Beide SFB-Initiativen entstanden als Projekte im Rahmen der Focus Areas der Freien Universität Berlin, der Sonderforschungsbereich 980 in Verbindung mit dem Dahlem Humanities Center, der Sonderforschungsbereich 973 in Verbindung mit dem Dahlem Centre of Plant Sciences. Sie wurden aus Mitteln des Zukunftskonzepts durch das Center for Cluster Development (CCD) gefördert.

Ein wesentliches Anliegen des neu bewilligten Sonderforschungsbereichs 973 ist es, ökologische Wissenschaft mit Molekularbiologie und Biochemie zu verbinden. Zielorganismen in diesem SFB sind derzeit Bakterien, Pilze und Pflanzen. Die Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler verfolgen zwei Forschungshauptziele: Es geht zum einen um die Aufklärung molekularer, biochemischer und physiologischer Mechanismen, welche bei der Prägung von Stressreaktionen und dem Gedächtnis an Stressereignisse eine Rolle spielen – beispielsweise bei Kälte oder Befall von Pflanzen mit Schädlingen. Zum anderen sollen Erkenntnisse darüber gewonnen werden, wie Stabilität und Vorhersagbarkeit von Umweltbedingungen die Stressreaktionen von Organismen beeinflussen. Dem SFB ist eine Integrated Research Training Group assoziiert, die eine integrierte Ausbildung auf den Gebieten der Ökologie und Molekularbiologie und Biochemie ermöglicht. Sprecherin des SFB ist Prof. Dr. Monika Hilker vom Institut für Biologie der Freien Universität Berlin. Außerdem beteiligt sind die Universität Potsdam und das Max-Planck-Institut für Molekulare Pflanzenphysiologie in Potsdam-Golm. Die Fördersumme beträgt 8,5 Millionen Euro.

Im Sonderforschungsbereich 980 untersuchen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler Prozesse des Wissenswandels in europäischen und außereuropäischen Kulturen vor der Moderne. Dieses Phänomen verdient deswegen besondere Aufmerksamkeit, weil das Wissen dieser Kulturen oftmals als besonders unbeweglich charakterisiert wurde. Wissenswandel – so die These des SFB – fand aber auch in diesen Kulturen beständig statt. Allerdings geschah er oft so langfristig, dass er sich nicht mit dem Instrumentarium einer traditionellen Wissensgeschichte beschreiben lässt, die tendenziell auf wissenschaftliche Revolutionen und Indikatoren von Fortschritt konzentriert ist. Der SFB vereint 19 Teilprojekte, wobei insbesondere die sogenannten Kleinen Fächer stark vertreten sind. Kooperationspartner sind die Humboldt Universität zu Berlin und das Max Planck Institut für Wissenschaftsgeschichte. Sprecherin ist die Klassische Philologin Prof. Dr. Gyburg Uhlmann. Die Fördersumme beträgt 11,5 Millionen Euro.

Beteiligt ist die Freie Universität zudem am Sonderforschungsbereich „Diskretisierung in Geometrie und dynamischen Systemen“ und am Sonderforschungsbereich „TurbIn – Signifikante Wirkungsgradsteigerung durch gezielte, interagierende Verbrennungs- und Strömungsinstationaritäten in Gasturbinen“. Die Sprecherschaft beider SFB liegt bei der Technischen Universität Berlin.

Sonderforschungsbereiche ermöglichen nach DFG-Vorgaben die Bearbeitung innovativer, anspruchsvoller, aufwendiger und langfristig konzipierter Forschungsvorhaben durch Konzentration und Koordination der in einer Hochschule vorhandenen Kräfte. Das SFB-Programm soll so essenziell zur Profilbildung der beteiligten Hochschulen beitragen. Die Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses und der Gleichstellung von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern spielen in diesem Zusammenhang ebenso eine übergeordnete Rolle.