, sich das Denken nicht verbieten lassen wollte“, wie der Gründungsstudent der Freien Universität und spätere Professor für Religionswissenschaft Klaus Heinrich schrieb.

So entstand eine Religionswissenschaft, die religionsphilosophische Fragen einschloss und die Braune neben seinem Einsatz für die Islamwissenschaft ebenfalls vertrat. Braune war einer von fünf Professoren, die von der Universität Unter den Linden nach Dahlem an die zu gründende Freie Universität wechselten. Mit dem studentischen Gründungsausschuss war sich Braune darin einig, dass nach dem Nationalsozialismus und angesichts des Stalinismus die mangelnde Reflexion über die unterdrückte oder sich selbst willfährig zum Werkzeug von Unterdrückung machende Wissenschaft nicht gleichgültig hingenommen werden sollte.

Vom Sommersemester 1950 an gab es an der Philosophischen Fakultät eine religionswissenschaftliche Abteilung mit Lehrveranstaltungen. Es wurde viel diskutiert – in Zigarettenrauch, vermischt mit Kaffeegeruch –, zunächst in der Boltzmannstraße 3, danach gegenüber in der kleinen ehemaligen Direktoren-Villa des Kaiser-Wilhelm-Instituts für Biologie, in der Boltzmannstraße 4, wohin das Institut für Religionswissenschaft – zusammen mit der Islamkunde – 1963 umgezogen war. Das Gebäude, dessen Inneneinrichtung durch sorgfältig ausgewählte Kunstreproduktionen bereichert wurde, bekam bald nach Tillichs Tod den Namen „Paul-Tillich-Haus“ verliehen.

Tillich hatte auch den Festvortrag anlässlich der Gründung des Instituts gehalten. Die Atmosphäre des Neuen und des Aufbruchs war über lange Zeit spürbar. So gab es jede Woche „Mitternachtsseminare“, die abends um acht Uhr anfingen und gerade noch rechtzeitig vor Abfahrt der letzten U-Bahn vom Thielplatz zu Ende gingen. Der Bibliothek hatte Braune eine besondere Ordnung auferlegt. Um den Zusammenhang von Zeit und Autorschaft zu veranschaulichen, waren die Bände nach den Geburtsdaten der Autoren sortiert.

Im Jahr 1968 wurde Walther Braune emeritiert. Nachfolger von Braune wurde 1969 Fritz Steppat als Professor für Islamwissenschaft. Klaus Heinrich, an der Freien Universität Berlin für Religionswissenschaft auf religionsphilosophischer Grundlage habilitiert, wurde 1969 vom Dozentenstatus in eine neue Professur für Religionswissenschaft übergeleitet und 1971 regulär berufen. Heinrich war selbst noch Student an der Universität Unter den Linden gewesen und hatte dem studentischen Gründungsausschuss an der Freien Universität Berlin angehört.

Autonomie des Denkens war sein vielleicht einziges Dogma. Er rang gemeinsam mit seinen Kolleginnen und Kollegen um die Lösung des Problems, dass eine Universität „der Gesellschaft ein Bewusstsein ihrer selbst zu geben“ habe. Auch Joachim Moebus übernahm eine Professur für Religionswissenschaft, er wechselte allerdings im Jahr 1977 zur Soziologie. 1969/1970 wurde das Institut im Zuge der Auflösung der alten Fakultätsstruktur Teil des Fachbereichs Philosophie und Sozialwissenschaften. Nach der Teilung dieses Fachbereichs Ende der 1970er Jahre gehörte es mit anderen Kleinen Fächern dem Fachbereich Philosophie und Sozialwissenschaften II an.

1994 zog das Institut in die Altensteinstraße 40. Das alte Schild „Paul-Tillich-Haus“ ging bald nach diesem Umzug verloren. 1995 wurde Klaus Heinrich emeritiert. Seit 1999 gehört das Institut für Religionswissenschaft dem Fachbereich Geschichts- und Kulturwissenschaften an. 2008 bezog es die Goßlerstraße 2–4, doch ohne die Institutsbibliothek, deren Bände nun auf konventionelle Weise sortiert und in der Erziehungswissenschaftlichen Bibliothek aufgestellt wurden.

Im Jahr 2002 trat Renate Schlesier, an der Freien Universität Berlin habilitiert und seit 1993 Professorin für Kulturwissenschaftliche Anthropologie an der Universität Paderborn, die Nachfolge von Klaus Heinrich an. Hartmut Zinser, ebenfalls an der Freien Universität habilitiert, wurde 1984 am Institut zum Professor berufen, er trat 2012 in den Ruhestand. Seit 2008 ist Almut-Barbara Renger Professorin für Antike Religion und Kultur sowie deren Rezeptionsgeschichte, und seit 2012 ist Beatrice Trînca Juniorprofessorin für Religion und Literatur in der europäischen Kultur des Mittelalters sowie deren Rezeption, mit Schwerpunkt auf der Geschlechterforschung.