Angewandte Sequenzanalyse
Sandro Andreotti
Kommentar
Ziel der Lehrveranstaltung:
Die Studentinnen und Studenten können Standardprogramme im Bereich der Sequenzanalyse selbständig benutzen. Sie kennen die verschiedenen Konzepte und sind in der Lage, ausgewählte Systeme zu bedienen und zu programmieren. Die Studentinnen und Studenten können neue Workflows konzipieren und die Ergebnisse grafisch aufbereiten.
Aufbau der Lehrveranstaltung:
Nach einer Einführung in ein Workflow Management System, erarbeiten die Teilnehmenden eigenständig - zunehmend komplexe - Analyse Pipelines für typische bioinformatische Fragestellungen wie beispielsweise:
- Genom Assembly, Annotation, Vergleiche, Phylogenie,…
- Differentielle Genexpressionsanalyse
- Metagenomische Analyse
Dabei werden alle Schritte, von der Qualitätskontrolle und Präprozessierung bis zur statistischen Auswertung betrachtet und durch existierende Software implementiert. Darüber hinaus wird sichergestellt, dass die Implementierungen reproduzierbar, portierbar und skalierbar sind.
Am Ende des Kurses werden Sie in der Lage sein, Lösungen für komplexe bioinformatische Fragestellungen zu erarbeiten, mögliche Fallstricke mitzudenken und darauf zu reagieren. Darüber hinaus haben Sie einen guten Überblick über vorhandene Programme für diverse Anwendungen und wissen auch wie sie manches Tool für andere Zwecke verwenden / anpassen können. Zusätzlich werden Sie nach dem Kurs die Standard Dateiformate im Zusammenhang mit Sequenzdaten, Genomen, Annotationen, Variant Calling, etc. beherrschen und ein Gefühl für die Arbeit mit (realistisch) großen Datensätzen entwickelt haben.
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Regelmäßige Termine der Lehrveranstaltung
Ziel der Lehrveranstaltung:
Die Studentinnen und Studenten können Standardprogramme im Bereich der Sequenzanalyse selbständig benutzen. Sie kennen die verschiedenen Konzepte und ... Lesen Sie weiter