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From EHR to PPIs: databases for biomedical data and how they advance research

Katharina Baum

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In this seminar, you will learn about various databases, their structure and their programmatic use. You will also learn about the significance of the data stored in them and their use based on current research work.

Examples of possible databases covered are

MIMIC (electronic medical records),
STRING (protein-protein interaction),
Drugbank (drugs),
PRIDE (protein measurements),
GEO (for genomic data), etc.

Each database will be used by all participants to answer a question at the end of the lecture in the course (the setup will be prepared by the lecturer) - so bring your laptop!

Bachelor students can participate in this seminar, but the content is very advanced and largely based on current research. Basic literature is in English, so a good knowledge of the English language is required.

We will meet on Friday, April 12, 2024 at 10:15 am (s.t.) (in a hybrid setting, please check out the Whiteboard for room and/or access link) for a first introduction and topic assignment. Please contact us early (katharina.baum@fu-berlin.de) in case you want to participate in the seminar and cannot attend this meeting.

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14 Class schedule

Additional appointments

Fri, 2024-04-12 10:00 - 11:30

Vorbesprechung - Von Krankenakten zu Proteinen: Datenbanken für biomedizinische Daten und ihre Bedeutung für die Forschung

Location:
T9/SR 006 Seminarraum (Takustr. 9)

Regular appointments

Fri, 10:00 - 12:00 Von Krankenakten zu Proteinen: Datenbanken für biomedizinische Daten und ihre Bedeutung für die Forschung 14 Class schedule

Fri, 2024-04-19 10:00 - 12:00

Von Krankenakten zu Proteinen: Datenbanken für biomedizinische Daten und ihre Bedeutung für die Forschung

Lecturers:
Prof. Dr. Katharina Baum

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T9/SR 006 Seminarraum (Takustr. 9)

Fri, 2024-04-26 10:00 - 12:00

Von Krankenakten zu Proteinen: Datenbanken für biomedizinische Daten und ihre Bedeutung für die Forschung

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Prof. Dr. Katharina Baum

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T9/SR 006 Seminarraum (Takustr. 9)

Fri, 2024-05-03 10:00 - 12:00

Von Krankenakten zu Proteinen: Datenbanken für biomedizinische Daten und ihre Bedeutung für die Forschung

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Prof. Dr. Katharina Baum

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Fri, 2024-05-10 10:00 - 12:00

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Fri, 2024-05-17 10:00 - 12:00

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Fri, 2024-05-24 10:00 - 12:00

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Fri, 2024-05-31 10:00 - 12:00

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Fri, 2024-06-07 10:00 - 12:00

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Fri, 2024-06-14 10:00 - 12:00

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Fri, 2024-06-21 10:00 - 12:00

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Fri, 2024-06-28 10:00 - 12:00

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Fri, 2024-07-05 10:00 - 12:00

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Fri, 2024-07-12 10:00 - 12:00

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Fri, 2024-07-19 10:00 - 12:00

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Prof. Dr. Katharina Baum

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T9/SR 006 Seminarraum (Takustr. 9)

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Location: T9/SR 006 Seminarraum (Takustr. 9)

Schedule: Fr 10:00-12:00, zusätzliche Termine siehe LV-Details

Class starts on: 2024-04-12

Course language: German

Contact hours: 2

Limited attendance: No

Attendance required: No

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