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 Course

Bioinformatics

Bachelor's programme in Bioinformatics (2012 study regulations)

0260c_k150

  • Computer-Oriented Mathematics II

    0260cA2.4
    • 19211901 Lecture
      Computer-oriented Mathematics II (Robert Gruhlke)
      Schedule: Fr 12:00-14:00 (Class starts on: 2025-04-25)
      Location: T9/Gr. Hörsaal (Takustr. 9)

      Additional information / Pre-requisites

      Studierende der Mathematik (Monobachelor und Lehramt) und Bioinformatik, sowie Numerikinteressierte aus Physik, Informatik und anderen Natur- und Geisteswissenschaften.

      Comments

      Inhalt:

      Die Auswahl der behandelten numerischen Verfahren enthält Polynominterpolation, Newton-Cotes-Formeln zur numerische Integration und Euler-Verfahren für lineare Differentialgleichungen.
    • 19211902 Practice seminar
      Practice seminar for Computer-oriented Mathematics II (Robert Gruhlke)
      Schedule: Di 08:00-10:00, Di 16:00-18:00, Mi 16:00-18:00, Do 08:00-10:00, zusätzliche Termine siehe LV-Details (Class starts on: 2025-04-15)
      Location: A3/ 024 Seminarraum (Arnimallee 3-5)

  • Statistics I for Students of Life Sciences

    0260cA2.5
    • 60100001 Lecture
      Statistics I for bioinformatics (Konrad Neumann)
      Schedule: Do 16:00-18:00, zusätzliche Termine siehe LV-Details (Class starts on: 2025-04-17)
      Location: A3/Hs 001 Hörsaal (Arnimallee 3-5)

      Additional information / Pre-requisites

       

       

                     

      Comments

      Content:

      see German desciption

                     

    • 60100002 Practice seminar
      Practice seminar for Statistics I for bioinformatics (Konrad Neumann)
      Schedule: Mi 16:00-18:00, zusätzliche Termine siehe LV-Details (Class starts on: 2025-04-16)
      Location: A7/SR 031 (Arnimallee 7)

  • Molecular Biology and Biochemistry I

    0260cA3.3
    • 21601a Lecture
      Biochemistry I - Fundamentals of Biochemistry (Helge Ewers, Florian Heyd, Markus Wahl)
      Schedule: Mi 12:00 - 14:00 Uhr; Vorbesprechung Di, 15.04.25, 12:00 - 14:00 Uhr (HS Anorganik Fabeckstraße 34/36)) (Class starts on: 2025-04-15)
      Location: Hs Anorganik (Fabeckstr. 34 / 36)

      Information for students

      Entspricht Molekularbiologie und Biochemie I für Bioinformatiker.

      Comments

      Qualifikationsziele:
      Die Studentinnen und Studenten kennen die Entstehung und molekulare Struktur der wichtigsten zellulären Makromoleküle und Stoffklassen sowie ihren biologischen Kontext. Der Schwerpunkt liegt auf einem chemischen Grundverständnis des molekularen Aufbaus von Biomolekülen.

      Inhalte:
      Chemische und zellbiologische Grundlagen, Struktur von DNA und RNA, Replikation und Transkription, Proteinbiosynthese, Regulation der Genexpression, gentechnologische Methoden, Aminosäuren und Peptide, Proteinstruktur und Proteinfaltung, Proteom, posttranslationale Modifikationen, Methoden der Proteinforschung, Enzyme, Kohlenhydrate, Lipide und Biomembranen, Einführung in den Stoffwechsel und die Stoffwechselregulation.

      Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
      Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
      Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de

    • 21601b Practice seminar
      Tutorial for Biochemistry I - Fundamentals of Biochemistry (Helge Ewers, Florian Heyd, Markus Wahl)
      Schedule: Di/Mi 22.4.25-17.7.25 (s. Lektionen, LV-Details) (Class starts on: 2025-04-22)
      Location: Ort nach Ansage je nach Übungsgruppe

      Additional information / Pre-requisites

      Die Übungen finden n.V. in kleineren Gruppen i.d.R. dienstags von 12:00 - 14:00 Uhr bzw. mittwochs von 10:00 - 12:00 Uhr Uhr statt. Die Verteilung findet im Rahmen der Vorbesprechung (s. 21601a) statt.

      Comments

      Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die Entstehung und molekulare Struktur der wichtigsten zellulären Makromoleküle und Stoffklassen sowie ihren biologischen Kontext. Der Schwerpunkt liegt auf einem chemischen Grundverständnis des molekularen Aufbaus von Biomolekülen. Inhalte: Chemische und zellbiologische Grundlagen, Struktur von DNA und RNA, Replikation und Transkription, Proteinbiosynthese, Regulation der Genexpression, gentechnologische Methoden, Aminosäuren und Peptide, Proteinstruktur und Proteinfaltung, Proteom, posttranslationale Modifikationen, Methoden der Proteinforschung, Enzyme, Kohlenhydrate, Lipide und Biomembranen, Einführung in den Stoffwechsel und die Stoffwechselregulation. Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de

  • Molecular Biology and Biochemistry III

    0260cA3.5
    • 21699a Lecture
      Molecular Biology and Biochemistry III (Sutapa Chakrabarti, Sigmar Stricker, Holger Sieg)
      Schedule: erster Termin: Fr. 25.04.2025, 10:15 - 11:45 (Class starts on: 2025-04-25)
      Location: Hörsaal Thielallee 67

      Information for students

      Vorlesung für Studierende der Bioinformatik

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, <a

      Additional information / Pre-requisites

      Qualification goals: The basic understanding acquired in Molecular Biology and Biochemistry II is placed in the context of complex biological systems. These are: Understanding of receptor-mediated signal transduction and the regulation of cell cycle and cell death. Understanding the molecular biological and cell biological properties of metastatic tumor cells Understanding the interactions of pathogens, host cells and the immune system Understanding of the principles of DNA medicine Contents: Growth factors, receptors and signal transduction for the regulation of cell cycle and cell death Fundamentals of immunology: innate, acquired immune defense Antigen-presenting cells, effector cells PAMP and DAMP concepts of antigen processing in infection and tumor control DNA medicine and gene therapy

    • 21699b Practice seminar
      Tutorial - Molecular Biology and Biochemistry III (Sutapa Chakrabarti, Sigmar Stricker, Holger Sieg)
      Schedule: erster Termin: Mi. 30.04.2025, 12:15-13:45 h (Class starts on: 2025-04-30)
      Location: Hörsaal Thielallee 67

      Information for students

      Übungen zu 21699a für Studierende der Bioinformatik

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 14, 15

      Additional information / Pre-requisites

      Qualifikationsziele:
      Das in Molekularbiologie und Biochemie II erlangte Grundlagenverständnis wird in den Zusammenhang komplexer biologischer Systeme gestellt. Diese sind:
      Verständnis der Rezeptorvermittelten Signaltransduktion und der Regulation von Zellzyklus und Zelltod.
      Verständnis der molekularbiologischen und zellbiologischen Eigenschaften von metastasierenden Tumorzellen
      Verständnis der Wechselwirkungen von Pathogenen, Wirtszellen und Immunsystem
      Verständnis der Prinzipien der DNA-Medizin

      Inhalte:
      Wachstumsfaktoren, Rezeptoren und Signaltransduktion zur Regulation von Zellzyklus und Zelltod
      Grundlagen der Immunologie: angeborene, erworbene Immunabwehr
      Antigen-präsentierende Zellen, Effektorzellen
      PAMP- und DAMP-Konzepte der Antigen-Prozessierung bei Infektion und Tumor-Bekämpfung
      DNA-Medizin und Gentherapie

      Comments

      Qualification goals: 
      The basic understanding acquired in Molecular Biology and Biochemistry II is placed in the context of complex biological systems. These are:
      Understanding of receptor-mediated signal transduction and the regulation of cell cycle and cell death. 
      Understanding the molecular biological and cell biological properties of metastatic tumor cells 
      Understanding the interactions of pathogens, host cells and the immune system 
      Understanding of the principles of DNA medicine 

      Contents:
      Growth factors, receptors and signal transduction for the regulation of cell cycle and cell death 
      Fundamentals of immunology: innate, acquired immune defense 
      Antigen-presenting cells, effector cells 
      PAMP and DAMP concepts of antigen processing in infection and tumor control 
      DNA medicine and gene therapy 

  • Medical Physiology

    0260cA3.7

  • Database Systems

    0260cA4.1
    • 19301501 Lecture
      Database Systems (Agnès Voisard)
      Schedule: Di 14:00-16:00, Do 14:00-16:00, zusätzliche Termine siehe LV-Details (Class starts on: 2025-04-15)
      Location: T9/Gr. Hörsaal (Takustr. 9)

      Additional information / Pre-requisites

      Requirements

      • ALP 1 - Functional Programming
      • ALP 2 - Object-oriented Programming
      • ALP 3 - Data structures and data abstractions
      • OR Informatik B

      Comments

      Content

      Database design with ERM/ERDD. Theoretical foundations of relational database systems: relational algebra, functional dependencies, normal forms. Relational database development: SQL data definitions, foreign keys and other integrity constraints, SQL as applicable language: essential language elements, embedding in programming language. Application programming; object-relational mapping. Security and protection concepts. Transaction subject, transactional guaranties, synchronization of multi user operations, fault tolerance features. Application and new developments: data warehousing, data mining, OLAP.

      Project: the topics are deepened in an implementation project for student groups.

      Suggested reading

      • Alfons Kemper, Andre Eickler: Datenbanksysteme - Eine Einführung, 5. Auflage, Oldenbourg 2004
      • R. Elmasri, S. Navathe: Grundlagen von Datenbanksystemen, Pearson Studium, 2005
    • 19301502 Practice seminar
      Practice seminar for Database systems (Muhammed-Ugur Karagülle)
      Schedule: Mo 12:00-14:00, Mo 14:00-16:00, Mo 16:00-18:00, Di 08:00-10:00, Di 10:00-12:00, Di 12:00-14:00, Mi 10:00-12:00, Mi 12:00-14:00, Mi 14:00-16:00, Do 08:00-10:00, Do 10:00-12:00, Do 12:00-14:00, Do 16:00-18:00, Fr 10:00-12:00, Fr 14:00-16:00, Fr 16:00-18:00 (Class starts on: 2025-04-14)
      Location: T9/SR 006 Seminarraum (Takustr. 9)

  • Modules w/o courses in this semester

    17 Modules
    • Computer Science A 0260cA1.1
    • Computer Science B 0260cA1.2
    • Algorithms and Data Structures 0260cA1.3
    • Algorithm and Data Structures Practical 0260cA1.4
    • Algorithmic Bioinformatics 0260cA1.5
    • Algorithms and Data Structures (Practical Lab) 0260cA1.6
    • Mathematics for Students of Bioinformatics I 0260cA2.1
    • Mathematics for Students of Bioinformatics II 0260cA2.2
    • Computer-Oriented Mathematics I 0260cA2.3
    • Statistics II for Students of Life Sciences 0260cA2.6
    • General Chemistry 0260cA3.1
    • General Biology 0260cA3.2
    • Molecular Biology and Biochemistry II 0260cA3.4
    • Genetics and Genome Research 0260cA3.6
    • Neurobiology 0260cA3.8
    • General Chemistry 0260cA3.9
    • Fundamentals of Theoretical Computer Science 0260cA4.2