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 Course

Bioinformatics

Bachelor's programme in Bioinformatics (2012 study regulations)

0260c_k150

  • Computer-Oriented Mathematics I

    0260cA2.3
    • 19200501 Lecture
      Computerorientated Mathematics I (5 LP) (Claudia Schillings)
      Schedule: Fr 12:00-14:00 (Class starts on: 2025-10-17)
      Location: T9/Gr. Hörsaal (Takustr. 9)

      Comments

      Contents:
      Computers play an important role in (almost) all situations in life today. Computer-oriented mathematics provides basic knowledge in dealing with computers for solving mathematical problems and an introduction to algorithmic thinking. At the same time, typical mathematical software such as Matlab and Mathematica will be introduced. The motivation for the questions under consideration is provided by simple application examples from the aforementioned areas. The content of the first part includes fundamental terms of numerical calculation: number representation and rounding errors, condition, efficiency and stability.

      Homepage: All current information on lectures and lectures

      Suggested reading

      Literatur: R. Kornhuber, C. Schuette, A. Fest: Mit Zahlen Rechnen (Skript zur Vorlesung)
    • 19200502 Practice seminar
      Practice seminar for Computerorientated Mathematics I (5 LP) (N.N.)
      Schedule: Mo 12:00-14:00, Mo 14:00-16:00, Di 08:00-10:00, Di 16:00-18:00, Mi 10:00-12:00, Do 14:00-16:00, Fr 08:00-10:00 (Class starts on: 2025-10-13)
      Location: A6/SR 031 Seminarraum (Arnimallee 6)

  • General Biology

    0260cA3.2
    • 23770a Lecture
      V Allgemeine Biologie für Bioinformatik - Teil Botanik (Margarete Baier)
      Schedule: siehe Treminserie (Class starts on: 2025-10-14)
      Location: Hs Zoologie (R 110), Königin-Luise-Str. 1/3 siehe Terminserie

      Information for students

      Achtung: Raumänderungen am 4.11., 11.11, 18.11 !

      Sie können sich für das Modul über CM anmelden - Teil Botanik. Der zugehörige Teil Zoologie wird für Sie in CM nachgetragen.

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      I. Einführung
      II. Was ist eine Pflanze?
      III. Besondere Organelle und Strukturen der Pflanzenzelle
      IV. Das Pflanzenreich
      V. Gewebe, Organe und Baupläne der Höheren Pflanzen
      VI. Regulation von Pflanzenfunktionen durch innere Signale
      VII. Umweltabhängigkeit von Pflanzen
      VIII. Zusammenfassung und Vorstellen der Klausurmodalitäten
    • 23770b Lecture
      V Allgemeine Biologie für Bioinformatik - Teil Zoologie (Peter Robin Hiesinger, Ursula Koch, Dirk J. Mikolajewski, Mathias Wernet)
      Schedule: siehe Terminserie (Class starts on: 2025-11-27)
      Location: siehe Terminserie

      Information for students

      Sie können sich für das Modul über CM anmelden - Teil Botanik. Der zugehörige Teil Zoologie wird für Sie in CM nachgetragen.

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 13, 14, 15

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      27.11.25: Einführung Evolution (Mikolajewski)
      02.12.25: Cnidaria/Polifera (Mikolajewski)
      04.12.25: Bilateria/Lophotrochozoa (Mikolajewski)
      09.12.25: Mollusca/Nematoda (Mikolajewski)
      11.12.25: Arthropoda/Insekten (Mikolajewski)
      16.12.25: Echinodermata/Chordata (Mikolajewski)
      18.12.25: Wirbeltiere I (Ursula Koch)
      06.01.26: Wirbeltiere II/Exkretion (Ursula Koch)
      08.01.26: Atmung/Herz/Kreislauf (Ursula Koch)
      13.01.26: Verdauung/Mikrobiom (Ursula Koch)
      15.01.26: Nervenzelle/Glia (Mathias Wernet)
      20.01.26: Ruhe- & Aktionspotential/Ionenkanäle (Peter R. Hiesinger)
      22.01.26: Synaptische Übertragung/Plastizität/Lernen (Peter R. Hiesinger)
      27.01.26: Rezeption/Sinneszellen/Psychophysik I (Mathias Wernet)
      29.01.26: Rezeption/Sinneszellen/Psychophysik II (Peter Robin Hiesinger)
      03.02.26: Motorik (Mathias Wernet)

      Suggested reading

      Sadava, Hillis, Heller, Berenbaum: Purves Biologie

  • Molecular Biology and Biochemistry I

    0260cA3.3
    • 21601a Lecture
      Biochemistry I - Fundamentals of Biochemistry (Helge Ewers, Florian Heyd, Markus Wahl)
      Schedule: Mi 12:00 - 14:00 Uhr; Vorbesprechung Di, 15.10.24, 12:00 - 14:00 Uhr (Class starts on: 2025-10-15)
      Location: Hs Kristallographie (Takustr. 6)

      Information for students

      Entspricht Molekularbiologie und Biochemie I für Bioinformatiker.

      Comments

      Qualifikationsziele:
      Die Studentinnen und Studenten kennen die Entstehung und molekulare Struktur der wichtigsten zellulären Makromoleküle und Stoffklassen sowie ihren biologischen Kontext. Der Schwerpunkt liegt auf einem chemischen Grundverständnis des molekularen Aufbaus von Biomolekülen.

      Inhalte:
      Chemische und zellbiologische Grundlagen, Struktur von DNA und RNA, Replikation und Transkription, Proteinbiosynthese, Regulation der Genexpression, gentechnologische Methoden, Aminosäuren und Peptide, Proteinstruktur und Proteinfaltung, Proteom, posttranslationale Modifikationen, Methoden der Proteinforschung, Enzyme, Kohlenhydrate, Lipide und Biomembranen, Einführung in den Stoffwechsel und die Stoffwechselregulation.

      Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
      Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
      Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de

    • 21601b Practice seminar
      Tutorial for Biochemistry I - Fundamentals of Biochemistry (Helge Ewers, Florian Heyd, Markus Wahl)
      Schedule: (s. Lektionen, LV-Details) (Class starts on: 2025-10-21)
      Location: Ort nach Ansage je nach Übungsgruppe

      Additional information / Pre-requisites

      Die Übungen finden n.V. in kleineren Gruppen i.d.R. dienstags von 12:00 - 14:00 Uhr bzw. mittwochs von 10:00 - 12:00 Uhr Uhr statt. Die Verteilung findet im Rahmen der Vorbesprechung (s. 21601a) statt.

      Comments

      Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die Entstehung und molekulare Struktur der wichtigsten zellulären Makromoleküle und Stoffklassen sowie ihren biologischen Kontext. Der Schwerpunkt liegt auf einem chemischen Grundverständnis des molekularen Aufbaus von Biomolekülen. Inhalte: Chemische und zellbiologische Grundlagen, Struktur von DNA und RNA, Replikation und Transkription, Proteinbiosynthese, Regulation der Genexpression, gentechnologische Methoden, Aminosäuren und Peptide, Proteinstruktur und Proteinfaltung, Proteom, posttranslationale Modifikationen, Methoden der Proteinforschung, Enzyme, Kohlenhydrate, Lipide und Biomembranen, Einführung in den Stoffwechsel und die Stoffwechselregulation. Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de

  • Molecular Biology and Biochemistry II

    0260cA3.4
    • 21698a Lecture
      Molecular Biology and Biochemistry II (Francesca Bottanelli, Sutapa Chakrabarti, Helge Ewers, Lydia Herzel, Florian Heyd)
      Schedule: Do 10:00-12:00 Uhr (Class starts on: 2025-10-16)
      Location: Hörsaal/ Thielallee 67

      Information for students

      Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten haben ein Grundlagenverständnis in folgenden Bereichen: Zusammenwirken anatomischer, zellbiologischer und biochemische Prinzipien der Genexpression und des Energiestoffwechsels in Säugetieren, Regulation der Genexpression auf den Ebenen von Chromatinstruktur, Transkription, Prozessierung und Modifizierung in Säugetieren, Zell-Morphologie, -Mobilität und -Adhäsion in Organstrukturen von Säugetieren. Inhalte: Strukturprinzipien in Nuckleinsäuren und Proteinen, Chaperone und Ausbildung biologisch korrekter Protein Strukturen, Prinzipien der Struktur-Vorhersage, Genom-Komponenten und quantitative Zusammensetzung, Remodellierung von Chromatin zu transkribierbaren und nicht-transkribierbaren Konformationen, epigenetischer Histon-Code, CG-Inseln und DNA-Methylierung, modularer Aufbau der Promotoren, Protein: DNA-Wechelwirkungen und deren Strukturdomänen bei der qualitativen und quantitativen Steuerung der Transkription, snRNP und RNA-Prozessierung, Selbstspleißende Introns, RNA-Editierung, Kern-Cytoplasma, Cyotoplasma-Kern Transport, anatomische, zellbiologische und biochemische Prinzipien zur Gewinnung chemischer Reaktionsernergie, Protein-Abbau und Autophagie, Cytoskelett, Zell-Motilität und Zelladhäsion.

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 14, 15

      Comments

      Prof. Bottanelli: bottanelli@zedat.fu-berlin.de Prof. Chakrabarti: sutapa.chakrabarti@fu-berlin.de Prof. Freund: christian.freund@fu-berlin.de Pro. Herzel: lydia.herzel@fu-berlin.de Prof. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de Dr. Preußner: marco.preussner@fu-berlin.de Prof. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de

    • 21698b Practice seminar
      Tutorial - Molecular Biology and Biochemistry II (Francesca Bottanelli, Sutapa Chakrabarti, Lydia Herzel, Florian Heyd)
      Schedule: Mi 13:00-15:00 Uhr (Class starts on: 2025-10-22)
      Location: Hörsaal/Thielallee 67 (Thielallee 67)

      Information for students

      Weitere Informationen unter:
      http://www.fu-berlin.de/sites/fimbb/lehre/

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 14, 15

      Comments

      Prof. Bottanelli: bottanelli@zedat.fu-berlin.de Prof. Chakrabarti: sutapa.chakrabarti@fu-berlin.de Prof. Freund: christian.freund@fu-berlin.de Pro. Herzel: lydia.herzel@fu-berlin.de Prof. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de Dr. Preußner: marco.preussner@fu-berlin.de Prof. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de

  • Genetics and Genome Research

    0260cA3.6
    • 23771a Lecture
      V Genetik und Genomforschung (V) (Katja Nowick)
      Schedule: siehe Terminserie (Class starts on: 2025-10-15)
      Location: Hs Zoologie (R 110) (Königin-Luise-Str. 1 / 3); siehe Terminserie

      Information for students

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 5, 15

      Additional information / Pre-requisites

      Bitte melden Sie sich in CM nur für die Vorlesung an. Die Übung wird im Laufe des Semesters für Sie nachgetragen.

      Verbindliche Vorbesprechung am 1. Vorlesungstag (Mi, 15.10.2025; 13:00 Uhr)

      Comments

      Ein Überblick über den Aufbau der Lehrveranstaltung (d.h. Vorlesung und Übung) wird im Rahmen der ersten Vorlesung gegeben.

      Themen:
      Genregulation: Dogma der Molekularbiologie, Transkription, Translation, Transkriptionsfaktoren und deren Bindungsmotive
      Nicht-kodierende RNAs: Strukturen, Funktionen
      Genregulatorische Netzwerke: Komplexität der Genregulation, Analysemethoden
      Populationsgenetik: Vererbungsmuster und Erbkrankheiten, Mutation, Selektion, Hardy-Weinberg-Gleichgewicht, Neutrale Theory, Molekulare Uhr, Linkage Disequilibrium, Tests fuer positive Selektion in Populationen
      Phylogenetik: Bäume (rooted/unrooted), Neighbor joining, Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Tests für positive Selektion, Genomprojekte
      Genomtypen einer Zelle (nukleäres, mitochondriales und chloroplastisches Genom), Aufbau und Struktur des nukleären Genoms, Aufbau und Struktur von Chromosomen
      Funktion chromosomaler Strukturelemente (Replikationsursprung, Zentromer, Telomer), Steuerung des Zellzyklus, Modifikation von Histonen
      Karyogramm, Chromosomenanomalien
      Genfamilien und Prinzip der Homologie bei Genen, Next-Generation Sequencing
      Mono-allelische Expression
      Geschlechtsdetermination

    • 23771b Practice seminar
      Ü Genetik und Genomforschung (Ü) (Katja Nowick)
      Schedule: 28.01. - 18.02.2026; Mi; 13:00 - 16:00 (Class starts on: 2026-01-28)
      Location: Ehrenberg-Saal (R 126-132) (Königin-Luise-Str. 1 / 3)

      Information for students

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 5, 15

      Additional information / Pre-requisites

      Bitte melden Sie sich in CM nur für die Vorlesung an. Die Übung wird im Laufe des Semesters für Sie nachgetragen.

      Wird am Ende des Semesters an 4 Terminen im Block durchgeführt.

      Comments

      Details werden im Rahmen der Vorbesprechung am 1. Vorlesungstag (Mi. 15.10.2025, 13:00 Uhr) bekannt gegeben.

    • 23771ak Written Exam
      Klausur Genetik und Genomforschung (Katja Nowick)
      Schedule: siehe Terminserie (Class starts on: 2026-02-25)
      Location: 1. Termin: EEC1; 2. Termin EEC1

  • Neurobiology

    0260cA3.8
    • 23772a Lecture
      V Einführung in die Neurobiologie und Neuroinformatik für Studierende der Bioinformatik (Joachim Fuchs, Peter Robin Hiesinger, Ursula Koch, Gerit Linneweber, Eric Reifenstein, Max von Kleist, Mathias Wernet)
      Schedule: siehe Terminserie (Class starts on: 2025-10-16)
      Location: siehe Terminserie

      Information for students

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 4, 5, 15
    • 23772b Internship
      P Neurobiologie für Studierende der Bioinformatik Kurs A (Edouard Joseph Babo, Joachim Fuchs, Peter Robin Hiesinger, Gerit Linneweber, Dagmar Malun, Mathias Wernet)
      Schedule: 3. Block: 05.01. - 02.02.2026; Mo; 08:00 - 12:00 (Class starts on: 2026-01-05)
      Location: Kursraum D/E (R 2/3) (Königin-Luise-Str. 1 / 3)

      Information for students

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 4, 5, 15

      Additional information / Pre-requisites

      1 mal wöchentlich (Mo), insgesamt 5 Termine

    • 23772c Internship
      P Neurobiologie für Studierende der Bioinformatik Kurs B (Edouard Joseph Babo, Joachim Fuchs, Peter Robin Hiesinger, Gerit Linneweber, Dagmar Malun, Mathias Wernet)
      Schedule: 3. Block: 05.01. - 02.02.2026; Mo; 14:00 - 18:00 (Class starts on: 2026-01-05)
      Location: Kursraum D/E (R 2/3) (Königin-Luise-Str. 1 / 3)

      Information for students

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 4, 5, 15

      Additional information / Pre-requisites

      1 mal wöchentlich (Mo), insgesamt 5 Termine

  • General Chemistry

    0260cA3.9

  • Database Systems

    0260cA4.1
    • 19301501 Lecture
      Database Systems (Katharina Baum)
      Schedule: Di 10:00-12:00, Di 12:00-13:00, Di 14:00-16:00, Do 10:00-12:00 (Class starts on: 2025-10-14)
      Location: T9/SR 005 Übungsraum (Takustr. 9)

      Additional information / Pre-requisites

      Requirements

      • ALP 1 - Functional Programming
      • ALP 2 - Object-oriented Programming
      • ALP 3 - Data structures and data abstractions
      • OR Informatik B

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      Content

      Database design with ERM/ERDD. Theoretical foundations of relational database systems: relational algebra, functional dependencies, normal forms. Relational database development: SQL data definitions, foreign keys and other integrity constraints, SQL as applicable language: essential language elements, embedding in programming language. Application programming; object-relational mapping. Security and protection concepts. Transaction subject, transactional guaranties, synchronization of multi user operations, fault tolerance features. Application and new developments: data warehousing, data mining, OLAP.

      Project: the topics are deepened in an implementation project for student groups.

      Suggested reading

      • Alfons Kemper, Andre Eickler: Datenbanksysteme - Eine Einführung, 5. Auflage, Oldenbourg 2004
      • R. Elmasri, S. Navathe: Grundlagen von Datenbanksystemen, Pearson Studium, 2005
    • 19301502 Practice seminar
      Practice seminar for Database systems (Pascal Iversen)
      Schedule: Mi 12:00-14:00 (Class starts on: 2025-10-15)
      Location: T9/049 Seminarraum (Takustr. 9)

  • Fundamentals of Theoretical Computer Science

    0260cA4.2
    • 19301201 Lecture
      Foundations of Theoretical Computer Science (Günther Rothe)
      Schedule: Mo 10:00-12:00, zusätzliche Termine siehe LV-Details (Class starts on: 2025-10-20)
      Location: T9/Gr. Hörsaal (Takustr. 9)

      Comments

      Contents:

      • models of computation
        • automata
        • formal languates
        • grammars and the Chomsky-hierarchy
        • Turing-machines
        • computabilty
      • introduction to the complexity of computational problems

      Suggested reading

      • Uwe Schöning, Theoretische Informatik kurzgefasst, 5. Auflage, Spektrum Akademischer Verlag, 2008
      • John E. Hopcroft, Rajeev Motwani, Jeffrey D. Ullman, Einführung in die Automatentheorie, Formale Sprachen und Komplexität, Pearson Studium, 3. Auflage, 2011
      • Ingo Wegener: Theoretische Informatik - Eine algorithmenorientierte Einführung, 2. Auflage, Teubner, 1999
      • Michael Sipser, Introduction to the Theory of Computation, 2nd ed., Thomson Course Technology, 2006
      • Wegener, Kompendium theoretische Informatik - Eine Ideensammlung, Teubner 1996
    • 19301202 Practice seminar
      Practice seminar for Foundations of Theoretical Computer Science (Günther Rothe)
      Schedule: Mo 12:00-14:00, Di 16:00-18:00, Mi 08:00-10:00, Mi 14:00-16:00, Mi 16:00-18:00, Fr 14:00-16:00, zusätzliche Termine siehe LV-Details (Class starts on: 2025-10-13)
      Location: A7/SR 031 (Arnimallee 7)

  • Modules w/o courses in this semester

    14 Modules
    • Computer Science A 0260cA1.1
    • Computer Science B 0260cA1.2
    • Algorithms and Data Structures 0260cA1.3
    • Algorithm and Data Structures Practical 0260cA1.4
    • Algorithmic Bioinformatics 0260cA1.5
    • Algorithms and Data Structures (Practical Lab) 0260cA1.6
    • Mathematics for Students of Bioinformatics I 0260cA2.1
    • Mathematics for Students of Bioinformatics II 0260cA2.2
    • Computer-Oriented Mathematics II 0260cA2.4
    • Statistics I for Students of Life Sciences 0260cA2.5
    • Statistics II for Students of Life Sciences 0260cA2.6
    • General Chemistry 0260cA3.1
    • Molecular Biology and Biochemistry III 0260cA3.5
    • Medical Physiology 0260cA3.7