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 Lehrveranstaltung

Bioinformatik

Bachelor Bioinformatik (SPO 2023)

0260d_k150

  • Konzepte der Programmierung

    0260dA1.1
    • 19300001 Vorlesung
      Konzepte der Programmierung (Kristin Knorr)
      Zeit: Mo 14:00-16:00, Mi 12:00-14:00, zusätzliche Termine siehe LV-Details (Erster Termin: 13.10.2025)
      Ort: Gr. Hörsaal (Raum B.001) (Arnimallee 22)

      Kommentar

      Qualifikationsziele

      Die Studierenden erklären2 verschiedene Programmierparadigmen und stellen diese gegenüber4. Sie interpretieren2 Beschreibungen und Quelltexte zu elementaren Datenstrukturen und charakterisieren4 deren Funktionsweise und implementieren3 elementare Algorithmen und Datenstrukturen in verschiedenen Programmierparadigmen und passen diese an unterschiedliche Anforderungen an5. Sie diskutieren6 Vor- und Nachteile verschiedener Lösungen von algorithmischen Problemen.

      Inhalte

      Studierende erlernen die Grundlagen des Programmierens und grundlegende Programmierparadigmen wie Imperativ und Funktional. Sie erarbeiten sich Ausdrücke und Datentypen und grundlegende Aspekte Imperativer Programmierung (Zustand, Anweisungen Kontrollstrukturen, Ein-Ausgabe) und üben deren Anwendung. Die Studierenden erarbeiten sich grundlegende Aspekte der Funktionalen Programmierung (Funktionen, Rekursion, Funktionen höherer Ordnung, Currying), und Objektorientierte Konzepte wie Kapselung und Vererbung, Polymorphie, sowie Grundlegende Algorithmische Fragestellungen (z. B. Suchen, Sortieren, Auswählen und einfache Feld- und Zeigerbasierte Datenstrukturen) und üben deren Implementierung.
    • 19300002 Übung
      Übung zu Konzepte der Programmierung (Kristin Knorr)
      Zeit: Mi 14:00-16:00, Mi 16:00-18:00, Do 08:00-10:00, Do 12:00-14:00, Do 16:00-18:00, Fr 08:00-10:00, Fr 10:00-12:00, Fr 12:00-14:00, Fr 14:00-16:00 (Erster Termin: 15.10.2025)
      Ort: T9/049 Seminarraum (Takustr. 9)

      Kommentar

      Tutorien finden erst ab der 2. Vorlesungswoche statt

  • Algorithmische Bioinformatik I und Numerik

    0260dA1.3
    • 19400001 Vorlesung
      Algorithmische Bioinformatik I und Numerik (Knut Reinert)
      Zeit: Do 12:00-14:00 (Erster Termin: 16.10.2025)
      Ort: T9/SR 005 Übungsraum (Takustr. 9)

      Kommentar

      In der Vorlesung werden folgende Inhalte behandelt: Methoden der approximativen Sequenzsuche und des Sequenzvergleiches. Unter anderem, indexbasierte Suchen, multiple Suchen und Heuristiken zur Sequenzsuche. Im Bereich Numerik werden Rundungsfehler, Kondition und Stabilität behandelt.

      In den Übungen werden die erarbeiteten Inhalte vertieft und Analyse- und Beweistechniken eingeübt.

      Das Modul "Praxis der Algorithmischen Bioinformatik I und Numerik" (19401330)  ist dieser Lehrveranstaltung angegliedert. Bitte informieren Sie sich auch auf der dortigen Seite!

      Literaturhinweise

      Generelle Bücher/Basic reading:

      • Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
      • R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3
      • David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
      • Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4
    • 19400002 Übung
      Übung zu Algorithmische Bioinformatik I und Numerik (Knut Reinert)
      Zeit: Di 10:00-12:00, Di 12:00-14:00, Mi 10:00-12:00, Do 14:00-16:00 (Erster Termin: 21.10.2025)
      Ort: T9/055 Seminarraum (Takustr. 9)

  • Praxis der Algorithmischen Bioinformatik I und Numerik

    0260dA1.4
    • 19401330 Praktikum
      Praxis der Algorithmischen Bioinformatik I und Numerik (Chris Bielow)
      Zeit: Mo 10:00-12:00, Mo 12:00-14:00, Di 10:00-12:00, Di 12:00-14:00 (Erster Termin: 20.10.2025)
      Ort: A6/017 Frontalunterrichtsraum (Bioinf) (Arnimallee 6)

      Kommentar

      Dieses Praktikum ist ein eigenes Modul, aber der gleichnamigen Vorlesung und Übung angegliedert. Zunächst wird eine Einführung in Programmierwerkzeuge und die verwendete Programmiersprache (C++) gegeben. Danach werden programmiertechnische Fertigkeiten anhand der in der Vorlesung besprochenen Algorithmen erklärt und vermittelt.

      Vorkenntnisse

      • Linux Kommandozeile; z.B. Shellkurs vom Mentoring
      • C++ Basiswissen (C++ Blockkurs in der VL-freien Zeit vor und nach dem 3. Fachsemester)

       

      Vorraussetzungen für erfolgreiches Bestehen

      Aktive Teilnahme: 70% aller Punkte aus den sieben Programmieraufgaben

      Modulprüfung: 2 bestandene Code Reviews

      Regelmäßige Teilnahme.

      Aufbau und Ablauf

      Vorlesung und Tutorium (drei mögliche Slots für kleinere Gruppen, von denen pro Student nur einer belegt werden muss) finden im Wechsel jeweils Montags statt. Am Tag der Vorlesung wird ein Übungszettel ausgegeben. Dazu können in der folgenden Woche im Tutorium Fragen gestellt werden. Danach Abgabe in 2-er Gruppen bis Mittwoch um 12:00 Uhr (Mittag), d.h. 9 Tage Bearbeitungszeit.

      Code Reviews

      Montag im Tutorium werden aus allen Praktikumsteilnehmern zufällig (?) Personen für ein individuelles Code Review des aktuellen Übungszettels gezogen (unabhängig von den 2-er Gruppen), welche am darauf folgenden Freitag vormittag ihren Code erklären müssen. Im Laufe der gesamten Veranstaltung wird jeder Teilnehmer 2 Code Reviews absolvieren.

  • Algorithmische Bioinformatik III und Statistik

    0260dA1.6
    • 19401201 Vorlesung
      Algorithmische Bioinformatik III und Statistik (Knut Reinert, Martin Vingron, Max von Kleist, Martin Hölzer)
      Zeit: Di 14:00-16:00 (Erster Termin: 14.10.2025)
      Ort: T9/SR 005 Übungsraum (Takustr. 9)

      Kommentar

      Inhalt:

      • Algorithmen zur Rekonstruktion phylogenetischer Bäume
      • Statistische Signifikanz von Sequenzähnlichkeit und Ergebnissen von Datenbanksuchen
      • Statistische Signalanalyse mittels (hidden) Markov Modellen, Anwendungen in Mustersuche und Genvorhersage
      • Statistik der Genom-Assemblierung
      • Modelle und Algorithmen zur Proteinstruktur-Analyse
      • Analyse von Daten aus aktuellen Technologien der funktionellen Genomik
    • 19401202 Übung
      Übung zu Algorithmische Bioinformatik III und Statistik (Knut Reinert, Martin Vingron, Max von Kleist)
      Zeit: Di 08:00-10:00, Di 10:00-12:00, Di 12:00-14:00, Do 10:00-12:00, Do 14:00-16:00 (Erster Termin: 07.10.2025)
      Ort: , 1.3.48 Seminarraum T3, A3/SR 119, KöLu24-26/SR 006 Neuro/Mathe, T9/055 Seminarraum, T9/SR 005 Übungsraum
    • 19401206 Seminaristischer Unterricht
      Seminar.Unterricht zu Algorithmische Bioinformatik III und Statistik (Knut Reinert, Martin Vingron, Max von Kleist)
      Zeit: Findet im Rahmen der Tutoriumstermine statt.
      Ort: keine Angabe

  • Wissenschaftliches Arbeiten in der Bioinformatik

    0260dA1.7
    • 19403911 Seminar
      Wissenschaftliches Arbeiten in der Bioinformatik (Knut Reinert, Max von Kleist)
      Zeit: Blockkurs letzte Februarwoche (Erster Termin: 23.02.2026)
      Ort: T9/049 Seminarraum (Takustr. 9)

      Kommentar

      Im Seminar werden mündliche und schriftliche Präsentation wissenschaftlicher Inhalte in der Bioinformatik eingeübt. Gegenstand sind Literaturrecherche in der (Bio)Informatik, korrektes Zitieren, Aufbau und Gliederung einer Abschlussarbeit in der Bioinformatik sowie Vortrags- und Präsentationstechniken. Die Studierenden befassen sich mit der Dokumentation von Daten und Software, guter wissenschaftlicher Praxis und gesellschaftlichen, ethischen und rechtlichen Fragen bioinformatischen Handelns unter Einschluss von Gender- und Diversity-Aspekten.

      Das Seminar findet als Blockveranstaltung in der letzten Februarwoche statt.

      Bitte melden Sie sich zusätzlich zur Vorlesung "Wissenschaftliches Arbeiten in der Informatik" (19319701) an! Nur zusammen mit der Vorlesung kann das Modul abgeschlossen werden.
    • 60103611 Seminar
      Wissenschaftliches Arbeiten in der Bioinformatik (Charité) (Frank Konietschke)
      Zeit: Eine Woche Ende Februar
      Ort: keine Angabe

      Kommentar

      Im Seminar werden mündliche und schriftliche Präsentation wissenschaftlicher Inhalte in der Bioinformatik eingeübt. Gegenstand sind Literaturrecherche in der (Bio)Informatik, korrektes Zitieren, Aufbau und Gliederung einer Abschlussarbeit in der Bioinformatik sowie Vortrags- und Präsentationstechniken. Die Studierenden befassen sich mit der Dokumentation von Daten und Software, guter wissenschaftlicher Praxis und gesellschaftlichen, ethischen und rechtlichen Fragen bioinformatischen Handelns unter Einschluss von Gender- und Diversity-Aspekten.

      Das Seminar findet als Blockveranstaltung in der letzten Februarwoche statt, und beinhaltet die Auswertung eines medizinischen Studien-Datensatzes anhand einer festen primären und frei wählbaren sekundären Fragestellungen mit anschließender Erstellung einer Vortragspräsentation in Gruppenarbeit.

      Bitte melden Sie sich zusätzlich zur Vorlesung "Wissenschaftliches Arbeiten in der Informatik" (19319701) an! Nur zusammen mit der Vorlesung kann das Modul abgeschlossen werden.

  • Diskrete Strukturen für Informatik

    0260dA2.1
    • 19300901 Vorlesung
      Discrete Structures for Computer Science (Max Willert)
      Zeit: Di 14:00-16:00, Do 14:00-16:00, zusätzliche Termine siehe LV-Details (Erster Termin: 14.10.2025)
      Ort: Gr. Hörsaal (Raum B.001) (Arnimallee 22)

      Kommentar

      Qualifikationsziele

      Die Studierenden formulieren3 Aussagen formal aussagenlogisch und prädikatenlogisch. Sie analysieren4 und vereinfachen3 die logische Struktur gegebener Aussagen und beschreiben4 die logische Struktur von Beweisen. Sie benennen Eigenschaften unterschiedlicher Mengen, Relationen und Funktionen und begründen4 diese mit Hilfe formaler Argumente. Sie können Beweise für elementare Aussagen unter Verwendung elementarer Beweistechniken entwickeln5 und die Mächtigkeit von Mengen mit Hilfe kombinatorischer Techniken sowie Wahrscheinlichkeiten von Zufallsereignissen bestimmen3. Sie sind in der Lage, Fragestellungen der (Bio-)Informatik mit Hilfe der Graphentheorie und der diskreten Wahrscheinlichkeitstheorie zu modellieren.3. Die Studierenden benennen Eigenschaften unterschiedlicher Graphen und begründen4 diese mit Hilfe formaler Argumente.

      Inhalte

      Studierende erlernen grundlegende Konzepte der Mengenlehre, Logik, Booleschen Algebra, Kombinatorik und Graphentheorie und üben deren Anwendung. Sie erarbeiten sich in der Mengenlehre Mengen, Relationen, Äquivalenz- und Ordnungsrelationen und Funktionen. Im Bereich der Logik und Booleschen Algebra erarbeiten sie sich Aspekte der Aussagenlogik, Prädikatenlogik, Erfüllbarkeitstests, sowie Boolesche Funktionen und Normalformen. Im Themenfeld Kombinatorik erlernen und diskutieren sie das Schubfachprinzip, Rekursion, Abzählprinzipien, Fakultät und Binomialkoeffizienten. Im Themenfeld Graphentheorie erarbeiten sie Repräsentationsformen, Wege, Kreise und Bäume. Zuletzt erarbeiten sie sich verschiedene Beweistechniken und grundlegende Aspekte Diskreter Wahrscheinlichkeitstheorie. Die meisten dieser Konzepte werden an Rechen- oder Beweisaufgaben geübt.
    • 19300902 Übung
      Übung zu Diskrete Strukturen für Informatik (Max Willert)
      Zeit: Mo 08:00-10:00, Mo 10:00-12:00, Mo 16:00-18:00, Di 08:00-10:00, Di 10:00-12:00, Di 12:00-14:00, Di 16:00-18:00 (Erster Termin: 13.10.2025)
      Ort: T9/053 Seminarraum (Takustr. 9)

  • Analysis für Informatik

    0260dA2.3
    • 19301101 Vorlesung
      Analysis für Informatik und Bioinformatik (Klaus Kriegel)
      Zeit: Di 14:00-16:00, Fr 10:00-12:00, zusätzliche Termine siehe LV-Details (Erster Termin: 14.10.2025)
      Ort: T9/Gr. Hörsaal (Takustr. 9)

      Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

      Freischaltung der Anmeldung zu Tutorien wird rechtzeitig bekanntgegeben.

      Kommentar

      Inhalt:

      • Aufbau der Zahlenbereiche von den natürlichen bis zu den reellen Zahlen, Vollständigkeitseigenschaft der reellen Zahlen
      • Polynome, Nullstellen und Polynominterpolation
      • Exponential- und Logarithmusfunktion, trigonometrische Funktionen
      • Komplexe Zahlen, komplexe Exponentialfunktion und komplexe Wurzeln
      • Konvergenz von Folgen und Reihen, Konvergenz und Stetigkeit von Funktionen, O-Notation
      • Differentialrechnung: Ableitung einer Funktion, ihre Interpretation und Anwendungen
      • Intergralrechnung: Bestimmtes und unbestimmtes Integral, Hauptsatz der Differential- und Intergralrechnung, Anwendungen
      • Potenzreihen
      • Grundlagen der Stochstik: Wahrscheinlichkeitsräume, diskrete und stetige Zufallsvariable, Erwartungswert und Varianz

      Literaturhinweise

      • Kurt Meyberg, Peter Vachenauer: Höhere Mathematik 1, Springer-Verlag, 6. Auflage 2001
      • Dirk Hachenberger: Mathematik für Informatiker, Pearson 2005
      • Peter Hartmann: Mathematik für Informatiker, Vieweg, 4. Auflage 2006
      • Thomas Westermann: Mathematik für Ingenieure mit Maple 1, Springer-Verlag, 4. Auflage 2005
    • 19301102 Übung
      Übung zu Analysis für Informatik (Katinka Wolter)
      Zeit: Mo 12:00-14:00, Mo 16:00-18:00, Di 16:00-18:00, Mi 12:00-14:00, Mi 16:00-18:00, Do 08:00-10:00, Do 10:00-12:00, Do 16:00-18:00, Fr 08:00-10:00, Fr 14:00-16:00 (Erster Termin: 13.10.2025)
      Ort: T9/046 Seminarraum (Takustr. 9)

  • Statistik für Bioinformatik II und Maschinelles Lernen

    0260dA2.5
    • 60100101 Vorlesung
      Statistik für Bioinformatik II und Maschinelles Lernen (Konrad Neumann)
      Zeit: Mi 16:00-18:00 (Erster Termin: 15.10.2025)
      Ort: T9/Gr. Hörsaal (Takustr. 9)

      Kommentar

      In der Vorlesung werden die grundlegenden Methoden aus der Vorlesung „Statistik für Biowissenschaften I“ erweitert und vertieft. Weiterhin wird er starker Fokus auf die Anwendung der besprochenen statistischen Verfahren und Methoden gelegt. Nach einer kurzen orientierenden Einführung, die die Grundlagen aus "Statistik für Biowissenschaften I" und somit die beschreibende und schließende Statistik wiederholt, werden folgende Themenbereiche ausführlicher behandelt:

      1. PCA/Cluster/Klassifizierung
      2. Faktoranalyse
      3. Missing Values
      4. Einführung: Nichtparametrik, Ausreißer
      5. Multiples Testen /Posthoc-Tests
      6. Regression - Diagnostische Studien mit der Vertiefung logistische Regression & ROC
      7. Regression - Überlebenszeitanalyse
      8. Regression - Variablenselektion
      9. Regression - Varianzanalyse (mit Messwiederholung)
      10. Regression - Gemischte Modelle

      Zu allen Themen werden wöchentlich Übungsaufgaben, viele mit Bezug zu den Lebenswissenschaften, gestellt. Die Aufgaben werden gemischt handschriftlich und mit der Statistiksoftware R bearbeitet (Bezug über http://www.r-project.org/). Ein grundlegendes Verständnis von R Programmierung wird vorausgesetzt.
    • 60100102 Übung
      Übung zu Statistik für Bioinformatik II und Maschinelles Lernen (Konrad Neumann)
      Zeit: Do 16:00-18:00 (Erster Termin: 23.10.2025)
      Ort: T9/051 Seminarraum (Takustr. 9)

  • Allgemeine Chemie

    0260dA3.1

  • Allgemeine Biologie

    0260dA3.2
    • 23770a Vorlesung
      V Allgemeine Biologie für Bioinformatik - Teil Botanik (Margarete Baier)
      Zeit: siehe Treminserie (Erster Termin: 14.10.2025)
      Ort: Hs Zoologie (R 110), Königin-Luise-Str. 1/3 siehe Terminserie

      Hinweise für Studierende

      Achtung: Raumänderungen am 4.11., 11.11, 18.11 !

      Sie können sich für das Modul über CM anmelden - Teil Botanik. Der zugehörige Teil Zoologie wird für Sie in CM nachgetragen.

      Kommentar

      I. Einführung
      II. Was ist eine Pflanze?
      III. Besondere Organelle und Strukturen der Pflanzenzelle
      IV. Das Pflanzenreich
      V. Gewebe, Organe und Baupläne der Höheren Pflanzen
      VI. Regulation von Pflanzenfunktionen durch innere Signale
      VII. Umweltabhängigkeit von Pflanzen
      VIII. Zusammenfassung und Vorstellen der Klausurmodalitäten
    • 23770b Vorlesung
      V Allgemeine Biologie für Bioinformatik - Teil Zoologie (Peter Robin Hiesinger, Ursula Koch, Dirk J. Mikolajewski, Mathias Wernet)
      Zeit: siehe Terminserie (Erster Termin: 27.11.2025)
      Ort: siehe Terminserie

      Hinweise für Studierende

      Sie können sich für das Modul über CM anmelden - Teil Botanik. Der zugehörige Teil Zoologie wird für Sie in CM nachgetragen.

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 13, 14, 15

      Kommentar

      27.11.25: Einführung Evolution (Mikolajewski)
      02.12.25: Cnidaria/Polifera (Mikolajewski)
      04.12.25: Bilateria/Lophotrochozoa (Mikolajewski)
      09.12.25: Mollusca/Nematoda (Mikolajewski)
      11.12.25: Arthropoda/Insekten (Mikolajewski)
      16.12.25: Echinodermata/Chordata (Mikolajewski)
      18.12.25: Wirbeltiere I (Ursula Koch)
      06.01.26: Wirbeltiere II/Exkretion (Ursula Koch)
      08.01.26: Atmung/Herz/Kreislauf (Ursula Koch)
      13.01.26: Verdauung/Mikrobiom (Ursula Koch)
      15.01.26: Nervenzelle/Glia (Mathias Wernet)
      20.01.26: Ruhe- & Aktionspotential/Ionenkanäle (Peter R. Hiesinger)
      22.01.26: Synaptische Übertragung/Plastizität/Lernen (Peter R. Hiesinger)
      27.01.26: Rezeption/Sinneszellen/Psychophysik I (Mathias Wernet)
      29.01.26: Rezeption/Sinneszellen/Psychophysik II (Peter Robin Hiesinger)
      03.02.26: Motorik (Mathias Wernet)

      Literaturhinweise

      Sadava, Hillis, Heller, Berenbaum: Purves Biologie

  • Molekularbiologie und Biochemie I

    0260dA3.3
    • 21601a Vorlesung
      Biochemie I - Grundlagen der Biochemie (Helge Ewers, Florian Heyd, Markus Wahl)
      Zeit: Mi 12:00 - 14:00 Uhr; Vorbesprechung Di, 15.10.24, 12:00 - 14:00 Uhr (Erster Termin: 15.10.2025)
      Ort: Hs Kristallographie (Takustr. 6)

      Hinweise für Studierende

      Entspricht Molekularbiologie und Biochemie I für Bioinformatiker.

      Kommentar

      Qualifikationsziele:
      Die Studentinnen und Studenten kennen die Entstehung und molekulare Struktur der wichtigsten zellulären Makromoleküle und Stoffklassen sowie ihren biologischen Kontext. Der Schwerpunkt liegt auf einem chemischen Grundverständnis des molekularen Aufbaus von Biomolekülen.

      Inhalte:
      Chemische und zellbiologische Grundlagen, Struktur von DNA und RNA, Replikation und Transkription, Proteinbiosynthese, Regulation der Genexpression, gentechnologische Methoden, Aminosäuren und Peptide, Proteinstruktur und Proteinfaltung, Proteom, posttranslationale Modifikationen, Methoden der Proteinforschung, Enzyme, Kohlenhydrate, Lipide und Biomembranen, Einführung in den Stoffwechsel und die Stoffwechselregulation.

      Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
      Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
      Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de

    • 21601b Übung
      Übungen zur Biochemie I - Grundlagen der Biochemie (Helge Ewers, Florian Heyd, Markus Wahl)
      Zeit: (s. Lektionen, LV-Details) (Erster Termin: 21.10.2025)
      Ort: Ort nach Ansage je nach Übungsgruppe

      Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

      Die Übungen finden n.V. in kleineren Gruppen i.d.R. dienstags von 12:00 - 14:00 Uhr bzw. mittwochs von 10:00 - 12:00 Uhr Uhr statt. Die Verteilung findet im Rahmen der Vorbesprechung (s. 21601a) statt.

      Kommentar

      Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die Entstehung und molekulare Struktur der wichtigsten zellulären Makromoleküle und Stoffklassen sowie ihren biologischen Kontext. Der Schwerpunkt liegt auf einem chemischen Grundverständnis des molekularen Aufbaus von Biomolekülen. Inhalte: Chemische und zellbiologische Grundlagen, Struktur von DNA und RNA, Replikation und Transkription, Proteinbiosynthese, Regulation der Genexpression, gentechnologische Methoden, Aminosäuren und Peptide, Proteinstruktur und Proteinfaltung, Proteom, posttranslationale Modifikationen, Methoden der Proteinforschung, Enzyme, Kohlenhydrate, Lipide und Biomembranen, Einführung in den Stoffwechsel und die Stoffwechselregulation. Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de

  • Molekularbiologie und Biochemie II

    0260dA3.4
    • 21698a Vorlesung
      Molekularbiologie und Biochemie II (Francesca Bottanelli, Sutapa Chakrabarti, Helge Ewers, Lydia Herzel, Florian Heyd)
      Zeit: Do 10:00-12:00 Uhr (Erster Termin: 16.10.2025)
      Ort: Hörsaal/ Thielallee 67

      Hinweise für Studierende

      Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten haben ein Grundlagenverständnis in folgenden Bereichen: Zusammenwirken anatomischer, zellbiologischer und biochemische Prinzipien der Genexpression und des Energiestoffwechsels in Säugetieren, Regulation der Genexpression auf den Ebenen von Chromatinstruktur, Transkription, Prozessierung und Modifizierung in Säugetieren, Zell-Morphologie, -Mobilität und -Adhäsion in Organstrukturen von Säugetieren. Inhalte: Strukturprinzipien in Nuckleinsäuren und Proteinen, Chaperone und Ausbildung biologisch korrekter Protein Strukturen, Prinzipien der Struktur-Vorhersage, Genom-Komponenten und quantitative Zusammensetzung, Remodellierung von Chromatin zu transkribierbaren und nicht-transkribierbaren Konformationen, epigenetischer Histon-Code, CG-Inseln und DNA-Methylierung, modularer Aufbau der Promotoren, Protein: DNA-Wechelwirkungen und deren Strukturdomänen bei der qualitativen und quantitativen Steuerung der Transkription, snRNP und RNA-Prozessierung, Selbstspleißende Introns, RNA-Editierung, Kern-Cytoplasma, Cyotoplasma-Kern Transport, anatomische, zellbiologische und biochemische Prinzipien zur Gewinnung chemischer Reaktionsernergie, Protein-Abbau und Autophagie, Cytoskelett, Zell-Motilität und Zelladhäsion.

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 14, 15

      Kommentar

      Vorlesung für Studierende der Bioinformatik

      Prof. Bottanelli: bottanelli@zedat.fu-berlin.de
      Prof. Chakrabarti: sutapa.chakrabarti@fu-berlin.de
      Prof. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
      Prof. Herzel: lydia.herzel@fu-berlin.de
      Prof. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
    • 21698b Übung
      Übungen zu Molekularbiologie und Biochemie II (Francesca Bottanelli, Sutapa Chakrabarti, Lydia Herzel, Florian Heyd)
      Zeit: Mi 13:00-15:00 Uhr (Erster Termin: 22.10.2025)
      Ort: Hörsaal/Thielallee 67 (Thielallee 67)

      Hinweise für Studierende

      Weitere Informationen unter:
      http://www.fu-berlin.de/sites/fimbb/lehre/

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 14, 15

      Kommentar

      Übungen zu 21698a für Studierende der Bioinformatik

      Prof. Bottanelli: bottanelli@zedat.fu-berlin.de

      Prof. Chakrabarti: sutapa.chakrabarti@fu-berlin.de

      Prof. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de

      Prof. Herzel: lydia.herzel@fu-berlin.de

      Prof. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de

  • Genetik und Genomforschung

    0260dA3.6
    • 23771a Vorlesung
      V Genetik und Genomforschung (V) (Katja Nowick)
      Zeit: siehe Terminserie (Erster Termin: 15.10.2025)
      Ort: Hs Zoologie (R 110) (Königin-Luise-Str. 1 / 3); siehe Terminserie

      Hinweise für Studierende

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 5, 15

      Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

      Bitte melden Sie sich in CM nur für die Vorlesung an. Die Übung wird im Laufe des Semesters für Sie nachgetragen.

      Verbindliche Vorbesprechung am 1. Vorlesungstag (Mi, 15.10.2025; 13:00 Uhr)

      Kommentar

      Ein Überblick über den Aufbau der Lehrveranstaltung (d.h. Vorlesung und Übung) wird im Rahmen der ersten Vorlesung gegeben.

      Themen:
      Genregulation: Dogma der Molekularbiologie, Transkription, Translation, Transkriptionsfaktoren und deren Bindungsmotive
      Nicht-kodierende RNAs: Strukturen, Funktionen
      Genregulatorische Netzwerke: Komplexität der Genregulation, Analysemethoden
      Populationsgenetik: Vererbungsmuster und Erbkrankheiten, Mutation, Selektion, Hardy-Weinberg-Gleichgewicht, Neutrale Theory, Molekulare Uhr, Linkage Disequilibrium, Tests fuer positive Selektion in Populationen
      Phylogenetik: Bäume (rooted/unrooted), Neighbor joining, Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Tests für positive Selektion, Genomprojekte
      Genomtypen einer Zelle (nukleäres, mitochondriales und chloroplastisches Genom), Aufbau und Struktur des nukleären Genoms, Aufbau und Struktur von Chromosomen
      Funktion chromosomaler Strukturelemente (Replikationsursprung, Zentromer, Telomer), Steuerung des Zellzyklus, Modifikation von Histonen
      Karyogramm, Chromosomenanomalien
      Genfamilien und Prinzip der Homologie bei Genen, Next-Generation Sequencing
      Mono-allelische Expression
      Geschlechtsdetermination

    • 23771b Übung
      Ü Genetik und Genomforschung (Ü) (Katja Nowick)
      Zeit: 28.01. - 18.02.2026; Mi; 13:00 - 16:00 (Erster Termin: 28.01.2026)
      Ort: Ehrenberg-Saal (R 126-132) (Königin-Luise-Str. 1 / 3)

      Hinweise für Studierende

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 5, 15

      Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

      Bitte melden Sie sich in CM nur für die Vorlesung an. Die Übung wird im Laufe des Semesters für Sie nachgetragen.

      Wird am Ende des Semesters an 4 Terminen im Block durchgeführt.

      Kommentar

      Details werden im Rahmen der Vorbesprechung am 1. Vorlesungstag (Mi. 15.10.2025, 13:00 Uhr) bekannt gegeben.

  • Neurobiologie

    0260dA3.8
    • 23772a Vorlesung
      V Einführung in die Neurobiologie und Neuroinformatik für Studierende der Bioinformatik (Joachim Fuchs, Peter Robin Hiesinger, Ursula Koch, Gerit Linneweber, Eric Reifenstein, Max von Kleist, Mathias Wernet)
      Zeit: siehe Terminserie (Erster Termin: 16.10.2025)
      Ort: siehe Terminserie

      Hinweise für Studierende

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 4, 5, 15
    • 23772b Praktikum
      P Neurobiologie für Studierende der Bioinformatik Kurs A (Edouard Joseph Babo, Joachim Fuchs, Peter Robin Hiesinger, Gerit Linneweber, Dagmar Malun, Mathias Wernet)
      Zeit: 3. Block: 05.01. - 02.02.2026; Mo; 08:00 - 12:00 (Erster Termin: 05.01.2026)
      Ort: Kursraum D/E (R 2/3) (Königin-Luise-Str. 1 / 3)

      Hinweise für Studierende

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 4, 5, 15

      Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

      1 mal wöchentlich (Mo), insgesamt 5 Termine

    • 23772c Praktikum
      P Neurobiologie für Studierende der Bioinformatik Kurs B (Edouard Joseph Babo, Joachim Fuchs, Peter Robin Hiesinger, Gerit Linneweber, Dagmar Malun, Mathias Wernet)
      Zeit: 3. Block: 05.01. - 02.02.2026; Mo; 14:00 - 18:00 (Erster Termin: 05.01.2026)
      Ort: Kursraum D/E (R 2/3) (Königin-Luise-Str. 1 / 3)

      Hinweise für Studierende

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 4, 5, 15

      Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

      1 mal wöchentlich (Mo), insgesamt 5 Termine

  • Module ohne Lehrangebot in diesem Semester

    8 Module
    • Algorithmen und Datenstrukturen 0260dA1.2
    • Algorithmische Bioinformatik II 0260dA1.5
    • Lineare Algebra für Informatik 0260dA2.2
    • Statistik für Bioinformatik I 0260dA2.4
    • Molekularbiologie und Biochemie III 0260dA3.5
    • Medizinische Physiologie 0260dA3.7
    • Wahlbereichsmodul 0260dA4.1
    • Mündliche Präsentation der Abschlussarbeit 0260dE1.2