In der sachlichen Diskussion des Akademischen Senats gelang es den Mitgliedern den Wissenschaftssenator davon zu  überzeugen, dass die Konstruktion der Einstein-Stiftung in entscheidender Weise modifiziert werden soll. So stimmte Senator Zöllner der Auffassung zu, dass nicht die Dachstiftung (Einstein-Stiftung - Stiftung bürgerlichen Rechts) sondern die in der ursprünglichen Konzeption vorgesehene Einstein-Stiftung gGmbH allein über die inhaltliche Auswahl von förderungswürdigen Forschungsgebieten entscheiden soll. Ihre Gremien sollen auch festlegen, welche Organisationsformen (zum Beispiel weitere GmbH) für die Institutionalisierung gefunden werden sollen. Damit wurde erreicht, dass diese Entscheidungen ausschließlich wissenschaftsgeleitet und unter entscheidender Beteiligung der Universitäten und außeruniversitären Einrichtungen getroffen werden.

Bei der Diskussion über die künftigen Hochschulhaushalte ging Senator Zöllner noch weiter als in vorangegangenen Diskussionen. Zöllner erklärte, dass aus seiner Sicht die Hochschulhaushalte nicht nur Aufwüchse zum Ausgleich der von den Universitäten benannten Risiken erfahren müssen, sondern dass das Land Berlin eine pro-wissenschaftliche Entscheidung treffen müsse. Dieses bedeute, dass der Aufwuchs für den Wissenschaftsbereich durchaus über dem von Finanzsenator Sarrazin kalkulierten Aufwuchsrahmen von lediglich zwei Prozent für den gesamten Berliner Haushalt liegen könne. Eine etwaige Deckelung gäbe es nicht.

Im Anschluss an die Diskussion verabschiedete der Akademische Senat die folgende Resolution:

1. Der Akademische Senat der Freien Universität Berlin dankt dem Wissenschaftssenator für die Rückkehr auf die Ebene des Gesprächs im Sinne der Resolution vom 22. Oktober 2008.
2. Der Akademische Senat der Freien Universität Berlin begrüßt weiterhin die Bereitstellung zusätzlicher Forschungsmittel für die Berliner Hochschulen, sofern diese kostenneutral im Verhältnis zu den Grundbudgets der Universitäten bleiben.
3. Der Akademische Senat der Freien Universität Berlin dankt dem Senator für die in der Diskussion bekundete Bereitschaft, die Stiftungskonstruktion hinsichtlich des Verhältnisses von Einstein-Stiftung Berlin (Stiftung bürgerlichen Rechts), Einstein-Stiftung gGmbH und möglichen weiteren Gesellschaften so zu modifizieren, dass die Autonomie wissenschaftlicher Entscheidungen und Präferenzen gestärkt wird.
4. Der Akademische Senat der Freien Universität Berlin begrüßt die Ankündigung des Senators, im Rahmen der Hochschulvertragsverhandlungen dafür Sorge zu tragen, dass die seitens der Universitäten in ihrer Presseerklärung vom 22. September 2008 definierten Haushaltsrisiken vollständig übernommen werden und ein Mittelaufwuchs vorgesehen ist, der über den aus diesen Risiken resultierenden Deckungsbedarf noch hinausgeht. Dieses ist der richtige Weg, um die Berliner Universitäten nach Jahren tiefgreifender Einschnitte in die Haushalte wieder wettbewerbsfähig zu machen und in die Lage zu versetzen, ihre Pflichten bei der Ausbildung des wissenschaftlichen Nachwuchses sowohl auf Breiten- als auch auf Spitzenniveau zu erfüllen.