Unter Protonierungsdynamik verstehen die Forscherinnen und Forscher die Bewegung von Wasserstoff-Ionen, die zum Beispiel die Koordination verschiedener Funktionsorte in komplexen Proteinen erlaubt. Diese Bewegung liegt der Umwandlung von Lichtsignalen in Pflanzen und Cyanobakterien zugrunde. Wie genau die Verlagerung von Protonen in Wasserstoffbrücken-Netzwerken und wie der Protonentransfer über größere Distanzen hinweg abläuft, soll anhand von vier ausgewählten Proteinsystemen überprüft werden.

Sonderforschungsbereiche ermöglichen nach DFG-Vorgaben die Bearbeitung innovativer, anspruchsvoller, aufwendiger und langfristig konzipierter Forschungsvorhaben durch Konzentration und Koordination der in einer Hochschule vorhandenen Kräfte. Das SFB-Programm soll so essenziell zur Profilbildung der beteiligten Hochschulen beitragen. Die Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses und der Gleichstellung von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern spielen in diesem Zusammenhang ebenso eine übergeordnete Rolle.