Biochemie

• Advanced Biochemistry A - Current Topics in Nucleic Acid and Protein Biology (5 LP)

  0390bA1.1
  • 216101a Vorlesung
    Fortgeschrittene Biochemie - A : Nukleinsäuren und Proteine (Sutapa Chakrabarti, Christian Freund, Florian Heyd, Alexander Meissner, Markus Wahl, Lydia Herzel, Jana Sticht)
    Zeit: Vorlesung: Freitag, 15:00 - 16:30 h Seminar: Freitag, 16:30 - 17:00 h (Erster Termin: 17.10.2025)
    Ort: Hs Kristallographie (Takustr. 6)
    

    Hinweise für Studierende

    Weitere Informationen über Blackboard.

    Kommentar

    Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten beitzen ein aktuelles und strukturiertes Fachwissen in den Forschungsfeldern der Strukturbiochemie, der Molekularbiologie und der molekularen Biomedizin. Sie können Forschungsrichtungen einschätzen und ihre zukünftige Spezialisierungsrichtung bestimmen.
    
    Inhalte: Aktuelle Entwicklungen der Forschungsfelder Strukturbiochemie, molekulare Zellbiologie und molekulare Medizin.
    U.A.:
    

    • Co-transcriptional pre-mRNA processing
    • RNA degradation and quality control
    • Pre-mRNA splicing
    • RNA transport and localization
    • RNA remodeling by helicases
    • Small and long non-coding RNAs
    • Protein folding
    • Protein production in cell-free systems
    • Protein engineering
    • Dynamic aspects of protein structure
    • The role of protein folding in ageing and neuro-degenerative disease
    • Modeling of protein dynamics
    • Protein folding in vitro
    • --> Hydrogen/deuterium exchange
    • --> Fluorescence based methods
    • --> Folding at the ribosome
    • Protein folding and dynamics as described in silico and experimentally by NMR
    • Protein expression
    • Protein folding inside the cell
    • --> Chaperone-assisted folding
    • --> Folding in the ER
    • --> Protein misfolding disease
    
    Prof. Dr. S. Chakrabarti: chakraba@zedat.fu-berlin.de
    Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
    Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
    Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
    Prof. Dr. A. Meissner: office-meissner@molgen.mpg.de
    Dr. J. Sticht: sticht@zedat.fu-berlin.de
    Prof.  Dr. L. Herzel lydia.herzel@fu-berlin.de

  • 216101b Seminar
    Fortgeschrittene Biochemie - A : Nukleinsäuren und Proteine (Sutapa Chakrabarti, Christian Freund, Florian Heyd, Alexander Meissner, Markus Wahl, Lydia Herzel, Jana Sticht)
    Zeit: Vorlesung: Freitag, 15:00 h - 16:30 h , Seminar: Freitag, 16:30 h - 17:00 h (Erster Termin: 17.10.2025)
    Ort: Hs Kristallographie, Takustr. 6
    

    Hinweise für Studierende

    Mehr Informationen über Blackboard.

    Kommentar

    Seminar zu 216101a
    
    Prof. Dr. S. Chakrabarti: chakraba@zedat.fu-berlin.de 
    Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
    Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
    Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
    Prof. Dr. A. Meissner: office-meissner@molgen.mpg.de
    Dr. J. Sticht: sticht@zedat.fu-berlin.de
    Prof.  Dr. L. Herzel lydia.herzel@fu-berlin.de
    

• Advanced Biochemistry B - Current Topics in the Biology of Cellular Membranes and Signal Transduction (5 LP)

  0390bA1.2
  • 216101c Vorlesung
    Fortgeschrittene Biochemie - B : Membranen und Signaltransduktion (Helge Ewers, Petra Knaus, Francesca Bottanelli, Alexander Meissner)
    Zeit: Vorlesung: Freitag, 15:00 h - 16:30 h , Seminar: Freitag, 16:30 h - 17:00 h (Erster Termin: 17.10.2025)
    Ort: Hs Biochemie, Thielallee 63 (Lise-Meitner-Hörsaal)
    

    Kommentar

    Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten besitzen ein aktuelles und strukturiertes Fachwissen in den Forschungsfeldern der Membranen und Signaltransduktion. Sie können Forschungsrichtungen einschätzen und ihre zukünftige Spezialisierungsrichtung bestimmen.
    
    Inhalte:Aktuelle Entwicklungen der Forschungsfelder Membranen und Signaltransduktion.
    
    U.A.:
    

    • Kinase Receptor Signalling
    • Extracellular Matrix and Wnt signaling
    • Ion transport and Signaling
    • Signaling meets Metabolism
    • Systems Biology of Signaling
    • Cell migration, (cytoskeletal remodeling, biomechanical signaling)
    • Membrane protein synthesis, plasma membrane structure and Biophysics
    • Structure and biosynthesis of peripheral membrane proteins
    • Vesicular traffic and endocytosis
    • Molecular mechanisms of protein-mediated membrane curvature and membrane fission
    • Membrane fusion and exocytosis
    • Endomembrane system, ER structure, organelle identity, organelle contact sites
    
    
    Prof. Dr. F. Bottanelli: Francesca.bottanelli@fu-berlin.de
    Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
    Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
    Prof. Dr. A. Meissner: office-meissner@molgen.mpg.de
    
    

  • 216101d Seminar
    Fortgeschrittene Biochemie - B : Membranen und Signaltransduktion (Helge Ewers, Petra Knaus, N.N., Francesca Bottanelli, Alexander Meissner)
    Zeit: Vorlesung: Freitag, 15:00 h - 16:30 h , Seminar: Freitag, 16:30 h - 17:00 h (Erster Termin: 17.10.2025)
    Ort: Hs Biochemie, Thielallee 63 (Lise-Meitner-Hörsaal)
    

    Hinweise für Studierende

    Weitere Informationen über Blackboard.

    Kommentar

    Seminar zu 21601c
    
    Prof. Dr. F. Bottanelli: Francesca.bottanelli@fu-berlin.de
    Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
    Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
    Prof. Dr. A. Meissner: office-meissner@molgen.mpg.de
    
    

• Methods in Molecular Biology (5 LP)

  0390bB1.1
  • 216202a Seminar
    Quantitative Fluoreszenzmikroskopie (Helge Ewers, Bas van Bommel)
    Zeit: Block seminar: 19.01. - 30.01.2026; 9:00 h (Erster Termin: 19.01.2026)
    Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
    

    Hinweise für Studierende

    Das Seminar ist Teilmodul des Methodenkurses "Quantitative Fluoreszenzmikroskopie" und findet parallel zum Praktikum statt. Das Seminar kann separat als theoretisches Teilmodul im Bereich Strukturbiochemie belegt werden.

    Kommentar

    Qualifikationsziele: Die Studierenden erhalten einen Überblick über die Möglichkeiten moderner Lichtmikroskopie und ein grundlegendes Verständnis, wie durch Probenpräparation und Imaging quantitative digitale Daten generiert werden können. Sie erhalten einen Einblick in die Grundlagen der computerbasierten Bilddatenanalyse und wie Parameter aus Bilddaten extrahiert werden können. Die Studierenden digitale Bildaten selbst analysieren und grundlegende Fehler in der Mikroskopie und der Bilddatenverarbeitung erkennen und vermeiden. Inhalte: - Grundlagen der Fluoreszenzmikroskopie - Grundlagen der digitalen Mikroskopie - Grundlagen der digitalen Bilddatenanalyse - Spezielle Methoden der Mikroskopie - Einzelmolekülmikroskopie - hochauflösende Mikroskopie - Förster-transfer - maschinelles Lernen in der Bilddatenanalyse Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Dr. Bas van Bommel: bas.van.bommel@fu-berlin.de

  • 216202b Laborpraktikum
    Quantitative Fluoreszenzmikroskopie (Helge Ewers, Bas van Bommel)
    Zeit: Block course: 19.01. - 30.01.2026; all-day (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
    Ort: Thielallee 63, Raum 106a (AG Ewers)
    

    Hinweise für Studierende

    Teilmodul des Methodenkurses "Quantitative Fluoreszenzmikroskopie". Das Seminar ist Bedingung zur Teilnahme am Praktikum.

    Kommentar

    Qualifikationsziele: Die Studierenden erstellen Proben für die Fluoreszenzmikroskopie und nehmen sie selbst am konfokalen Mikroskop und am Einzelmolekülmikroskop auf. Die Studierendend führen dann unterschiedliche Experimente durch, und werten die erhaltenen Bilddaten dann mittels ImageJ und anderer Software aus. Die Studierenden trainieren ein Deep-learning Modell and analysieren anschliessend damit die erhaltenen Bilddaten aus der hochauflösenden Mikroskopie. Die Studierenden erarbeiten die Möglichkeiten weiterer Mikroskopietechniken aus Literaturrecherche und stellen Techniken vor. Inhalte des Praktikums: • Lebendzellmikroskopie • Bildgebung und Punktspreizfunktion • Background, Noise, Extraktion von quantitativen Daten • Umgang mit Image J • Fluoreszence-Recovery after Photobleaching • Single molecule superresolution microscopy • Bilddatenanalyse mit Hilfe von Deep-Learning Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Dr. Bas van Bommel: bas.van.bommel@fu-berlin.de

  • 216404a Seminar
    Seminar zur Bioanalytischen Massenspektrometrie / Proteomanalyse (Benno Kuropka)
    Zeit: block course: 17.11.- 28.11.2025; 9:00 - 10:30 h
    Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
    

    Kommentar

    
    • Grundlagen der Proteomanalyse
    • Aufbau und Funktionsweise eines Massenspektrometers
    • Probenvorbereitung und chromatographische Peptidtrennung
    • Ionisierungsmethoden (ESI und MALDI)
    • Protein-Identifizierung mittels MALDI-Peptidmassenfingerprint
    • Methoden der Proteinanalytik (top-down, bottom-up, targeted)
    • Fragmentierungsmethoden und Interpretation von MS/MS-Spektren zur Sequenzermittlung
    • Methoden der quantitativen Proteomanalyse mittels verschiedener Markierungsverfahren
    • Ermittlung von Protein-Interaktionen mittels affinity-purification MS
    • Analyse nicht-kovalenter Proteininteraktionen mittels nativer MS
    • Gast Seminare zu verschiedenen Themen wie z.B. MALDI Imaging, Crosslinking-MS, Kohlenhydrat-Analyse, Metabolomics
    
    

    Dr. Benno Kuropka: kuropka@zedat.fu-berlin.de

  • 216404b Laborpraktikum
    Bioanalytische Massenspektrometrie / Proteomanalyse (Benno Kuropka)
    Zeit: block course 17.11. - 28.11.2025; 10:30h -17:00 h (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
    Ort: Thielallee 63, Raum 316 (Labor)
    

    Hinweise für Studierende

    Kommentar

    • Protein-Identifizierung mittels MALDI-Peptidmassenfingerprint (PMF) nach enzymatischer in-Gel Spaltung.
    • Massenbestimmung intakter Proteine mittels MALDI-MS und Sequenzierung mittels in source decay (ISD).
    • Durchführung einer quantitativen Proteom-Analyse mittels LC-ESI-MS.
    • Hochauflösende Messung intakter Proteine unter denaturierenden und nativen Bedingungen (Orbitrap ESI-MS).

     

    Dr. Benno Kuropka: kuropka@zedat.fu-berlin.de

  • 216405a Seminar
    Mechanismen der Regulierung des alternativen Spleißens (Florian Heyd, Marco Preußner)
    Zeit: block seminar: 19.01.26 - 30.01.26; begin: 19.01.26, 9:00 h, The exact schedule will be announced during the first course day.
    Ort: Takustr. 6, room 003 (seminar room)
    

    Hinweise für Studierende

    Das Seminar findet parallel zum Praktikum statt.

    Kommentar

    Qualifikationsziele:
    Die Studentinnen und Studenten haben ein breites Verständnis über experimentelle Herangehensweisen zur Untersuchung der Regulation von alternativem Spleißen. Sie haben die grundlegenden experimentellen Verfahren zur Identifizierung von cis-wirkenden Elementen und trans-wirkenden Faktoren erlernt, haben durch Überexpression und knockdown eines RNA-bindenden Proteins dessen Rolle in der Regulation eines bestimmten Spleiß-Events gezeigt und (bioinformatische) Methoden kennengelernt, um coregulierte Exons zu identifizieren. Die Studierenden sind nach Abschluss des Moduls in der Lage, aktuelle fachspezifische Literatur kritisch zu beurteilen, offene Fragen zu identifizieren und experimentelle Ansätze zu entwerfen, um diese Fragestellungen zu adressieren.
    Inhalte:
    Transfektion, Kultivierung und Synchronisierung von Säuger-Zellen, RNA-Extraktion, Minigen-Analysen, Quantifizierung von alternativem Spleißen durch (radioaktive) RT-PCR, siRNA-vermittelter knock down, RT-qPCR, Westernblot, Herstellung von Kernextrakten, radioaktiver UV-X-link, gängige bioinformatische Analysen, Grundlagen der Analyse von RNA-Seq Daten
    
    Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de Dr. Marco Preußner: mpreussner@zedat.fu-berlin.de

  • 216405b Laborpraktikum
    Mechanismen der Regulierung des alternativen Spleißens (Florian Heyd, Marco Preußner)
    Zeit: block seminar and practical course: 19.01.26 - 30.01.26, all day, (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
    Ort: Takustr. 6, room 001-002 (laboratory)
    

    Hinweise für Studierende

    Die Teilnahme am Seminar ist Voraussetzung für die Teilnahme am Praktikum.

    Kommentar

    Qualifikationsziele:
    Die Studentinnen und Studenten haben ein breites Verständnis über experimentelle Herangehensweisen zur Untersuchung der Regulation von alternativem Spleißen. Sie haben die grundlegenden experimentellen Verfahren zur Identifizierung von cis-wirkenden Elementen und trans-wirkenden Faktoren erlernt, haben durch Überexpression und knockdown eines RNA-bindenden Proteins dessen Rolle in der Regulation eines bestimmten Spleiß-Events gezeigt und (bioinformatische) Methoden kennengelernt, um coregulierte Exons zu identifizieren. Die Studierenden sind nach Abschluss des Moduls in der Lage, aktuelle fachspezifische Literatur kritisch zu beurteilen, offene Fragen zu identifizieren und experimentelle Ansätze zu entwerfen, um diese Fragestellungen zu adressieren.
    Inhalte:
    Transfektion, Kultivierung und Synchronisierung von Säuger-Zellen, RNA-Extraktion, Minigen-Analysen, Quantifizierung von alternativem Spleißen durch (radioaktive) RT-PCR, siRNA-vermittelter knock down, RT-qPCR, Westernblot, Herstellung von Kernextrakten, radioaktiver UV-X-link, gängige bioinformatische Analysen, Grundlagen der Analyse von RNA-Seq Daten
    
    Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de Dr. Marco Preußner: mpreussner@zedat.fu-berlin.de

  • 216406a Seminar
    Gene Editing mit CRISPR/Cas9 für Zellbiologie (Francesca Bottanelli)
    Zeit: block course 02.02. - 13.02.26; 09:00-10:00 h The exact schedule will be announced during the seminar.
    Ort: Thielallee 63, Raum 321 (AG Bottanelli)
    

    Hinweise für Studierende

    Das Seminar ist auf 10 Studierende limitiert. Anmeldungen per Mail bis zum 19.12.2025 an: bottanelli@zedat.fu-berlin.de

    Kommentar

    Content:
    The students will learn:
    • How to use bio-informatic tools for CRISPR/Cas9 technology
    • How to clone all the required plasmids for the insertion of tags into the genomic locus of genes of interest
    • How to culture and transfect human cell culture models
    
    Prof. Bottanelli: Francesca.bottanelli@fu-berlin.de

  • 216406b Laborpraktikum
    Gene Editing mit CRISPR/Cas9 für Zellbiologie (Francesca Bottanelli)
    Zeit: block course 02.02. - 13.02.26; 09:00 h, all day (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
    Ort: Thielallee 63, Rauminformation über Blackboard (AG Bottanelli)
    

    Kommentar

    Content:
    The students will learn:
    • How to use bio-informatic tools for CRISPR/Cas9 technology
    • How to clone all the required plasmids for the insertion of tags into the genomic locus of genes of interest
    • How to culture and transfect human cell culture models
    
    Prof. Bottanelli: Francesca.bottanelli@fu-berlin.de

  • 216601a Seminar
    Seminar zum Zellbiologischen Praktikum, Signaltransduktion (Petra Knaus)
    Zeit: Seminar: 09.03. - 20.03.26 , 1st week: Mo. 9:00-11:00 am, Tue.-Thu. 10:00 - 11:30 am 2nd week: Thu. 9:00 am - 06:00 pm, Fri. 9:00 am - 01:00 pm
    Ort: Thielallee 63, room 221 (Knaus group) and Onlinelehre – zeitABhängig.
    

    Hinweise für Studierende

    Achtung: Änderungen im Zeitplan sind möglich; nach Eintragung in den Kurs werden diese per Mail mitgeteilt

    Kommentar

    Methodenmodul: Signaltransduktion
    Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
    Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
    Zugangsvoraussetzungen: keine
    Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten verfügen über grundlegende theoretische Kenntnisse und praktisch-methodische Fähigkeiten zu Forschungen zur Signaltransduktion. Nach Abschluss des Moduls verstehen sie themenbezogene Fragestellungen und sind in der Lage, diese zu formulieren, experimentell zu bearbeiten sowie Ergebnisse zu diskutieren und in publikationsgemäßer Form zusammenzufassen; sie sind fähig, entsprechende Fachliteratur kritisch zu interpretieren.
    Inhalte: Experimente zur Signaltransduktion; aktuelle Methoden zur Signaltransduktionsforschung auf DNA-, mRNA-, Protein- und Zellebene, Immunocytochemie, Enzymaktivitätsassays, Durchlichtmikroskopie)
    Seminar content:
    

    • The current view on BMP and TGFß signal transduction beyond the fundamental knowledge (intracellular and extracellular modulators, the importance of intensity and kinetics as well as subcellular localization of effector proteins, crosstalk mechanisms between related pathways).
    • Step-by-Step experimental outline and rational to address each individual step of signal transduction starting with ligand binding to the receptors, receptor activation and intracellular activation and shuttling of SMAD transcription factors binding to the DNA upon nuclear import.
    • How to investigate the different steps of signal transduction by complementary methods.
    • Paper discussion (presented by the students) focusing on recent papers that have been influential in the current view on BMP and TGFß signal transduction.
    • Intense practical and theoretical supervision due to the limited number of participants.
    
    
    Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
    

  • 216601b Laborpraktikum
    Zellbiologisches Praktikum, Signaltransduktion (Petra Knaus)
    Zeit: block course: 09.03. - 20.03.26, with seminars; (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
    Ort: Thielallee 63, Raum 001 and 004/005 (Labore)
    

    Kommentar

    Methodenmodul: Signaltransduktion
    Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
    Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
    Zugangsvoraussetzungen: keine
    Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten verfügen über grundlegende theoretische Kenntnisse und praktisch-methodische Fähigkeiten zu Forschungen zur Signaltransduktion. Nach Abschluss des Moduls verstehen sie themenbezogene Fragestellungen und sind in der Lage, diese zu formulieren, experimentell zu bearbeiten sowie Ergebnisse zu diskutieren und in publikationsgemäßer Form zusammenzufassen; sie sind fähig, entsprechende Fachliteratur kritisch zu interpretieren.
    Inhalte: Experimente zur Signaltransduktion; aktuelle Methoden zur Signaltransduktionsforschung auf DNA-, mRNA-, Protein- und Zellebene, Immunocytochemie, Enzymaktivitätsassays, Durchlichtmikroskopie)
    Practical content:
    

    • Studying BMP/TGFß- induced signal transduction on multiple levels of the signaling cascade
    • Use of biochemical assays which allow to analyze BMP/TGFß signal transduction in a quantitative manner (qRT-PCR, quantitative Western-Blotting)
    • Use of biochemical assays which allow for analysis of BMP/TGFß signal transduction in a kinetic manner. Ligand stimulation, transcription factor translocation events, use of Luciferase-based reporter gene assay, activation of BMP-SMAD target genes
    • Use of biochemical assays which allow to analyze BMP/TGFß signal transduction with spatial resolution, subcellular localization of transcription factors using fluorescence microscopy
    • Using tools/strategies to artificially manipulate signal transduction (small molecule inhibitors targeting receptor-kinase activity, overexpression of tagged proteins of the BMP signal transduction cascade by transient-transfection methodology of overexpression plasmids.
    • Extensive discussion on experimental design, drawbacks and pitfalls when designing an experiment to investigate signal transduction.
    • Extensive discussions on appropriate controls to be implemented into the experimental design.
    • Summary of the experimental results by simulating how to write a primary research paper.
    
    
    Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
    

  • 216602a Seminar
    Molekulare Immunologie (Christian Freund, Jana Sticht)
    Zeit: block course: 03.11.-14.11.25 (Erster Termin: 03.11.2025)
    Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
    

    Hinweise für Studierende

    Die Seminare sind auf 4 Studierende zusätzlich zu den 6 Teilnehmenden des Praktikums 216602b limitiert. Anmeldung per Mail bis zum 15. Oktober 2025 an: chfreund@zedat.fu-berlin.de
    UND sticht@zedat.fu-berlin.de
    

    Kommentar

    Inhalt/Content:
    

    - Introduction to Immunology: Innate and adaptive immune responses

    - The adaptive immune system: B and T cells

    - The adaptive immune system: antigen presentation by MHC molecules

    - Investigating MHC-peptide complexes by NMR spectroscopy

    - Immunopeptidomics (Mass spectrometry analysis of peptide presentation)

    - PyMol to visualize and analyze protein structures
    
    Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
    Dr. J. Sticht: sticht@zedat.fu-berlin.de

  • 216602b Laborpraktikum
    Molekulare Immunologie (Christian Freund, Jana Sticht)
    Zeit: block course: 03.11.-14.11.25 (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
    Ort: Thielallee 63, Raum 016/018 und 025/027 (AG Freund)
    

    Kommentar

    Content:
    

    - MHC-peptide exchange experiments
    - Measuring the stability of MHC-peptide complexes
    - NMR of MHC-peptide complexes
    - Visualization of mutations and mapped epitopes in PyMol
    - Immunopeptidomics I - Affinity purification
    - Immunopeptidomics II - MS analysis and epitope prediction for T cell antigens
    
    Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
    Dr. J. Sticht: sticht@zedat.fu-berlin.de

  • 216613a Seminar
    Molekulare Pharmakologie und zelluläre Signaltransduktion (Ralf Schülein, Volker Haucke)
    Zeit: block seminar and practical course S/P: 16.03. - 27.03.26, 9:00 - 17:00 h; Seminar Di - Fr 9:00 - 10:30 h
    Ort: Leibniz-Forschungsinstitut für Molekulare Pharmakologie (FMP) , Robert-Rössle-Str. 10, 13125 Berlin Buch
    

    Hinweise für Studierende

    Seminar in den 2 Wochen Praktikum integriert.

    Kommentar

    Das Seminar wird von Wissenschaftlern aus dem gesamten Berliner Raum gestaltet (Leibniz-Institut für Molekulare Pharmakologie, Charité, Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin) und findet täglich jeweils vor den Praktikumseinheiten statt. Die Studenten tragen hierzu mit themenspezifischen Kurzreferaten bei. Die Inhalte der einzelnen Seminare sind aktuelle Forschungsthemen der Seminarsprecher (Walter Birchmeier, Christian Hackenberger, Volker Haucke, Thomas Jentsch, Gunnar Kleinau, Jens-Peter von Kries, Gary Lewin, Andrew Plested).
    
    Exemplary seminar content:
    

    • Mechanoreception
    • Epigenetic mechanisms downstream of Wnt/beta-catenin in carcinomas and cancer stem cells
    • CIC chloride channels and transporters: insights from knockout mice and inherited diseases
    • G protein-coupled receptors and effector systems
    • Identification of novel drugs using high throughput screening
    • Ligand-gated ion channels
    • Neurotransmitter release and vesicle recycling
    • Protein conjugates
    
    
    Prof. Dr. R. Schülein: schuelein@fmp-berlin.de

  • 216613b Laborpraktikum
    Molekulare Pharmakologie und zelluläre Signaltransduktion (Ralf Schülein, Volker Haucke)
    Zeit: block seminar and practical course S/P: 16.03. - 27.03.26, 9:00 - 17:00 h; Seminar Di - Fr 9:00 - 10:30 h (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. Please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
    Ort: Leibniz-Forschungsinstitut für Molekulare Pharmakologie (FMP) , Robert-Rössle-Str. 10, 13125 Berlin Buch
    

    Hinweise für Studierende

    Praktikum mit integriertem Seminar.

    Kommentar

    Für das Praktikum wird die Teilnahme am entsprechenden Seminar vorausgesetzt. Ziel des zweiwöchigen Praktikums ist die Vermittlung von Methoden, die das gesamte Spektrum der modernen molekularen Pharmakologie abdecken. Neben der Etablierung computergestützter Strukturmodelle für Rezeptoren werden biochemische und molekularbiologische Methoden vorgestellt. Ferner soll ein Einblick in die Methodik eines Tierversuchs in der Pharmakologie gegeben werden (Mitarbeit freigestellt).
    Practical content:
    

    • TIRF microscopy
    • Molecular modelling
    • Signaling by inositol pyrophosphates
    • Mass spectrometry and proteomics
    • Transgenic animals
    • Proteostasis in C. elegans
    • Voltage clamp
    • NMR spectroscopy
    
    
    Prof. Dr. R. Schülein: schuelein@fmp-berlin.de
    • 216641b Seminar
      Selbstreplizierende Proteinpartikel und Neurodegeneration bei Morbus Alzheimer, Parkinson-Krankheit und Prionerkrankungen (Michael Beekes)
      Zeit: block course (schedule will be announced during the lecture 216641a)
      Ort: Robert Koch Institute; Nordufer 20, 13353 Berlin, building 1
      

      Hinweise für Studierende

      Achtung: Die Platzvergabe erfolgt durch den Dozenten in der Vorlesung 216641a im vorhergehenden Semester.
      Das Seminar kann nur im Zusammenhang mit dem Praktikum 216641c besucht werden und findet begleitend statt.

      Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

      Wiederholung von Kernthemen aus Seminar 216641a mit Fokus auf die Themen des Laborpraktikums 216641c; Vorbesprechung der Experiment des Laborpraktikums 216641. Studentenvorträge zu ausgewählten Publikationen über die Experimente des Laborpraktikums 2166641
      
      PD Dr. M. Beekes: BeekesM@rki.de

    • 216641c Laborpraktikum
      Selbstreplizierende Proteinpartikel und Neurodegeneration bei Morbus Alzheimer, Parkinson-Krankheit und Prionerkrankungen (Michael Beekes)
      Zeit: 2-week block practical (schedule will be announced during the lecture 216641a) Enrollment for this module will by the instructor
      Ort: Robert Koch Institute; Nordufer 20, 13353 Berlin, building 1
      

      Hinweise für Studierende

      Praktikum mit begleitendem Seminar; Voraussetzung: Besuch der Vorlesung 216641a. Platzvergabe erfolgt durch den Dozenten an ausgewählte Teilnehmer der Vorlesung im vorherigen Semester. Das Praktikum ist für Studierende der Biochemie oder anderer Biowissenschaften im Masterstudium konzipiert.

      Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

      Vorbesprechung: Die Vorbesprechung erfolgt im Rahmen der Vorlesung 216641a im vorangegangenen Semester.

      Kommentar

      Inhalt: In ausgewählten Versuchen werden pathophysiologische Schlüsselmerkmale von Morbus Alzheimer, Parkinson-Krankheit und Prionerkrankungen aus verschiedenen Blickwinkeln experimentell beleuchtet. Dies soll zum einen Gemeinsamkeiten und Unterschiede zentraler molekularer Abläufe bei diesen neurodegenerativen Proteinkonformationskrankheiten ("Proteinopathien") und andererseits praktische Zugänge und Untersuchungstechniken zu deren Erforschung aufzeigen. Dabei werden sowohl Tiermodelle, Zellkulturmodelle als auch zellfreie biochemische Assays und Untersuchungsverfahren vorgestellt. Mit Hilfe immunhistochemischer und histologischer Verfahren werden in Hirnschnitten pathologische Veränderungen wie Gliaaktivierung und Nervenzelluntergang nachgewiesen. Ergänzend werden glutamaterge Rezeptoren als potentielle Vermittler exzitatorischer Neurotoxizität sowie dopaminerge Neuronen als beispielhafte Zielzellen neurodegenerativer Prozesse im Gewebeschnitt durch Markierung mit spezifischen Antikörpern angefärbt. Krankheitsassoziierte Proteine wie Amyloid-beta und tau (Alzheimer Krankheit), alpha-Synuklein (Parkinson-Krankheit) oder PrP (Prionkrankheiten) werden aus Gehirngewebe aufgereinigt und mit Hilfe unterschiedlicher Western Blot-Verfahren nachgewiesen bzw. biochemisch charakterisiert. Die Ablagerung und Akkumulation von alpha-Synuklein und PrP im Gehirn wird außerdem immunhistochemisch, und im Falle des PrP, auch mit Hilfe der "Paraffin-embedded tissue" (PET) Blot-Technik verdeutlicht. Die Selbstreplikation von infektiösen PrP-Partikeln, d. h. Prionen, wird in vitro zellfrei mittels "Protein Misfolding Cyclic Amplification" nachgestellt. Neue Anwendungsmöglichkeiten zellkulturbasierter Assays in der Proteinopathie-Forschung werden am Beispiel primärer Gliazellkulturen und organotypischer Hirnschnittkulturen beleuchtet. Teilnehmerkreis: Das Praktikum (8 Plätze) ist für Biochemiker und andere Biowissenschaftler im Hauptstudium (Diplom) / Masterstudium konzipiert. PD Dr. M. Beekes: BeekesM@rki.de

    • Methods module (10 LP)

      0390bB1.11
      • 216201a Seminar
        Strukturaufklärung von Biomolekülen durch Röntgenkristallographie (Markus Wahl; Berhard Loll)
        Zeit: 17.11. - 28.11.25 Mo, Mi, Fr - 9-:00 - 11:00 Uhr and concluding seminar on 12.12.25
        Ort: Takustr. 6, room 323 (Wahl group)
        

        Hinweise für Studierende

        Teilmodul des Methodenkurses "Grundlagen der Strukturbiochemie" sowie separat belegbares theoretisches Teilmodul im Bereich Strukturbiochemie

        Kommentar

        Methodenmodul: Grundlagen der Strukturbiochemie
        Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
        Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
        Zugangsvoraussetzungen: keine
        
        Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten lernen Verfahren für die Präparation von biologischen Makromolekülen und für die Strukturanalyse kennen. Sie eignen sich theoretische Grundlagen zu Verfahren der makromolekularen Strukturanalyse an. Die Studentinnen und Studenten können makromolekulare Eigenschaften, die für die Strukturanalyse eine Rolle spielen, beurteilen. Sie können Manuskripte, in denen makromolekulare Strukturen und Strukturanalysen beschrieben werden, kritisch erfassen und die Qualität von makromolekularen Strukturen beurteilen. Inhalte: Herstellung einer Probe eines biologischen Makromoleküls für die Strukturanalyse; Bioinformatische, biochemische oder biophysikalische Charakterisierung eines biologischen Makromoleküls; Durchführung eines oder mehrerer Verfahren zur Strukturanalyse; Strukturbeschreibung und graphische Darstellung von Strukturen; Präsentation strukturbiologischer Experimente und Ergebnisse.
        Inhalt des Seminars:
        

        • Protein production and characterization
        • Protein crystallization and protein crystals
        • Crystallographic symmetry
        • X-ray diffraction theory
        • The phase problem and phasing strategies
        • Electron density, model building, refinement, validation
        
        
        Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
        Dr. B. Loll: loll@chemie.fu-berlin.de

      • 216201b Seminar
        Spezielle Aspekte der Röntgenstrukturanalyse (Oliver Daumke, Bernhard Loll, Gert Weber, Manfred Weiss)
        Zeit: see additional information 01.12. - 05.12.25 and 08.12. - 11.12.25, Mo, Mi, Fr - 9:00 - 11:00 Uhr and concluding seminar on 12.12.25
        Ort: see additional information
        

        Hinweise für Studierende

        Teilmodul des Methodenkurses "Grundlagen der Strukturbiochemie"

        Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

        In der Zeit vom 01.12. - 05.12.25 am HZB/BESSSY und vom 08.12. - 11.12.25 am MDC sowie Abschlussseminar am 12.12.25, Takustr. 6 Raum 323 (AG Wahl)
        
        Genaue Termine und Orte (HZB/BESSSY und MDC) auf Anfrage (wird von jeder der beteiligten Gruppen individuell organisiert und richtet sich flexibel nach dem Verlauf der Versuche).
        
        

        Kommentar

        Methodenmodul: Grundlagen der Strukturbiochemie
        Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
        Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
        Zugangsvoraussetzungen: keine
        Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten lernen Verfahren für die Präparation von biologischen Makromolekülen und für die Strukturanalyse kennen. Sie eignen sich theoretische Grundlagen zu Verfahren der makromolekularen Strukturanalyse an. Die Studentinnen und Studenten können makromolekulare Eigenschaften, die für die Strukturanalyse eine Rolle spielen, beurteilen. Sie können Manuskripte, in denen makromolekulare Strukturen und Strukturanalysen beschrieben werden, kritisch erfassen und die Qualität von makromolekularen Strukturen beurteilen. Inhalte: Herstellung einer Probe eines biologischen Makromoleküls für die Strukturanalyse; Bioinformatische, biochemische oder biophysikalische Charakterisierung eines biologischen Makromoleküls; Durchführung eines oder mehrerer Verfahren zur Strukturanalyse; Strukturbeschreibung und graphische Darstellung von Strukturen; Präsentation strukturbiologischer Experimente und Ergebnisse.
        Inhalt des Seminars:
        

        • Synchrotron radiation
        • Linux and vi
        • Data collection strategies
        • Data processing using XDS and XDSAPP
        • Data quality indicators
        • Structure solution
        • Refinement
        • Electron density
        • Model building
        • Structure validation
        
        
        Dr. M. Weiss: manfred.weiss@helmholtz-berlin.de
        Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de
        Dr. B. Loll: Loll@chemie.fu-berlin.de

      • 216201c Laborpraktikum
        Strukturaufklärung von Biomolekülen durch Röntgenkristallographie (Oliver Daumke, Bernhard Loll, Markus Wahl, Gert Weber, Manfred Weiss)
        Zeit: see additional information 17.11. - 28.11.2025 and 01.12. - 05.12.2025 and 08.12 - 11.12.2025 (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
        Ort: see additional information
        

        Hinweise für Studierende

        Teilmodul des Methodenkurses "Grundlagen der Strukturbiochemie"

        Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

        Weitere Angaben zum Praktikum:
        
        Teil 1: Wahl, Loll
        Termin: 17.11. - 28.11.2025
        Ort: Takustr. 6, 3. OG, AG Wahl Laborräume
        
        Teil 2: Weiss , Weber
        Wichtiger Hinweis: Schwangeren und stillenden Frauen ist aufgrund der Strahlenschutzbestimmungen das Arbeiten am Speicherring (Teil 2) untersagt.
        Termin: 01.12. - 05.12.2025, Treffpunkt um 10:00 Uhr beim Pförtner
        Ort: c/o Macromolecular Crystallography, Elektronenspeicherring BESSY II, Albert-Einstein-Str. 15, 12489 Berlin, Adlershof
        
        Teil 3: Daumke
        Termin: 08.12. - 11.11.2025
        Ort: MDC für Molekulare Medizin, Robert-Rössle-Str. 10. 13125 Berlin (Buch), Seminar: MDC, Haus 31.2, Raum 0211; Praktikum: Haus 31.2, Raum 0248 (AG Daumke)
        
        

        Kommentar

        Methodenmodul: Grundlagen der Strukturbiochemie
        Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
        Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
        Zugangsvoraussetzungen: keine
        Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten lernen Verfahren für die Präparation von biologischen Makromolekülen und für die Strukturanalyse kennen. Sie eignen sich theoretische Grundlagen zu Verfahren der makromolekularen Strukturanalyse an. Die Studentinnen und Studenten können makromolekulare Eigenschaften, die für die Strukturanalyse eine Rolle spielen, beurteilen. Sie können Manuskripte, in denen makromolekulare Strukturen und Strukturanalysen beschrieben werden, kritisch erfassen und die Qualität von makromolekularen Strukturen beurteilen. Inhalte: Herstellung einer Probe eines biologischen Makromoleküls für die Strukturanalyse; Bioinformatische, biochemische oder biophysikalische Charakterisierung eines biologischen Makromoleküls; Durchführung eines oder mehrerer Verfahren zur Strukturanalyse; Strukturbeschreibung und graphische Darstellung von Strukturen; Präsentation strukturbiologischer Experimente und Ergebnisse.
        Inhalte des Praktikums:
        

        • In silico characterization of a target protein
        • Recombinant protein production and purification
        • Limited proteolysis
        • Biochemical and biophysical characterization of target protein (ITC, Thermofluor, CD spectroscopy)
        • Crystallization, crystal harvesting and cryo-protection
        • Derivatization of protein crystals
        • X-ray diffraction data collection at a synchrotron source
        • Data reduction
        • Structure determination (MAD, SIRAS and molecular replacement)
        • Interpretation of electron density maps and model building
        • Refinement and validation
        • Structure analysis and preparation of structure figures
        
        
        Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
        Dr. B. Loll: loll@chemie.fu-berlin.de
        
        Dr. M. Weiss: manfred.weiss@helmholtz-berlin.de
        
        Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de

    • Methods in Structural Biology and Biophysics (5 LP)

      0390bB1.2
      • 216202a Seminar
        Quantitative Fluoreszenzmikroskopie (Helge Ewers, Bas van Bommel)
        Zeit: Block seminar: 19.01. - 30.01.2026; 9:00 h (Erster Termin: 19.01.2026)
        Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
        

        Hinweise für Studierende

        Das Seminar ist Teilmodul des Methodenkurses "Quantitative Fluoreszenzmikroskopie" und findet parallel zum Praktikum statt. Das Seminar kann separat als theoretisches Teilmodul im Bereich Strukturbiochemie belegt werden.

        Kommentar

        Qualifikationsziele: Die Studierenden erhalten einen Überblick über die Möglichkeiten moderner Lichtmikroskopie und ein grundlegendes Verständnis, wie durch Probenpräparation und Imaging quantitative digitale Daten generiert werden können. Sie erhalten einen Einblick in die Grundlagen der computerbasierten Bilddatenanalyse und wie Parameter aus Bilddaten extrahiert werden können. Die Studierenden digitale Bildaten selbst analysieren und grundlegende Fehler in der Mikroskopie und der Bilddatenverarbeitung erkennen und vermeiden. Inhalte: - Grundlagen der Fluoreszenzmikroskopie - Grundlagen der digitalen Mikroskopie - Grundlagen der digitalen Bilddatenanalyse - Spezielle Methoden der Mikroskopie - Einzelmolekülmikroskopie - hochauflösende Mikroskopie - Förster-transfer - maschinelles Lernen in der Bilddatenanalyse Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Dr. Bas van Bommel: bas.van.bommel@fu-berlin.de

      • 216202b Laborpraktikum
        Quantitative Fluoreszenzmikroskopie (Helge Ewers, Bas van Bommel)
        Zeit: Block course: 19.01. - 30.01.2026; all-day (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
        Ort: Thielallee 63, Raum 106a (AG Ewers)
        

        Hinweise für Studierende

        Teilmodul des Methodenkurses "Quantitative Fluoreszenzmikroskopie". Das Seminar ist Bedingung zur Teilnahme am Praktikum.

        Kommentar

        Qualifikationsziele: Die Studierenden erstellen Proben für die Fluoreszenzmikroskopie und nehmen sie selbst am konfokalen Mikroskop und am Einzelmolekülmikroskop auf. Die Studierendend führen dann unterschiedliche Experimente durch, und werten die erhaltenen Bilddaten dann mittels ImageJ und anderer Software aus. Die Studierenden trainieren ein Deep-learning Modell and analysieren anschliessend damit die erhaltenen Bilddaten aus der hochauflösenden Mikroskopie. Die Studierenden erarbeiten die Möglichkeiten weiterer Mikroskopietechniken aus Literaturrecherche und stellen Techniken vor. Inhalte des Praktikums: • Lebendzellmikroskopie • Bildgebung und Punktspreizfunktion • Background, Noise, Extraktion von quantitativen Daten • Umgang mit Image J • Fluoreszence-Recovery after Photobleaching • Single molecule superresolution microscopy • Bilddatenanalyse mit Hilfe von Deep-Learning Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Dr. Bas van Bommel: bas.van.bommel@fu-berlin.de

      • 216302a Seminar
        Strukturuntersuchungen an supramolekularen Architekturen und Proteinen mit elektronenmikroskopischen Methoden (Kai Ludwig, Tarek Hilal)
        Zeit: Block course 09.02. – 20.02.26 (9:00 - 18:00 h);
        Ort: Fabeckstr. 36a, room 205 (Research Center of Electron Microscopy)
        

        Kommentar

        Die Blockveranstaltung wendet sich an Studierende mit Interesse an forschungsrelevanten Fragen der Strukturaufklärung an synthetischen supramolekularen Architekturen sowie biologischen Makromolekülen und führt insbesondere in die Transmissions-Elektronenmikroskopie (TEM) im Kryobetrieb ein. Im ersten Teil werden Fragen der Präparation, insbesondere der Kryofixierung, Grundlagen zu Aufbau und Funktion der Geräte, zur Bildgebung und -auswertung, zu Prinzipien der digitalen Bildverarbeitung sowie zur Handhabung von Transmissions-Elektronenmikroskopen theoretisch und praktisch behandelt. Der zweite Teil umfasst theoretische und praktische Aspekte der modernen Strukturaufklärung mittels Einzelpartikelanalyse und ermöglicht es den Studierenden die Entstehung einer hochaufgelösten 3D-Rekonstruktion einer Proteinstruktur nachzuvollziehen.
        
        Dr. Kai Ludwig: kai.ludwig@fzem.fu-berlin.de
        Dr. Tarek Hilal: tarek.hilal@fzem.fu-berlin.de

      • 216302b Laborpraktikum
        Strukturuntersuchungen an supramolekularen Architekturen und Proteinen mit elektronenmikroskopischen Methoden (Kai Ludwig, Tarek Hilal)
        Zeit: Block course 09.02. – 20.02.26 (9:00 - 18:00 h); (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
        Ort: Fabeckstr. 36a, room 205 (Research Center of Electron Microscopy)
        

        Kommentar

        Die Blockveranstaltung wendet sich an Studierende mit Interesse an forschungsrelevanten Fragen der Strukturaufklärung an synthetischen supramolekularen Architekturen sowie biologischen Makromolekülen und führt insbesondere in die Transmissions-Elektronenmikroskopie (TEM) im Kryobetrieb ein. Im ersten Teil werden Fragen der Präparation, insbesondere der Kryofixierung, Grundlagen zu Aufbau und Funktion der Geräte, zur Bildgebung und -auswertung, zu Prinzipien der digitalen Bildverarbeitung sowie zur Handhabung von Transmissions-Elektronenmikroskopen theoretisch und praktisch behandelt. Der zweite Teil umfasst theoretische und praktische Aspekte der modernen Strukturaufklärung mittels Einzelpartikelanalyse und ermöglicht es den Studierenden die Entstehung einer hochaufgelösten 3D-Rekonstruktion einer Proteinstruktur nachzuvollziehen.
        
        Dr. Kai Ludwig: kai.ludwig@fzem.fu-berlin.de
        Dr. Tarek Hilal: tarek.hilal@fzem.fu-berlin.de

      • 216404a Seminar
        Seminar zur Bioanalytischen Massenspektrometrie / Proteomanalyse (Benno Kuropka)
        Zeit: block course: 17.11.- 28.11.2025; 9:00 - 10:30 h
        Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
        

        Kommentar

        
        • Grundlagen der Proteomanalyse
        • Aufbau und Funktionsweise eines Massenspektrometers
        • Probenvorbereitung und chromatographische Peptidtrennung
        • Ionisierungsmethoden (ESI und MALDI)
        • Protein-Identifizierung mittels MALDI-Peptidmassenfingerprint
        • Methoden der Proteinanalytik (top-down, bottom-up, targeted)
        • Fragmentierungsmethoden und Interpretation von MS/MS-Spektren zur Sequenzermittlung
        • Methoden der quantitativen Proteomanalyse mittels verschiedener Markierungsverfahren
        • Ermittlung von Protein-Interaktionen mittels affinity-purification MS
        • Analyse nicht-kovalenter Proteininteraktionen mittels nativer MS
        • Gast Seminare zu verschiedenen Themen wie z.B. MALDI Imaging, Crosslinking-MS, Kohlenhydrat-Analyse, Metabolomics
        
        

        Dr. Benno Kuropka: kuropka@zedat.fu-berlin.de

      • 216404b Laborpraktikum
        Bioanalytische Massenspektrometrie / Proteomanalyse (Benno Kuropka)
        Zeit: block course 17.11. - 28.11.2025; 10:30h -17:00 h (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
        Ort: Thielallee 63, Raum 316 (Labor)
        

        Hinweise für Studierende

        Kommentar

        • Protein-Identifizierung mittels MALDI-Peptidmassenfingerprint (PMF) nach enzymatischer in-Gel Spaltung.
        • Massenbestimmung intakter Proteine mittels MALDI-MS und Sequenzierung mittels in source decay (ISD).
        • Durchführung einer quantitativen Proteom-Analyse mittels LC-ESI-MS.
        • Hochauflösende Messung intakter Proteine unter denaturierenden und nativen Bedingungen (Orbitrap ESI-MS).

         

        Dr. Benno Kuropka: kuropka@zedat.fu-berlin.de

      • 216406b Laborpraktikum
        Gene Editing mit CRISPR/Cas9 für Zellbiologie (Francesca Bottanelli)
        Zeit: block course 02.02. - 13.02.26; 09:00 h, all day (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
        Ort: Thielallee 63, Rauminformation über Blackboard (AG Bottanelli)
        

        Kommentar

        Content:
        The students will learn:
        • How to use bio-informatic tools for CRISPR/Cas9 technology
        • How to clone all the required plasmids for the insertion of tags into the genomic locus of genes of interest
        • How to culture and transfect human cell culture models
        
        Prof. Bottanelli: Francesca.bottanelli@fu-berlin.de

      • 216601b Laborpraktikum
        Zellbiologisches Praktikum, Signaltransduktion (Petra Knaus)
        Zeit: block course: 09.03. - 20.03.26, with seminars; (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
        Ort: Thielallee 63, Raum 001 and 004/005 (Labore)
        

        Kommentar

        Methodenmodul: Signaltransduktion
        Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
        Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
        Zugangsvoraussetzungen: keine
        Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten verfügen über grundlegende theoretische Kenntnisse und praktisch-methodische Fähigkeiten zu Forschungen zur Signaltransduktion. Nach Abschluss des Moduls verstehen sie themenbezogene Fragestellungen und sind in der Lage, diese zu formulieren, experimentell zu bearbeiten sowie Ergebnisse zu diskutieren und in publikationsgemäßer Form zusammenzufassen; sie sind fähig, entsprechende Fachliteratur kritisch zu interpretieren.
        Inhalte: Experimente zur Signaltransduktion; aktuelle Methoden zur Signaltransduktionsforschung auf DNA-, mRNA-, Protein- und Zellebene, Immunocytochemie, Enzymaktivitätsassays, Durchlichtmikroskopie)
        Practical content:
        

        • Studying BMP/TGFß- induced signal transduction on multiple levels of the signaling cascade
        • Use of biochemical assays which allow to analyze BMP/TGFß signal transduction in a quantitative manner (qRT-PCR, quantitative Western-Blotting)
        • Use of biochemical assays which allow for analysis of BMP/TGFß signal transduction in a kinetic manner. Ligand stimulation, transcription factor translocation events, use of Luciferase-based reporter gene assay, activation of BMP-SMAD target genes
        • Use of biochemical assays which allow to analyze BMP/TGFß signal transduction with spatial resolution, subcellular localization of transcription factors using fluorescence microscopy
        • Using tools/strategies to artificially manipulate signal transduction (small molecule inhibitors targeting receptor-kinase activity, overexpression of tagged proteins of the BMP signal transduction cascade by transient-transfection methodology of overexpression plasmids.
        • Extensive discussion on experimental design, drawbacks and pitfalls when designing an experiment to investigate signal transduction.
        • Extensive discussions on appropriate controls to be implemented into the experimental design.
        • Summary of the experimental results by simulating how to write a primary research paper.
        
        
        Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
        

      • 216602a Seminar
        Molekulare Immunologie (Christian Freund, Jana Sticht)
        Zeit: block course: 03.11.-14.11.25 (Erster Termin: 03.11.2025)
        Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
        

        Hinweise für Studierende

        Die Seminare sind auf 4 Studierende zusätzlich zu den 6 Teilnehmenden des Praktikums 216602b limitiert. Anmeldung per Mail bis zum 15. Oktober 2025 an: chfreund@zedat.fu-berlin.de
        UND sticht@zedat.fu-berlin.de
        

        Kommentar

        Inhalt/Content:
        

        - Introduction to Immunology: Innate and adaptive immune responses

        - The adaptive immune system: B and T cells

        - The adaptive immune system: antigen presentation by MHC molecules

        - Investigating MHC-peptide complexes by NMR spectroscopy

        - Immunopeptidomics (Mass spectrometry analysis of peptide presentation)

        - PyMol to visualize and analyze protein structures
        
        Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
        Dr. J. Sticht: sticht@zedat.fu-berlin.de

      • 216602b Laborpraktikum
        Molekulare Immunologie (Christian Freund, Jana Sticht)
        Zeit: block course: 03.11.-14.11.25 (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
        Ort: Thielallee 63, Raum 016/018 und 025/027 (AG Freund)
        

        Kommentar

        Content:
        

        - MHC-peptide exchange experiments
        - Measuring the stability of MHC-peptide complexes
        - NMR of MHC-peptide complexes
        - Visualization of mutations and mapped epitopes in PyMol
        - Immunopeptidomics I - Affinity purification
        - Immunopeptidomics II - MS analysis and epitope prediction for T cell antigens
        
        Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
        Dr. J. Sticht: sticht@zedat.fu-berlin.de

      • 216613a Seminar
        Molekulare Pharmakologie und zelluläre Signaltransduktion (Ralf Schülein, Volker Haucke)
        Zeit: block seminar and practical course S/P: 16.03. - 27.03.26, 9:00 - 17:00 h; Seminar Di - Fr 9:00 - 10:30 h
        Ort: Leibniz-Forschungsinstitut für Molekulare Pharmakologie (FMP) , Robert-Rössle-Str. 10, 13125 Berlin Buch
        

        Hinweise für Studierende

        Seminar in den 2 Wochen Praktikum integriert.

        Kommentar

        Das Seminar wird von Wissenschaftlern aus dem gesamten Berliner Raum gestaltet (Leibniz-Institut für Molekulare Pharmakologie, Charité, Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin) und findet täglich jeweils vor den Praktikumseinheiten statt. Die Studenten tragen hierzu mit themenspezifischen Kurzreferaten bei. Die Inhalte der einzelnen Seminare sind aktuelle Forschungsthemen der Seminarsprecher (Walter Birchmeier, Christian Hackenberger, Volker Haucke, Thomas Jentsch, Gunnar Kleinau, Jens-Peter von Kries, Gary Lewin, Andrew Plested).
        
        Exemplary seminar content:
        

        • Mechanoreception
        • Epigenetic mechanisms downstream of Wnt/beta-catenin in carcinomas and cancer stem cells
        • CIC chloride channels and transporters: insights from knockout mice and inherited diseases
        • G protein-coupled receptors and effector systems
        • Identification of novel drugs using high throughput screening
        • Ligand-gated ion channels
        • Neurotransmitter release and vesicle recycling
        • Protein conjugates
        
        
        Prof. Dr. R. Schülein: schuelein@fmp-berlin.de

      • 216613b Laborpraktikum
        Molekulare Pharmakologie und zelluläre Signaltransduktion (Ralf Schülein, Volker Haucke)
        Zeit: block seminar and practical course S/P: 16.03. - 27.03.26, 9:00 - 17:00 h; Seminar Di - Fr 9:00 - 10:30 h (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. Please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
        Ort: Leibniz-Forschungsinstitut für Molekulare Pharmakologie (FMP) , Robert-Rössle-Str. 10, 13125 Berlin Buch
        

        Hinweise für Studierende

        Praktikum mit integriertem Seminar.

        Kommentar

        Für das Praktikum wird die Teilnahme am entsprechenden Seminar vorausgesetzt. Ziel des zweiwöchigen Praktikums ist die Vermittlung von Methoden, die das gesamte Spektrum der modernen molekularen Pharmakologie abdecken. Neben der Etablierung computergestützter Strukturmodelle für Rezeptoren werden biochemische und molekularbiologische Methoden vorgestellt. Ferner soll ein Einblick in die Methodik eines Tierversuchs in der Pharmakologie gegeben werden (Mitarbeit freigestellt).
        Practical content:
        

        • TIRF microscopy
        • Molecular modelling
        • Signaling by inositol pyrophosphates
        • Mass spectrometry and proteomics
        • Transgenic animals
        • Proteostasis in C. elegans
        • Voltage clamp
        • NMR spectroscopy
        
        
        Prof. Dr. R. Schülein: schuelein@fmp-berlin.de

        • Methods in Molecular Biology, Structural Biology and Biophysics (10 LP)

          0390bB1.3
          • 216201a Seminar
            Strukturaufklärung von Biomolekülen durch Röntgenkristallographie (Markus Wahl; Berhard Loll)
            Zeit: 17.11. - 28.11.25 Mo, Mi, Fr - 9-:00 - 11:00 Uhr and concluding seminar on 12.12.25
            Ort: Takustr. 6, room 323 (Wahl group)
            

            Hinweise für Studierende

            Teilmodul des Methodenkurses "Grundlagen der Strukturbiochemie" sowie separat belegbares theoretisches Teilmodul im Bereich Strukturbiochemie

            Kommentar

            Methodenmodul: Grundlagen der Strukturbiochemie
            Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
            Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
            Zugangsvoraussetzungen: keine
            
            Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten lernen Verfahren für die Präparation von biologischen Makromolekülen und für die Strukturanalyse kennen. Sie eignen sich theoretische Grundlagen zu Verfahren der makromolekularen Strukturanalyse an. Die Studentinnen und Studenten können makromolekulare Eigenschaften, die für die Strukturanalyse eine Rolle spielen, beurteilen. Sie können Manuskripte, in denen makromolekulare Strukturen und Strukturanalysen beschrieben werden, kritisch erfassen und die Qualität von makromolekularen Strukturen beurteilen. Inhalte: Herstellung einer Probe eines biologischen Makromoleküls für die Strukturanalyse; Bioinformatische, biochemische oder biophysikalische Charakterisierung eines biologischen Makromoleküls; Durchführung eines oder mehrerer Verfahren zur Strukturanalyse; Strukturbeschreibung und graphische Darstellung von Strukturen; Präsentation strukturbiologischer Experimente und Ergebnisse.
            Inhalt des Seminars:
            

            • Protein production and characterization
            • Protein crystallization and protein crystals
            • Crystallographic symmetry
            • X-ray diffraction theory
            • The phase problem and phasing strategies
            • Electron density, model building, refinement, validation
            
            
            Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
            Dr. B. Loll: loll@chemie.fu-berlin.de

          • 216201b Seminar
            Spezielle Aspekte der Röntgenstrukturanalyse (Oliver Daumke, Bernhard Loll, Gert Weber, Manfred Weiss)
            Zeit: see additional information 01.12. - 05.12.25 and 08.12. - 11.12.25, Mo, Mi, Fr - 9:00 - 11:00 Uhr and concluding seminar on 12.12.25
            Ort: see additional information
            

            Hinweise für Studierende

            Teilmodul des Methodenkurses "Grundlagen der Strukturbiochemie"

            Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

            In der Zeit vom 01.12. - 05.12.25 am HZB/BESSSY und vom 08.12. - 11.12.25 am MDC sowie Abschlussseminar am 12.12.25, Takustr. 6 Raum 323 (AG Wahl)
            
            Genaue Termine und Orte (HZB/BESSSY und MDC) auf Anfrage (wird von jeder der beteiligten Gruppen individuell organisiert und richtet sich flexibel nach dem Verlauf der Versuche).
            
            

            Kommentar

            Methodenmodul: Grundlagen der Strukturbiochemie
            Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
            Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
            Zugangsvoraussetzungen: keine
            Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten lernen Verfahren für die Präparation von biologischen Makromolekülen und für die Strukturanalyse kennen. Sie eignen sich theoretische Grundlagen zu Verfahren der makromolekularen Strukturanalyse an. Die Studentinnen und Studenten können makromolekulare Eigenschaften, die für die Strukturanalyse eine Rolle spielen, beurteilen. Sie können Manuskripte, in denen makromolekulare Strukturen und Strukturanalysen beschrieben werden, kritisch erfassen und die Qualität von makromolekularen Strukturen beurteilen. Inhalte: Herstellung einer Probe eines biologischen Makromoleküls für die Strukturanalyse; Bioinformatische, biochemische oder biophysikalische Charakterisierung eines biologischen Makromoleküls; Durchführung eines oder mehrerer Verfahren zur Strukturanalyse; Strukturbeschreibung und graphische Darstellung von Strukturen; Präsentation strukturbiologischer Experimente und Ergebnisse.
            Inhalt des Seminars:
            

            • Synchrotron radiation
            • Linux and vi
            • Data collection strategies
            • Data processing using XDS and XDSAPP
            • Data quality indicators
            • Structure solution
            • Refinement
            • Electron density
            • Model building
            • Structure validation
            
            
            Dr. M. Weiss: manfred.weiss@helmholtz-berlin.de
            Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de
            Dr. B. Loll: Loll@chemie.fu-berlin.de

          • 216201c Laborpraktikum
            Strukturaufklärung von Biomolekülen durch Röntgenkristallographie (Oliver Daumke, Bernhard Loll, Markus Wahl, Gert Weber, Manfred Weiss)
            Zeit: see additional information 17.11. - 28.11.2025 and 01.12. - 05.12.2025 and 08.12 - 11.12.2025 (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
            Ort: see additional information
            

            Hinweise für Studierende

            Teilmodul des Methodenkurses "Grundlagen der Strukturbiochemie"

            Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

            Weitere Angaben zum Praktikum:
            
            Teil 1: Wahl, Loll
            Termin: 17.11. - 28.11.2025
            Ort: Takustr. 6, 3. OG, AG Wahl Laborräume
            
            Teil 2: Weiss , Weber
            Wichtiger Hinweis: Schwangeren und stillenden Frauen ist aufgrund der Strahlenschutzbestimmungen das Arbeiten am Speicherring (Teil 2) untersagt.
            Termin: 01.12. - 05.12.2025, Treffpunkt um 10:00 Uhr beim Pförtner
            Ort: c/o Macromolecular Crystallography, Elektronenspeicherring BESSY II, Albert-Einstein-Str. 15, 12489 Berlin, Adlershof
            
            Teil 3: Daumke
            Termin: 08.12. - 11.11.2025
            Ort: MDC für Molekulare Medizin, Robert-Rössle-Str. 10. 13125 Berlin (Buch), Seminar: MDC, Haus 31.2, Raum 0211; Praktikum: Haus 31.2, Raum 0248 (AG Daumke)
            
            

            Kommentar

            Methodenmodul: Grundlagen der Strukturbiochemie
            Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
            Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
            Zugangsvoraussetzungen: keine
            Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten lernen Verfahren für die Präparation von biologischen Makromolekülen und für die Strukturanalyse kennen. Sie eignen sich theoretische Grundlagen zu Verfahren der makromolekularen Strukturanalyse an. Die Studentinnen und Studenten können makromolekulare Eigenschaften, die für die Strukturanalyse eine Rolle spielen, beurteilen. Sie können Manuskripte, in denen makromolekulare Strukturen und Strukturanalysen beschrieben werden, kritisch erfassen und die Qualität von makromolekularen Strukturen beurteilen. Inhalte: Herstellung einer Probe eines biologischen Makromoleküls für die Strukturanalyse; Bioinformatische, biochemische oder biophysikalische Charakterisierung eines biologischen Makromoleküls; Durchführung eines oder mehrerer Verfahren zur Strukturanalyse; Strukturbeschreibung und graphische Darstellung von Strukturen; Präsentation strukturbiologischer Experimente und Ergebnisse.
            Inhalte des Praktikums:
            

            • In silico characterization of a target protein
            • Recombinant protein production and purification
            • Limited proteolysis
            • Biochemical and biophysical characterization of target protein (ITC, Thermofluor, CD spectroscopy)
            • Crystallization, crystal harvesting and cryo-protection
            • Derivatization of protein crystals
            • X-ray diffraction data collection at a synchrotron source
            • Data reduction
            • Structure determination (MAD, SIRAS and molecular replacement)
            • Interpretation of electron density maps and model building
            • Refinement and validation
            • Structure analysis and preparation of structure figures
            
            
            Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
            Dr. B. Loll: loll@chemie.fu-berlin.de
            
            Dr. M. Weiss: manfred.weiss@helmholtz-berlin.de
            
            Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de

        • Methods in Molecular Genetics (5 LP)

          0390bB1.4
          • 216406a Seminar
            Gene Editing mit CRISPR/Cas9 für Zellbiologie (Francesca Bottanelli)
            Zeit: block course 02.02. - 13.02.26; 09:00-10:00 h The exact schedule will be announced during the seminar.
            Ort: Thielallee 63, Raum 321 (AG Bottanelli)
            

            Hinweise für Studierende

            Das Seminar ist auf 10 Studierende limitiert. Anmeldungen per Mail bis zum 19.12.2025 an: bottanelli@zedat.fu-berlin.de

            Kommentar

            Content:
            The students will learn:
            • How to use bio-informatic tools for CRISPR/Cas9 technology
            • How to clone all the required plasmids for the insertion of tags into the genomic locus of genes of interest
            • How to culture and transfect human cell culture models
            
            Prof. Bottanelli: Francesca.bottanelli@fu-berlin.de

          • 216406b Laborpraktikum
            Gene Editing mit CRISPR/Cas9 für Zellbiologie (Francesca Bottanelli)
            Zeit: block course 02.02. - 13.02.26; 09:00 h, all day (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
            Ort: Thielallee 63, Rauminformation über Blackboard (AG Bottanelli)
            

            Kommentar

            Content:
            The students will learn:
            • How to use bio-informatic tools for CRISPR/Cas9 technology
            • How to clone all the required plasmids for the insertion of tags into the genomic locus of genes of interest
            • How to culture and transfect human cell culture models
            
            Prof. Bottanelli: Francesca.bottanelli@fu-berlin.de

          • 216601a Seminar
            Seminar zum Zellbiologischen Praktikum, Signaltransduktion (Petra Knaus)
            Zeit: Seminar: 09.03. - 20.03.26 , 1st week: Mo. 9:00-11:00 am, Tue.-Thu. 10:00 - 11:30 am 2nd week: Thu. 9:00 am - 06:00 pm, Fri. 9:00 am - 01:00 pm
            Ort: Thielallee 63, room 221 (Knaus group) and Onlinelehre – zeitABhängig.
            

            Hinweise für Studierende

            Achtung: Änderungen im Zeitplan sind möglich; nach Eintragung in den Kurs werden diese per Mail mitgeteilt

            Kommentar

            Methodenmodul: Signaltransduktion
            Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
            Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
            Zugangsvoraussetzungen: keine
            Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten verfügen über grundlegende theoretische Kenntnisse und praktisch-methodische Fähigkeiten zu Forschungen zur Signaltransduktion. Nach Abschluss des Moduls verstehen sie themenbezogene Fragestellungen und sind in der Lage, diese zu formulieren, experimentell zu bearbeiten sowie Ergebnisse zu diskutieren und in publikationsgemäßer Form zusammenzufassen; sie sind fähig, entsprechende Fachliteratur kritisch zu interpretieren.
            Inhalte: Experimente zur Signaltransduktion; aktuelle Methoden zur Signaltransduktionsforschung auf DNA-, mRNA-, Protein- und Zellebene, Immunocytochemie, Enzymaktivitätsassays, Durchlichtmikroskopie)
            Seminar content:
            

            • The current view on BMP and TGFß signal transduction beyond the fundamental knowledge (intracellular and extracellular modulators, the importance of intensity and kinetics as well as subcellular localization of effector proteins, crosstalk mechanisms between related pathways).
            • Step-by-Step experimental outline and rational to address each individual step of signal transduction starting with ligand binding to the receptors, receptor activation and intracellular activation and shuttling of SMAD transcription factors binding to the DNA upon nuclear import.
            • How to investigate the different steps of signal transduction by complementary methods.
            • Paper discussion (presented by the students) focusing on recent papers that have been influential in the current view on BMP and TGFß signal transduction.
            • Intense practical and theoretical supervision due to the limited number of participants.
            
            
            Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
            

          • 216601b Laborpraktikum
            Zellbiologisches Praktikum, Signaltransduktion (Petra Knaus)
            Zeit: block course: 09.03. - 20.03.26, with seminars; (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
            Ort: Thielallee 63, Raum 001 and 004/005 (Labore)
            

            Kommentar

            Methodenmodul: Signaltransduktion
            Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
            Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
            Zugangsvoraussetzungen: keine
            Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten verfügen über grundlegende theoretische Kenntnisse und praktisch-methodische Fähigkeiten zu Forschungen zur Signaltransduktion. Nach Abschluss des Moduls verstehen sie themenbezogene Fragestellungen und sind in der Lage, diese zu formulieren, experimentell zu bearbeiten sowie Ergebnisse zu diskutieren und in publikationsgemäßer Form zusammenzufassen; sie sind fähig, entsprechende Fachliteratur kritisch zu interpretieren.
            Inhalte: Experimente zur Signaltransduktion; aktuelle Methoden zur Signaltransduktionsforschung auf DNA-, mRNA-, Protein- und Zellebene, Immunocytochemie, Enzymaktivitätsassays, Durchlichtmikroskopie)
            Practical content:
            

            • Studying BMP/TGFß- induced signal transduction on multiple levels of the signaling cascade
            • Use of biochemical assays which allow to analyze BMP/TGFß signal transduction in a quantitative manner (qRT-PCR, quantitative Western-Blotting)
            • Use of biochemical assays which allow for analysis of BMP/TGFß signal transduction in a kinetic manner. Ligand stimulation, transcription factor translocation events, use of Luciferase-based reporter gene assay, activation of BMP-SMAD target genes
            • Use of biochemical assays which allow to analyze BMP/TGFß signal transduction with spatial resolution, subcellular localization of transcription factors using fluorescence microscopy
            • Using tools/strategies to artificially manipulate signal transduction (small molecule inhibitors targeting receptor-kinase activity, overexpression of tagged proteins of the BMP signal transduction cascade by transient-transfection methodology of overexpression plasmids.
            • Extensive discussion on experimental design, drawbacks and pitfalls when designing an experiment to investigate signal transduction.
            • Extensive discussions on appropriate controls to be implemented into the experimental design.
            • Summary of the experimental results by simulating how to write a primary research paper.
            
            
            Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
            

        • Methods in Cell Biology (5 LP)

          0390bB1.5
          • 216202a Seminar
            Quantitative Fluoreszenzmikroskopie (Helge Ewers, Bas van Bommel)
            Zeit: Block seminar: 19.01. - 30.01.2026; 9:00 h (Erster Termin: 19.01.2026)
            Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
            

            Hinweise für Studierende

            Das Seminar ist Teilmodul des Methodenkurses "Quantitative Fluoreszenzmikroskopie" und findet parallel zum Praktikum statt. Das Seminar kann separat als theoretisches Teilmodul im Bereich Strukturbiochemie belegt werden.

            Kommentar

            Qualifikationsziele: Die Studierenden erhalten einen Überblick über die Möglichkeiten moderner Lichtmikroskopie und ein grundlegendes Verständnis, wie durch Probenpräparation und Imaging quantitative digitale Daten generiert werden können. Sie erhalten einen Einblick in die Grundlagen der computerbasierten Bilddatenanalyse und wie Parameter aus Bilddaten extrahiert werden können. Die Studierenden digitale Bildaten selbst analysieren und grundlegende Fehler in der Mikroskopie und der Bilddatenverarbeitung erkennen und vermeiden. Inhalte: - Grundlagen der Fluoreszenzmikroskopie - Grundlagen der digitalen Mikroskopie - Grundlagen der digitalen Bilddatenanalyse - Spezielle Methoden der Mikroskopie - Einzelmolekülmikroskopie - hochauflösende Mikroskopie - Förster-transfer - maschinelles Lernen in der Bilddatenanalyse Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Dr. Bas van Bommel: bas.van.bommel@fu-berlin.de

          • 216202b Laborpraktikum
            Quantitative Fluoreszenzmikroskopie (Helge Ewers, Bas van Bommel)
            Zeit: Block course: 19.01. - 30.01.2026; all-day (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
            Ort: Thielallee 63, Raum 106a (AG Ewers)
            

            Hinweise für Studierende

            Teilmodul des Methodenkurses "Quantitative Fluoreszenzmikroskopie". Das Seminar ist Bedingung zur Teilnahme am Praktikum.

            Kommentar

            Qualifikationsziele: Die Studierenden erstellen Proben für die Fluoreszenzmikroskopie und nehmen sie selbst am konfokalen Mikroskop und am Einzelmolekülmikroskop auf. Die Studierendend führen dann unterschiedliche Experimente durch, und werten die erhaltenen Bilddaten dann mittels ImageJ und anderer Software aus. Die Studierenden trainieren ein Deep-learning Modell and analysieren anschliessend damit die erhaltenen Bilddaten aus der hochauflösenden Mikroskopie. Die Studierenden erarbeiten die Möglichkeiten weiterer Mikroskopietechniken aus Literaturrecherche und stellen Techniken vor. Inhalte des Praktikums: • Lebendzellmikroskopie • Bildgebung und Punktspreizfunktion • Background, Noise, Extraktion von quantitativen Daten • Umgang mit Image J • Fluoreszence-Recovery after Photobleaching • Single molecule superresolution microscopy • Bilddatenanalyse mit Hilfe von Deep-Learning Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Dr. Bas van Bommel: bas.van.bommel@fu-berlin.de

          • 216406a Seminar
            Gene Editing mit CRISPR/Cas9 für Zellbiologie (Francesca Bottanelli)
            Zeit: block course 02.02. - 13.02.26; 09:00-10:00 h The exact schedule will be announced during the seminar.
            Ort: Thielallee 63, Raum 321 (AG Bottanelli)
            

            Hinweise für Studierende

            Das Seminar ist auf 10 Studierende limitiert. Anmeldungen per Mail bis zum 19.12.2025 an: bottanelli@zedat.fu-berlin.de

            Kommentar

            Content:
            The students will learn:
            • How to use bio-informatic tools for CRISPR/Cas9 technology
            • How to clone all the required plasmids for the insertion of tags into the genomic locus of genes of interest
            • How to culture and transfect human cell culture models
            
            Prof. Bottanelli: Francesca.bottanelli@fu-berlin.de

          • 216406b Laborpraktikum
            Gene Editing mit CRISPR/Cas9 für Zellbiologie (Francesca Bottanelli)
            Zeit: block course 02.02. - 13.02.26; 09:00 h, all day (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
            Ort: Thielallee 63, Rauminformation über Blackboard (AG Bottanelli)
            

            Kommentar

            Content:
            The students will learn:
            • How to use bio-informatic tools for CRISPR/Cas9 technology
            • How to clone all the required plasmids for the insertion of tags into the genomic locus of genes of interest
            • How to culture and transfect human cell culture models
            
            Prof. Bottanelli: Francesca.bottanelli@fu-berlin.de

          • 216601a Seminar
            Seminar zum Zellbiologischen Praktikum, Signaltransduktion (Petra Knaus)
            Zeit: Seminar: 09.03. - 20.03.26 , 1st week: Mo. 9:00-11:00 am, Tue.-Thu. 10:00 - 11:30 am 2nd week: Thu. 9:00 am - 06:00 pm, Fri. 9:00 am - 01:00 pm
            Ort: Thielallee 63, room 221 (Knaus group) and Onlinelehre – zeitABhängig.
            

            Hinweise für Studierende

            Achtung: Änderungen im Zeitplan sind möglich; nach Eintragung in den Kurs werden diese per Mail mitgeteilt

            Kommentar

            Methodenmodul: Signaltransduktion
            Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
            Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
            Zugangsvoraussetzungen: keine
            Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten verfügen über grundlegende theoretische Kenntnisse und praktisch-methodische Fähigkeiten zu Forschungen zur Signaltransduktion. Nach Abschluss des Moduls verstehen sie themenbezogene Fragestellungen und sind in der Lage, diese zu formulieren, experimentell zu bearbeiten sowie Ergebnisse zu diskutieren und in publikationsgemäßer Form zusammenzufassen; sie sind fähig, entsprechende Fachliteratur kritisch zu interpretieren.
            Inhalte: Experimente zur Signaltransduktion; aktuelle Methoden zur Signaltransduktionsforschung auf DNA-, mRNA-, Protein- und Zellebene, Immunocytochemie, Enzymaktivitätsassays, Durchlichtmikroskopie)
            Seminar content:
            

            • The current view on BMP and TGFß signal transduction beyond the fundamental knowledge (intracellular and extracellular modulators, the importance of intensity and kinetics as well as subcellular localization of effector proteins, crosstalk mechanisms between related pathways).
            • Step-by-Step experimental outline and rational to address each individual step of signal transduction starting with ligand binding to the receptors, receptor activation and intracellular activation and shuttling of SMAD transcription factors binding to the DNA upon nuclear import.
            • How to investigate the different steps of signal transduction by complementary methods.
            • Paper discussion (presented by the students) focusing on recent papers that have been influential in the current view on BMP and TGFß signal transduction.
            • Intense practical and theoretical supervision due to the limited number of participants.
            
            
            Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
            

          • 216601b Laborpraktikum
            Zellbiologisches Praktikum, Signaltransduktion (Petra Knaus)
            Zeit: block course: 09.03. - 20.03.26, with seminars; (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
            Ort: Thielallee 63, Raum 001 and 004/005 (Labore)
            

            Kommentar

            Methodenmodul: Signaltransduktion
            Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
            Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
            Zugangsvoraussetzungen: keine
            Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten verfügen über grundlegende theoretische Kenntnisse und praktisch-methodische Fähigkeiten zu Forschungen zur Signaltransduktion. Nach Abschluss des Moduls verstehen sie themenbezogene Fragestellungen und sind in der Lage, diese zu formulieren, experimentell zu bearbeiten sowie Ergebnisse zu diskutieren und in publikationsgemäßer Form zusammenzufassen; sie sind fähig, entsprechende Fachliteratur kritisch zu interpretieren.
            Inhalte: Experimente zur Signaltransduktion; aktuelle Methoden zur Signaltransduktionsforschung auf DNA-, mRNA-, Protein- und Zellebene, Immunocytochemie, Enzymaktivitätsassays, Durchlichtmikroskopie)
            Practical content:
            

            • Studying BMP/TGFß- induced signal transduction on multiple levels of the signaling cascade
            • Use of biochemical assays which allow to analyze BMP/TGFß signal transduction in a quantitative manner (qRT-PCR, quantitative Western-Blotting)
            • Use of biochemical assays which allow for analysis of BMP/TGFß signal transduction in a kinetic manner. Ligand stimulation, transcription factor translocation events, use of Luciferase-based reporter gene assay, activation of BMP-SMAD target genes
            • Use of biochemical assays which allow to analyze BMP/TGFß signal transduction with spatial resolution, subcellular localization of transcription factors using fluorescence microscopy
            • Using tools/strategies to artificially manipulate signal transduction (small molecule inhibitors targeting receptor-kinase activity, overexpression of tagged proteins of the BMP signal transduction cascade by transient-transfection methodology of overexpression plasmids.
            • Extensive discussion on experimental design, drawbacks and pitfalls when designing an experiment to investigate signal transduction.
            • Extensive discussions on appropriate controls to be implemented into the experimental design.
            • Summary of the experimental results by simulating how to write a primary research paper.
            
            
            Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
            

          • 216613a Seminar
            Molekulare Pharmakologie und zelluläre Signaltransduktion (Ralf Schülein, Volker Haucke)
            Zeit: block seminar and practical course S/P: 16.03. - 27.03.26, 9:00 - 17:00 h; Seminar Di - Fr 9:00 - 10:30 h
            Ort: Leibniz-Forschungsinstitut für Molekulare Pharmakologie (FMP) , Robert-Rössle-Str. 10, 13125 Berlin Buch
            

            Hinweise für Studierende

            Seminar in den 2 Wochen Praktikum integriert.

            Kommentar

            Das Seminar wird von Wissenschaftlern aus dem gesamten Berliner Raum gestaltet (Leibniz-Institut für Molekulare Pharmakologie, Charité, Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin) und findet täglich jeweils vor den Praktikumseinheiten statt. Die Studenten tragen hierzu mit themenspezifischen Kurzreferaten bei. Die Inhalte der einzelnen Seminare sind aktuelle Forschungsthemen der Seminarsprecher (Walter Birchmeier, Christian Hackenberger, Volker Haucke, Thomas Jentsch, Gunnar Kleinau, Jens-Peter von Kries, Gary Lewin, Andrew Plested).
            
            Exemplary seminar content:
            

            • Mechanoreception
            • Epigenetic mechanisms downstream of Wnt/beta-catenin in carcinomas and cancer stem cells
            • CIC chloride channels and transporters: insights from knockout mice and inherited diseases
            • G protein-coupled receptors and effector systems
            • Identification of novel drugs using high throughput screening
            • Ligand-gated ion channels
            • Neurotransmitter release and vesicle recycling
            • Protein conjugates
            
            
            Prof. Dr. R. Schülein: schuelein@fmp-berlin.de

          • 216613b Laborpraktikum
            Molekulare Pharmakologie und zelluläre Signaltransduktion (Ralf Schülein, Volker Haucke)
            Zeit: block seminar and practical course S/P: 16.03. - 27.03.26, 9:00 - 17:00 h; Seminar Di - Fr 9:00 - 10:30 h (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. Please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
            Ort: Leibniz-Forschungsinstitut für Molekulare Pharmakologie (FMP) , Robert-Rössle-Str. 10, 13125 Berlin Buch
            

            Hinweise für Studierende

            Praktikum mit integriertem Seminar.

            Kommentar

            Für das Praktikum wird die Teilnahme am entsprechenden Seminar vorausgesetzt. Ziel des zweiwöchigen Praktikums ist die Vermittlung von Methoden, die das gesamte Spektrum der modernen molekularen Pharmakologie abdecken. Neben der Etablierung computergestützter Strukturmodelle für Rezeptoren werden biochemische und molekularbiologische Methoden vorgestellt. Ferner soll ein Einblick in die Methodik eines Tierversuchs in der Pharmakologie gegeben werden (Mitarbeit freigestellt).
            Practical content:
            

            • TIRF microscopy
            • Molecular modelling
            • Signaling by inositol pyrophosphates
            • Mass spectrometry and proteomics
            • Transgenic animals
            • Proteostasis in C. elegans
            • Voltage clamp
            • NMR spectroscopy
            
            
            Prof. Dr. R. Schülein: schuelein@fmp-berlin.de

            • Methods in Computational Biology, Bioinformatics and Data Analysis (5 LP)

              0390bB1.6
              • 216202a Seminar
                Quantitative Fluoreszenzmikroskopie (Helge Ewers, Bas van Bommel)
                Zeit: Block seminar: 19.01. - 30.01.2026; 9:00 h (Erster Termin: 19.01.2026)
                Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
                

                Hinweise für Studierende

                Das Seminar ist Teilmodul des Methodenkurses "Quantitative Fluoreszenzmikroskopie" und findet parallel zum Praktikum statt. Das Seminar kann separat als theoretisches Teilmodul im Bereich Strukturbiochemie belegt werden.

                Kommentar

                Qualifikationsziele: Die Studierenden erhalten einen Überblick über die Möglichkeiten moderner Lichtmikroskopie und ein grundlegendes Verständnis, wie durch Probenpräparation und Imaging quantitative digitale Daten generiert werden können. Sie erhalten einen Einblick in die Grundlagen der computerbasierten Bilddatenanalyse und wie Parameter aus Bilddaten extrahiert werden können. Die Studierenden digitale Bildaten selbst analysieren und grundlegende Fehler in der Mikroskopie und der Bilddatenverarbeitung erkennen und vermeiden. Inhalte: - Grundlagen der Fluoreszenzmikroskopie - Grundlagen der digitalen Mikroskopie - Grundlagen der digitalen Bilddatenanalyse - Spezielle Methoden der Mikroskopie - Einzelmolekülmikroskopie - hochauflösende Mikroskopie - Förster-transfer - maschinelles Lernen in der Bilddatenanalyse Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Dr. Bas van Bommel: bas.van.bommel@fu-berlin.de

              • 216202b Laborpraktikum
                Quantitative Fluoreszenzmikroskopie (Helge Ewers, Bas van Bommel)
                Zeit: Block course: 19.01. - 30.01.2026; all-day (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
                Ort: Thielallee 63, Raum 106a (AG Ewers)
                

                Hinweise für Studierende

                Teilmodul des Methodenkurses "Quantitative Fluoreszenzmikroskopie". Das Seminar ist Bedingung zur Teilnahme am Praktikum.

                Kommentar

                Qualifikationsziele: Die Studierenden erstellen Proben für die Fluoreszenzmikroskopie und nehmen sie selbst am konfokalen Mikroskop und am Einzelmolekülmikroskop auf. Die Studierendend führen dann unterschiedliche Experimente durch, und werten die erhaltenen Bilddaten dann mittels ImageJ und anderer Software aus. Die Studierenden trainieren ein Deep-learning Modell and analysieren anschliessend damit die erhaltenen Bilddaten aus der hochauflösenden Mikroskopie. Die Studierenden erarbeiten die Möglichkeiten weiterer Mikroskopietechniken aus Literaturrecherche und stellen Techniken vor. Inhalte des Praktikums: • Lebendzellmikroskopie • Bildgebung und Punktspreizfunktion • Background, Noise, Extraktion von quantitativen Daten • Umgang mit Image J • Fluoreszence-Recovery after Photobleaching • Single molecule superresolution microscopy • Bilddatenanalyse mit Hilfe von Deep-Learning Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Dr. Bas van Bommel: bas.van.bommel@fu-berlin.de

              • 216404a Seminar
                Seminar zur Bioanalytischen Massenspektrometrie / Proteomanalyse (Benno Kuropka)
                Zeit: block course: 17.11.- 28.11.2025; 9:00 - 10:30 h
                Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
                

                Kommentar

                
                • Grundlagen der Proteomanalyse
                • Aufbau und Funktionsweise eines Massenspektrometers
                • Probenvorbereitung und chromatographische Peptidtrennung
                • Ionisierungsmethoden (ESI und MALDI)
                • Protein-Identifizierung mittels MALDI-Peptidmassenfingerprint
                • Methoden der Proteinanalytik (top-down, bottom-up, targeted)
                • Fragmentierungsmethoden und Interpretation von MS/MS-Spektren zur Sequenzermittlung
                • Methoden der quantitativen Proteomanalyse mittels verschiedener Markierungsverfahren
                • Ermittlung von Protein-Interaktionen mittels affinity-purification MS
                • Analyse nicht-kovalenter Proteininteraktionen mittels nativer MS
                • Gast Seminare zu verschiedenen Themen wie z.B. MALDI Imaging, Crosslinking-MS, Kohlenhydrat-Analyse, Metabolomics
                
                

                Dr. Benno Kuropka: kuropka@zedat.fu-berlin.de

              • 216404b Laborpraktikum
                Bioanalytische Massenspektrometrie / Proteomanalyse (Benno Kuropka)
                Zeit: block course 17.11. - 28.11.2025; 10:30h -17:00 h (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
                Ort: Thielallee 63, Raum 316 (Labor)
                

                Hinweise für Studierende

                Kommentar

                • Protein-Identifizierung mittels MALDI-Peptidmassenfingerprint (PMF) nach enzymatischer in-Gel Spaltung.
                • Massenbestimmung intakter Proteine mittels MALDI-MS und Sequenzierung mittels in source decay (ISD).
                • Durchführung einer quantitativen Proteom-Analyse mittels LC-ESI-MS.
                • Hochauflösende Messung intakter Proteine unter denaturierenden und nativen Bedingungen (Orbitrap ESI-MS).

                 

                Dr. Benno Kuropka: kuropka@zedat.fu-berlin.de

              • 216405a Seminar
                Mechanismen der Regulierung des alternativen Spleißens (Florian Heyd, Marco Preußner)
                Zeit: block seminar: 19.01.26 - 30.01.26; begin: 19.01.26, 9:00 h, The exact schedule will be announced during the first course day.
                Ort: Takustr. 6, room 003 (seminar room)
                

                Hinweise für Studierende

                Das Seminar findet parallel zum Praktikum statt.

                Kommentar

                Qualifikationsziele:
                Die Studentinnen und Studenten haben ein breites Verständnis über experimentelle Herangehensweisen zur Untersuchung der Regulation von alternativem Spleißen. Sie haben die grundlegenden experimentellen Verfahren zur Identifizierung von cis-wirkenden Elementen und trans-wirkenden Faktoren erlernt, haben durch Überexpression und knockdown eines RNA-bindenden Proteins dessen Rolle in der Regulation eines bestimmten Spleiß-Events gezeigt und (bioinformatische) Methoden kennengelernt, um coregulierte Exons zu identifizieren. Die Studierenden sind nach Abschluss des Moduls in der Lage, aktuelle fachspezifische Literatur kritisch zu beurteilen, offene Fragen zu identifizieren und experimentelle Ansätze zu entwerfen, um diese Fragestellungen zu adressieren.
                Inhalte:
                Transfektion, Kultivierung und Synchronisierung von Säuger-Zellen, RNA-Extraktion, Minigen-Analysen, Quantifizierung von alternativem Spleißen durch (radioaktive) RT-PCR, siRNA-vermittelter knock down, RT-qPCR, Westernblot, Herstellung von Kernextrakten, radioaktiver UV-X-link, gängige bioinformatische Analysen, Grundlagen der Analyse von RNA-Seq Daten
                
                Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de Dr. Marco Preußner: mpreussner@zedat.fu-berlin.de

              • 216405b Laborpraktikum
                Mechanismen der Regulierung des alternativen Spleißens (Florian Heyd, Marco Preußner)
                Zeit: block seminar and practical course: 19.01.26 - 30.01.26, all day, (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
                Ort: Takustr. 6, room 001-002 (laboratory)
                

                Hinweise für Studierende

                Die Teilnahme am Seminar ist Voraussetzung für die Teilnahme am Praktikum.

                Kommentar

                Qualifikationsziele:
                Die Studentinnen und Studenten haben ein breites Verständnis über experimentelle Herangehensweisen zur Untersuchung der Regulation von alternativem Spleißen. Sie haben die grundlegenden experimentellen Verfahren zur Identifizierung von cis-wirkenden Elementen und trans-wirkenden Faktoren erlernt, haben durch Überexpression und knockdown eines RNA-bindenden Proteins dessen Rolle in der Regulation eines bestimmten Spleiß-Events gezeigt und (bioinformatische) Methoden kennengelernt, um coregulierte Exons zu identifizieren. Die Studierenden sind nach Abschluss des Moduls in der Lage, aktuelle fachspezifische Literatur kritisch zu beurteilen, offene Fragen zu identifizieren und experimentelle Ansätze zu entwerfen, um diese Fragestellungen zu adressieren.
                Inhalte:
                Transfektion, Kultivierung und Synchronisierung von Säuger-Zellen, RNA-Extraktion, Minigen-Analysen, Quantifizierung von alternativem Spleißen durch (radioaktive) RT-PCR, siRNA-vermittelter knock down, RT-qPCR, Westernblot, Herstellung von Kernextrakten, radioaktiver UV-X-link, gängige bioinformatische Analysen, Grundlagen der Analyse von RNA-Seq Daten
                
                Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de Dr. Marco Preußner: mpreussner@zedat.fu-berlin.de

              • 216602a Seminar
                Molekulare Immunologie (Christian Freund, Jana Sticht)
                Zeit: block course: 03.11.-14.11.25 (Erster Termin: 03.11.2025)
                Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
                

                Hinweise für Studierende

                Die Seminare sind auf 4 Studierende zusätzlich zu den 6 Teilnehmenden des Praktikums 216602b limitiert. Anmeldung per Mail bis zum 15. Oktober 2025 an: chfreund@zedat.fu-berlin.de
                UND sticht@zedat.fu-berlin.de
                

                Kommentar

                Inhalt/Content:
                

                - Introduction to Immunology: Innate and adaptive immune responses

                - The adaptive immune system: B and T cells

                - The adaptive immune system: antigen presentation by MHC molecules

                - Investigating MHC-peptide complexes by NMR spectroscopy

                - Immunopeptidomics (Mass spectrometry analysis of peptide presentation)

                - PyMol to visualize and analyze protein structures
                
                Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
                Dr. J. Sticht: sticht@zedat.fu-berlin.de

              • 216602b Laborpraktikum
                Molekulare Immunologie (Christian Freund, Jana Sticht)
                Zeit: block course: 03.11.-14.11.25 (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
                Ort: Thielallee 63, Raum 016/018 und 025/027 (AG Freund)
                

                Kommentar

                Content:
                

                - MHC-peptide exchange experiments
                - Measuring the stability of MHC-peptide complexes
                - NMR of MHC-peptide complexes
                - Visualization of mutations and mapped epitopes in PyMol
                - Immunopeptidomics I - Affinity purification
                - Immunopeptidomics II - MS analysis and epitope prediction for T cell antigens
                
                Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
                Dr. J. Sticht: sticht@zedat.fu-berlin.de

            • Methods in Molecular Biomedicine (5 LP)

              0390bB1.7
              • 216202a Seminar
                Quantitative Fluoreszenzmikroskopie (Helge Ewers, Bas van Bommel)
                Zeit: Block seminar: 19.01. - 30.01.2026; 9:00 h (Erster Termin: 19.01.2026)
                Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
                

                Hinweise für Studierende

                Das Seminar ist Teilmodul des Methodenkurses "Quantitative Fluoreszenzmikroskopie" und findet parallel zum Praktikum statt. Das Seminar kann separat als theoretisches Teilmodul im Bereich Strukturbiochemie belegt werden.

                Kommentar

                Qualifikationsziele: Die Studierenden erhalten einen Überblick über die Möglichkeiten moderner Lichtmikroskopie und ein grundlegendes Verständnis, wie durch Probenpräparation und Imaging quantitative digitale Daten generiert werden können. Sie erhalten einen Einblick in die Grundlagen der computerbasierten Bilddatenanalyse und wie Parameter aus Bilddaten extrahiert werden können. Die Studierenden digitale Bildaten selbst analysieren und grundlegende Fehler in der Mikroskopie und der Bilddatenverarbeitung erkennen und vermeiden. Inhalte: - Grundlagen der Fluoreszenzmikroskopie - Grundlagen der digitalen Mikroskopie - Grundlagen der digitalen Bilddatenanalyse - Spezielle Methoden der Mikroskopie - Einzelmolekülmikroskopie - hochauflösende Mikroskopie - Förster-transfer - maschinelles Lernen in der Bilddatenanalyse Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Dr. Bas van Bommel: bas.van.bommel@fu-berlin.de

              • 216202b Laborpraktikum
                Quantitative Fluoreszenzmikroskopie (Helge Ewers, Bas van Bommel)
                Zeit: Block course: 19.01. - 30.01.2026; all-day (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
                Ort: Thielallee 63, Raum 106a (AG Ewers)
                

                Hinweise für Studierende

                Teilmodul des Methodenkurses "Quantitative Fluoreszenzmikroskopie". Das Seminar ist Bedingung zur Teilnahme am Praktikum.

                Kommentar

                Qualifikationsziele: Die Studierenden erstellen Proben für die Fluoreszenzmikroskopie und nehmen sie selbst am konfokalen Mikroskop und am Einzelmolekülmikroskop auf. Die Studierendend führen dann unterschiedliche Experimente durch, und werten die erhaltenen Bilddaten dann mittels ImageJ und anderer Software aus. Die Studierenden trainieren ein Deep-learning Modell and analysieren anschliessend damit die erhaltenen Bilddaten aus der hochauflösenden Mikroskopie. Die Studierenden erarbeiten die Möglichkeiten weiterer Mikroskopietechniken aus Literaturrecherche und stellen Techniken vor. Inhalte des Praktikums: • Lebendzellmikroskopie • Bildgebung und Punktspreizfunktion • Background, Noise, Extraktion von quantitativen Daten • Umgang mit Image J • Fluoreszence-Recovery after Photobleaching • Single molecule superresolution microscopy • Bilddatenanalyse mit Hilfe von Deep-Learning Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Dr. Bas van Bommel: bas.van.bommel@fu-berlin.de

              • 216404a Seminar
                Seminar zur Bioanalytischen Massenspektrometrie / Proteomanalyse (Benno Kuropka)
                Zeit: block course: 17.11.- 28.11.2025; 9:00 - 10:30 h
                Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
                

                Kommentar

                
                • Grundlagen der Proteomanalyse
                • Aufbau und Funktionsweise eines Massenspektrometers
                • Probenvorbereitung und chromatographische Peptidtrennung
                • Ionisierungsmethoden (ESI und MALDI)
                • Protein-Identifizierung mittels MALDI-Peptidmassenfingerprint
                • Methoden der Proteinanalytik (top-down, bottom-up, targeted)
                • Fragmentierungsmethoden und Interpretation von MS/MS-Spektren zur Sequenzermittlung
                • Methoden der quantitativen Proteomanalyse mittels verschiedener Markierungsverfahren
                • Ermittlung von Protein-Interaktionen mittels affinity-purification MS
                • Analyse nicht-kovalenter Proteininteraktionen mittels nativer MS
                • Gast Seminare zu verschiedenen Themen wie z.B. MALDI Imaging, Crosslinking-MS, Kohlenhydrat-Analyse, Metabolomics
                
                

                Dr. Benno Kuropka: kuropka@zedat.fu-berlin.de

              • 216404b Laborpraktikum
                Bioanalytische Massenspektrometrie / Proteomanalyse (Benno Kuropka)
                Zeit: block course 17.11. - 28.11.2025; 10:30h -17:00 h (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
                Ort: Thielallee 63, Raum 316 (Labor)
                

                Hinweise für Studierende

                Kommentar

                • Protein-Identifizierung mittels MALDI-Peptidmassenfingerprint (PMF) nach enzymatischer in-Gel Spaltung.
                • Massenbestimmung intakter Proteine mittels MALDI-MS und Sequenzierung mittels in source decay (ISD).
                • Durchführung einer quantitativen Proteom-Analyse mittels LC-ESI-MS.
                • Hochauflösende Messung intakter Proteine unter denaturierenden und nativen Bedingungen (Orbitrap ESI-MS).

                 

                Dr. Benno Kuropka: kuropka@zedat.fu-berlin.de

              • 216405a Seminar
                Mechanismen der Regulierung des alternativen Spleißens (Florian Heyd, Marco Preußner)
                Zeit: block seminar: 19.01.26 - 30.01.26; begin: 19.01.26, 9:00 h, The exact schedule will be announced during the first course day.
                Ort: Takustr. 6, room 003 (seminar room)
                

                Hinweise für Studierende

                Das Seminar findet parallel zum Praktikum statt.

                Kommentar

                Qualifikationsziele:
                Die Studentinnen und Studenten haben ein breites Verständnis über experimentelle Herangehensweisen zur Untersuchung der Regulation von alternativem Spleißen. Sie haben die grundlegenden experimentellen Verfahren zur Identifizierung von cis-wirkenden Elementen und trans-wirkenden Faktoren erlernt, haben durch Überexpression und knockdown eines RNA-bindenden Proteins dessen Rolle in der Regulation eines bestimmten Spleiß-Events gezeigt und (bioinformatische) Methoden kennengelernt, um coregulierte Exons zu identifizieren. Die Studierenden sind nach Abschluss des Moduls in der Lage, aktuelle fachspezifische Literatur kritisch zu beurteilen, offene Fragen zu identifizieren und experimentelle Ansätze zu entwerfen, um diese Fragestellungen zu adressieren.
                Inhalte:
                Transfektion, Kultivierung und Synchronisierung von Säuger-Zellen, RNA-Extraktion, Minigen-Analysen, Quantifizierung von alternativem Spleißen durch (radioaktive) RT-PCR, siRNA-vermittelter knock down, RT-qPCR, Westernblot, Herstellung von Kernextrakten, radioaktiver UV-X-link, gängige bioinformatische Analysen, Grundlagen der Analyse von RNA-Seq Daten
                
                Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de Dr. Marco Preußner: mpreussner@zedat.fu-berlin.de

              • 216405b Laborpraktikum
                Mechanismen der Regulierung des alternativen Spleißens (Florian Heyd, Marco Preußner)
                Zeit: block seminar and practical course: 19.01.26 - 30.01.26, all day, (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
                Ort: Takustr. 6, room 001-002 (laboratory)
                

                Hinweise für Studierende

                Die Teilnahme am Seminar ist Voraussetzung für die Teilnahme am Praktikum.

                Kommentar

                Qualifikationsziele:
                Die Studentinnen und Studenten haben ein breites Verständnis über experimentelle Herangehensweisen zur Untersuchung der Regulation von alternativem Spleißen. Sie haben die grundlegenden experimentellen Verfahren zur Identifizierung von cis-wirkenden Elementen und trans-wirkenden Faktoren erlernt, haben durch Überexpression und knockdown eines RNA-bindenden Proteins dessen Rolle in der Regulation eines bestimmten Spleiß-Events gezeigt und (bioinformatische) Methoden kennengelernt, um coregulierte Exons zu identifizieren. Die Studierenden sind nach Abschluss des Moduls in der Lage, aktuelle fachspezifische Literatur kritisch zu beurteilen, offene Fragen zu identifizieren und experimentelle Ansätze zu entwerfen, um diese Fragestellungen zu adressieren.
                Inhalte:
                Transfektion, Kultivierung und Synchronisierung von Säuger-Zellen, RNA-Extraktion, Minigen-Analysen, Quantifizierung von alternativem Spleißen durch (radioaktive) RT-PCR, siRNA-vermittelter knock down, RT-qPCR, Westernblot, Herstellung von Kernextrakten, radioaktiver UV-X-link, gängige bioinformatische Analysen, Grundlagen der Analyse von RNA-Seq Daten
                
                Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de Dr. Marco Preußner: mpreussner@zedat.fu-berlin.de

              • 216406a Seminar
                Gene Editing mit CRISPR/Cas9 für Zellbiologie (Francesca Bottanelli)
                Zeit: block course 02.02. - 13.02.26; 09:00-10:00 h The exact schedule will be announced during the seminar.
                Ort: Thielallee 63, Raum 321 (AG Bottanelli)
                

                Hinweise für Studierende

                Das Seminar ist auf 10 Studierende limitiert. Anmeldungen per Mail bis zum 19.12.2025 an: bottanelli@zedat.fu-berlin.de

                Kommentar

                Content:
                The students will learn:
                • How to use bio-informatic tools for CRISPR/Cas9 technology
                • How to clone all the required plasmids for the insertion of tags into the genomic locus of genes of interest
                • How to culture and transfect human cell culture models
                
                Prof. Bottanelli: Francesca.bottanelli@fu-berlin.de

              • 216406b Laborpraktikum
                Gene Editing mit CRISPR/Cas9 für Zellbiologie (Francesca Bottanelli)
                Zeit: block course 02.02. - 13.02.26; 09:00 h, all day (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
                Ort: Thielallee 63, Rauminformation über Blackboard (AG Bottanelli)
                

                Kommentar

                Content:
                The students will learn:
                • How to use bio-informatic tools for CRISPR/Cas9 technology
                • How to clone all the required plasmids for the insertion of tags into the genomic locus of genes of interest
                • How to culture and transfect human cell culture models
                
                Prof. Bottanelli: Francesca.bottanelli@fu-berlin.de

              • 216601a Seminar
                Seminar zum Zellbiologischen Praktikum, Signaltransduktion (Petra Knaus)
                Zeit: Seminar: 09.03. - 20.03.26 , 1st week: Mo. 9:00-11:00 am, Tue.-Thu. 10:00 - 11:30 am 2nd week: Thu. 9:00 am - 06:00 pm, Fri. 9:00 am - 01:00 pm
                Ort: Thielallee 63, room 221 (Knaus group) and Onlinelehre – zeitABhängig.
                

                Hinweise für Studierende

                Achtung: Änderungen im Zeitplan sind möglich; nach Eintragung in den Kurs werden diese per Mail mitgeteilt

                Kommentar

                Methodenmodul: Signaltransduktion
                Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
                Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
                Zugangsvoraussetzungen: keine
                Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten verfügen über grundlegende theoretische Kenntnisse und praktisch-methodische Fähigkeiten zu Forschungen zur Signaltransduktion. Nach Abschluss des Moduls verstehen sie themenbezogene Fragestellungen und sind in der Lage, diese zu formulieren, experimentell zu bearbeiten sowie Ergebnisse zu diskutieren und in publikationsgemäßer Form zusammenzufassen; sie sind fähig, entsprechende Fachliteratur kritisch zu interpretieren.
                Inhalte: Experimente zur Signaltransduktion; aktuelle Methoden zur Signaltransduktionsforschung auf DNA-, mRNA-, Protein- und Zellebene, Immunocytochemie, Enzymaktivitätsassays, Durchlichtmikroskopie)
                Seminar content:
                

                • The current view on BMP and TGFß signal transduction beyond the fundamental knowledge (intracellular and extracellular modulators, the importance of intensity and kinetics as well as subcellular localization of effector proteins, crosstalk mechanisms between related pathways).
                • Step-by-Step experimental outline and rational to address each individual step of signal transduction starting with ligand binding to the receptors, receptor activation and intracellular activation and shuttling of SMAD transcription factors binding to the DNA upon nuclear import.
                • How to investigate the different steps of signal transduction by complementary methods.
                • Paper discussion (presented by the students) focusing on recent papers that have been influential in the current view on BMP and TGFß signal transduction.
                • Intense practical and theoretical supervision due to the limited number of participants.
                
                
                Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
                

              • 216601b Laborpraktikum
                Zellbiologisches Praktikum, Signaltransduktion (Petra Knaus)
                Zeit: block course: 09.03. - 20.03.26, with seminars; (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
                Ort: Thielallee 63, Raum 001 and 004/005 (Labore)
                

                Kommentar

                Methodenmodul: Signaltransduktion
                Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
                Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
                Zugangsvoraussetzungen: keine
                Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten verfügen über grundlegende theoretische Kenntnisse und praktisch-methodische Fähigkeiten zu Forschungen zur Signaltransduktion. Nach Abschluss des Moduls verstehen sie themenbezogene Fragestellungen und sind in der Lage, diese zu formulieren, experimentell zu bearbeiten sowie Ergebnisse zu diskutieren und in publikationsgemäßer Form zusammenzufassen; sie sind fähig, entsprechende Fachliteratur kritisch zu interpretieren.
                Inhalte: Experimente zur Signaltransduktion; aktuelle Methoden zur Signaltransduktionsforschung auf DNA-, mRNA-, Protein- und Zellebene, Immunocytochemie, Enzymaktivitätsassays, Durchlichtmikroskopie)
                Practical content:
                

                • Studying BMP/TGFß- induced signal transduction on multiple levels of the signaling cascade
                • Use of biochemical assays which allow to analyze BMP/TGFß signal transduction in a quantitative manner (qRT-PCR, quantitative Western-Blotting)
                • Use of biochemical assays which allow for analysis of BMP/TGFß signal transduction in a kinetic manner. Ligand stimulation, transcription factor translocation events, use of Luciferase-based reporter gene assay, activation of BMP-SMAD target genes
                • Use of biochemical assays which allow to analyze BMP/TGFß signal transduction with spatial resolution, subcellular localization of transcription factors using fluorescence microscopy
                • Using tools/strategies to artificially manipulate signal transduction (small molecule inhibitors targeting receptor-kinase activity, overexpression of tagged proteins of the BMP signal transduction cascade by transient-transfection methodology of overexpression plasmids.
                • Extensive discussion on experimental design, drawbacks and pitfalls when designing an experiment to investigate signal transduction.
                • Extensive discussions on appropriate controls to be implemented into the experimental design.
                • Summary of the experimental results by simulating how to write a primary research paper.
                
                
                Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
                

              • 216602a Seminar
                Molekulare Immunologie (Christian Freund, Jana Sticht)
                Zeit: block course: 03.11.-14.11.25 (Erster Termin: 03.11.2025)
                Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
                

                Hinweise für Studierende

                Die Seminare sind auf 4 Studierende zusätzlich zu den 6 Teilnehmenden des Praktikums 216602b limitiert. Anmeldung per Mail bis zum 15. Oktober 2025 an: chfreund@zedat.fu-berlin.de
                UND sticht@zedat.fu-berlin.de
                

                Kommentar

                Inhalt/Content:
                

                - Introduction to Immunology: Innate and adaptive immune responses

                - The adaptive immune system: B and T cells

                - The adaptive immune system: antigen presentation by MHC molecules

                - Investigating MHC-peptide complexes by NMR spectroscopy

                - Immunopeptidomics (Mass spectrometry analysis of peptide presentation)

                - PyMol to visualize and analyze protein structures
                
                Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
                Dr. J. Sticht: sticht@zedat.fu-berlin.de

              • 216602b Laborpraktikum
                Molekulare Immunologie (Christian Freund, Jana Sticht)
                Zeit: block course: 03.11.-14.11.25 (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
                Ort: Thielallee 63, Raum 016/018 und 025/027 (AG Freund)
                

                Kommentar

                Content:
                

                - MHC-peptide exchange experiments
                - Measuring the stability of MHC-peptide complexes
                - NMR of MHC-peptide complexes
                - Visualization of mutations and mapped epitopes in PyMol
                - Immunopeptidomics I - Affinity purification
                - Immunopeptidomics II - MS analysis and epitope prediction for T cell antigens
                
                Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
                Dr. J. Sticht: sticht@zedat.fu-berlin.de

              • 216613a Seminar
                Molekulare Pharmakologie und zelluläre Signaltransduktion (Ralf Schülein, Volker Haucke)
                Zeit: block seminar and practical course S/P: 16.03. - 27.03.26, 9:00 - 17:00 h; Seminar Di - Fr 9:00 - 10:30 h
                Ort: Leibniz-Forschungsinstitut für Molekulare Pharmakologie (FMP) , Robert-Rössle-Str. 10, 13125 Berlin Buch
                

                Hinweise für Studierende

                Seminar in den 2 Wochen Praktikum integriert.

                Kommentar

                Das Seminar wird von Wissenschaftlern aus dem gesamten Berliner Raum gestaltet (Leibniz-Institut für Molekulare Pharmakologie, Charité, Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin) und findet täglich jeweils vor den Praktikumseinheiten statt. Die Studenten tragen hierzu mit themenspezifischen Kurzreferaten bei. Die Inhalte der einzelnen Seminare sind aktuelle Forschungsthemen der Seminarsprecher (Walter Birchmeier, Christian Hackenberger, Volker Haucke, Thomas Jentsch, Gunnar Kleinau, Jens-Peter von Kries, Gary Lewin, Andrew Plested).
                
                Exemplary seminar content:
                

                • Mechanoreception
                • Epigenetic mechanisms downstream of Wnt/beta-catenin in carcinomas and cancer stem cells
                • CIC chloride channels and transporters: insights from knockout mice and inherited diseases
                • G protein-coupled receptors and effector systems
                • Identification of novel drugs using high throughput screening
                • Ligand-gated ion channels
                • Neurotransmitter release and vesicle recycling
                • Protein conjugates
                
                
                Prof. Dr. R. Schülein: schuelein@fmp-berlin.de

              • 216613b Laborpraktikum
                Molekulare Pharmakologie und zelluläre Signaltransduktion (Ralf Schülein, Volker Haucke)
                Zeit: block seminar and practical course S/P: 16.03. - 27.03.26, 9:00 - 17:00 h; Seminar Di - Fr 9:00 - 10:30 h (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. Please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
                Ort: Leibniz-Forschungsinstitut für Molekulare Pharmakologie (FMP) , Robert-Rössle-Str. 10, 13125 Berlin Buch
                

                Hinweise für Studierende

                Praktikum mit integriertem Seminar.

                Kommentar

                Für das Praktikum wird die Teilnahme am entsprechenden Seminar vorausgesetzt. Ziel des zweiwöchigen Praktikums ist die Vermittlung von Methoden, die das gesamte Spektrum der modernen molekularen Pharmakologie abdecken. Neben der Etablierung computergestützter Strukturmodelle für Rezeptoren werden biochemische und molekularbiologische Methoden vorgestellt. Ferner soll ein Einblick in die Methodik eines Tierversuchs in der Pharmakologie gegeben werden (Mitarbeit freigestellt).
                Practical content:
                

                • TIRF microscopy
                • Molecular modelling
                • Signaling by inositol pyrophosphates
                • Mass spectrometry and proteomics
                • Transgenic animals
                • Proteostasis in C. elegans
                • Voltage clamp
                • NMR spectroscopy
                
                
                Prof. Dr. R. Schülein: schuelein@fmp-berlin.de

                • Research Project in Literature Search and Research Design (5 LP)

                  0390bB2.1
                  • 216881a Seminar
                    Research Seminar: Literature Search and Research Design / Literaturrecherche und Forschungskonzeption (Florian Heyd)
                    Zeit: Information about the further process will follow on Blackboard.
                    Ort: Information about the further process will follow on Blackboard.
                    

                    Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

                    Zeit und Ort bitte bei den Dozenten erfragen.
                    Begrenzte Teilnehmerzahl

                    Kommentar

                    Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten können wichtige offene Fragestellungen aus der Primär- und Sekundärliteratur identifizieren, sie präzise definieren und fundiert ausformulieren. Sie können die Fragestellungen in einem stringenten experimentellen Forschungsplan ausarbeiten und die einzelnen Komponenten eines hypothesebasierten Forschungsvorhabens kontextbezogen mit Inhalt füllen. Sie können Inhalte von Forschungsprojekten und die Rationale für Fragestellungen und experimentelle Herangehensweisen konstruktiv kritisieren.
                    Inhalte: Die Studentinnen und Studenten arbeiten einzeln unter der persönlichen Betreuung von Hochschullehrern.
                    Studierende bekommen eine Übersicht über wesentliche Bestandteile eines Drittmittelantrags. Die Studierenden identifizieren anhand von Primär- und Sekundärliteratur offene Fragestellungen in einem definierten aktuellen Forschungsfeld. Sie halten einen Vortrag, in dem diese Fragestellung mit Hintergründen dargestellt und eine Herangehensweise für deren Beantwortung präsentiert wird.
                    Der Vortrag stellt die Basis für das in 216881b zu erstellende Forschungskonzept dar. Content/Inhalt:
                    

                    • Overview of funding schemes
                    • Contents of a grant proposal
                    • Literature search
                    • Conceptualizing a scientific project
                    • Presentation of a research topic
                    
                    
                    
                    

                • Research Project in Research Design and Grant Writing (10 LP)

                  0390bB2.2
                  • 216881b Praktikum
                    Research Practical - Research Design and Grant Writing / Forschungskonzeption und Antragstellung (Francesca Bottanelli, Sutapa Chakrabarti, Helge Ewers, Christian Freund, Lydia Herzel, Florian Heyd, Petra Knaus, Markus Wahl)
                    Zeit: Information about the further process will follow on Blackboard.
                    Ort: Information about the further process will follow on Blackboard.
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Teilnahme nur nach erfolgreichem Abschluss von 216881a

                    Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

                    Details s. 216881a

                    Kommentar

                    Basierend auf dem Vortrag in 216881a arbeiten die Studierenden selbstständig einen Forschungsplan aus. Dieser Antrag orientiert sich an den Anforderungen eines DFG-Drittmittelantrags. Die Anträge werden von Studierenden und von jeweils 2 Professoren begutachtet. Das Forschungskonzept wird in einem Vortrag verteidigt.
                    Content/Inhalt:
                    

                    • Literature search
                    • Conceptualizing a scientific project
                    • Writing of a grant proposal
                    • Presenting a proposed scientific project
                    • Peer-review of proposals
                    Prof. Dr. F. Bottanelli: bottanelli@zedat.fu-berlin.de
                     Prof. Dr. S. Chakrabarti: chakraba@zedat.fu-berlin.de
                    Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
                     Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
                     Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
                    Prof. Dr. L. Herzel: ydia.herzel@fu-berlin.de
                    Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
                    Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
                    
                    

                • Free elective module (5 LP)

                  0390bB4.1
                  • 21359 Vorlesung
                    Nanotechnologie: Charakterisierung von Nanomaterialien in biologischen Systemen, Aufnahme/ Biokinetik, Exposition und Toxizitätstestung (Andrea Haase)
                    Zeit: Mo 10-12 Uhr (Beginn voraussichtlich 20.10.2025; Rückfragen bitte an: andrea.haase@bfr.bund.de (Erster Termin: 20.10.2025)
                    Ort: SR PTC (Raum A.006, EG) (Arnimallee 22)
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Bitte die Ankündigungen in Blackboard beachten. Rückfragen bitte an: andrea.haase@bfr.bund.de

                    Kommentar

                    Nanotechnologie gilt weltweit als Schlüsseltechnologie. Nano- und andere innovative Materialien („Advanced Materials“) kommen in vielen unterschiedlichen Bereichen einschließlich der modernen Medizin zum EInsatz. In diesem Seminar erwerben die Studierenden einen Überblick über verschiedene innovative Materialklassen, deren Eigenschaften und ausgewählte Einsatzgebiete. Weiterhin erwerben sie Kenntnisse darüber, wie sich Materialien in biologischen Systemen verhalten. Schwerpunktmäßig geht es um ein fundiertes Verständnis möglicher adverser Effekte auf die menschliche Gesundheit, mögliche Expositionspfade sowie verschiedene Testmethoden zur Charakterisierung der Toxizität. Es werden neben Standardmethoden auch moderne toxikologische Untersuchungsverfahren besprochen, z.B. integrierte/ intelligente Testverfahren, automatisierte Hochdurchsatzverfahren und Omics-Techniken Die Studierenden erwerben Grundkenntnisse  der Risikobewertung.und gewinnen abschließend erste Einblicke in moderen Designprinzipien, die darauf abzielen bereits im Innovationsprozess Materialsicherheit zu berücksichtigen.
                    
                    Dieses Seminar beinhaltet die folgenden Themen:

                    • Charakterisierung von Nano- und anderen innovativen Materialien
                    • Interaktion mit biologischen Molekülen
                    • Aufnahme in Zellen, Gewebe, Organismen, Biokinetik
                    • Expositionspfade und Toxiizitätstestmethoden (in silico, in vitro, in vivo)
                    • Expositionsmessung und - modellierung
                    • Risikobewertung, Regulation
                    • Ansätze zu nachhaltigen Designprinzipien (Safe-and-Sustainable Innovation)

                    Literaturhinweise

                    Usmani et al. 2024. Review of New Approach Methodologies for Application in Risk Assessment of Nanoparticles in the Food and Feed Sector: Status and Challenges. EFSA supporting publication. DOI: https://doi.org/10.2903/sp.efsa.2024.EN-8826

                  • 216321a Seminar
                    Integrative Strukturbiologie (Oliver Daumke)
                    Zeit: Mo 9:15 - 10:15 h, Beginn 13.10.2025
                    Ort: Online zeitAbhängig and Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin (MDC), Robert-Rössle-Straße 10 13125 Berlin, Haus 31.2., SR 0211
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Please contact Prof. Dr. O. Daumke (oliver.daumke@mdc-berlin.de) if you would like to participate.

                    Kommentar

                    Content:
                    Progress-report seminars on practical aspects of integrative structural biology, including
                    • concepts and design of studies for integrative structural biology approaches
                    • design and production of protein samples or complexes for structure analysis
                    • progress and problems in protein crystallization, NMR and cryo-EM sample preparation
                    • various aspects of crystal structure analysis, and structure determination by NMR and cryo-EM
                    • computational biology approaches, including molecular dynamics simulations
                    • cross-linking mass spectrometry
                    • structure-function studies to derive and test biological hypotheses from structural data
                    • protein dynamics and role for protein function in the context of molecular machines
                    • membrane proteins and interaction with lipid bilayer
                    Contact:
                    Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de

                  • 216321b Seminar
                    Aktuelle Strukturbiologie (Oliver Daumke)
                    Zeit: Mi 11:00 - 12:00 h, Beginn 15.10.25
                    Ort: Online zeitAbhängig and Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin (MDC), Robert-Rössle-Straße 10 13125 Berlin, Haus 31.2., SR 0211
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Please contact Prof. Dr. O. Daumke (oliver.daumke@mdc-berlin.de) if you would like to participate.

                    Kommentar

                    Content:
                    Journal-club seminars on various topics in structural biology, including:
                    

                    • new X-ray, NMR and cryo-EM structures
                    • method developments in macromolecular crystallography
                    • method developments in cryo-electron microscopy
                    • new concepts in molecular and cell biology
                    • current studies in membrane biology
                    • current studies in gene expression regulation
                    • structure-based identification and optimization of chemical probes
                    
                    Kontakt:
                    Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de

                  • 216501a Vorlesung
                    Membranproteine: Klassifizierung, Struktur und Funktion (Stefan Kubick)
                    Zeit: Di 18:00 st. - 19:00 h (Erster Termin: 14.10.2025)
                    Ort: Hs Biochemie, Thielallee 63 (Lise-Meitner-Hörsaal)
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Anmeldung zur Vorlesung per email an: stefan.kubick@fu-berlin.de dann erhalten Sie die Zugangsdaten. Muss zusammen mit Seminar 216501b besucht werden.
                    Ist Voraussetzung für das S/P 216451 a, b

                    UN Sustainable Development Goals (SDGs): 4, 5, 9, 12, 17

                    Kommentar

                    Inhalt / Content:
                    Biomembranes and synthesis of transmembrane proteins:
                    

                    • Molecular structure of membranes
                    • Synthesis of biomembranes
                    • Lipid rafts
                    • Subcellular organization of the eukaryotic cell, cell metabolism and secretion
                    • Protein synthesis
                    
                    Receptors and signal transduction:
                    
                    • Cell surface receptors
                    • Signal transduction pathways
                    
                    Multigene families encoding membrane proteins:
                    
                    • G protein-coupled receptors (structure, signal transduction, agonists/antagonists)
                    • Odorant receptors
                    • Non-peptide receptors
                    • Peptide receptors
                    
                    Ion channels:
                    
                    • voltage-gated ion channels
                    • ligand-gated ion channels
                    • mechanosensitive ion channels
                    
                    Methods in molecular biology and protein chemistry:
                    
                    • Production of membrane proteins
                    • Cell-free protein synthesis (prokaryotic systems, eukaryotic systems, labeling)
                    • Structural and functional analysis of membrane proteins
                    
                    
                    Lernziele:
                    Den Studierenden werden in dieser Vorlesung Kenntnisse der Topologie und Funktion der wichtigsten Klassen von Membranproteinen vermittelt. Es werden Strukturen, biochemische Eigenschaften, Regulation und physiologische Bedeutung verschiedener Membranproteine erläutert. Signaltransduktionskaskaden, Rezeptor-Ligand Interaktionen und pharmakologische Eigenschaften dieser Membranproteine werden dargestellt. Lipid-Membranproteinwechselwirkungen und posttranslationale Modifikationen werden an ausgewählten Beispielen membranadhärenter und transmembranärer Proteine behandelt. Die aufgezeigten analytischen Methoden zur Darstellung und Charakterisierung von Membranproteinen erweitern das Spektrum biochemischer Arbeitsmethoden.
                    Literatur:
                    
                    • Stryer: Biochemie
                    • Alberts: Molekularbiologie der Zelle
                    • Forth, Henschler: Pharmakologie und Toxikologie
                    • Offermanns, Rosenthal: Encyclopedic Reference of Molecular Pharmacology
                    • Boron: Medical Physiology, A Cellular and Molecular Approach
                    • Fielding: Lipid Rafts and Caveolae
                    • Krauss: Biochemistry of Signal Transduction and Regulation
                    • Aktories, Förstermann, Hofmann: Allgemeine und spezielle Pharmakologie und Toxikologie
                    • Aktuelle Publikationen
                    
                    Dr. S. Kubick: stefan.kubick@fu-berlin.de
                    

                  • 216501b Seminar
                    Seminar zur Vorlesung Membranproteine: Klassifizierung, Struktur und Funktion (Stefan Kubick)
                    Zeit: Di 19:00 - 20:00 h (Erster Termin: 14.10.2025)
                    Ort: Hs Biochemie, Thielallee 63 (Lise-Meitner-Hörsaal)
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Anmeldung zur Vorlesung per email an: stefan.kubick@fu-berlin.de Dann erhalten Sie die Zugangsdaten. Muss zusammen mit V 216501a besucht werden.
                    Ist Voraussetzung für das S/P 216451 a, b

                    UN Sustainable Development Goals (SDGs): 4, 5, 9, 12, 17

                    Kommentar

                    Inhalt / Content:
                    Intended for graduate students, this seminar will introduce the tools of membrane protein synthesis and their functional characterization. Membrane proteins account for more than 30% of the genome in living organisms and many membrane-embedded receptors, transporters and ion channels are important therapeutic targets. In this context, methodologies concerning the functional characterization, the structure and the biochemical properties of membrane proteins, their regulation and their physiological relevance are in the focus of this seminar. Emphasis is given to topics that will be useful in other disciplines, including systems for the in vivo and in vitro expression of membrane proteins. The seminar gives a detailed introduction on problems concerning the interaction of chemical messengers with specific cell-surface receptors, the activation of signal-transduction cascades leading to the accumulation of specific intracellular second messenger molecules and the cell’s response to an external stimulus. Beside others the following topics are discussed in detail: Ligand-gated ion channels and their signaling between electrically excitable cells; G protein-coupled receptors, triggering downstream signal transduction cascades, thereby activating separate membrane-associated enzymes and catalytic receptors, acting as enzymes themselves. A critical approach to lipid-membrane protein interactions and the pharmacological properties of selected membrane proteins is also in the focus of this seminar.
                    
                    Zeitgleiche Durchführung zur o.g. Vorlesung, detaillierte Beschreibung siehe Vorlesung.
                    
                    Dr. S. Kubick: stefan.kubick@fu-berlin.de
                    Fraunhofer Institut für Zelltherapie und Immunologie (IZI), Institutsteil Bioanalytik und Bioprozesse(IZI-BB) Potsdam-Golm, Am Mühlenberg 13, 14476 Potsdam

                  • 216506 Seminar
                    Aktuelle Themen der Proteinbiochemie (Christian Freund)
                    Zeit: please contact the instructor for further information
                    Ort: Seminarraum 021 (AG Freund), Thielallee 63
                    

                    Kommentar

                    Inhalt / Content:
                    

                    • Novel enzymes, unconventional catalysts
                    • Proteins in T cell activation and signaling
                    • Synaptic proteins and their interactions
                    • Actin regulatory proteins
                    • Proline-rich sequence (PRS) recognition domain containing proteins
                    
                    
                    Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de

                  • 216531 Seminar
                    Einführung in die Epigenomik (Alexander Meissner)
                    Zeit: Thursday, 15.01.26 (9.30 - 17:00 h) and Friday 16.01.26 ( 09:30 - 16:00 h)
                    Ort: MPIMG, Ihnestr. 63, Seminarraum S3, 14195 Berlin
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Seminar ist ausschließlich in Englisch.

                    Kommentar

                    Inhalt: Chemische Modifikationen an DNA- und Histonproteinen bilden ein komplexes regulatorisches Netzwerk, das die Chromatinstruktur und die Genomfunktion moduliert. Das Epigenom bezieht sich auf die vollständige Beschreibung dieser potenziell vererbbaren Veränderungen im gesamten Genom. Die Zusammensetzung des Epigenoms innerhalb einer bestimmten Zelle ist eine Funktion der genetischen Determinanten, der Abstammungslinie und der Umgebung. Nachdem die Sequenzierung des menschlichen Genoms abgeschlossen ist, versuchen Forscher nun einen umfassenden Überblick über die epigenetischen Veränderungen zu bekommen, die bestimmen, wie sich genetische Informationen vor einem unglaublich unterschiedlichen Hintergrund von Entwicklungsstadien, Gewebetypen und Krankheitszuständen manifestieren. Ziel des Seminars ist es, eine Einführung in die Epigenetik zu geben, einschließlich eines Überblicks und eines grundlegenden Verständnisses der Schlüsseltechnologien, die die heutigen epigenomischen Daten erzeugen. Am zweiten Tag wird die entsprechende Datenverarbeitung und -analyse behandelt. Donnerstag: Einführung in die Epigenetik Einführung in die Next-Generation Sequenzierung Schlüsseltechnologien: DNA-Mapping, Chromatin-Mapping, 3D-Architektur, Long-Read Sequenzierung Isolierung von DNA mit hohem Molekulargewicht (für Long-Read Sequenzierung), Erzeugung von Bibliotheken auf dem neuesten Stand der Technik und Qualitätskontrolle, Sequenzierung Freitag: Vom DNA-Sequenzer zur Datenanalyse Nanopore-Sequenzierung und -Analyse (Epi) Genom-Browsing Epigenetische Deregulierung bei Krankheiten

                  • 216542 Vorlesung
                    Emerging Viruses (Susann Kummer)
                    Zeit: 05.11. - 07.11.25, 12.11. - 14.11.25 and 19.11.-20.11.25 from 09:30 - 11.00 h
                    Ort: Online - zeitABhängig
                    

                    Hinweise für Studierende

                    If you would like to participate please write to Dr. Susann Kummer: susann.kummer@fu-berlin.de

                    Kommentar

                    Description:
                    Introduction into principles of emerging viruses. The lecture will address the definition and description of emerging viruses and processes behind the development of emerging diseases. In the following examples of emerging viruses will be presented and their risk potential discussed. The topic of pandemic events, health care measures and ways to prevent and/or handle future pandemics will be part of the lecture series as well.
                    
                    1) Introduction, what are emerging viruses, what is an endemic/pandemic, history of pandemics and what we can learn from the past
                    2) Influenza viruses
                    3) SARS and MERS related corona viruses
                    4) Ebola viruses
                    5) human immunodeficiency viruses
                    6) Mosquito-transmitted viruses (ZIKA, Dengue, West Nile virus, Chikungunya, Yellow fever)
                    7) Emerging diseases in animals (risk potential for transfer to humans)
                    8) Emerging marine viruses and conclusions, open discussion, Q & A session to virus research related topics
                    

                  • 216703 Seminar
                    Journal Club "Aktuelle Themen der Signaltransduktion" (Petra Knaus)
                    Zeit: expected to take place regularly on Thursdays, 9:30am (Hybrid format) please contact the instructor for further information.
                    Ort: Thielallee 63, room 221 (Knaus group) and Online - zeitABhängig
                    
                  • 216709a Seminar
                    (S) Methoden der Wissenschaftskommunikation (Jerome Jatzlau)
                    Zeit: Takes place regularly on Tuesdays or Wednesdays, 18:00 h on site, please contact the instructor for further information. First Meeting: 15.10.2025
                    Ort: Thielallee 63, Raum 221 (AG Knaus)
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Seminar is open for both Bachelor and Master students independent of the semester. It is recommended to visit the course towards the end of the Bachelor studies or within the Master studies. Seminar will be on german or english. For registration send an e-mail to: jerome.jatzlau@fu-berlin.de with your name and your FU Student ID Nummer.

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                    Content:
                    Students will get to known key aspects of good scientific communication. Further they will get to know different creative methods to express and communicate their scientific results to peers and the broader public. From the different methods students should select two to further explore and apply to a topic of their choice. This could be used as a preparation for any lab presentation of a research project or using a topic handed out by the instructors.
                    Methods include:
                    
                    • Science Slam
                    • 3D printing of scientific models
                    • 3D rendering & animation ( proteins, DNA, membranes, cells)
                    • Memes as vehicle of science communication
                    • Artifical intelligence for scientific graphic rendering
                    
                    Dr. J. Jatzlau: jerome.jatzlau@fu-berlin.de; L. Obendorf: leon.obendorf@fu-berlin.de
                    
                    

                  • 216709b Seminar
                    (P) Methoden der Wissenschaftskommunikation (Jerome Jatzlau)
                    Zeit: In preparation for the following week, course participants work on a practical creative project at home. The time required varies depending on the subject area. First date: 15.10.2025
                    Ort: Thielallee 63, Raum 221 (AG Knaus)
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Seminar is open for both Bachelor and Master students independent of the semester. It is recommended to visit the course towards the end of the Bachelor studies or within the Master studies. Seminar will be on german or english. For registration send an e-mail to: jerome.jatzlau@fu-berlin.de with your name and your FU Student ID Nummer.

                    Kommentar

                    Content:
                    Presentation of the chosen project.
                    Methods include:
                    
                    • Science Slam
                    • 3D printing of scientific models
                    • 3D rendering & animation ( proteins, DNA, membranes, cells)
                    • Memes as vehicle of science communication
                    • Artifical intelligence for scientific graphic rendering
                    
                    Dr. J. Jatzlau: jerome.jatzlau@fu-berlin.de; L. Obendorf: leon.obendorf@fu-berlin.de
                    
                    

                  • 216711a Seminar
                    Stammzellbiologie (Nan Ma)
                    Zeit: 13.10. - 10.11.2025, every Monday, 15:00 -19:00 h (Erster Termin: 13.10.2025)
                    Ort: PC-Pool Chemie (Raum A.-106, UG1) (Arnimallee 22)
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Seminare 216711a und b müssen zusammen belegt werden < br=""> Die Anmeldung erfolgt direkt bei der Dozentin: Prof Dr. Nan Ma: nan.ma@fu-berlin.de

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                    Content:
                    

                    • Stem cell and regenerative medicine
                    • Adult stem cell
                    • Embryonic stem cell
                    • Induced pluripotent stem cell
                    • Stem cell niche
                    • Technique of purification and characterization(FACS)
                    
                    
                    Prof. Dr. N. Ma: Nan.Ma@fu-berlin.de

                  • 216711b Seminar
                    Stammzell-Therapie (Nan Ma)
                    Zeit: 17.11.25 - 15.12.25 every monday, 15:00 -19:00 h (Erster Termin: 17.11.2025)
                    Ort: PC-Pool Chemie (Raum A.-106, UG1) (Arnimallee 22)
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Seminare 216711a und b müssen zusammen belegt werden < br=""> Die Anmeldung erfolgt direkt bei der Dozentin: Prof Dr. Nan Ma: nan.ma@fu-berlin..de

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                    Content:
                    

                    • The basic of stem cell transplantation
                    • Hematopoietic stem cell transplantation(HSCT)
                    • Cancer stem cell and targeted therapy
                    • Skin stem cell and their clinical application
                    • Stem cell and cardiac repair
                    
                    
                    Prof Dr. N. Ma,: Nan.Ma@fu-berlin.de

                  • 216741a Seminar
                    Allgemeine molekulare Virologie (Annette Mankertz; Joachim Mankertz)
                    Zeit: Briefing: 15.10.25, 17:00 h Wednesday 17:00-18:30 h (a: 17:00 - 17:45 h, b: 17:45-18:30 h)
                    Ort: Onlinelehre – zeitABhängig. Powerpoint with voice-over and/or videoconference at the regular time.
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Given via video conference, interested students may enlist via E-Mail to mankertza@rki.de.
                    
                    Die Seminare 216741 a unb b müssen zusammen belegt werden.
                    Einzelne Termine der Veranstaltung finden evtl. online statt
                    

                    Kommentar

                    Das Modul besteht aus zwei Seminaren. Ein Seminarbeitrag in Form eines Referates ist vorgesehen. Content: 45 min introduction to the topic by lecturer 15 min presentation of a paper by student with slides (plus 2 pages handout sent to all students) 30 min seminar with questions on specific points of the presentation and the lecture, discussion Prof. Dr. A. Mankertz:mankertza@rki.de
                    PD Dr. J. Mankertz:joachim.mankertz@bvl.bund.de

                  • 216741b Seminar
                    Spezielle molekulare Virologie (Annette Mankertz; Joachim Mankertz)
                    Zeit: Briefing: 15.10.25, 17:00 h Wednesday 17:00-18:30 h (a: 17:00 - 17:45 h, b: 17:45-18:30 h)
                    Ort: Onlinelehre – zeitABhängig. Powerpoint with voice-over and/or videoconference at the regular time.
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Die Seminare 216741 a unb b müssen zusammen belegt werden. Given via video conference, interested students may enlist via E-Mail to mankertza@rki.de

                    Kommentar

                    Das Modul besteht aus zwei Seminaren. Ein Seminarbeitrag in Form eines Referates ist vorgesehen. Content: 45 min introduction to the topic by lecturer 15 min presentation of a paper by student with slides (plus 2 pages handout sent to all students) 30 min seminar with questions on specific points of the presentation and the lecture, discussion Given via video conference, interested students may enlist via E-Mail to mankertza@rki.de
                    
                    Prof. Dr. A. Mankertz:mankertza@rki.de
                    PD Dr. J. Mankertz:joachim.mankertz@bvl.bund.de

                  • 216762 Seminar
                    Wirkstoffentwicklung - Vom target zur hit-Findung (Roman Hillig, Holger Steuber)
                    Zeit: Schedule: Di and Do, 08:00 - 09:30 h, duration: 04.11.25 - 27.11.25
                    Ort: Online - zeitABhängig. Vertonte ppt und/oder Videokonferenz zur regulären Zeit.
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Die Teile (I im SS und II im WS) können in beliebiger Reihenfolge besucht werden, sie sind nicht aufbauend.

                    Kommentar

                    Content:
                    1. Target Identification and Hit Finding
                    2. X-ray Crystallography in DD
                    3. Molecular Modeling
                    4. Fragment-Based Drug Design
                    5. New Modalities, New target Classes
                    6. Target Class: Ras GTPase superfamily
                    7. Target Class: Epigenetic Targets
                    8. Nuclear Magnetic Resonance
                    
                    Dr. R. Hillig: roman.hillig@nuvisan.com
                    Dr. H. Steuber: holger.steuber@nuvisan.com

                • Free elective module (5 LP)

                  0390bB4.2
                  • 21359 Vorlesung
                    Nanotechnologie: Charakterisierung von Nanomaterialien in biologischen Systemen, Aufnahme/ Biokinetik, Exposition und Toxizitätstestung (Andrea Haase)
                    Zeit: Mo 10-12 Uhr (Beginn voraussichtlich 20.10.2025; Rückfragen bitte an: andrea.haase@bfr.bund.de (Erster Termin: 20.10.2025)
                    Ort: SR PTC (Raum A.006, EG) (Arnimallee 22)
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Bitte die Ankündigungen in Blackboard beachten. Rückfragen bitte an: andrea.haase@bfr.bund.de

                    Kommentar

                    Nanotechnologie gilt weltweit als Schlüsseltechnologie. Nano- und andere innovative Materialien („Advanced Materials“) kommen in vielen unterschiedlichen Bereichen einschließlich der modernen Medizin zum EInsatz. In diesem Seminar erwerben die Studierenden einen Überblick über verschiedene innovative Materialklassen, deren Eigenschaften und ausgewählte Einsatzgebiete. Weiterhin erwerben sie Kenntnisse darüber, wie sich Materialien in biologischen Systemen verhalten. Schwerpunktmäßig geht es um ein fundiertes Verständnis möglicher adverser Effekte auf die menschliche Gesundheit, mögliche Expositionspfade sowie verschiedene Testmethoden zur Charakterisierung der Toxizität. Es werden neben Standardmethoden auch moderne toxikologische Untersuchungsverfahren besprochen, z.B. integrierte/ intelligente Testverfahren, automatisierte Hochdurchsatzverfahren und Omics-Techniken Die Studierenden erwerben Grundkenntnisse  der Risikobewertung.und gewinnen abschließend erste Einblicke in moderen Designprinzipien, die darauf abzielen bereits im Innovationsprozess Materialsicherheit zu berücksichtigen.
                    
                    Dieses Seminar beinhaltet die folgenden Themen:

                    • Charakterisierung von Nano- und anderen innovativen Materialien
                    • Interaktion mit biologischen Molekülen
                    • Aufnahme in Zellen, Gewebe, Organismen, Biokinetik
                    • Expositionspfade und Toxiizitätstestmethoden (in silico, in vitro, in vivo)
                    • Expositionsmessung und - modellierung
                    • Risikobewertung, Regulation
                    • Ansätze zu nachhaltigen Designprinzipien (Safe-and-Sustainable Innovation)

                    Literaturhinweise

                    Usmani et al. 2024. Review of New Approach Methodologies for Application in Risk Assessment of Nanoparticles in the Food and Feed Sector: Status and Challenges. EFSA supporting publication. DOI: https://doi.org/10.2903/sp.efsa.2024.EN-8826

                  • 216321a Seminar
                    Integrative Strukturbiologie (Oliver Daumke)
                    Zeit: Mo 9:15 - 10:15 h, Beginn 13.10.2025
                    Ort: Online zeitAbhängig and Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin (MDC), Robert-Rössle-Straße 10 13125 Berlin, Haus 31.2., SR 0211
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Please contact Prof. Dr. O. Daumke (oliver.daumke@mdc-berlin.de) if you would like to participate.

                    Kommentar

                    Content:
                    Progress-report seminars on practical aspects of integrative structural biology, including
                    • concepts and design of studies for integrative structural biology approaches
                    • design and production of protein samples or complexes for structure analysis
                    • progress and problems in protein crystallization, NMR and cryo-EM sample preparation
                    • various aspects of crystal structure analysis, and structure determination by NMR and cryo-EM
                    • computational biology approaches, including molecular dynamics simulations
                    • cross-linking mass spectrometry
                    • structure-function studies to derive and test biological hypotheses from structural data
                    • protein dynamics and role for protein function in the context of molecular machines
                    • membrane proteins and interaction with lipid bilayer
                    Contact:
                    Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de

                  • 216321b Seminar
                    Aktuelle Strukturbiologie (Oliver Daumke)
                    Zeit: Mi 11:00 - 12:00 h, Beginn 15.10.25
                    Ort: Online zeitAbhängig and Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin (MDC), Robert-Rössle-Straße 10 13125 Berlin, Haus 31.2., SR 0211
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Please contact Prof. Dr. O. Daumke (oliver.daumke@mdc-berlin.de) if you would like to participate.

                    Kommentar

                    Content:
                    Journal-club seminars on various topics in structural biology, including:
                    

                    • new X-ray, NMR and cryo-EM structures
                    • method developments in macromolecular crystallography
                    • method developments in cryo-electron microscopy
                    • new concepts in molecular and cell biology
                    • current studies in membrane biology
                    • current studies in gene expression regulation
                    • structure-based identification and optimization of chemical probes
                    
                    Kontakt:
                    Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de

                  • 216501a Vorlesung
                    Membranproteine: Klassifizierung, Struktur und Funktion (Stefan Kubick)
                    Zeit: Di 18:00 st. - 19:00 h (Erster Termin: 14.10.2025)
                    Ort: Hs Biochemie, Thielallee 63 (Lise-Meitner-Hörsaal)
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Anmeldung zur Vorlesung per email an: stefan.kubick@fu-berlin.de dann erhalten Sie die Zugangsdaten. Muss zusammen mit Seminar 216501b besucht werden.
                    Ist Voraussetzung für das S/P 216451 a, b

                    UN Sustainable Development Goals (SDGs): 4, 5, 9, 12, 17

                    Kommentar

                    Inhalt / Content:
                    Biomembranes and synthesis of transmembrane proteins:
                    

                    • Molecular structure of membranes
                    • Synthesis of biomembranes
                    • Lipid rafts
                    • Subcellular organization of the eukaryotic cell, cell metabolism and secretion
                    • Protein synthesis
                    
                    Receptors and signal transduction:
                    
                    • Cell surface receptors
                    • Signal transduction pathways
                    
                    Multigene families encoding membrane proteins:
                    
                    • G protein-coupled receptors (structure, signal transduction, agonists/antagonists)
                    • Odorant receptors
                    • Non-peptide receptors
                    • Peptide receptors
                    
                    Ion channels:
                    
                    • voltage-gated ion channels
                    • ligand-gated ion channels
                    • mechanosensitive ion channels
                    
                    Methods in molecular biology and protein chemistry:
                    
                    • Production of membrane proteins
                    • Cell-free protein synthesis (prokaryotic systems, eukaryotic systems, labeling)
                    • Structural and functional analysis of membrane proteins
                    
                    
                    Lernziele:
                    Den Studierenden werden in dieser Vorlesung Kenntnisse der Topologie und Funktion der wichtigsten Klassen von Membranproteinen vermittelt. Es werden Strukturen, biochemische Eigenschaften, Regulation und physiologische Bedeutung verschiedener Membranproteine erläutert. Signaltransduktionskaskaden, Rezeptor-Ligand Interaktionen und pharmakologische Eigenschaften dieser Membranproteine werden dargestellt. Lipid-Membranproteinwechselwirkungen und posttranslationale Modifikationen werden an ausgewählten Beispielen membranadhärenter und transmembranärer Proteine behandelt. Die aufgezeigten analytischen Methoden zur Darstellung und Charakterisierung von Membranproteinen erweitern das Spektrum biochemischer Arbeitsmethoden.
                    Literatur:
                    
                    • Stryer: Biochemie
                    • Alberts: Molekularbiologie der Zelle
                    • Forth, Henschler: Pharmakologie und Toxikologie
                    • Offermanns, Rosenthal: Encyclopedic Reference of Molecular Pharmacology
                    • Boron: Medical Physiology, A Cellular and Molecular Approach
                    • Fielding: Lipid Rafts and Caveolae
                    • Krauss: Biochemistry of Signal Transduction and Regulation
                    • Aktories, Förstermann, Hofmann: Allgemeine und spezielle Pharmakologie und Toxikologie
                    • Aktuelle Publikationen
                    
                    Dr. S. Kubick: stefan.kubick@fu-berlin.de
                    

                  • 216501b Seminar
                    Seminar zur Vorlesung Membranproteine: Klassifizierung, Struktur und Funktion (Stefan Kubick)
                    Zeit: Di 19:00 - 20:00 h (Erster Termin: 14.10.2025)
                    Ort: Hs Biochemie, Thielallee 63 (Lise-Meitner-Hörsaal)
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Anmeldung zur Vorlesung per email an: stefan.kubick@fu-berlin.de Dann erhalten Sie die Zugangsdaten. Muss zusammen mit V 216501a besucht werden.
                    Ist Voraussetzung für das S/P 216451 a, b

                    UN Sustainable Development Goals (SDGs): 4, 5, 9, 12, 17

                    Kommentar

                    Inhalt / Content:
                    Intended for graduate students, this seminar will introduce the tools of membrane protein synthesis and their functional characterization. Membrane proteins account for more than 30% of the genome in living organisms and many membrane-embedded receptors, transporters and ion channels are important therapeutic targets. In this context, methodologies concerning the functional characterization, the structure and the biochemical properties of membrane proteins, their regulation and their physiological relevance are in the focus of this seminar. Emphasis is given to topics that will be useful in other disciplines, including systems for the in vivo and in vitro expression of membrane proteins. The seminar gives a detailed introduction on problems concerning the interaction of chemical messengers with specific cell-surface receptors, the activation of signal-transduction cascades leading to the accumulation of specific intracellular second messenger molecules and the cell’s response to an external stimulus. Beside others the following topics are discussed in detail: Ligand-gated ion channels and their signaling between electrically excitable cells; G protein-coupled receptors, triggering downstream signal transduction cascades, thereby activating separate membrane-associated enzymes and catalytic receptors, acting as enzymes themselves. A critical approach to lipid-membrane protein interactions and the pharmacological properties of selected membrane proteins is also in the focus of this seminar.
                    
                    Zeitgleiche Durchführung zur o.g. Vorlesung, detaillierte Beschreibung siehe Vorlesung.
                    
                    Dr. S. Kubick: stefan.kubick@fu-berlin.de
                    Fraunhofer Institut für Zelltherapie und Immunologie (IZI), Institutsteil Bioanalytik und Bioprozesse(IZI-BB) Potsdam-Golm, Am Mühlenberg 13, 14476 Potsdam

                  • 216506 Seminar
                    Aktuelle Themen der Proteinbiochemie (Christian Freund)
                    Zeit: please contact the instructor for further information
                    Ort: Seminarraum 021 (AG Freund), Thielallee 63
                    

                    Kommentar

                    Inhalt / Content:
                    

                    • Novel enzymes, unconventional catalysts
                    • Proteins in T cell activation and signaling
                    • Synaptic proteins and their interactions
                    • Actin regulatory proteins
                    • Proline-rich sequence (PRS) recognition domain containing proteins
                    
                    
                    Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de

                  • 216531 Seminar
                    Einführung in die Epigenomik (Alexander Meissner)
                    Zeit: Thursday, 15.01.26 (9.30 - 17:00 h) and Friday 16.01.26 ( 09:30 - 16:00 h)
                    Ort: MPIMG, Ihnestr. 63, Seminarraum S3, 14195 Berlin
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Seminar ist ausschließlich in Englisch.

                    Kommentar

                    Inhalt: Chemische Modifikationen an DNA- und Histonproteinen bilden ein komplexes regulatorisches Netzwerk, das die Chromatinstruktur und die Genomfunktion moduliert. Das Epigenom bezieht sich auf die vollständige Beschreibung dieser potenziell vererbbaren Veränderungen im gesamten Genom. Die Zusammensetzung des Epigenoms innerhalb einer bestimmten Zelle ist eine Funktion der genetischen Determinanten, der Abstammungslinie und der Umgebung. Nachdem die Sequenzierung des menschlichen Genoms abgeschlossen ist, versuchen Forscher nun einen umfassenden Überblick über die epigenetischen Veränderungen zu bekommen, die bestimmen, wie sich genetische Informationen vor einem unglaublich unterschiedlichen Hintergrund von Entwicklungsstadien, Gewebetypen und Krankheitszuständen manifestieren. Ziel des Seminars ist es, eine Einführung in die Epigenetik zu geben, einschließlich eines Überblicks und eines grundlegenden Verständnisses der Schlüsseltechnologien, die die heutigen epigenomischen Daten erzeugen. Am zweiten Tag wird die entsprechende Datenverarbeitung und -analyse behandelt. Donnerstag: Einführung in die Epigenetik Einführung in die Next-Generation Sequenzierung Schlüsseltechnologien: DNA-Mapping, Chromatin-Mapping, 3D-Architektur, Long-Read Sequenzierung Isolierung von DNA mit hohem Molekulargewicht (für Long-Read Sequenzierung), Erzeugung von Bibliotheken auf dem neuesten Stand der Technik und Qualitätskontrolle, Sequenzierung Freitag: Vom DNA-Sequenzer zur Datenanalyse Nanopore-Sequenzierung und -Analyse (Epi) Genom-Browsing Epigenetische Deregulierung bei Krankheiten

                  • 216542 Vorlesung
                    Emerging Viruses (Susann Kummer)
                    Zeit: 05.11. - 07.11.25, 12.11. - 14.11.25 and 19.11.-20.11.25 from 09:30 - 11.00 h
                    Ort: Online - zeitABhängig
                    

                    Hinweise für Studierende

                    If you would like to participate please write to Dr. Susann Kummer: susann.kummer@fu-berlin.de

                    Kommentar

                    Description:
                    Introduction into principles of emerging viruses. The lecture will address the definition and description of emerging viruses and processes behind the development of emerging diseases. In the following examples of emerging viruses will be presented and their risk potential discussed. The topic of pandemic events, health care measures and ways to prevent and/or handle future pandemics will be part of the lecture series as well.
                    
                    1) Introduction, what are emerging viruses, what is an endemic/pandemic, history of pandemics and what we can learn from the past
                    2) Influenza viruses
                    3) SARS and MERS related corona viruses
                    4) Ebola viruses
                    5) human immunodeficiency viruses
                    6) Mosquito-transmitted viruses (ZIKA, Dengue, West Nile virus, Chikungunya, Yellow fever)
                    7) Emerging diseases in animals (risk potential for transfer to humans)
                    8) Emerging marine viruses and conclusions, open discussion, Q & A session to virus research related topics
                    

                  • 216703 Seminar
                    Journal Club "Aktuelle Themen der Signaltransduktion" (Petra Knaus)
                    Zeit: expected to take place regularly on Thursdays, 9:30am (Hybrid format) please contact the instructor for further information.
                    Ort: Thielallee 63, room 221 (Knaus group) and Online - zeitABhängig
                    
                  • 216709a Seminar
                    (S) Methoden der Wissenschaftskommunikation (Jerome Jatzlau)
                    Zeit: Takes place regularly on Tuesdays or Wednesdays, 18:00 h on site, please contact the instructor for further information. First Meeting: 15.10.2025
                    Ort: Thielallee 63, Raum 221 (AG Knaus)
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Seminar is open for both Bachelor and Master students independent of the semester. It is recommended to visit the course towards the end of the Bachelor studies or within the Master studies. Seminar will be on german or english. For registration send an e-mail to: jerome.jatzlau@fu-berlin.de with your name and your FU Student ID Nummer.

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                    Content:
                    Students will get to known key aspects of good scientific communication. Further they will get to know different creative methods to express and communicate their scientific results to peers and the broader public. From the different methods students should select two to further explore and apply to a topic of their choice. This could be used as a preparation for any lab presentation of a research project or using a topic handed out by the instructors.
                    Methods include:
                    
                    • Science Slam
                    • 3D printing of scientific models
                    • 3D rendering & animation ( proteins, DNA, membranes, cells)
                    • Memes as vehicle of science communication
                    • Artifical intelligence for scientific graphic rendering
                    
                    Dr. J. Jatzlau: jerome.jatzlau@fu-berlin.de; L. Obendorf: leon.obendorf@fu-berlin.de
                    
                    

                  • 216709b Seminar
                    (P) Methoden der Wissenschaftskommunikation (Jerome Jatzlau)
                    Zeit: In preparation for the following week, course participants work on a practical creative project at home. The time required varies depending on the subject area. First date: 15.10.2025
                    Ort: Thielallee 63, Raum 221 (AG Knaus)
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Seminar is open for both Bachelor and Master students independent of the semester. It is recommended to visit the course towards the end of the Bachelor studies or within the Master studies. Seminar will be on german or english. For registration send an e-mail to: jerome.jatzlau@fu-berlin.de with your name and your FU Student ID Nummer.

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                    Content:
                    Presentation of the chosen project.
                    Methods include:
                    
                    • Science Slam
                    • 3D printing of scientific models
                    • 3D rendering & animation ( proteins, DNA, membranes, cells)
                    • Memes as vehicle of science communication
                    • Artifical intelligence for scientific graphic rendering
                    
                    Dr. J. Jatzlau: jerome.jatzlau@fu-berlin.de; L. Obendorf: leon.obendorf@fu-berlin.de
                    
                    

                  • 216711a Seminar
                    Stammzellbiologie (Nan Ma)
                    Zeit: 13.10. - 10.11.2025, every Monday, 15:00 -19:00 h (Erster Termin: 13.10.2025)
                    Ort: PC-Pool Chemie (Raum A.-106, UG1) (Arnimallee 22)
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Seminare 216711a und b müssen zusammen belegt werden < br=""> Die Anmeldung erfolgt direkt bei der Dozentin: Prof Dr. Nan Ma: nan.ma@fu-berlin.de

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                    Content:
                    

                    • Stem cell and regenerative medicine
                    • Adult stem cell
                    • Embryonic stem cell
                    • Induced pluripotent stem cell
                    • Stem cell niche
                    • Technique of purification and characterization(FACS)
                    
                    
                    Prof. Dr. N. Ma: Nan.Ma@fu-berlin.de

                  • 216711b Seminar
                    Stammzell-Therapie (Nan Ma)
                    Zeit: 17.11.25 - 15.12.25 every monday, 15:00 -19:00 h (Erster Termin: 17.11.2025)
                    Ort: PC-Pool Chemie (Raum A.-106, UG1) (Arnimallee 22)
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Seminare 216711a und b müssen zusammen belegt werden < br=""> Die Anmeldung erfolgt direkt bei der Dozentin: Prof Dr. Nan Ma: nan.ma@fu-berlin..de

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                    Content:
                    

                    • The basic of stem cell transplantation
                    • Hematopoietic stem cell transplantation(HSCT)
                    • Cancer stem cell and targeted therapy
                    • Skin stem cell and their clinical application
                    • Stem cell and cardiac repair
                    
                    
                    Prof Dr. N. Ma,: Nan.Ma@fu-berlin.de

                  • 216741a Seminar
                    Allgemeine molekulare Virologie (Annette Mankertz; Joachim Mankertz)
                    Zeit: Briefing: 15.10.25, 17:00 h Wednesday 17:00-18:30 h (a: 17:00 - 17:45 h, b: 17:45-18:30 h)
                    Ort: Onlinelehre – zeitABhängig. Powerpoint with voice-over and/or videoconference at the regular time.
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Given via video conference, interested students may enlist via E-Mail to mankertza@rki.de.
                    
                    Die Seminare 216741 a unb b müssen zusammen belegt werden.
                    Einzelne Termine der Veranstaltung finden evtl. online statt
                    

                    Kommentar

                    Das Modul besteht aus zwei Seminaren. Ein Seminarbeitrag in Form eines Referates ist vorgesehen. Content: 45 min introduction to the topic by lecturer 15 min presentation of a paper by student with slides (plus 2 pages handout sent to all students) 30 min seminar with questions on specific points of the presentation and the lecture, discussion Prof. Dr. A. Mankertz:mankertza@rki.de
                    PD Dr. J. Mankertz:joachim.mankertz@bvl.bund.de

                  • 216741b Seminar
                    Spezielle molekulare Virologie (Annette Mankertz; Joachim Mankertz)
                    Zeit: Briefing: 15.10.25, 17:00 h Wednesday 17:00-18:30 h (a: 17:00 - 17:45 h, b: 17:45-18:30 h)
                    Ort: Onlinelehre – zeitABhängig. Powerpoint with voice-over and/or videoconference at the regular time.
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Die Seminare 216741 a unb b müssen zusammen belegt werden. Given via video conference, interested students may enlist via E-Mail to mankertza@rki.de

                    Kommentar

                    Das Modul besteht aus zwei Seminaren. Ein Seminarbeitrag in Form eines Referates ist vorgesehen. Content: 45 min introduction to the topic by lecturer 15 min presentation of a paper by student with slides (plus 2 pages handout sent to all students) 30 min seminar with questions on specific points of the presentation and the lecture, discussion Given via video conference, interested students may enlist via E-Mail to mankertza@rki.de
                    
                    Prof. Dr. A. Mankertz:mankertza@rki.de
                    PD Dr. J. Mankertz:joachim.mankertz@bvl.bund.de

                  • 216762 Seminar
                    Wirkstoffentwicklung - Vom target zur hit-Findung (Roman Hillig, Holger Steuber)
                    Zeit: Schedule: Di and Do, 08:00 - 09:30 h, duration: 04.11.25 - 27.11.25
                    Ort: Online - zeitABhängig. Vertonte ppt und/oder Videokonferenz zur regulären Zeit.
                    

                    Hinweise für Studierende

                    Die Teile (I im SS und II im WS) können in beliebiger Reihenfolge besucht werden, sie sind nicht aufbauend.

                    Kommentar

                    Content:
                    1. Target Identification and Hit Finding
                    2. X-ray Crystallography in DD
                    3. Molecular Modeling
                    4. Fragment-Based Drug Design
                    5. New Modalities, New target Classes
                    6. Target Class: Ras GTPase superfamily
                    7. Target Class: Epigenetic Targets
                    8. Nuclear Magnetic Resonance
                    
                    Dr. R. Hillig: roman.hillig@nuvisan.com
                    Dr. H. Steuber: holger.steuber@nuvisan.com

                • Module ohne Lehrangebot in diesem Semester

                  33 Module
                  • Methods module (5 LP) 0390bB1.10
                  • Methods module of an affine subject (5 LP) 0390bB1.8
                  • Methods module (5 LP) 0390bB1.9
                  • Research Project A (15 LP) 0390bB2.10
                  • Research Project in Molecular Biology A (15 LP) 0390bB2.3
                  • Research Project in Structural Biology and Biophysics A (15 LP) 0390bB2.4
                  • Research Project in Molecular Genetics A (15 LP) 0390bB2.5
                  • Research Project in Cell Biology A (15 LP) 0390bB2.6
                  • Research Project in Computational Biology, Bioinformatics and Data Analysis A (15 LP) 0390bB2.7
                  • Research Project in Molecular Biomedicine A (15 LP) 0390bB2.8
                  • Supervised research - affine subject A (15 LP) 0390bB2.9
                  • Research Project in Molecular Biology B (10 LP) 0390bB3.1
                  • Research Project in Computational Biology, Bioinformatics and Data Analysis C (5 LP) 0390bB3.10
                  • Research Project in Molecular Biomedicine B (10 LP) 0390bB3.11
                  • Research Project in Molecular Biomedicine C (5 LP) 0390bB3.12
                  • Special Aspects of Biochemistry A (5 LP) 0390bB3.14
                  • Special Aspects of Biochemistry B (5 LP) 0390bB3.15
                  • Special Aspects of Biochemistry C (5 LP) 0390bB3.16
                  • Special Aspects of Biochemistry D (5 LP) 0390bB3.17
                  • Teaching in Biochemistry (5 LP) 0390bB3.18
                  • Supervised research - affine subject B (10 LP) 0390bB3.19
                  • Research Project in Molecular Biology C (5 LP) 0390bB3.2
                  • Research Project B (10 LP) 0390bB3.20
                  • Supervised research - affine subject C (5 LP) 0390bB3.21
                  • Research Project C (5 LP) 0390bB3.22
                  • Research Project in Structural Biology and Biophysics B (10 LP) 0390bB3.3
                  • Research Project in Structural Biology and Biophysics C (5 LP) 0390bB3.4
                  • Research Project in Molecular Genetics B (10 LP) 0390bB3.5
                  • Research Project in Molecular Genetics C (5 LP) 0390bB3.6
                  • Research Project in Cell Biology B (10 LP) 0390bB3.7
                  • Research Project in Cell Biology C (5 LP) 0390bB3.8
                  • Research Project in Computational Biology, Bioinformatics and Data Analysis B (10 LP) 0390bB3.9
                  • Free elective module (10 LP) 0390bB4.3