Die Geschichte der Schüler:innenUni begann im Jahr 2005, als die Kommunikations- und Politikwissenschaftlerin Karola Braun-Wanke anlässlich einer internationalen Konferenz zum 20. Jahrestag der Reaktorkatastrophe von Tschernobyl die Idee für ein interaktives, themenorientiertes Mitmachprogramm für Schulkinder auf dem Campus der Freien Universität Berlin entwickelte. Seitdem wurde dieses BNE-Bildungsformat im Rahmen eines dreijährigen internationalen Forschungsprojekts (2008–2011) und in Zusammenarbeit mit fünf europäischen Universitäten stetig weiterentwickelt. Die Schüler:innenUni wird seither regelmäßig für Berliner Schulen angeboten und zeichnet sich durch ihren thematischen Fokus, ihre innovative BNE-Didaktik sowie ihre breite Kooperationsbasis aus. Damit besitzt sie bis heute ein Alleinstellungsmerkmal in der deutschen und internationalen Hochschullandschaft.