Während in den ersten beiden Förderperioden die Projektkoordination auf deutscher Seite jeweils ganz an der federführenden Berliner Hochschule angesiedelt war, gibt es seit 2015 neben wissenschaftlicher Leiterin und wissenschaftlichem Leiter weitere Ansprechpartner sowohl an der Freien Universität als auch an der Humboldt-Universität. Die Mitarbeiterin an der Freien Universität, Frau Dr. Iuliia Kobzar, ist momentan verantwortlich für die Gesamtkoordination des Projekts und alle damit in Zusammenhang stehenden Aufgaben. Die Stelle an der Humboldt-Universität ist im International Office im Hauptgebäude Unter den Linden verortet, die Stelle an der Freien Universität sowohl an die Abteilung Internationales als auch an den Fachbereich Philosophie und Geisteswissenschaften angebunden. Ein repräsentatives ZDS-Büro befindet sich im International House der Freien Universität.

An der Peking Universität verantworten ein wissenschaftlicher Mitarbeiter und eine studentische Hilfskraft die organisatorischen Belange der ZDS-Kooperation. Die Räumlichkeiten des ZDS samt ZDS-Bibliothek befinden sich im sogenannten „Haus am See“ in unmittelbarer Nähe des „Namenlosen Sees“ auf dem Campus der Peking Universität.