Biochemie
Masterstudiengang Biochemie (Studienordnung 2012)
0390a_MA120Orientierungseinheit für den Masterstudiengang Biochemie
Achtung! Die Termine für die Orientierungseinheit im WS 2025/26 werden auf folgender Website veröffentlicht, die laufend aktualisiert wird: https://www.bcp.fu-berlin.de/en/chemie/biochemie/student-representatives/Infos-fuer-Studienanfaenger/Master-Biochemistry/index.html
Achtung! Falls Sie drei Werktage vor der OE noch keine Einladungsmail erhalten haben, schreiben Sie dies bitte in einer Mail an studbiochem@zedat.fu-berlin.de. Nutzen Sie dafür bitte Ihre ZEDAT Adresse, sofern Sie diesen Account schon haben. Ansonsten reicht auch eine Mail von Ihrem privaten Account.
Speziell für die Studienanfänger des Masterstudiengangs Biochemie wird in der Woche vor Beginn der Vorlesungszeit eine spezielle Informationsveranstaltung durchgeführt.
Zusätzliche Informationen sind auf der Website der Fachschaftsinitiative (FSI) Biochemie zu finden: http://www.bcp.fu-berlin.de/en/chemie/biochemie/student-representatives/Infos-fuer-Studienanfaenger/Master-Biochemistry
Im Campus Management können Studierende des Masterstudienganges Biochemie sich nur für "Einführung in die fortgeschrittene Biochemie" anmelden. Für alle anderen Lehrveranstaltungen meldet das Studienbüro nach der "Tombola" an.
Wie die Platzvergabe ("Tombola") und das Anmeldeverfahren ablaufen werden, wird Ihnen auf der Info-Veranstaltung erläutert.
Vergabe der Praktikumsplätze ("Tombola")
Die Vergabe der Methodenmodule erfolgt digital über ein Online-Verteilungssystem der FU. Eine Anleitung zur Registrierung für die Verlosung ("Tombola“) kann bereits jetzt auf der Liste der angebotenen Methodenmodule unter diesem Link gefunden werden:
https://www.bcp.fu-berlin.de/en/chemie/biochemie/master/Information-for-enrolled-students/index.html
Die Deadline für das Eintragen der Präferenzen ist am Mittwoch, 08.10.2025 um 22:00 Uhr.
Achtung! Sie sollten bis Freitag, 3. Oktober eine E-Mail mit der Aufforderung zur Teilnahme an der Tombola erhalten haben. Falls nicht, schreiben Sie dies bitte in einer Mail an studbiochem@zedat.fu-berlin.de. Nutzen Sie dafür bitte Ihre ZEDAT Adresse, sofern Sie diesen Account schon haben. Ansonsten reicht auch eine Mail von Ihrem privaten Account. Wir stehen Ihnen unter dieser Adresse auch für Fragen zum Ablauf zur Verfügung.
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Grundmodul: Einführung in die fortgeschrittene Biochemie (10 LP)
0390aA1.1-
216101a
Vorlesung
Fortgeschrittene Biochemie - A : Nukleinsäuren und Proteine (Sutapa Chakrabarti, Christian Freund, Florian Heyd, Alexander Meissner, Markus Wahl, Lydia Herzel, Jana Sticht)
Zeit: Vorlesung: Freitag, 15:00 - 16:30 h Seminar: Freitag, 16:30 - 17:00 h (Erster Termin: 17.10.2025)
Ort: Hs Kristallographie (Takustr. 6)
Hinweise für Studierende
Weitere Informationen über Blackboard.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten beitzen ein aktuelles und strukturiertes Fachwissen in den Forschungsfeldern der Strukturbiochemie, der Molekularbiologie und der molekularen Biomedizin. Sie können Forschungsrichtungen einschätzen und ihre zukünftige Spezialisierungsrichtung bestimmen.
Inhalte: Aktuelle Entwicklungen der Forschungsfelder Strukturbiochemie, molekulare Zellbiologie und molekulare Medizin.
U.A.:
- Co-transcriptional pre-mRNA processing
- RNA degradation and quality control
- Pre-mRNA splicing
- RNA transport and localization
- RNA remodeling by helicases
- Small and long non-coding RNAs
- Protein folding
- Protein production in cell-free systems
- Protein engineering
- Dynamic aspects of protein structure
- The role of protein folding in ageing and neuro-degenerative disease
- Modeling of protein dynamics
- Protein folding in vitro
- --> Hydrogen/deuterium exchange
- --> Fluorescence based methods
- --> Folding at the ribosome
- Protein folding and dynamics as described in silico and experimentally by NMR
- Protein expression
- Protein folding inside the cell
- --> Chaperone-assisted folding
- --> Folding in the ER
- --> Protein misfolding disease
Prof. Dr. S. Chakrabarti: chakraba@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. A. Meissner: office-meissner@molgen.mpg.de
Dr. J. Sticht: sticht@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. L. Herzel lydia.herzel@fu-berlin.de -
216101c
Vorlesung
Fortgeschrittene Biochemie - B : Membranen und Signaltransduktion (Helge Ewers, Petra Knaus, Francesca Bottanelli, Alexander Meissner)
Zeit: Vorlesung: Freitag, 15:00 h - 16:30 h , Seminar: Freitag, 16:30 h - 17:00 h (Erster Termin: 17.10.2025)
Ort: Hs Biochemie, Thielallee 63 (Lise-Meitner-Hörsaal)
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten besitzen ein aktuelles und strukturiertes Fachwissen in den Forschungsfeldern der Membranen und Signaltransduktion. Sie können Forschungsrichtungen einschätzen und ihre zukünftige Spezialisierungsrichtung bestimmen.
Inhalte:Aktuelle Entwicklungen der Forschungsfelder Membranen und Signaltransduktion.
U.A.:
- Kinase Receptor Signalling
- Extracellular Matrix and Wnt signaling
- Ion transport and Signaling
- Signaling meets Metabolism
- Systems Biology of Signaling
- Cell migration, (cytoskeletal remodeling, biomechanical signaling)
- Membrane protein synthesis, plasma membrane structure and Biophysics
- Structure and biosynthesis of peripheral membrane proteins
- Vesicular traffic and endocytosis
- Molecular mechanisms of protein-mediated membrane curvature and membrane fission
- Membrane fusion and exocytosis
- Endomembrane system, ER structure, organelle identity, organelle contact sites
Prof. Dr. F. Bottanelli: Francesca.bottanelli@fu-berlin.de
Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
Prof. Dr. A. Meissner: office-meissner@molgen.mpg.de
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216101b
Seminar
Fortgeschrittene Biochemie - A : Nukleinsäuren und Proteine (Sutapa Chakrabarti, Christian Freund, Florian Heyd, Alexander Meissner, Markus Wahl, Lydia Herzel, Jana Sticht)
Zeit: Vorlesung: Freitag, 15:00 h - 16:30 h , Seminar: Freitag, 16:30 h - 17:00 h (Erster Termin: 17.10.2025)
Ort: Hs Kristallographie, Takustr. 6
Hinweise für Studierende
Mehr Informationen über Blackboard.
Kommentar
Seminar zu 216101a
Prof. Dr. S. Chakrabarti: chakraba@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. A. Meissner: office-meissner@molgen.mpg.de
Dr. J. Sticht: sticht@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. L. Herzel lydia.herzel@fu-berlin.de
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216101d
Seminar
Fortgeschrittene Biochemie - B : Membranen und Signaltransduktion (Helge Ewers, Petra Knaus, N.N., Francesca Bottanelli, Alexander Meissner)
Zeit: Vorlesung: Freitag, 15:00 h - 16:30 h , Seminar: Freitag, 16:30 h - 17:00 h (Erster Termin: 17.10.2025)
Ort: Hs Biochemie, Thielallee 63 (Lise-Meitner-Hörsaal)
Hinweise für Studierende
Weitere Informationen über Blackboard.
Kommentar
Seminar zu 21601c
Prof. Dr. F. Bottanelli: Francesca.bottanelli@fu-berlin.de
Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
Prof. Dr. A. Meissner: office-meissner@molgen.mpg.de
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216101a
Vorlesung
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Methodenmodul: Grundlagen der Strukturbiochemie (10 LP)
0390aB1.1-
216201a
Seminar
Strukturaufklärung von Biomolekülen durch Röntgenkristallographie (Markus Wahl; Berhard Loll)
Zeit: 17.11. - 28.11.25 Mo, Mi, Fr - 9-:00 - 11:00 Uhr and concluding seminar on 12.12.25
Ort: Takustr. 6, room 323 (Wahl group)
Hinweise für Studierende
Teilmodul des Methodenkurses "Grundlagen der Strukturbiochemie" sowie separat belegbares theoretisches Teilmodul im Bereich Strukturbiochemie
Kommentar
Methodenmodul: Grundlagen der Strukturbiochemie
Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
Zugangsvoraussetzungen: keine
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten lernen Verfahren für die Präparation von biologischen Makromolekülen und für die Strukturanalyse kennen. Sie eignen sich theoretische Grundlagen zu Verfahren der makromolekularen Strukturanalyse an. Die Studentinnen und Studenten können makromolekulare Eigenschaften, die für die Strukturanalyse eine Rolle spielen, beurteilen. Sie können Manuskripte, in denen makromolekulare Strukturen und Strukturanalysen beschrieben werden, kritisch erfassen und die Qualität von makromolekularen Strukturen beurteilen. Inhalte: Herstellung einer Probe eines biologischen Makromoleküls für die Strukturanalyse; Bioinformatische, biochemische oder biophysikalische Charakterisierung eines biologischen Makromoleküls; Durchführung eines oder mehrerer Verfahren zur Strukturanalyse; Strukturbeschreibung und graphische Darstellung von Strukturen; Präsentation strukturbiologischer Experimente und Ergebnisse.
Inhalt des Seminars:
- Protein production and characterization
- Protein crystallization and protein crystals
- Crystallographic symmetry
- X-ray diffraction theory
- The phase problem and phasing strategies
- Electron density, model building, refinement, validation
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
Dr. B. Loll: loll@chemie.fu-berlin.de -
216201b
Seminar
Spezielle Aspekte der Röntgenstrukturanalyse (Oliver Daumke, Bernhard Loll, Gert Weber, Manfred Weiss)
Zeit: see additional information 01.12. - 05.12.25 and 08.12. - 11.12.25, Mo, Mi, Fr - 9:00 - 11:00 Uhr and concluding seminar on 12.12.25
Ort: see additional information
Hinweise für Studierende
Teilmodul des Methodenkurses "Grundlagen der Strukturbiochemie"
Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen
In der Zeit vom 01.12. - 05.12.25 am HZB/BESSSY und vom 08.12. - 11.12.25 am MDC sowie Abschlussseminar am 12.12.25, Takustr. 6 Raum 323 (AG Wahl)
Genaue Termine und Orte (HZB/BESSSY und MDC) auf Anfrage (wird von jeder der beteiligten Gruppen individuell organisiert und richtet sich flexibel nach dem Verlauf der Versuche).
Kommentar
Methodenmodul: Grundlagen der Strukturbiochemie
Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
Zugangsvoraussetzungen: keine
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten lernen Verfahren für die Präparation von biologischen Makromolekülen und für die Strukturanalyse kennen. Sie eignen sich theoretische Grundlagen zu Verfahren der makromolekularen Strukturanalyse an. Die Studentinnen und Studenten können makromolekulare Eigenschaften, die für die Strukturanalyse eine Rolle spielen, beurteilen. Sie können Manuskripte, in denen makromolekulare Strukturen und Strukturanalysen beschrieben werden, kritisch erfassen und die Qualität von makromolekularen Strukturen beurteilen. Inhalte: Herstellung einer Probe eines biologischen Makromoleküls für die Strukturanalyse; Bioinformatische, biochemische oder biophysikalische Charakterisierung eines biologischen Makromoleküls; Durchführung eines oder mehrerer Verfahren zur Strukturanalyse; Strukturbeschreibung und graphische Darstellung von Strukturen; Präsentation strukturbiologischer Experimente und Ergebnisse.
Inhalt des Seminars:
- Synchrotron radiation
- Linux and vi
- Data collection strategies
- Data processing using XDS and XDSAPP
- Data quality indicators
- Structure solution
- Refinement
- Electron density
- Model building
- Structure validation
Dr. M. Weiss: manfred.weiss@helmholtz-berlin.de
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de
Dr. B. Loll: Loll@chemie.fu-berlin.de -
216201c
Laborpraktikum
Strukturaufklärung von Biomolekülen durch Röntgenkristallographie (Oliver Daumke, Bernhard Loll, Markus Wahl, Gert Weber, Manfred Weiss)
Zeit: see additional information 17.11. - 28.11.2025 and 01.12. - 05.12.2025 and 08.12 - 11.12.2025 (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: see additional information
Hinweise für Studierende
Teilmodul des Methodenkurses "Grundlagen der Strukturbiochemie"
Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen
Weitere Angaben zum Praktikum:
Teil 1: Wahl, Loll
Termin: 17.11. - 28.11.2025
Ort: Takustr. 6, 3. OG, AG Wahl Laborräume
Teil 2: Weiss , Weber
Wichtiger Hinweis: Schwangeren und stillenden Frauen ist aufgrund der Strahlenschutzbestimmungen das Arbeiten am Speicherring (Teil 2) untersagt.
Termin: 01.12. - 05.12.2025, Treffpunkt um 10:00 Uhr beim Pförtner
Ort: c/o Macromolecular Crystallography, Elektronenspeicherring BESSY II, Albert-Einstein-Str. 15, 12489 Berlin, Adlershof
Teil 3: Daumke
Termin: 08.12. - 11.11.2025
Ort: MDC für Molekulare Medizin, Robert-Rössle-Str. 10. 13125 Berlin (Buch), Seminar: MDC, Haus 31.2, Raum 0211; Praktikum: Haus 31.2, Raum 0248 (AG Daumke)
Kommentar
Methodenmodul: Grundlagen der Strukturbiochemie
Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
Zugangsvoraussetzungen: keine
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten lernen Verfahren für die Präparation von biologischen Makromolekülen und für die Strukturanalyse kennen. Sie eignen sich theoretische Grundlagen zu Verfahren der makromolekularen Strukturanalyse an. Die Studentinnen und Studenten können makromolekulare Eigenschaften, die für die Strukturanalyse eine Rolle spielen, beurteilen. Sie können Manuskripte, in denen makromolekulare Strukturen und Strukturanalysen beschrieben werden, kritisch erfassen und die Qualität von makromolekularen Strukturen beurteilen. Inhalte: Herstellung einer Probe eines biologischen Makromoleküls für die Strukturanalyse; Bioinformatische, biochemische oder biophysikalische Charakterisierung eines biologischen Makromoleküls; Durchführung eines oder mehrerer Verfahren zur Strukturanalyse; Strukturbeschreibung und graphische Darstellung von Strukturen; Präsentation strukturbiologischer Experimente und Ergebnisse.
Inhalte des Praktikums:
- In silico characterization of a target protein
- Recombinant protein production and purification
- Limited proteolysis
- Biochemical and biophysical characterization of target protein (ITC, Thermofluor, CD spectroscopy)
- Crystallization, crystal harvesting and cryo-protection
- Derivatization of protein crystals
- X-ray diffraction data collection at a synchrotron source
- Data reduction
- Structure determination (MAD, SIRAS and molecular replacement)
- Interpretation of electron density maps and model building
- Refinement and validation
- Structure analysis and preparation of structure figures
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
Dr. B. Loll: loll@chemie.fu-berlin.de
Dr. M. Weiss: manfred.weiss@helmholtz-berlin.de
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de
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216201a
Seminar
-
Methodenmodul: Spezielle Methoden der Strukturbiochemie (5 LP)
0390aB1.3-
216202a
Seminar
Quantitative Fluoreszenzmikroskopie (Helge Ewers, Bas van Bommel)
Zeit: Block seminar: 19.01. - 30.01.2026; 9:00 h (Erster Termin: 19.01.2026)
Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
Hinweise für Studierende
Das Seminar ist Teilmodul des Methodenkurses "Quantitative Fluoreszenzmikroskopie" und findet parallel zum Praktikum statt. Das Seminar kann separat als theoretisches Teilmodul im Bereich Strukturbiochemie belegt werden.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studierenden erhalten einen Überblick über die Möglichkeiten moderner Lichtmikroskopie und ein grundlegendes Verständnis, wie durch Probenpräparation und Imaging quantitative digitale Daten generiert werden können. Sie erhalten einen Einblick in die Grundlagen der computerbasierten Bilddatenanalyse und wie Parameter aus Bilddaten extrahiert werden können. Die Studierenden digitale Bildaten selbst analysieren und grundlegende Fehler in der Mikroskopie und der Bilddatenverarbeitung erkennen und vermeiden. Inhalte: - Grundlagen der Fluoreszenzmikroskopie - Grundlagen der digitalen Mikroskopie - Grundlagen der digitalen Bilddatenanalyse - Spezielle Methoden der Mikroskopie - Einzelmolekülmikroskopie - hochauflösende Mikroskopie - Förster-transfer - maschinelles Lernen in der Bilddatenanalyse Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Dr. Bas van Bommel: bas.van.bommel@fu-berlin.de
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216202b
Laborpraktikum
Quantitative Fluoreszenzmikroskopie (Helge Ewers, Bas van Bommel)
Zeit: Block course: 19.01. - 30.01.2026; all-day (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Thielallee 63, Raum 106a (AG Ewers)
Hinweise für Studierende
Teilmodul des Methodenkurses "Quantitative Fluoreszenzmikroskopie". Das Seminar ist Bedingung zur Teilnahme am Praktikum.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studierenden erstellen Proben für die Fluoreszenzmikroskopie und nehmen sie selbst am konfokalen Mikroskop und am Einzelmolekülmikroskop auf. Die Studierendend führen dann unterschiedliche Experimente durch, und werten die erhaltenen Bilddaten dann mittels ImageJ und anderer Software aus. Die Studierenden trainieren ein Deep-learning Modell and analysieren anschliessend damit die erhaltenen Bilddaten aus der hochauflösenden Mikroskopie. Die Studierenden erarbeiten die Möglichkeiten weiterer Mikroskopietechniken aus Literaturrecherche und stellen Techniken vor. Inhalte des Praktikums: • Lebendzellmikroskopie • Bildgebung und Punktspreizfunktion • Background, Noise, Extraktion von quantitativen Daten • Umgang mit Image J • Fluoreszence-Recovery after Photobleaching • Single molecule superresolution microscopy • Bilddatenanalyse mit Hilfe von Deep-Learning Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Dr. Bas van Bommel: bas.van.bommel@fu-berlin.de
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216302a
Seminar
Strukturuntersuchungen an supramolekularen Architekturen und Proteinen mit elektronenmikroskopischen Methoden (Kai Ludwig, Tarek Hilal)
Zeit: Block course 09.02. – 20.02.26 (9:00 - 18:00 h);
Ort: Fabeckstr. 36a, room 205 (Research Center of Electron Microscopy)
Kommentar
Die Blockveranstaltung wendet sich an Studierende mit Interesse an forschungsrelevanten Fragen der Strukturaufklärung an synthetischen supramolekularen Architekturen sowie biologischen Makromolekülen und führt insbesondere in die Transmissions-Elektronenmikroskopie (TEM) im Kryobetrieb ein. Im ersten Teil werden Fragen der Präparation, insbesondere der Kryofixierung, Grundlagen zu Aufbau und Funktion der Geräte, zur Bildgebung und -auswertung, zu Prinzipien der digitalen Bildverarbeitung sowie zur Handhabung von Transmissions-Elektronenmikroskopen theoretisch und praktisch behandelt. Der zweite Teil umfasst theoretische und praktische Aspekte der modernen Strukturaufklärung mittels Einzelpartikelanalyse und ermöglicht es den Studierenden die Entstehung einer hochaufgelösten 3D-Rekonstruktion einer Proteinstruktur nachzuvollziehen.
Dr. Kai Ludwig: kai.ludwig@fzem.fu-berlin.de
Dr. Tarek Hilal: tarek.hilal@fzem.fu-berlin.de -
216302b
Laborpraktikum
Strukturuntersuchungen an supramolekularen Architekturen und Proteinen mit elektronenmikroskopischen Methoden (Kai Ludwig, Tarek Hilal)
Zeit: Block course 09.02. – 20.02.26 (9:00 - 18:00 h); (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Fabeckstr. 36a, room 205 (Research Center of Electron Microscopy)
Kommentar
Die Blockveranstaltung wendet sich an Studierende mit Interesse an forschungsrelevanten Fragen der Strukturaufklärung an synthetischen supramolekularen Architekturen sowie biologischen Makromolekülen und führt insbesondere in die Transmissions-Elektronenmikroskopie (TEM) im Kryobetrieb ein. Im ersten Teil werden Fragen der Präparation, insbesondere der Kryofixierung, Grundlagen zu Aufbau und Funktion der Geräte, zur Bildgebung und -auswertung, zu Prinzipien der digitalen Bildverarbeitung sowie zur Handhabung von Transmissions-Elektronenmikroskopen theoretisch und praktisch behandelt. Der zweite Teil umfasst theoretische und praktische Aspekte der modernen Strukturaufklärung mittels Einzelpartikelanalyse und ermöglicht es den Studierenden die Entstehung einer hochaufgelösten 3D-Rekonstruktion einer Proteinstruktur nachzuvollziehen.
Dr. Kai Ludwig: kai.ludwig@fzem.fu-berlin.de
Dr. Tarek Hilal: tarek.hilal@fzem.fu-berlin.de -
216404a
Seminar
Seminar zur Bioanalytischen Massenspektrometrie / Proteomanalyse (Benno Kuropka)
Zeit: block course: 17.11.- 28.11.2025; 9:00 - 10:30 h
Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
Kommentar
Dr. Benno Kuropka: kuropka@zedat.fu-berlin.de
• Grundlagen der Proteomanalyse
• Aufbau und Funktionsweise eines Massenspektrometers
• Probenvorbereitung und chromatographische Peptidtrennung
• Ionisierungsmethoden (ESI und MALDI)
• Protein-Identifizierung mittels MALDI-Peptidmassenfingerprint
• Methoden der Proteinanalytik (top-down, bottom-up, targeted)
• Fragmentierungsmethoden und Interpretation von MS/MS-Spektren zur Sequenzermittlung
• Methoden der quantitativen Proteomanalyse mittels verschiedener Markierungsverfahren
• Ermittlung von Protein-Interaktionen mittels affinity-purification MS
• Analyse nicht-kovalenter Proteininteraktionen mittels nativer MS
• Gast Seminare zu verschiedenen Themen wie z.B. MALDI Imaging, Crosslinking-MS, Kohlenhydrat-Analyse, Metabolomics -
216404b
Laborpraktikum
Bioanalytische Massenspektrometrie / Proteomanalyse (Benno Kuropka)
Zeit: block course 17.11. - 28.11.2025; 10:30h -17:00 h (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Thielallee 63, Raum 316 (Labor)
Hinweise für Studierende
Kommentar
- Protein-Identifizierung mittels MALDI-Peptidmassenfingerprint (PMF) nach enzymatischer in-Gel Spaltung.
- Massenbestimmung intakter Proteine mittels MALDI-MS und Sequenzierung mittels in source decay (ISD).
- Durchführung einer quantitativen Proteom-Analyse mittels LC-ESI-MS.
- Hochauflösende Messung intakter Proteine unter denaturierenden und nativen Bedingungen (Orbitrap ESI-MS).
Dr. Benno Kuropka: kuropka@zedat.fu-berlin.de -
216602a
Seminar
Molekulare Immunologie (Christian Freund, Jana Sticht)
Zeit: block course: 03.11.-14.11.25 (Erster Termin: 03.11.2025)
Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
Hinweise für Studierende
Die Seminare sind auf 4 Studierende zusätzlich zu den 6 Teilnehmenden des Praktikums 216602b limitiert. Anmeldung per Mail bis zum 15. Oktober 2025 an: chfreund@zedat.fu-berlin.de
UND sticht@zedat.fu-berlin.deKommentar
Inhalt/Content:
- Introduction to Immunology: Innate and adaptive immune responses
- The adaptive immune system: B and T cells
- The adaptive immune system: antigen presentation by MHC molecules
- Investigating MHC-peptide complexes by NMR spectroscopy
- Immunopeptidomics (Mass spectrometry analysis of peptide presentation)
- PyMol to visualize and analyze protein structures
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Dr. J. Sticht: sticht@zedat.fu-berlin.de -
216602b
Laborpraktikum
Molekulare Immunologie (Christian Freund, Jana Sticht)
Zeit: block course: 03.11.-14.11.25 (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Thielallee 63, Raum 016/018 und 025/027 (AG Freund)
Kommentar
Content:
- - MHC-peptide exchange experiments
- Measuring the stability of MHC-peptide complexes
- NMR of MHC-peptide complexes
- Visualization of mutations and mapped epitopes in PyMol
- Immunopeptidomics I - Affinity purification
- Immunopeptidomics II - MS analysis and epitope prediction for T cell antigens
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Dr. J. Sticht: sticht@zedat.fu-berlin.de -
216613a
Seminar
Molekulare Pharmakologie und zelluläre Signaltransduktion (Ralf Schülein, Volker Haucke)
Zeit: block seminar and practical course S/P: 16.03. - 27.03.26, 9:00 - 17:00 h; Seminar Di - Fr 9:00 - 10:30 h
Ort: Leibniz-Forschungsinstitut für Molekulare Pharmakologie (FMP) , Robert-Rössle-Str. 10, 13125 Berlin Buch
Hinweise für Studierende
Seminar in den 2 Wochen Praktikum integriert.
Kommentar
Das Seminar wird von Wissenschaftlern aus dem gesamten Berliner Raum gestaltet (Leibniz-Institut für Molekulare Pharmakologie, Charité, Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin) und findet täglich jeweils vor den Praktikumseinheiten statt. Die Studenten tragen hierzu mit themenspezifischen Kurzreferaten bei. Die Inhalte der einzelnen Seminare sind aktuelle Forschungsthemen der Seminarsprecher (Walter Birchmeier, Christian Hackenberger, Volker Haucke, Thomas Jentsch, Gunnar Kleinau, Jens-Peter von Kries, Gary Lewin, Andrew Plested).
Exemplary seminar content:
- Mechanoreception
- Epigenetic mechanisms downstream of Wnt/beta-catenin in carcinomas and cancer stem cells
- CIC chloride channels and transporters: insights from knockout mice and inherited diseases
- G protein-coupled receptors and effector systems
- Identification of novel drugs using high throughput screening
- Ligand-gated ion channels
- Neurotransmitter release and vesicle recycling
- Protein conjugates
Prof. Dr. R. Schülein: schuelein@fmp-berlin.de -
216613b
Laborpraktikum
Molekulare Pharmakologie und zelluläre Signaltransduktion (Ralf Schülein, Volker Haucke)
Zeit: block seminar and practical course S/P: 16.03. - 27.03.26, 9:00 - 17:00 h; Seminar Di - Fr 9:00 - 10:30 h (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. Please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Leibniz-Forschungsinstitut für Molekulare Pharmakologie (FMP) , Robert-Rössle-Str. 10, 13125 Berlin Buch
Hinweise für Studierende
Praktikum mit integriertem Seminar.
Kommentar
Für das Praktikum wird die Teilnahme am entsprechenden Seminar vorausgesetzt. Ziel des zweiwöchigen Praktikums ist die Vermittlung von Methoden, die das gesamte Spektrum der modernen molekularen Pharmakologie abdecken. Neben der Etablierung computergestützter Strukturmodelle für Rezeptoren werden biochemische und molekularbiologische Methoden vorgestellt. Ferner soll ein Einblick in die Methodik eines Tierversuchs in der Pharmakologie gegeben werden (Mitarbeit freigestellt).
Practical content:
- TIRF microscopy
- Molecular modelling
- Signaling by inositol pyrophosphates
- Mass spectrometry and proteomics
- Transgenic animals
- Proteostasis in C. elegans
- Voltage clamp
- NMR spectroscopy
Prof. Dr. R. Schülein: schuelein@fmp-berlin.de
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216202a
Seminar
-
Methodenmodul: Spezielle Methoden der Molekularbiologie (5 LP)
0390aB2.3-
216202a
Seminar
Quantitative Fluoreszenzmikroskopie (Helge Ewers, Bas van Bommel)
Zeit: Block seminar: 19.01. - 30.01.2026; 9:00 h (Erster Termin: 19.01.2026)
Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
Hinweise für Studierende
Das Seminar ist Teilmodul des Methodenkurses "Quantitative Fluoreszenzmikroskopie" und findet parallel zum Praktikum statt. Das Seminar kann separat als theoretisches Teilmodul im Bereich Strukturbiochemie belegt werden.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studierenden erhalten einen Überblick über die Möglichkeiten moderner Lichtmikroskopie und ein grundlegendes Verständnis, wie durch Probenpräparation und Imaging quantitative digitale Daten generiert werden können. Sie erhalten einen Einblick in die Grundlagen der computerbasierten Bilddatenanalyse und wie Parameter aus Bilddaten extrahiert werden können. Die Studierenden digitale Bildaten selbst analysieren und grundlegende Fehler in der Mikroskopie und der Bilddatenverarbeitung erkennen und vermeiden. Inhalte: - Grundlagen der Fluoreszenzmikroskopie - Grundlagen der digitalen Mikroskopie - Grundlagen der digitalen Bilddatenanalyse - Spezielle Methoden der Mikroskopie - Einzelmolekülmikroskopie - hochauflösende Mikroskopie - Förster-transfer - maschinelles Lernen in der Bilddatenanalyse Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Dr. Bas van Bommel: bas.van.bommel@fu-berlin.de
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216202b
Laborpraktikum
Quantitative Fluoreszenzmikroskopie (Helge Ewers, Bas van Bommel)
Zeit: Block course: 19.01. - 30.01.2026; all-day (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Thielallee 63, Raum 106a (AG Ewers)
Hinweise für Studierende
Teilmodul des Methodenkurses "Quantitative Fluoreszenzmikroskopie". Das Seminar ist Bedingung zur Teilnahme am Praktikum.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studierenden erstellen Proben für die Fluoreszenzmikroskopie und nehmen sie selbst am konfokalen Mikroskop und am Einzelmolekülmikroskop auf. Die Studierendend führen dann unterschiedliche Experimente durch, und werten die erhaltenen Bilddaten dann mittels ImageJ und anderer Software aus. Die Studierenden trainieren ein Deep-learning Modell and analysieren anschliessend damit die erhaltenen Bilddaten aus der hochauflösenden Mikroskopie. Die Studierenden erarbeiten die Möglichkeiten weiterer Mikroskopietechniken aus Literaturrecherche und stellen Techniken vor. Inhalte des Praktikums: • Lebendzellmikroskopie • Bildgebung und Punktspreizfunktion • Background, Noise, Extraktion von quantitativen Daten • Umgang mit Image J • Fluoreszence-Recovery after Photobleaching • Single molecule superresolution microscopy • Bilddatenanalyse mit Hilfe von Deep-Learning Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Dr. Bas van Bommel: bas.van.bommel@fu-berlin.de
-
216404a
Seminar
Seminar zur Bioanalytischen Massenspektrometrie / Proteomanalyse (Benno Kuropka)
Zeit: block course: 17.11.- 28.11.2025; 9:00 - 10:30 h
Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
Kommentar
Dr. Benno Kuropka: kuropka@zedat.fu-berlin.de
• Grundlagen der Proteomanalyse
• Aufbau und Funktionsweise eines Massenspektrometers
• Probenvorbereitung und chromatographische Peptidtrennung
• Ionisierungsmethoden (ESI und MALDI)
• Protein-Identifizierung mittels MALDI-Peptidmassenfingerprint
• Methoden der Proteinanalytik (top-down, bottom-up, targeted)
• Fragmentierungsmethoden und Interpretation von MS/MS-Spektren zur Sequenzermittlung
• Methoden der quantitativen Proteomanalyse mittels verschiedener Markierungsverfahren
• Ermittlung von Protein-Interaktionen mittels affinity-purification MS
• Analyse nicht-kovalenter Proteininteraktionen mittels nativer MS
• Gast Seminare zu verschiedenen Themen wie z.B. MALDI Imaging, Crosslinking-MS, Kohlenhydrat-Analyse, Metabolomics -
216404b
Laborpraktikum
Bioanalytische Massenspektrometrie / Proteomanalyse (Benno Kuropka)
Zeit: block course 17.11. - 28.11.2025; 10:30h -17:00 h (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Thielallee 63, Raum 316 (Labor)
Hinweise für Studierende
Kommentar
- Protein-Identifizierung mittels MALDI-Peptidmassenfingerprint (PMF) nach enzymatischer in-Gel Spaltung.
- Massenbestimmung intakter Proteine mittels MALDI-MS und Sequenzierung mittels in source decay (ISD).
- Durchführung einer quantitativen Proteom-Analyse mittels LC-ESI-MS.
- Hochauflösende Messung intakter Proteine unter denaturierenden und nativen Bedingungen (Orbitrap ESI-MS).
Dr. Benno Kuropka: kuropka@zedat.fu-berlin.de -
216405a
Seminar
Mechanismen der Regulierung des alternativen Spleißens (Florian Heyd, Marco Preußner)
Zeit: block seminar: 19.01.26 - 30.01.26; begin: 19.01.26, 9:00 h, The exact schedule will be announced during the first course day.
Ort: Takustr. 6, room 003 (seminar room)
Hinweise für Studierende
Das Seminar findet parallel zum Praktikum statt.
Kommentar
Qualifikationsziele:
Die Studentinnen und Studenten haben ein breites Verständnis über experimentelle Herangehensweisen zur Untersuchung der Regulation von alternativem Spleißen. Sie haben die grundlegenden experimentellen Verfahren zur Identifizierung von cis-wirkenden Elementen und trans-wirkenden Faktoren erlernt, haben durch Überexpression und knockdown eines RNA-bindenden Proteins dessen Rolle in der Regulation eines bestimmten Spleiß-Events gezeigt und (bioinformatische) Methoden kennengelernt, um coregulierte Exons zu identifizieren. Die Studierenden sind nach Abschluss des Moduls in der Lage, aktuelle fachspezifische Literatur kritisch zu beurteilen, offene Fragen zu identifizieren und experimentelle Ansätze zu entwerfen, um diese Fragestellungen zu adressieren.
Inhalte:
Transfektion, Kultivierung und Synchronisierung von Säuger-Zellen, RNA-Extraktion, Minigen-Analysen, Quantifizierung von alternativem Spleißen durch (radioaktive) RT-PCR, siRNA-vermittelter knock down, RT-qPCR, Westernblot, Herstellung von Kernextrakten, radioaktiver UV-X-link, gängige bioinformatische Analysen, Grundlagen der Analyse von RNA-Seq Daten
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de Dr. Marco Preußner: mpreussner@zedat.fu-berlin.de -
216405b
Laborpraktikum
Mechanismen der Regulierung des alternativen Spleißens (Florian Heyd, Marco Preußner)
Zeit: block seminar and practical course: 19.01.26 - 30.01.26, all day, (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Takustr. 6, room 001-002 (laboratory)
Hinweise für Studierende
Die Teilnahme am Seminar ist Voraussetzung für die Teilnahme am Praktikum.
Kommentar
Qualifikationsziele:
Die Studentinnen und Studenten haben ein breites Verständnis über experimentelle Herangehensweisen zur Untersuchung der Regulation von alternativem Spleißen. Sie haben die grundlegenden experimentellen Verfahren zur Identifizierung von cis-wirkenden Elementen und trans-wirkenden Faktoren erlernt, haben durch Überexpression und knockdown eines RNA-bindenden Proteins dessen Rolle in der Regulation eines bestimmten Spleiß-Events gezeigt und (bioinformatische) Methoden kennengelernt, um coregulierte Exons zu identifizieren. Die Studierenden sind nach Abschluss des Moduls in der Lage, aktuelle fachspezifische Literatur kritisch zu beurteilen, offene Fragen zu identifizieren und experimentelle Ansätze zu entwerfen, um diese Fragestellungen zu adressieren.
Inhalte:
Transfektion, Kultivierung und Synchronisierung von Säuger-Zellen, RNA-Extraktion, Minigen-Analysen, Quantifizierung von alternativem Spleißen durch (radioaktive) RT-PCR, siRNA-vermittelter knock down, RT-qPCR, Westernblot, Herstellung von Kernextrakten, radioaktiver UV-X-link, gängige bioinformatische Analysen, Grundlagen der Analyse von RNA-Seq Daten
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de Dr. Marco Preußner: mpreussner@zedat.fu-berlin.de -
216406a
Seminar
Gene Editing mit CRISPR/Cas9 für Zellbiologie (Francesca Bottanelli)
Zeit: block course 02.02. - 13.02.26; 09:00-10:00 h The exact schedule will be announced during the seminar.
Ort: Thielallee 63, Raum 321 (AG Bottanelli)
Hinweise für Studierende
Das Seminar ist auf 10 Studierende limitiert. Anmeldungen per Mail bis zum 19.12.2025 an: bottanelli@zedat.fu-berlin.de
Kommentar
Content:
The students will learn:
• How to use bio-informatic tools for CRISPR/Cas9 technology
• How to clone all the required plasmids for the insertion of tags into the genomic locus of genes of interest
• How to culture and transfect human cell culture models
Prof. Bottanelli: Francesca.bottanelli@fu-berlin.de -
216406b
Laborpraktikum
Gene Editing mit CRISPR/Cas9 für Zellbiologie (Francesca Bottanelli)
Zeit: block course 02.02. - 13.02.26; 09:00 h, all day (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Thielallee 63, Rauminformation über Blackboard (AG Bottanelli)
Kommentar
Content:
The students will learn:
• How to use bio-informatic tools for CRISPR/Cas9 technology
• How to clone all the required plasmids for the insertion of tags into the genomic locus of genes of interest
• How to culture and transfect human cell culture models
Prof. Bottanelli: Francesca.bottanelli@fu-berlin.de -
216613a
Seminar
Molekulare Pharmakologie und zelluläre Signaltransduktion (Ralf Schülein, Volker Haucke)
Zeit: block seminar and practical course S/P: 16.03. - 27.03.26, 9:00 - 17:00 h; Seminar Di - Fr 9:00 - 10:30 h
Ort: Leibniz-Forschungsinstitut für Molekulare Pharmakologie (FMP) , Robert-Rössle-Str. 10, 13125 Berlin Buch
Hinweise für Studierende
Seminar in den 2 Wochen Praktikum integriert.
Kommentar
Das Seminar wird von Wissenschaftlern aus dem gesamten Berliner Raum gestaltet (Leibniz-Institut für Molekulare Pharmakologie, Charité, Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin) und findet täglich jeweils vor den Praktikumseinheiten statt. Die Studenten tragen hierzu mit themenspezifischen Kurzreferaten bei. Die Inhalte der einzelnen Seminare sind aktuelle Forschungsthemen der Seminarsprecher (Walter Birchmeier, Christian Hackenberger, Volker Haucke, Thomas Jentsch, Gunnar Kleinau, Jens-Peter von Kries, Gary Lewin, Andrew Plested).
Exemplary seminar content:
- Mechanoreception
- Epigenetic mechanisms downstream of Wnt/beta-catenin in carcinomas and cancer stem cells
- CIC chloride channels and transporters: insights from knockout mice and inherited diseases
- G protein-coupled receptors and effector systems
- Identification of novel drugs using high throughput screening
- Ligand-gated ion channels
- Neurotransmitter release and vesicle recycling
- Protein conjugates
Prof. Dr. R. Schülein: schuelein@fmp-berlin.de -
216613b
Laborpraktikum
Molekulare Pharmakologie und zelluläre Signaltransduktion (Ralf Schülein, Volker Haucke)
Zeit: block seminar and practical course S/P: 16.03. - 27.03.26, 9:00 - 17:00 h; Seminar Di - Fr 9:00 - 10:30 h (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. Please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Leibniz-Forschungsinstitut für Molekulare Pharmakologie (FMP) , Robert-Rössle-Str. 10, 13125 Berlin Buch
Hinweise für Studierende
Praktikum mit integriertem Seminar.
Kommentar
Für das Praktikum wird die Teilnahme am entsprechenden Seminar vorausgesetzt. Ziel des zweiwöchigen Praktikums ist die Vermittlung von Methoden, die das gesamte Spektrum der modernen molekularen Pharmakologie abdecken. Neben der Etablierung computergestützter Strukturmodelle für Rezeptoren werden biochemische und molekularbiologische Methoden vorgestellt. Ferner soll ein Einblick in die Methodik eines Tierversuchs in der Pharmakologie gegeben werden (Mitarbeit freigestellt).
Practical content:
- TIRF microscopy
- Molecular modelling
- Signaling by inositol pyrophosphates
- Mass spectrometry and proteomics
- Transgenic animals
- Proteostasis in C. elegans
- Voltage clamp
- NMR spectroscopy
Prof. Dr. R. Schülein: schuelein@fmp-berlin.de
-
216202a
Seminar
-
Methodenmodul: Signaltransduktion (5 LP)
0390aB3.2-
216601a
Seminar
Seminar zum Zellbiologischen Praktikum, Signaltransduktion (Petra Knaus)
Zeit: Seminar: 09.03. - 20.03.26 , 1st week: Mo. 9:00-11:00 am, Tue.-Thu. 10:00 - 11:30 am 2nd week: Thu. 9:00 am - 06:00 pm, Fri. 9:00 am - 01:00 pm
Ort: Thielallee 63, room 221 (Knaus group) and Onlinelehre – zeitABhängig.
Hinweise für Studierende
Achtung: Änderungen im Zeitplan sind möglich; nach Eintragung in den Kurs werden diese per Mail mitgeteilt
Kommentar
Methodenmodul: Signaltransduktion
Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
Zugangsvoraussetzungen: keine
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten verfügen über grundlegende theoretische Kenntnisse und praktisch-methodische Fähigkeiten zu Forschungen zur Signaltransduktion. Nach Abschluss des Moduls verstehen sie themenbezogene Fragestellungen und sind in der Lage, diese zu formulieren, experimentell zu bearbeiten sowie Ergebnisse zu diskutieren und in publikationsgemäßer Form zusammenzufassen; sie sind fähig, entsprechende Fachliteratur kritisch zu interpretieren.
Inhalte: Experimente zur Signaltransduktion; aktuelle Methoden zur Signaltransduktionsforschung auf DNA-, mRNA-, Protein- und Zellebene, Immunocytochemie, Enzymaktivitätsassays, Durchlichtmikroskopie)
Seminar content:
- The current view on BMP and TGFß signal transduction beyond the fundamental knowledge (intracellular and extracellular modulators, the importance of intensity and kinetics as well as subcellular localization of effector proteins, crosstalk mechanisms between related pathways).
- Step-by-Step experimental outline and rational to address each individual step of signal transduction starting with ligand binding to the receptors, receptor activation and intracellular activation and shuttling of SMAD transcription factors binding to the DNA upon nuclear import.
- How to investigate the different steps of signal transduction by complementary methods.
- Paper discussion (presented by the students) focusing on recent papers that have been influential in the current view on BMP and TGFß signal transduction.
- Intense practical and theoretical supervision due to the limited number of participants.
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
-
216601b
Laborpraktikum
Zellbiologisches Praktikum, Signaltransduktion (Petra Knaus)
Zeit: block course: 09.03. - 20.03.26, with seminars; (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Thielallee 63, Raum 001 and 004/005 (Labore)
Kommentar
Methodenmodul: Signaltransduktion
Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
Zugangsvoraussetzungen: keine
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten verfügen über grundlegende theoretische Kenntnisse und praktisch-methodische Fähigkeiten zu Forschungen zur Signaltransduktion. Nach Abschluss des Moduls verstehen sie themenbezogene Fragestellungen und sind in der Lage, diese zu formulieren, experimentell zu bearbeiten sowie Ergebnisse zu diskutieren und in publikationsgemäßer Form zusammenzufassen; sie sind fähig, entsprechende Fachliteratur kritisch zu interpretieren.
Inhalte: Experimente zur Signaltransduktion; aktuelle Methoden zur Signaltransduktionsforschung auf DNA-, mRNA-, Protein- und Zellebene, Immunocytochemie, Enzymaktivitätsassays, Durchlichtmikroskopie)
Practical content:
- Studying BMP/TGFß- induced signal transduction on multiple levels of the signaling cascade
- Use of biochemical assays which allow to analyze BMP/TGFß signal transduction in a quantitative manner (qRT-PCR, quantitative Western-Blotting)
- Use of biochemical assays which allow for analysis of BMP/TGFß signal transduction in a kinetic manner. Ligand stimulation, transcription factor translocation events, use of Luciferase-based reporter gene assay, activation of BMP-SMAD target genes
- Use of biochemical assays which allow to analyze BMP/TGFß signal transduction with spatial resolution, subcellular localization of transcription factors using fluorescence microscopy
- Using tools/strategies to artificially manipulate signal transduction (small molecule inhibitors targeting receptor-kinase activity, overexpression of tagged proteins of the BMP signal transduction cascade by transient-transfection methodology of overexpression plasmids.
- Extensive discussion on experimental design, drawbacks and pitfalls when designing an experiment to investigate signal transduction.
- Extensive discussions on appropriate controls to be implemented into the experimental design.
- Summary of the experimental results by simulating how to write a primary research paper.
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
-
216601a
Seminar
-
Methodenmodul: Spezielle Methoden der molekularen Biomedizin (5 LP)
0390aB3.4-
216202a
Seminar
Quantitative Fluoreszenzmikroskopie (Helge Ewers, Bas van Bommel)
Zeit: Block seminar: 19.01. - 30.01.2026; 9:00 h (Erster Termin: 19.01.2026)
Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
Hinweise für Studierende
Das Seminar ist Teilmodul des Methodenkurses "Quantitative Fluoreszenzmikroskopie" und findet parallel zum Praktikum statt. Das Seminar kann separat als theoretisches Teilmodul im Bereich Strukturbiochemie belegt werden.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studierenden erhalten einen Überblick über die Möglichkeiten moderner Lichtmikroskopie und ein grundlegendes Verständnis, wie durch Probenpräparation und Imaging quantitative digitale Daten generiert werden können. Sie erhalten einen Einblick in die Grundlagen der computerbasierten Bilddatenanalyse und wie Parameter aus Bilddaten extrahiert werden können. Die Studierenden digitale Bildaten selbst analysieren und grundlegende Fehler in der Mikroskopie und der Bilddatenverarbeitung erkennen und vermeiden. Inhalte: - Grundlagen der Fluoreszenzmikroskopie - Grundlagen der digitalen Mikroskopie - Grundlagen der digitalen Bilddatenanalyse - Spezielle Methoden der Mikroskopie - Einzelmolekülmikroskopie - hochauflösende Mikroskopie - Förster-transfer - maschinelles Lernen in der Bilddatenanalyse Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Dr. Bas van Bommel: bas.van.bommel@fu-berlin.de
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216202b
Laborpraktikum
Quantitative Fluoreszenzmikroskopie (Helge Ewers, Bas van Bommel)
Zeit: Block course: 19.01. - 30.01.2026; all-day (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Thielallee 63, Raum 106a (AG Ewers)
Hinweise für Studierende
Teilmodul des Methodenkurses "Quantitative Fluoreszenzmikroskopie". Das Seminar ist Bedingung zur Teilnahme am Praktikum.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studierenden erstellen Proben für die Fluoreszenzmikroskopie und nehmen sie selbst am konfokalen Mikroskop und am Einzelmolekülmikroskop auf. Die Studierendend führen dann unterschiedliche Experimente durch, und werten die erhaltenen Bilddaten dann mittels ImageJ und anderer Software aus. Die Studierenden trainieren ein Deep-learning Modell and analysieren anschliessend damit die erhaltenen Bilddaten aus der hochauflösenden Mikroskopie. Die Studierenden erarbeiten die Möglichkeiten weiterer Mikroskopietechniken aus Literaturrecherche und stellen Techniken vor. Inhalte des Praktikums: • Lebendzellmikroskopie • Bildgebung und Punktspreizfunktion • Background, Noise, Extraktion von quantitativen Daten • Umgang mit Image J • Fluoreszence-Recovery after Photobleaching • Single molecule superresolution microscopy • Bilddatenanalyse mit Hilfe von Deep-Learning Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Dr. Bas van Bommel: bas.van.bommel@fu-berlin.de
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216405a
Seminar
Mechanismen der Regulierung des alternativen Spleißens (Florian Heyd, Marco Preußner)
Zeit: block seminar: 19.01.26 - 30.01.26; begin: 19.01.26, 9:00 h, The exact schedule will be announced during the first course day.
Ort: Takustr. 6, room 003 (seminar room)
Hinweise für Studierende
Das Seminar findet parallel zum Praktikum statt.
Kommentar
Qualifikationsziele:
Die Studentinnen und Studenten haben ein breites Verständnis über experimentelle Herangehensweisen zur Untersuchung der Regulation von alternativem Spleißen. Sie haben die grundlegenden experimentellen Verfahren zur Identifizierung von cis-wirkenden Elementen und trans-wirkenden Faktoren erlernt, haben durch Überexpression und knockdown eines RNA-bindenden Proteins dessen Rolle in der Regulation eines bestimmten Spleiß-Events gezeigt und (bioinformatische) Methoden kennengelernt, um coregulierte Exons zu identifizieren. Die Studierenden sind nach Abschluss des Moduls in der Lage, aktuelle fachspezifische Literatur kritisch zu beurteilen, offene Fragen zu identifizieren und experimentelle Ansätze zu entwerfen, um diese Fragestellungen zu adressieren.
Inhalte:
Transfektion, Kultivierung und Synchronisierung von Säuger-Zellen, RNA-Extraktion, Minigen-Analysen, Quantifizierung von alternativem Spleißen durch (radioaktive) RT-PCR, siRNA-vermittelter knock down, RT-qPCR, Westernblot, Herstellung von Kernextrakten, radioaktiver UV-X-link, gängige bioinformatische Analysen, Grundlagen der Analyse von RNA-Seq Daten
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de Dr. Marco Preußner: mpreussner@zedat.fu-berlin.de -
216405b
Laborpraktikum
Mechanismen der Regulierung des alternativen Spleißens (Florian Heyd, Marco Preußner)
Zeit: block seminar and practical course: 19.01.26 - 30.01.26, all day, (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Takustr. 6, room 001-002 (laboratory)
Hinweise für Studierende
Die Teilnahme am Seminar ist Voraussetzung für die Teilnahme am Praktikum.
Kommentar
Qualifikationsziele:
Die Studentinnen und Studenten haben ein breites Verständnis über experimentelle Herangehensweisen zur Untersuchung der Regulation von alternativem Spleißen. Sie haben die grundlegenden experimentellen Verfahren zur Identifizierung von cis-wirkenden Elementen und trans-wirkenden Faktoren erlernt, haben durch Überexpression und knockdown eines RNA-bindenden Proteins dessen Rolle in der Regulation eines bestimmten Spleiß-Events gezeigt und (bioinformatische) Methoden kennengelernt, um coregulierte Exons zu identifizieren. Die Studierenden sind nach Abschluss des Moduls in der Lage, aktuelle fachspezifische Literatur kritisch zu beurteilen, offene Fragen zu identifizieren und experimentelle Ansätze zu entwerfen, um diese Fragestellungen zu adressieren.
Inhalte:
Transfektion, Kultivierung und Synchronisierung von Säuger-Zellen, RNA-Extraktion, Minigen-Analysen, Quantifizierung von alternativem Spleißen durch (radioaktive) RT-PCR, siRNA-vermittelter knock down, RT-qPCR, Westernblot, Herstellung von Kernextrakten, radioaktiver UV-X-link, gängige bioinformatische Analysen, Grundlagen der Analyse von RNA-Seq Daten
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de Dr. Marco Preußner: mpreussner@zedat.fu-berlin.de -
216406a
Seminar
Gene Editing mit CRISPR/Cas9 für Zellbiologie (Francesca Bottanelli)
Zeit: block course 02.02. - 13.02.26; 09:00-10:00 h The exact schedule will be announced during the seminar.
Ort: Thielallee 63, Raum 321 (AG Bottanelli)
Hinweise für Studierende
Das Seminar ist auf 10 Studierende limitiert. Anmeldungen per Mail bis zum 19.12.2025 an: bottanelli@zedat.fu-berlin.de
Kommentar
Content:
The students will learn:
• How to use bio-informatic tools for CRISPR/Cas9 technology
• How to clone all the required plasmids for the insertion of tags into the genomic locus of genes of interest
• How to culture and transfect human cell culture models
Prof. Bottanelli: Francesca.bottanelli@fu-berlin.de -
216406b
Laborpraktikum
Gene Editing mit CRISPR/Cas9 für Zellbiologie (Francesca Bottanelli)
Zeit: block course 02.02. - 13.02.26; 09:00 h, all day (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Thielallee 63, Rauminformation über Blackboard (AG Bottanelli)
Kommentar
Content:
The students will learn:
• How to use bio-informatic tools for CRISPR/Cas9 technology
• How to clone all the required plasmids for the insertion of tags into the genomic locus of genes of interest
• How to culture and transfect human cell culture models
Prof. Bottanelli: Francesca.bottanelli@fu-berlin.de -
216602a
Seminar
Molekulare Immunologie (Christian Freund, Jana Sticht)
Zeit: block course: 03.11.-14.11.25 (Erster Termin: 03.11.2025)
Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
Hinweise für Studierende
Die Seminare sind auf 4 Studierende zusätzlich zu den 6 Teilnehmenden des Praktikums 216602b limitiert. Anmeldung per Mail bis zum 15. Oktober 2025 an: chfreund@zedat.fu-berlin.de
UND sticht@zedat.fu-berlin.deKommentar
Inhalt/Content:
- Introduction to Immunology: Innate and adaptive immune responses
- The adaptive immune system: B and T cells
- The adaptive immune system: antigen presentation by MHC molecules
- Investigating MHC-peptide complexes by NMR spectroscopy
- Immunopeptidomics (Mass spectrometry analysis of peptide presentation)
- PyMol to visualize and analyze protein structures
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Dr. J. Sticht: sticht@zedat.fu-berlin.de -
216602b
Laborpraktikum
Molekulare Immunologie (Christian Freund, Jana Sticht)
Zeit: block course: 03.11.-14.11.25 (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Thielallee 63, Raum 016/018 und 025/027 (AG Freund)
Kommentar
Content:
- - MHC-peptide exchange experiments
- Measuring the stability of MHC-peptide complexes
- NMR of MHC-peptide complexes
- Visualization of mutations and mapped epitopes in PyMol
- Immunopeptidomics I - Affinity purification
- Immunopeptidomics II - MS analysis and epitope prediction for T cell antigens
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Dr. J. Sticht: sticht@zedat.fu-berlin.de -
216613a
Seminar
Molekulare Pharmakologie und zelluläre Signaltransduktion (Ralf Schülein, Volker Haucke)
Zeit: block seminar and practical course S/P: 16.03. - 27.03.26, 9:00 - 17:00 h; Seminar Di - Fr 9:00 - 10:30 h
Ort: Leibniz-Forschungsinstitut für Molekulare Pharmakologie (FMP) , Robert-Rössle-Str. 10, 13125 Berlin Buch
Hinweise für Studierende
Seminar in den 2 Wochen Praktikum integriert.
Kommentar
Das Seminar wird von Wissenschaftlern aus dem gesamten Berliner Raum gestaltet (Leibniz-Institut für Molekulare Pharmakologie, Charité, Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin) und findet täglich jeweils vor den Praktikumseinheiten statt. Die Studenten tragen hierzu mit themenspezifischen Kurzreferaten bei. Die Inhalte der einzelnen Seminare sind aktuelle Forschungsthemen der Seminarsprecher (Walter Birchmeier, Christian Hackenberger, Volker Haucke, Thomas Jentsch, Gunnar Kleinau, Jens-Peter von Kries, Gary Lewin, Andrew Plested).
Exemplary seminar content:
- Mechanoreception
- Epigenetic mechanisms downstream of Wnt/beta-catenin in carcinomas and cancer stem cells
- CIC chloride channels and transporters: insights from knockout mice and inherited diseases
- G protein-coupled receptors and effector systems
- Identification of novel drugs using high throughput screening
- Ligand-gated ion channels
- Neurotransmitter release and vesicle recycling
- Protein conjugates
Prof. Dr. R. Schülein: schuelein@fmp-berlin.de -
216613b
Laborpraktikum
Molekulare Pharmakologie und zelluläre Signaltransduktion (Ralf Schülein, Volker Haucke)
Zeit: block seminar and practical course S/P: 16.03. - 27.03.26, 9:00 - 17:00 h; Seminar Di - Fr 9:00 - 10:30 h (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. Please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Leibniz-Forschungsinstitut für Molekulare Pharmakologie (FMP) , Robert-Rössle-Str. 10, 13125 Berlin Buch
Hinweise für Studierende
Praktikum mit integriertem Seminar.
Kommentar
Für das Praktikum wird die Teilnahme am entsprechenden Seminar vorausgesetzt. Ziel des zweiwöchigen Praktikums ist die Vermittlung von Methoden, die das gesamte Spektrum der modernen molekularen Pharmakologie abdecken. Neben der Etablierung computergestützter Strukturmodelle für Rezeptoren werden biochemische und molekularbiologische Methoden vorgestellt. Ferner soll ein Einblick in die Methodik eines Tierversuchs in der Pharmakologie gegeben werden (Mitarbeit freigestellt).
Practical content:
- TIRF microscopy
- Molecular modelling
- Signaling by inositol pyrophosphates
- Mass spectrometry and proteomics
- Transgenic animals
- Proteostasis in C. elegans
- Voltage clamp
- NMR spectroscopy
Prof. Dr. R. Schülein: schuelein@fmp-berlin.de -
216641b
Seminar
Selbstreplizierende Proteinpartikel und Neurodegeneration bei Morbus Alzheimer, Parkinson-Krankheit und Prionerkrankungen (Michael Beekes)
Zeit: block course (schedule will be announced during the lecture 216641a)
Ort: Robert Koch Institute; Nordufer 20, 13353 Berlin, building 1
Hinweise für Studierende
Achtung: Die Platzvergabe erfolgt durch den Dozenten in der Vorlesung 216641a im vorhergehenden Semester.
Das Seminar kann nur im Zusammenhang mit dem Praktikum 216641c besucht werden und findet begleitend statt.Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen
Wiederholung von Kernthemen aus Seminar 216641a mit Fokus auf die Themen des Laborpraktikums 216641c; Vorbesprechung der Experiment des Laborpraktikums 216641. Studentenvorträge zu ausgewählten Publikationen über die Experimente des Laborpraktikums 2166641
PD Dr. M. Beekes: BeekesM@rki.de -
216641c
Laborpraktikum
Selbstreplizierende Proteinpartikel und Neurodegeneration bei Morbus Alzheimer, Parkinson-Krankheit und Prionerkrankungen (Michael Beekes)
Zeit: 2-week block practical (schedule will be announced during the lecture 216641a) Enrollment for this module will by the instructor
Ort: Robert Koch Institute; Nordufer 20, 13353 Berlin, building 1
Hinweise für Studierende
Praktikum mit begleitendem Seminar; Voraussetzung: Besuch der Vorlesung 216641a. Platzvergabe erfolgt durch den Dozenten an ausgewählte Teilnehmer der Vorlesung im vorherigen Semester. Das Praktikum ist für Studierende der Biochemie oder anderer Biowissenschaften im Masterstudium konzipiert.
Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen
Vorbesprechung: Die Vorbesprechung erfolgt im Rahmen der Vorlesung 216641a im vorangegangenen Semester.
Kommentar
Inhalt: In ausgewählten Versuchen werden pathophysiologische Schlüsselmerkmale von Morbus Alzheimer, Parkinson-Krankheit und Prionerkrankungen aus verschiedenen Blickwinkeln experimentell beleuchtet. Dies soll zum einen Gemeinsamkeiten und Unterschiede zentraler molekularer Abläufe bei diesen neurodegenerativen Proteinkonformationskrankheiten ("Proteinopathien") und andererseits praktische Zugänge und Untersuchungstechniken zu deren Erforschung aufzeigen. Dabei werden sowohl Tiermodelle, Zellkulturmodelle als auch zellfreie biochemische Assays und Untersuchungsverfahren vorgestellt. Mit Hilfe immunhistochemischer und histologischer Verfahren werden in Hirnschnitten pathologische Veränderungen wie Gliaaktivierung und Nervenzelluntergang nachgewiesen. Ergänzend werden glutamaterge Rezeptoren als potentielle Vermittler exzitatorischer Neurotoxizität sowie dopaminerge Neuronen als beispielhafte Zielzellen neurodegenerativer Prozesse im Gewebeschnitt durch Markierung mit spezifischen Antikörpern angefärbt. Krankheitsassoziierte Proteine wie Amyloid-beta und tau (Alzheimer Krankheit), alpha-Synuklein (Parkinson-Krankheit) oder PrP (Prionkrankheiten) werden aus Gehirngewebe aufgereinigt und mit Hilfe unterschiedlicher Western Blot-Verfahren nachgewiesen bzw. biochemisch charakterisiert. Die Ablagerung und Akkumulation von alpha-Synuklein und PrP im Gehirn wird außerdem immunhistochemisch, und im Falle des PrP, auch mit Hilfe der "Paraffin-embedded tissue" (PET) Blot-Technik verdeutlicht. Die Selbstreplikation von infektiösen PrP-Partikeln, d. h. Prionen, wird in vitro zellfrei mittels "Protein Misfolding Cyclic Amplification" nachgestellt. Neue Anwendungsmöglichkeiten zellkulturbasierter Assays in der Proteinopathie-Forschung werden am Beispiel primärer Gliazellkulturen und organotypischer Hirnschnittkulturen beleuchtet. Teilnehmerkreis: Das Praktikum (8 Plätze) ist für Biochemiker und andere Biowissenschaftler im Hauptstudium (Diplom) / Masterstudium konzipiert. PD Dr. M. Beekes: BeekesM@rki.de
-
216202a
Seminar
-
Forschungsmodul: Forschungsprojekt - Strukturbiochemie (15 LP)
0390aC1.1-
216280a
Forschungsseminar
Forschungsseminar: Strukturbiochemie (Die Hochschullehrerinnen und Hochschullehrer des Masterstudiengangs)
Zeit: Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen. Please contact the instructor for further information.
Ort: nach Vereinbarung
Hinweise für Studierende
Zeit und Ort bitte bei den Dozenten erfragen.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die wissenschaftliche Methodik im Fachgebiet der Arbeitsgruppe. Sie können Forschungsergebnisse präsentieren und diskutieren.
Inhalte: Die Themen im Seminar ergeben sich aus der aktuellen Forschung der beteiligten Arbeitsgruppe.
Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de
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216280b
Forschungspraktikum
Forschungspraktikum: Strukturbiochemie (Die Hochschullehrerinnen und Hochschullehrer des Masterstudiengangs)
Zeit: Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen. Please contact the instructor for further information.
Ort: nach Vereinbarung
Hinweise für Studierende
Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die wissenschaftliche Methodik in der Forschung der Arbeitsgruppe. Sie können unter Anleitung wissenschaftlich arbeiten.
Inhalte: Die Studentinnen und Studenten arbeiten im Praktikum einzeln unter der persönlichen Betreuung von Mitgliedern der Arbeitsgruppe an einem aktuellen Forschungsprojekt.
Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de
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216280a
Forschungsseminar
-
Forschungsmodul: Forschungsprojekt - Molekularbiologie (15 LP)
0390aC2.1-
216480a
Forschungsseminar
Forschungsseminar: Molekularbiologie (Die Hochschullehrerinnen und Hochschullehrer des Masterstudiengangs)
Zeit: Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen. Please contact the instructor for further information.
Ort: nach Vereinbarung
Hinweise für Studierende
Zeit und Ort bitte bei den/der Dozenten/in erfragen.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die wissenschaftliche Methodik im Fachgebietes der Arbeitsgruppe. Sie können Forschungsergebnisse präsentieren und diskutieren.
Inhalte: Die Themen im Seminar ergeben sich aus der aktuellen Forschung der beteiligten Arbeitsgruppe.
Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de
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216480b
Forschungspraktikum
Forschungsprojekt: Molekularbiologie (Die Hochschullehrerinnen und Hochschullehrer des Masterstudiengangs)
Zeit: Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen. Please contact the instructor for further information.
Ort: nach Vereinbarung
Hinweise für Studierende
Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die wissenschaftliche Methodik im Fachgebietes der Arbeitsgruppe. Sie können Forschungsergebnisse präsentieren und diskutieren.
Inhalte: Die Themen im Seminar ergeben sich aus der aktuellen Forschung der beteiligten Arbeitsgruppe.
Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de
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216480a
Forschungsseminar
-
Forschungsmodul: Forschungsprojekt - Molekulare Biomedizin (15 LP)
0390aC3.1-
216680a
Forschungsseminar
Forschungsseminar: Molekulare Biomedizin (Die Hochschullehrerinnen und Hochschullehrer des Masterstudiengangs)
Zeit: Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen. Please contact the instructor for further information.
Ort: nach Vereinbarung
Hinweise für Studierende
Zeit und Ort bitte bei den/der Dozenten/in erfragen.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die wissenschaftliche Methodik im Fachgebiet der Arbeitsgruppe. Sie können Forschungsergebnisse präsentieren und diskutieren.
Inhalte: Die Themen im Seminar ergeben sich aus der aktuellen Forschung der beteiligten Arbeitsgruppe.
Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
Prof. Dr. V. Haucke: haucke@fmp-berlin.de -
216680b
Forschungspraktikum
Forschungsprojekt: Molekulare Biomedizin (Die Hochschullehrerinnen und Hochschullehrer des Masterstudiengangs)
Zeit: Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen. Please contact the instructor for further information.
Ort: nach Vereinbarung
Hinweise für Studierende
Zeit und Ort bitte bei den/der Dozenten/in erfragen.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die wissenschaftliche Methodik im Fachgebiet der Arbeitsgruppe. Sie können Forschungsergebnisse präsentieren und diskutieren.
Inhalte: Die Themen im Seminar ergeben sich aus der aktuellen Forschung der beteiligten Arbeitsgruppe.
Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
Prof. Dr. V. Haucke: haucke@fmp-berlin.de
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216680a
Forschungsseminar
-
Forschungsmodul: Forschungsprojekt eines affinen Studienfachs (15 LP)
0390aC4.1-
216881a
Seminar
Research Seminar: Literature Search and Research Design / Literaturrecherche und Forschungskonzeption (Florian Heyd)
Zeit: Information about the further process will follow on Blackboard.
Ort: Information about the further process will follow on Blackboard.
Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen
Zeit und Ort bitte bei den Dozenten erfragen.
Begrenzte TeilnehmerzahlKommentar
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten können wichtige offene Fragestellungen aus der Primär- und Sekundärliteratur identifizieren, sie präzise definieren und fundiert ausformulieren. Sie können die Fragestellungen in einem stringenten experimentellen Forschungsplan ausarbeiten und die einzelnen Komponenten eines hypothesebasierten Forschungsvorhabens kontextbezogen mit Inhalt füllen. Sie können Inhalte von Forschungsprojekten und die Rationale für Fragestellungen und experimentelle Herangehensweisen konstruktiv kritisieren.
Inhalte: Die Studentinnen und Studenten arbeiten einzeln unter der persönlichen Betreuung von Hochschullehrern.
Studierende bekommen eine Übersicht über wesentliche Bestandteile eines Drittmittelantrags. Die Studierenden identifizieren anhand von Primär- und Sekundärliteratur offene Fragestellungen in einem definierten aktuellen Forschungsfeld. Sie halten einen Vortrag, in dem diese Fragestellung mit Hintergründen dargestellt und eine Herangehensweise für deren Beantwortung präsentiert wird.
Der Vortrag stellt die Basis für das in 216881b zu erstellende Forschungskonzept dar. Content/Inhalt:
- Overview of funding schemes
- Contents of a grant proposal
- Literature search
- Conceptualizing a scientific project
- Presentation of a research topic
-
216881b
Praktikum
Research Practical - Research Design and Grant Writing / Forschungskonzeption und Antragstellung (Francesca Bottanelli, Sutapa Chakrabarti, Helge Ewers, Christian Freund, Lydia Herzel, Florian Heyd, Petra Knaus, Markus Wahl)
Zeit: Information about the further process will follow on Blackboard.
Ort: Information about the further process will follow on Blackboard.
Hinweise für Studierende
Teilnahme nur nach erfolgreichem Abschluss von 216881a
Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen
Details s. 216881a
Kommentar
Basierend auf dem Vortrag in 216881a arbeiten die Studierenden selbstständig einen Forschungsplan aus. Dieser Antrag orientiert sich an den Anforderungen eines DFG-Drittmittelantrags. Die Anträge werden von Studierenden und von jeweils 2 Professoren begutachtet. Das Forschungskonzept wird in einem Vortrag verteidigt.
Content/Inhalt:
- Literature search
- Conceptualizing a scientific project
- Writing of a grant proposal
- Presenting a proposed scientific project
- Peer-review of proposals
Prof. Dr. S. Chakrabarti: chakraba@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
Prof. Dr. L. Herzel: ydia.herzel@fu-berlin.de
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
-
216881a
Seminar
-
Spezielle Aspekte der Strukturbiochemie (5 LP)
0390aD1.1-
216201a
Seminar
Strukturaufklärung von Biomolekülen durch Röntgenkristallographie (Markus Wahl; Berhard Loll)
Zeit: 17.11. - 28.11.25 Mo, Mi, Fr - 9-:00 - 11:00 Uhr and concluding seminar on 12.12.25
Ort: Takustr. 6, room 323 (Wahl group)
Hinweise für Studierende
Teilmodul des Methodenkurses "Grundlagen der Strukturbiochemie" sowie separat belegbares theoretisches Teilmodul im Bereich Strukturbiochemie
Kommentar
Methodenmodul: Grundlagen der Strukturbiochemie
Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
Zugangsvoraussetzungen: keine
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten lernen Verfahren für die Präparation von biologischen Makromolekülen und für die Strukturanalyse kennen. Sie eignen sich theoretische Grundlagen zu Verfahren der makromolekularen Strukturanalyse an. Die Studentinnen und Studenten können makromolekulare Eigenschaften, die für die Strukturanalyse eine Rolle spielen, beurteilen. Sie können Manuskripte, in denen makromolekulare Strukturen und Strukturanalysen beschrieben werden, kritisch erfassen und die Qualität von makromolekularen Strukturen beurteilen. Inhalte: Herstellung einer Probe eines biologischen Makromoleküls für die Strukturanalyse; Bioinformatische, biochemische oder biophysikalische Charakterisierung eines biologischen Makromoleküls; Durchführung eines oder mehrerer Verfahren zur Strukturanalyse; Strukturbeschreibung und graphische Darstellung von Strukturen; Präsentation strukturbiologischer Experimente und Ergebnisse.
Inhalt des Seminars:
- Protein production and characterization
- Protein crystallization and protein crystals
- Crystallographic symmetry
- X-ray diffraction theory
- The phase problem and phasing strategies
- Electron density, model building, refinement, validation
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
Dr. B. Loll: loll@chemie.fu-berlin.de -
216201b
Seminar
Spezielle Aspekte der Röntgenstrukturanalyse (Oliver Daumke, Bernhard Loll, Gert Weber, Manfred Weiss)
Zeit: see additional information 01.12. - 05.12.25 and 08.12. - 11.12.25, Mo, Mi, Fr - 9:00 - 11:00 Uhr and concluding seminar on 12.12.25
Ort: see additional information
Hinweise für Studierende
Teilmodul des Methodenkurses "Grundlagen der Strukturbiochemie"
Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen
In der Zeit vom 01.12. - 05.12.25 am HZB/BESSSY und vom 08.12. - 11.12.25 am MDC sowie Abschlussseminar am 12.12.25, Takustr. 6 Raum 323 (AG Wahl)
Genaue Termine und Orte (HZB/BESSSY und MDC) auf Anfrage (wird von jeder der beteiligten Gruppen individuell organisiert und richtet sich flexibel nach dem Verlauf der Versuche).
Kommentar
Methodenmodul: Grundlagen der Strukturbiochemie
Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
Zugangsvoraussetzungen: keine
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten lernen Verfahren für die Präparation von biologischen Makromolekülen und für die Strukturanalyse kennen. Sie eignen sich theoretische Grundlagen zu Verfahren der makromolekularen Strukturanalyse an. Die Studentinnen und Studenten können makromolekulare Eigenschaften, die für die Strukturanalyse eine Rolle spielen, beurteilen. Sie können Manuskripte, in denen makromolekulare Strukturen und Strukturanalysen beschrieben werden, kritisch erfassen und die Qualität von makromolekularen Strukturen beurteilen. Inhalte: Herstellung einer Probe eines biologischen Makromoleküls für die Strukturanalyse; Bioinformatische, biochemische oder biophysikalische Charakterisierung eines biologischen Makromoleküls; Durchführung eines oder mehrerer Verfahren zur Strukturanalyse; Strukturbeschreibung und graphische Darstellung von Strukturen; Präsentation strukturbiologischer Experimente und Ergebnisse.
Inhalt des Seminars:
- Synchrotron radiation
- Linux and vi
- Data collection strategies
- Data processing using XDS and XDSAPP
- Data quality indicators
- Structure solution
- Refinement
- Electron density
- Model building
- Structure validation
Dr. M. Weiss: manfred.weiss@helmholtz-berlin.de
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de
Dr. B. Loll: Loll@chemie.fu-berlin.de -
216202a
Seminar
Quantitative Fluoreszenzmikroskopie (Helge Ewers, Bas van Bommel)
Zeit: Block seminar: 19.01. - 30.01.2026; 9:00 h (Erster Termin: 19.01.2026)
Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
Hinweise für Studierende
Das Seminar ist Teilmodul des Methodenkurses "Quantitative Fluoreszenzmikroskopie" und findet parallel zum Praktikum statt. Das Seminar kann separat als theoretisches Teilmodul im Bereich Strukturbiochemie belegt werden.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studierenden erhalten einen Überblick über die Möglichkeiten moderner Lichtmikroskopie und ein grundlegendes Verständnis, wie durch Probenpräparation und Imaging quantitative digitale Daten generiert werden können. Sie erhalten einen Einblick in die Grundlagen der computerbasierten Bilddatenanalyse und wie Parameter aus Bilddaten extrahiert werden können. Die Studierenden digitale Bildaten selbst analysieren und grundlegende Fehler in der Mikroskopie und der Bilddatenverarbeitung erkennen und vermeiden. Inhalte: - Grundlagen der Fluoreszenzmikroskopie - Grundlagen der digitalen Mikroskopie - Grundlagen der digitalen Bilddatenanalyse - Spezielle Methoden der Mikroskopie - Einzelmolekülmikroskopie - hochauflösende Mikroskopie - Förster-transfer - maschinelles Lernen in der Bilddatenanalyse Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Dr. Bas van Bommel: bas.van.bommel@fu-berlin.de
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216302a
Seminar
Strukturuntersuchungen an supramolekularen Architekturen und Proteinen mit elektronenmikroskopischen Methoden (Kai Ludwig, Tarek Hilal)
Zeit: Block course 09.02. – 20.02.26 (9:00 - 18:00 h);
Ort: Fabeckstr. 36a, room 205 (Research Center of Electron Microscopy)
Kommentar
Die Blockveranstaltung wendet sich an Studierende mit Interesse an forschungsrelevanten Fragen der Strukturaufklärung an synthetischen supramolekularen Architekturen sowie biologischen Makromolekülen und führt insbesondere in die Transmissions-Elektronenmikroskopie (TEM) im Kryobetrieb ein. Im ersten Teil werden Fragen der Präparation, insbesondere der Kryofixierung, Grundlagen zu Aufbau und Funktion der Geräte, zur Bildgebung und -auswertung, zu Prinzipien der digitalen Bildverarbeitung sowie zur Handhabung von Transmissions-Elektronenmikroskopen theoretisch und praktisch behandelt. Der zweite Teil umfasst theoretische und praktische Aspekte der modernen Strukturaufklärung mittels Einzelpartikelanalyse und ermöglicht es den Studierenden die Entstehung einer hochaufgelösten 3D-Rekonstruktion einer Proteinstruktur nachzuvollziehen.
Dr. Kai Ludwig: kai.ludwig@fzem.fu-berlin.de
Dr. Tarek Hilal: tarek.hilal@fzem.fu-berlin.de -
216321a
Seminar
Integrative Strukturbiologie (Oliver Daumke)
Zeit: Mo 9:15 - 10:15 h, Beginn 13.10.2025
Ort: Online zeitAbhängig and Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin (MDC), Robert-Rössle-Straße 10 13125 Berlin, Haus 31.2., SR 0211
Hinweise für Studierende
Please contact Prof. Dr. O. Daumke (oliver.daumke@mdc-berlin.de) if you would like to participate.
Kommentar
Content:
Progress-report seminars on practical aspects of integrative structural biology, including
• concepts and design of studies for integrative structural biology approaches
• design and production of protein samples or complexes for structure analysis
• progress and problems in protein crystallization, NMR and cryo-EM sample preparation
• various aspects of crystal structure analysis, and structure determination by NMR and cryo-EM
• computational biology approaches, including molecular dynamics simulations
• cross-linking mass spectrometry
• structure-function studies to derive and test biological hypotheses from structural data
• protein dynamics and role for protein function in the context of molecular machines
• membrane proteins and interaction with lipid bilayer
Contact:
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de -
216321b
Seminar
Aktuelle Strukturbiologie (Oliver Daumke)
Zeit: Mi 11:00 - 12:00 h, Beginn 15.10.25
Ort: Online zeitAbhängig and Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin (MDC), Robert-Rössle-Straße 10 13125 Berlin, Haus 31.2., SR 0211
Hinweise für Studierende
Please contact Prof. Dr. O. Daumke (oliver.daumke@mdc-berlin.de) if you would like to participate.
Kommentar
Content:
Journal-club seminars on various topics in structural biology, including:
- new X-ray, NMR and cryo-EM structures
- method developments in macromolecular crystallography
- method developments in cryo-electron microscopy
- new concepts in molecular and cell biology
- current studies in membrane biology
- current studies in gene expression regulation
- structure-based identification and optimization of chemical probes
Kontakt:
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de -
216602a
Seminar
Molekulare Immunologie (Christian Freund, Jana Sticht)
Zeit: block course: 03.11.-14.11.25 (Erster Termin: 03.11.2025)
Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
Hinweise für Studierende
Die Seminare sind auf 4 Studierende zusätzlich zu den 6 Teilnehmenden des Praktikums 216602b limitiert. Anmeldung per Mail bis zum 15. Oktober 2025 an: chfreund@zedat.fu-berlin.de
UND sticht@zedat.fu-berlin.deKommentar
Inhalt/Content:
- Introduction to Immunology: Innate and adaptive immune responses
- The adaptive immune system: B and T cells
- The adaptive immune system: antigen presentation by MHC molecules
- Investigating MHC-peptide complexes by NMR spectroscopy
- Immunopeptidomics (Mass spectrometry analysis of peptide presentation)
- PyMol to visualize and analyze protein structures
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Dr. J. Sticht: sticht@zedat.fu-berlin.de
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216201a
Seminar
-
Spezielle Aspekte der Molekularbiologie (5 LP)
0390aD1.2-
216202a
Seminar
Quantitative Fluoreszenzmikroskopie (Helge Ewers, Bas van Bommel)
Zeit: Block seminar: 19.01. - 30.01.2026; 9:00 h (Erster Termin: 19.01.2026)
Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
Hinweise für Studierende
Das Seminar ist Teilmodul des Methodenkurses "Quantitative Fluoreszenzmikroskopie" und findet parallel zum Praktikum statt. Das Seminar kann separat als theoretisches Teilmodul im Bereich Strukturbiochemie belegt werden.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studierenden erhalten einen Überblick über die Möglichkeiten moderner Lichtmikroskopie und ein grundlegendes Verständnis, wie durch Probenpräparation und Imaging quantitative digitale Daten generiert werden können. Sie erhalten einen Einblick in die Grundlagen der computerbasierten Bilddatenanalyse und wie Parameter aus Bilddaten extrahiert werden können. Die Studierenden digitale Bildaten selbst analysieren und grundlegende Fehler in der Mikroskopie und der Bilddatenverarbeitung erkennen und vermeiden. Inhalte: - Grundlagen der Fluoreszenzmikroskopie - Grundlagen der digitalen Mikroskopie - Grundlagen der digitalen Bilddatenanalyse - Spezielle Methoden der Mikroskopie - Einzelmolekülmikroskopie - hochauflösende Mikroskopie - Förster-transfer - maschinelles Lernen in der Bilddatenanalyse Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Dr. Bas van Bommel: bas.van.bommel@fu-berlin.de
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216404a
Seminar
Seminar zur Bioanalytischen Massenspektrometrie / Proteomanalyse (Benno Kuropka)
Zeit: block course: 17.11.- 28.11.2025; 9:00 - 10:30 h
Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
Kommentar
Dr. Benno Kuropka: kuropka@zedat.fu-berlin.de
• Grundlagen der Proteomanalyse
• Aufbau und Funktionsweise eines Massenspektrometers
• Probenvorbereitung und chromatographische Peptidtrennung
• Ionisierungsmethoden (ESI und MALDI)
• Protein-Identifizierung mittels MALDI-Peptidmassenfingerprint
• Methoden der Proteinanalytik (top-down, bottom-up, targeted)
• Fragmentierungsmethoden und Interpretation von MS/MS-Spektren zur Sequenzermittlung
• Methoden der quantitativen Proteomanalyse mittels verschiedener Markierungsverfahren
• Ermittlung von Protein-Interaktionen mittels affinity-purification MS
• Analyse nicht-kovalenter Proteininteraktionen mittels nativer MS
• Gast Seminare zu verschiedenen Themen wie z.B. MALDI Imaging, Crosslinking-MS, Kohlenhydrat-Analyse, Metabolomics -
216405a
Seminar
Mechanismen der Regulierung des alternativen Spleißens (Florian Heyd, Marco Preußner)
Zeit: block seminar: 19.01.26 - 30.01.26; begin: 19.01.26, 9:00 h, The exact schedule will be announced during the first course day.
Ort: Takustr. 6, room 003 (seminar room)
Hinweise für Studierende
Das Seminar findet parallel zum Praktikum statt.
Kommentar
Qualifikationsziele:
Die Studentinnen und Studenten haben ein breites Verständnis über experimentelle Herangehensweisen zur Untersuchung der Regulation von alternativem Spleißen. Sie haben die grundlegenden experimentellen Verfahren zur Identifizierung von cis-wirkenden Elementen und trans-wirkenden Faktoren erlernt, haben durch Überexpression und knockdown eines RNA-bindenden Proteins dessen Rolle in der Regulation eines bestimmten Spleiß-Events gezeigt und (bioinformatische) Methoden kennengelernt, um coregulierte Exons zu identifizieren. Die Studierenden sind nach Abschluss des Moduls in der Lage, aktuelle fachspezifische Literatur kritisch zu beurteilen, offene Fragen zu identifizieren und experimentelle Ansätze zu entwerfen, um diese Fragestellungen zu adressieren.
Inhalte:
Transfektion, Kultivierung und Synchronisierung von Säuger-Zellen, RNA-Extraktion, Minigen-Analysen, Quantifizierung von alternativem Spleißen durch (radioaktive) RT-PCR, siRNA-vermittelter knock down, RT-qPCR, Westernblot, Herstellung von Kernextrakten, radioaktiver UV-X-link, gängige bioinformatische Analysen, Grundlagen der Analyse von RNA-Seq Daten
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de Dr. Marco Preußner: mpreussner@zedat.fu-berlin.de -
216406a
Seminar
Gene Editing mit CRISPR/Cas9 für Zellbiologie (Francesca Bottanelli)
Zeit: block course 02.02. - 13.02.26; 09:00-10:00 h The exact schedule will be announced during the seminar.
Ort: Thielallee 63, Raum 321 (AG Bottanelli)
Hinweise für Studierende
Das Seminar ist auf 10 Studierende limitiert. Anmeldungen per Mail bis zum 19.12.2025 an: bottanelli@zedat.fu-berlin.de
Kommentar
Content:
The students will learn:
• How to use bio-informatic tools for CRISPR/Cas9 technology
• How to clone all the required plasmids for the insertion of tags into the genomic locus of genes of interest
• How to culture and transfect human cell culture models
Prof. Bottanelli: Francesca.bottanelli@fu-berlin.de -
216501a
Vorlesung
Membranproteine: Klassifizierung, Struktur und Funktion (Stefan Kubick)
Zeit: Di 18:00 st. - 19:00 h (Erster Termin: 14.10.2025)
Ort: Hs Biochemie, Thielallee 63 (Lise-Meitner-Hörsaal)
Hinweise für Studierende
Anmeldung zur Vorlesung per email an: stefan.kubick@fu-berlin.de dann erhalten Sie die Zugangsdaten. Muss zusammen mit Seminar 216501b besucht werden.
Ist Voraussetzung für das S/P 216451 a, bUN Sustainable Development Goals (SDGs): 4, 5, 9, 12, 17
Kommentar
Inhalt / Content:
Biomembranes and synthesis of transmembrane proteins:
- Molecular structure of membranes
- Synthesis of biomembranes
- Lipid rafts
- Subcellular organization of the eukaryotic cell, cell metabolism and secretion
- Protein synthesis
Receptors and signal transduction:
- Cell surface receptors
- Signal transduction pathways
Multigene families encoding membrane proteins:
- G protein-coupled receptors (structure, signal transduction, agonists/antagonists)
- Odorant receptors
- Non-peptide receptors
- Peptide receptors
Ion channels:
- voltage-gated ion channels
- ligand-gated ion channels
- mechanosensitive ion channels
Methods in molecular biology and protein chemistry:
- Production of membrane proteins
- Cell-free protein synthesis (prokaryotic systems, eukaryotic systems, labeling)
- Structural and functional analysis of membrane proteins
Lernziele:
Den Studierenden werden in dieser Vorlesung Kenntnisse der Topologie und Funktion der wichtigsten Klassen von Membranproteinen vermittelt. Es werden Strukturen, biochemische Eigenschaften, Regulation und physiologische Bedeutung verschiedener Membranproteine erläutert. Signaltransduktionskaskaden, Rezeptor-Ligand Interaktionen und pharmakologische Eigenschaften dieser Membranproteine werden dargestellt. Lipid-Membranproteinwechselwirkungen und posttranslationale Modifikationen werden an ausgewählten Beispielen membranadhärenter und transmembranärer Proteine behandelt. Die aufgezeigten analytischen Methoden zur Darstellung und Charakterisierung von Membranproteinen erweitern das Spektrum biochemischer Arbeitsmethoden.
Literatur:
- Stryer: Biochemie
- Alberts: Molekularbiologie der Zelle
- Forth, Henschler: Pharmakologie und Toxikologie
- Offermanns, Rosenthal: Encyclopedic Reference of Molecular Pharmacology
- Boron: Medical Physiology, A Cellular and Molecular Approach
- Fielding: Lipid Rafts and Caveolae
- Krauss: Biochemistry of Signal Transduction and Regulation
- Aktories, Förstermann, Hofmann: Allgemeine und spezielle Pharmakologie und Toxikologie
- Aktuelle Publikationen
Dr. S. Kubick: stefan.kubick@fu-berlin.de
-
216501b
Seminar
Seminar zur Vorlesung Membranproteine: Klassifizierung, Struktur und Funktion (Stefan Kubick)
Zeit: Di 19:00 - 20:00 h (Erster Termin: 14.10.2025)
Ort: Hs Biochemie, Thielallee 63 (Lise-Meitner-Hörsaal)
Hinweise für Studierende
Anmeldung zur Vorlesung per email an: stefan.kubick@fu-berlin.de Dann erhalten Sie die Zugangsdaten. Muss zusammen mit V 216501a besucht werden.
Ist Voraussetzung für das S/P 216451 a, bUN Sustainable Development Goals (SDGs): 4, 5, 9, 12, 17
Kommentar
Inhalt / Content:
Intended for graduate students, this seminar will introduce the tools of membrane protein synthesis and their functional characterization. Membrane proteins account for more than 30% of the genome in living organisms and many membrane-embedded receptors, transporters and ion channels are important therapeutic targets. In this context, methodologies concerning the functional characterization, the structure and the biochemical properties of membrane proteins, their regulation and their physiological relevance are in the focus of this seminar. Emphasis is given to topics that will be useful in other disciplines, including systems for the in vivo and in vitro expression of membrane proteins. The seminar gives a detailed introduction on problems concerning the interaction of chemical messengers with specific cell-surface receptors, the activation of signal-transduction cascades leading to the accumulation of specific intracellular second messenger molecules and the cell’s response to an external stimulus. Beside others the following topics are discussed in detail: Ligand-gated ion channels and their signaling between electrically excitable cells; G protein-coupled receptors, triggering downstream signal transduction cascades, thereby activating separate membrane-associated enzymes and catalytic receptors, acting as enzymes themselves. A critical approach to lipid-membrane protein interactions and the pharmacological properties of selected membrane proteins is also in the focus of this seminar.
Zeitgleiche Durchführung zur o.g. Vorlesung, detaillierte Beschreibung siehe Vorlesung.
Dr. S. Kubick: stefan.kubick@fu-berlin.de
Fraunhofer Institut für Zelltherapie und Immunologie (IZI), Institutsteil Bioanalytik und Bioprozesse(IZI-BB) Potsdam-Golm, Am Mühlenberg 13, 14476 Potsdam -
216506
Seminar
Aktuelle Themen der Proteinbiochemie (Christian Freund)
Zeit: please contact the instructor for further information
Ort: Seminarraum 021 (AG Freund), Thielallee 63
Kommentar
Inhalt / Content:
- Novel enzymes, unconventional catalysts
- Proteins in T cell activation and signaling
- Synaptic proteins and their interactions
- Actin regulatory proteins
- Proline-rich sequence (PRS) recognition domain containing proteins
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de -
216531
Seminar
Einführung in die Epigenomik (Alexander Meissner)
Zeit: Thursday, 15.01.26 (9.30 - 17:00 h) and Friday 16.01.26 ( 09:30 - 16:00 h)
Ort: MPIMG, Ihnestr. 63, Seminarraum S3, 14195 Berlin
Hinweise für Studierende
Seminar ist ausschließlich in Englisch.
Kommentar
Inhalt: Chemische Modifikationen an DNA- und Histonproteinen bilden ein komplexes regulatorisches Netzwerk, das die Chromatinstruktur und die Genomfunktion moduliert. Das Epigenom bezieht sich auf die vollständige Beschreibung dieser potenziell vererbbaren Veränderungen im gesamten Genom. Die Zusammensetzung des Epigenoms innerhalb einer bestimmten Zelle ist eine Funktion der genetischen Determinanten, der Abstammungslinie und der Umgebung. Nachdem die Sequenzierung des menschlichen Genoms abgeschlossen ist, versuchen Forscher nun einen umfassenden Überblick über die epigenetischen Veränderungen zu bekommen, die bestimmen, wie sich genetische Informationen vor einem unglaublich unterschiedlichen Hintergrund von Entwicklungsstadien, Gewebetypen und Krankheitszuständen manifestieren. Ziel des Seminars ist es, eine Einführung in die Epigenetik zu geben, einschließlich eines Überblicks und eines grundlegenden Verständnisses der Schlüsseltechnologien, die die heutigen epigenomischen Daten erzeugen. Am zweiten Tag wird die entsprechende Datenverarbeitung und -analyse behandelt. Donnerstag: Einführung in die Epigenetik Einführung in die Next-Generation Sequenzierung Schlüsseltechnologien: DNA-Mapping, Chromatin-Mapping, 3D-Architektur, Long-Read Sequenzierung Isolierung von DNA mit hohem Molekulargewicht (für Long-Read Sequenzierung), Erzeugung von Bibliotheken auf dem neuesten Stand der Technik und Qualitätskontrolle, Sequenzierung Freitag: Vom DNA-Sequenzer zur Datenanalyse Nanopore-Sequenzierung und -Analyse (Epi) Genom-Browsing Epigenetische Deregulierung bei Krankheiten
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216542
Vorlesung
Emerging Viruses (Susann Kummer)
Zeit: 05.11. - 07.11.25, 12.11. - 14.11.25 and 19.11.-20.11.25 from 09:30 - 11.00 h
Ort: Online - zeitABhängig
Hinweise für Studierende
If you would like to participate please write to Dr. Susann Kummer: susann.kummer@fu-berlin.de
Kommentar
Description:
Introduction into principles of emerging viruses. The lecture will address the definition and description of emerging viruses and processes behind the development of emerging diseases. In the following examples of emerging viruses will be presented and their risk potential discussed. The topic of pandemic events, health care measures and ways to prevent and/or handle future pandemics will be part of the lecture series as well.
1) Introduction, what are emerging viruses, what is an endemic/pandemic, history of pandemics and what we can learn from the past
2) Influenza viruses
3) SARS and MERS related corona viruses
4) Ebola viruses
5) human immunodeficiency viruses
6) Mosquito-transmitted viruses (ZIKA, Dengue, West Nile virus, Chikungunya, Yellow fever)
7) Emerging diseases in animals (risk potential for transfer to humans)
8) Emerging marine viruses and conclusions, open discussion, Q & A session to virus research related topics
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216601a
Seminar
Seminar zum Zellbiologischen Praktikum, Signaltransduktion (Petra Knaus)
Zeit: Seminar: 09.03. - 20.03.26 , 1st week: Mo. 9:00-11:00 am, Tue.-Thu. 10:00 - 11:30 am 2nd week: Thu. 9:00 am - 06:00 pm, Fri. 9:00 am - 01:00 pm
Ort: Thielallee 63, room 221 (Knaus group) and Onlinelehre – zeitABhängig.
Hinweise für Studierende
Achtung: Änderungen im Zeitplan sind möglich; nach Eintragung in den Kurs werden diese per Mail mitgeteilt
Kommentar
Methodenmodul: Signaltransduktion
Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
Zugangsvoraussetzungen: keine
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten verfügen über grundlegende theoretische Kenntnisse und praktisch-methodische Fähigkeiten zu Forschungen zur Signaltransduktion. Nach Abschluss des Moduls verstehen sie themenbezogene Fragestellungen und sind in der Lage, diese zu formulieren, experimentell zu bearbeiten sowie Ergebnisse zu diskutieren und in publikationsgemäßer Form zusammenzufassen; sie sind fähig, entsprechende Fachliteratur kritisch zu interpretieren.
Inhalte: Experimente zur Signaltransduktion; aktuelle Methoden zur Signaltransduktionsforschung auf DNA-, mRNA-, Protein- und Zellebene, Immunocytochemie, Enzymaktivitätsassays, Durchlichtmikroskopie)
Seminar content:
- The current view on BMP and TGFß signal transduction beyond the fundamental knowledge (intracellular and extracellular modulators, the importance of intensity and kinetics as well as subcellular localization of effector proteins, crosstalk mechanisms between related pathways).
- Step-by-Step experimental outline and rational to address each individual step of signal transduction starting with ligand binding to the receptors, receptor activation and intracellular activation and shuttling of SMAD transcription factors binding to the DNA upon nuclear import.
- How to investigate the different steps of signal transduction by complementary methods.
- Paper discussion (presented by the students) focusing on recent papers that have been influential in the current view on BMP and TGFß signal transduction.
- Intense practical and theoretical supervision due to the limited number of participants.
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
-
216202a
Seminar
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Spezielle Aspekte der molekularen Biomedizin (5 LP)
0390aD1.3-
21359
Vorlesung
Nanotechnologie: Charakterisierung von Nanomaterialien in biologischen Systemen, Aufnahme/ Biokinetik, Exposition und Toxizitätstestung (Andrea Haase)
Zeit: Mo 10-12 Uhr (Beginn voraussichtlich 20.10.2025; Rückfragen bitte an: andrea.haase@bfr.bund.de (Erster Termin: 20.10.2025)
Ort: SR PTC (Raum A.006, EG) (Arnimallee 22)
Hinweise für Studierende
Bitte die Ankündigungen in Blackboard beachten. Rückfragen bitte an: andrea.haase@bfr.bund.de
Kommentar
Nanotechnologie gilt weltweit als Schlüsseltechnologie. Nano- und andere innovative Materialien („Advanced Materials“) kommen in vielen unterschiedlichen Bereichen einschließlich der modernen Medizin zum EInsatz. In diesem Seminar erwerben die Studierenden einen Überblick über verschiedene innovative Materialklassen, deren Eigenschaften und ausgewählte Einsatzgebiete. Weiterhin erwerben sie Kenntnisse darüber, wie sich Materialien in biologischen Systemen verhalten. Schwerpunktmäßig geht es um ein fundiertes Verständnis möglicher adverser Effekte auf die menschliche Gesundheit, mögliche Expositionspfade sowie verschiedene Testmethoden zur Charakterisierung der Toxizität. Es werden neben Standardmethoden auch moderne toxikologische Untersuchungsverfahren besprochen, z.B. integrierte/ intelligente Testverfahren, automatisierte Hochdurchsatzverfahren und Omics-Techniken Die Studierenden erwerben Grundkenntnisse der Risikobewertung.und gewinnen abschließend erste Einblicke in moderen Designprinzipien, die darauf abzielen bereits im Innovationsprozess Materialsicherheit zu berücksichtigen.
Dieses Seminar beinhaltet die folgenden Themen:- Charakterisierung von Nano- und anderen innovativen Materialien
- Interaktion mit biologischen Molekülen
- Aufnahme in Zellen, Gewebe, Organismen, Biokinetik
- Expositionspfade und Toxiizitätstestmethoden (in silico, in vitro, in vivo)
- Expositionsmessung und - modellierung
- Risikobewertung, Regulation
- Ansätze zu nachhaltigen Designprinzipien (Safe-and-Sustainable Innovation)
Literaturhinweise
Usmani et al. 2024. Review of New Approach Methodologies for Application in Risk Assessment of Nanoparticles in the Food and Feed Sector: Status and Challenges. EFSA supporting publication. DOI: https://doi.org/10.2903/sp.efsa.2024.EN-8826
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216202a
Seminar
Quantitative Fluoreszenzmikroskopie (Helge Ewers, Bas van Bommel)
Zeit: Block seminar: 19.01. - 30.01.2026; 9:00 h (Erster Termin: 19.01.2026)
Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
Hinweise für Studierende
Das Seminar ist Teilmodul des Methodenkurses "Quantitative Fluoreszenzmikroskopie" und findet parallel zum Praktikum statt. Das Seminar kann separat als theoretisches Teilmodul im Bereich Strukturbiochemie belegt werden.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studierenden erhalten einen Überblick über die Möglichkeiten moderner Lichtmikroskopie und ein grundlegendes Verständnis, wie durch Probenpräparation und Imaging quantitative digitale Daten generiert werden können. Sie erhalten einen Einblick in die Grundlagen der computerbasierten Bilddatenanalyse und wie Parameter aus Bilddaten extrahiert werden können. Die Studierenden digitale Bildaten selbst analysieren und grundlegende Fehler in der Mikroskopie und der Bilddatenverarbeitung erkennen und vermeiden. Inhalte: - Grundlagen der Fluoreszenzmikroskopie - Grundlagen der digitalen Mikroskopie - Grundlagen der digitalen Bilddatenanalyse - Spezielle Methoden der Mikroskopie - Einzelmolekülmikroskopie - hochauflösende Mikroskopie - Förster-transfer - maschinelles Lernen in der Bilddatenanalyse Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Dr. Bas van Bommel: bas.van.bommel@fu-berlin.de
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216405a
Seminar
Mechanismen der Regulierung des alternativen Spleißens (Florian Heyd, Marco Preußner)
Zeit: block seminar: 19.01.26 - 30.01.26; begin: 19.01.26, 9:00 h, The exact schedule will be announced during the first course day.
Ort: Takustr. 6, room 003 (seminar room)
Hinweise für Studierende
Das Seminar findet parallel zum Praktikum statt.
Kommentar
Qualifikationsziele:
Die Studentinnen und Studenten haben ein breites Verständnis über experimentelle Herangehensweisen zur Untersuchung der Regulation von alternativem Spleißen. Sie haben die grundlegenden experimentellen Verfahren zur Identifizierung von cis-wirkenden Elementen und trans-wirkenden Faktoren erlernt, haben durch Überexpression und knockdown eines RNA-bindenden Proteins dessen Rolle in der Regulation eines bestimmten Spleiß-Events gezeigt und (bioinformatische) Methoden kennengelernt, um coregulierte Exons zu identifizieren. Die Studierenden sind nach Abschluss des Moduls in der Lage, aktuelle fachspezifische Literatur kritisch zu beurteilen, offene Fragen zu identifizieren und experimentelle Ansätze zu entwerfen, um diese Fragestellungen zu adressieren.
Inhalte:
Transfektion, Kultivierung und Synchronisierung von Säuger-Zellen, RNA-Extraktion, Minigen-Analysen, Quantifizierung von alternativem Spleißen durch (radioaktive) RT-PCR, siRNA-vermittelter knock down, RT-qPCR, Westernblot, Herstellung von Kernextrakten, radioaktiver UV-X-link, gängige bioinformatische Analysen, Grundlagen der Analyse von RNA-Seq Daten
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de Dr. Marco Preußner: mpreussner@zedat.fu-berlin.de -
216406a
Seminar
Gene Editing mit CRISPR/Cas9 für Zellbiologie (Francesca Bottanelli)
Zeit: block course 02.02. - 13.02.26; 09:00-10:00 h The exact schedule will be announced during the seminar.
Ort: Thielallee 63, Raum 321 (AG Bottanelli)
Hinweise für Studierende
Das Seminar ist auf 10 Studierende limitiert. Anmeldungen per Mail bis zum 19.12.2025 an: bottanelli@zedat.fu-berlin.de
Kommentar
Content:
The students will learn:
• How to use bio-informatic tools for CRISPR/Cas9 technology
• How to clone all the required plasmids for the insertion of tags into the genomic locus of genes of interest
• How to culture and transfect human cell culture models
Prof. Bottanelli: Francesca.bottanelli@fu-berlin.de -
216601a
Seminar
Seminar zum Zellbiologischen Praktikum, Signaltransduktion (Petra Knaus)
Zeit: Seminar: 09.03. - 20.03.26 , 1st week: Mo. 9:00-11:00 am, Tue.-Thu. 10:00 - 11:30 am 2nd week: Thu. 9:00 am - 06:00 pm, Fri. 9:00 am - 01:00 pm
Ort: Thielallee 63, room 221 (Knaus group) and Onlinelehre – zeitABhängig.
Hinweise für Studierende
Achtung: Änderungen im Zeitplan sind möglich; nach Eintragung in den Kurs werden diese per Mail mitgeteilt
Kommentar
Methodenmodul: Signaltransduktion
Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
Zugangsvoraussetzungen: keine
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten verfügen über grundlegende theoretische Kenntnisse und praktisch-methodische Fähigkeiten zu Forschungen zur Signaltransduktion. Nach Abschluss des Moduls verstehen sie themenbezogene Fragestellungen und sind in der Lage, diese zu formulieren, experimentell zu bearbeiten sowie Ergebnisse zu diskutieren und in publikationsgemäßer Form zusammenzufassen; sie sind fähig, entsprechende Fachliteratur kritisch zu interpretieren.
Inhalte: Experimente zur Signaltransduktion; aktuelle Methoden zur Signaltransduktionsforschung auf DNA-, mRNA-, Protein- und Zellebene, Immunocytochemie, Enzymaktivitätsassays, Durchlichtmikroskopie)
Seminar content:
- The current view on BMP and TGFß signal transduction beyond the fundamental knowledge (intracellular and extracellular modulators, the importance of intensity and kinetics as well as subcellular localization of effector proteins, crosstalk mechanisms between related pathways).
- Step-by-Step experimental outline and rational to address each individual step of signal transduction starting with ligand binding to the receptors, receptor activation and intracellular activation and shuttling of SMAD transcription factors binding to the DNA upon nuclear import.
- How to investigate the different steps of signal transduction by complementary methods.
- Paper discussion (presented by the students) focusing on recent papers that have been influential in the current view on BMP and TGFß signal transduction.
- Intense practical and theoretical supervision due to the limited number of participants.
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
-
216602a
Seminar
Molekulare Immunologie (Christian Freund, Jana Sticht)
Zeit: block course: 03.11.-14.11.25 (Erster Termin: 03.11.2025)
Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
Hinweise für Studierende
Die Seminare sind auf 4 Studierende zusätzlich zu den 6 Teilnehmenden des Praktikums 216602b limitiert. Anmeldung per Mail bis zum 15. Oktober 2025 an: chfreund@zedat.fu-berlin.de
UND sticht@zedat.fu-berlin.deKommentar
Inhalt/Content:
- Introduction to Immunology: Innate and adaptive immune responses
- The adaptive immune system: B and T cells
- The adaptive immune system: antigen presentation by MHC molecules
- Investigating MHC-peptide complexes by NMR spectroscopy
- Immunopeptidomics (Mass spectrometry analysis of peptide presentation)
- PyMol to visualize and analyze protein structures
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Dr. J. Sticht: sticht@zedat.fu-berlin.de -
216613a
Seminar
Molekulare Pharmakologie und zelluläre Signaltransduktion (Ralf Schülein, Volker Haucke)
Zeit: block seminar and practical course S/P: 16.03. - 27.03.26, 9:00 - 17:00 h; Seminar Di - Fr 9:00 - 10:30 h
Ort: Leibniz-Forschungsinstitut für Molekulare Pharmakologie (FMP) , Robert-Rössle-Str. 10, 13125 Berlin Buch
Hinweise für Studierende
Seminar in den 2 Wochen Praktikum integriert.
Kommentar
Das Seminar wird von Wissenschaftlern aus dem gesamten Berliner Raum gestaltet (Leibniz-Institut für Molekulare Pharmakologie, Charité, Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin) und findet täglich jeweils vor den Praktikumseinheiten statt. Die Studenten tragen hierzu mit themenspezifischen Kurzreferaten bei. Die Inhalte der einzelnen Seminare sind aktuelle Forschungsthemen der Seminarsprecher (Walter Birchmeier, Christian Hackenberger, Volker Haucke, Thomas Jentsch, Gunnar Kleinau, Jens-Peter von Kries, Gary Lewin, Andrew Plested).
Exemplary seminar content:
- Mechanoreception
- Epigenetic mechanisms downstream of Wnt/beta-catenin in carcinomas and cancer stem cells
- CIC chloride channels and transporters: insights from knockout mice and inherited diseases
- G protein-coupled receptors and effector systems
- Identification of novel drugs using high throughput screening
- Ligand-gated ion channels
- Neurotransmitter release and vesicle recycling
- Protein conjugates
Prof. Dr. R. Schülein: schuelein@fmp-berlin.de -
216703
Seminar
Journal Club "Aktuelle Themen der Signaltransduktion" (Petra Knaus)
Zeit: expected to take place regularly on Thursdays, 9:30am (Hybrid format) please contact the instructor for further information.
Ort: Thielallee 63, room 221 (Knaus group) and Online - zeitABhängig
-
216711a
Seminar
Stammzellbiologie (Nan Ma)
Zeit: 13.10. - 10.11.2025, every Monday, 15:00 -19:00 h (Erster Termin: 13.10.2025)
Ort: PC-Pool Chemie (Raum A.-106, UG1) (Arnimallee 22)
Hinweise für Studierende
Seminare 216711a und b müssen zusammen belegt werden < br=""> Die Anmeldung erfolgt direkt bei der Dozentin: Prof Dr. Nan Ma: nan.ma@fu-berlin.de
Kommentar
Content:
- Stem cell and regenerative medicine
- Adult stem cell
- Embryonic stem cell
- Induced pluripotent stem cell
- Stem cell niche
- Technique of purification and characterization(FACS)
Prof. Dr. N. Ma: Nan.Ma@fu-berlin.de -
216711b
Seminar
Stammzell-Therapie (Nan Ma)
Zeit: 17.11.25 - 15.12.25 every monday, 15:00 -19:00 h (Erster Termin: 17.11.2025)
Ort: PC-Pool Chemie (Raum A.-106, UG1) (Arnimallee 22)
Hinweise für Studierende
Seminare 216711a und b müssen zusammen belegt werden < br=""> Die Anmeldung erfolgt direkt bei der Dozentin: Prof Dr. Nan Ma: nan.ma@fu-berlin..de
Kommentar
Content:
- The basic of stem cell transplantation
- Hematopoietic stem cell transplantation(HSCT)
- Cancer stem cell and targeted therapy
- Skin stem cell and their clinical application
- Stem cell and cardiac repair
Prof Dr. N. Ma,: Nan.Ma@fu-berlin.de -
216741a
Seminar
Allgemeine molekulare Virologie (Annette Mankertz; Joachim Mankertz)
Zeit: Briefing: 15.10.25, 17:00 h Wednesday 17:00-18:30 h (a: 17:00 - 17:45 h, b: 17:45-18:30 h)
Ort: Onlinelehre – zeitABhängig. Powerpoint with voice-over and/or videoconference at the regular time.
Hinweise für Studierende
Given via video conference, interested students may enlist via E-Mail to mankertza@rki.de.
Die Seminare 216741 a unb b müssen zusammen belegt werden.
Einzelne Termine der Veranstaltung finden evtl. online statt
Kommentar
Das Modul besteht aus zwei Seminaren. Ein Seminarbeitrag in Form eines Referates ist vorgesehen. Content: 45 min introduction to the topic by lecturer 15 min presentation of a paper by student with slides (plus 2 pages handout sent to all students) 30 min seminar with questions on specific points of the presentation and the lecture, discussion Prof. Dr. A. Mankertz:mankertza@rki.de
PD Dr. J. Mankertz:joachim.mankertz@bvl.bund.de -
216741b
Seminar
Spezielle molekulare Virologie (Annette Mankertz; Joachim Mankertz)
Zeit: Briefing: 15.10.25, 17:00 h Wednesday 17:00-18:30 h (a: 17:00 - 17:45 h, b: 17:45-18:30 h)
Ort: Onlinelehre – zeitABhängig. Powerpoint with voice-over and/or videoconference at the regular time.
Hinweise für Studierende
Die Seminare 216741 a unb b müssen zusammen belegt werden. Given via video conference, interested students may enlist via E-Mail to mankertza@rki.de
Kommentar
Das Modul besteht aus zwei Seminaren. Ein Seminarbeitrag in Form eines Referates ist vorgesehen. Content: 45 min introduction to the topic by lecturer 15 min presentation of a paper by student with slides (plus 2 pages handout sent to all students) 30 min seminar with questions on specific points of the presentation and the lecture, discussion Given via video conference, interested students may enlist via E-Mail to mankertza@rki.de
Prof. Dr. A. Mankertz:mankertza@rki.de
PD Dr. J. Mankertz:joachim.mankertz@bvl.bund.de -
216762
Seminar
Wirkstoffentwicklung - Vom target zur hit-Findung (Roman Hillig, Holger Steuber)
Zeit: Schedule: Di and Do, 08:00 - 09:30 h, duration: 04.11.25 - 27.11.25
Ort: Online - zeitABhängig. Vertonte ppt und/oder Videokonferenz zur regulären Zeit.
Hinweise für Studierende
Die Teile (I im SS und II im WS) können in beliebiger Reihenfolge besucht werden, sie sind nicht aufbauend.
Kommentar
Content:
1. Target Identification and Hit Finding
2. X-ray Crystallography in DD
3. Molecular Modeling
4. Fragment-Based Drug Design
5. New Modalities, New target Classes
6. Target Class: Ras GTPase superfamily
7. Target Class: Epigenetic Targets
8. Nuclear Magnetic Resonance
Dr. R. Hillig: roman.hillig@nuvisan.com
Dr. H. Steuber: holger.steuber@nuvisan.com
-
21359
Vorlesung
-
Forschungsprojekt – Strukturbiochemie (5 LP)
0390aD2.1-
216280a
Forschungsseminar
Forschungsseminar: Strukturbiochemie (Die Hochschullehrerinnen und Hochschullehrer des Masterstudiengangs)
Zeit: Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen. Please contact the instructor for further information.
Ort: nach Vereinbarung
Hinweise für Studierende
Zeit und Ort bitte bei den Dozenten erfragen.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die wissenschaftliche Methodik im Fachgebiet der Arbeitsgruppe. Sie können Forschungsergebnisse präsentieren und diskutieren.
Inhalte: Die Themen im Seminar ergeben sich aus der aktuellen Forschung der beteiligten Arbeitsgruppe.
Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de
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216280b
Forschungspraktikum
Forschungspraktikum: Strukturbiochemie (Die Hochschullehrerinnen und Hochschullehrer des Masterstudiengangs)
Zeit: Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen. Please contact the instructor for further information.
Ort: nach Vereinbarung
Hinweise für Studierende
Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die wissenschaftliche Methodik in der Forschung der Arbeitsgruppe. Sie können unter Anleitung wissenschaftlich arbeiten.
Inhalte: Die Studentinnen und Studenten arbeiten im Praktikum einzeln unter der persönlichen Betreuung von Mitgliedern der Arbeitsgruppe an einem aktuellen Forschungsprojekt.
Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de
-
216280a
Forschungsseminar
-
Forschungsprojekt – Molekularbiologie (5 LP)
0390aD2.2-
216480a
Forschungsseminar
Forschungsseminar: Molekularbiologie (Die Hochschullehrerinnen und Hochschullehrer des Masterstudiengangs)
Zeit: Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen. Please contact the instructor for further information.
Ort: nach Vereinbarung
Hinweise für Studierende
Zeit und Ort bitte bei den/der Dozenten/in erfragen.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die wissenschaftliche Methodik im Fachgebietes der Arbeitsgruppe. Sie können Forschungsergebnisse präsentieren und diskutieren.
Inhalte: Die Themen im Seminar ergeben sich aus der aktuellen Forschung der beteiligten Arbeitsgruppe.
Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de
-
216480b
Forschungspraktikum
Forschungsprojekt: Molekularbiologie (Die Hochschullehrerinnen und Hochschullehrer des Masterstudiengangs)
Zeit: Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen. Please contact the instructor for further information.
Ort: nach Vereinbarung
Hinweise für Studierende
Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die wissenschaftliche Methodik im Fachgebietes der Arbeitsgruppe. Sie können Forschungsergebnisse präsentieren und diskutieren.
Inhalte: Die Themen im Seminar ergeben sich aus der aktuellen Forschung der beteiligten Arbeitsgruppe.
Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de
-
216480a
Forschungsseminar
-
Forschungsprojekt – Molekulare Biomedizin (5 LP)
0390aD2.3-
216680a
Forschungsseminar
Forschungsseminar: Molekulare Biomedizin (Die Hochschullehrerinnen und Hochschullehrer des Masterstudiengangs)
Zeit: Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen. Please contact the instructor for further information.
Ort: nach Vereinbarung
Hinweise für Studierende
Zeit und Ort bitte bei den/der Dozenten/in erfragen.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die wissenschaftliche Methodik im Fachgebiet der Arbeitsgruppe. Sie können Forschungsergebnisse präsentieren und diskutieren.
Inhalte: Die Themen im Seminar ergeben sich aus der aktuellen Forschung der beteiligten Arbeitsgruppe.
Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
Prof. Dr. V. Haucke: haucke@fmp-berlin.de -
216680b
Forschungspraktikum
Forschungsprojekt: Molekulare Biomedizin (Die Hochschullehrerinnen und Hochschullehrer des Masterstudiengangs)
Zeit: Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen. Please contact the instructor for further information.
Ort: nach Vereinbarung
Hinweise für Studierende
Zeit und Ort bitte bei den/der Dozenten/in erfragen.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die wissenschaftliche Methodik im Fachgebiet der Arbeitsgruppe. Sie können Forschungsergebnisse präsentieren und diskutieren.
Inhalte: Die Themen im Seminar ergeben sich aus der aktuellen Forschung der beteiligten Arbeitsgruppe.
Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
Prof. Dr. V. Haucke: haucke@fmp-berlin.de
-
216680a
Forschungsseminar
-
Forschungsprojekt – Strukturbiochemie (10 LP)
0390aD3.1-
216280a
Forschungsseminar
Forschungsseminar: Strukturbiochemie (Die Hochschullehrerinnen und Hochschullehrer des Masterstudiengangs)
Zeit: Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen. Please contact the instructor for further information.
Ort: nach Vereinbarung
Hinweise für Studierende
Zeit und Ort bitte bei den Dozenten erfragen.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die wissenschaftliche Methodik im Fachgebiet der Arbeitsgruppe. Sie können Forschungsergebnisse präsentieren und diskutieren.
Inhalte: Die Themen im Seminar ergeben sich aus der aktuellen Forschung der beteiligten Arbeitsgruppe.
Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de
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216280b
Forschungspraktikum
Forschungspraktikum: Strukturbiochemie (Die Hochschullehrerinnen und Hochschullehrer des Masterstudiengangs)
Zeit: Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen. Please contact the instructor for further information.
Ort: nach Vereinbarung
Hinweise für Studierende
Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die wissenschaftliche Methodik in der Forschung der Arbeitsgruppe. Sie können unter Anleitung wissenschaftlich arbeiten.
Inhalte: Die Studentinnen und Studenten arbeiten im Praktikum einzeln unter der persönlichen Betreuung von Mitgliedern der Arbeitsgruppe an einem aktuellen Forschungsprojekt.
Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de
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216280a
Forschungsseminar
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Forschungsprojekt – Molekularbiologie (10 LP)
0390aD3.2-
216480a
Forschungsseminar
Forschungsseminar: Molekularbiologie (Die Hochschullehrerinnen und Hochschullehrer des Masterstudiengangs)
Zeit: Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen. Please contact the instructor for further information.
Ort: nach Vereinbarung
Hinweise für Studierende
Zeit und Ort bitte bei den/der Dozenten/in erfragen.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die wissenschaftliche Methodik im Fachgebietes der Arbeitsgruppe. Sie können Forschungsergebnisse präsentieren und diskutieren.
Inhalte: Die Themen im Seminar ergeben sich aus der aktuellen Forschung der beteiligten Arbeitsgruppe.
Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de
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216480b
Forschungspraktikum
Forschungsprojekt: Molekularbiologie (Die Hochschullehrerinnen und Hochschullehrer des Masterstudiengangs)
Zeit: Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen. Please contact the instructor for further information.
Ort: nach Vereinbarung
Hinweise für Studierende
Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die wissenschaftliche Methodik im Fachgebietes der Arbeitsgruppe. Sie können Forschungsergebnisse präsentieren und diskutieren.
Inhalte: Die Themen im Seminar ergeben sich aus der aktuellen Forschung der beteiligten Arbeitsgruppe.
Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de
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216480a
Forschungsseminar
-
Forschungsprojekt – Molekulare Biomedizin (10 LP)
0390aD3.3-
216680a
Forschungsseminar
Forschungsseminar: Molekulare Biomedizin (Die Hochschullehrerinnen und Hochschullehrer des Masterstudiengangs)
Zeit: Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen. Please contact the instructor for further information.
Ort: nach Vereinbarung
Hinweise für Studierende
Zeit und Ort bitte bei den/der Dozenten/in erfragen.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die wissenschaftliche Methodik im Fachgebiet der Arbeitsgruppe. Sie können Forschungsergebnisse präsentieren und diskutieren.
Inhalte: Die Themen im Seminar ergeben sich aus der aktuellen Forschung der beteiligten Arbeitsgruppe.
Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
Prof. Dr. V. Haucke: haucke@fmp-berlin.de -
216680b
Forschungspraktikum
Forschungsprojekt: Molekulare Biomedizin (Die Hochschullehrerinnen und Hochschullehrer des Masterstudiengangs)
Zeit: Zeit und Ort bitte bei dem/der Dozenten/in erfragen. Please contact the instructor for further information.
Ort: nach Vereinbarung
Hinweise für Studierende
Zeit und Ort bitte bei den/der Dozenten/in erfragen.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die wissenschaftliche Methodik im Fachgebiet der Arbeitsgruppe. Sie können Forschungsergebnisse präsentieren und diskutieren.
Inhalte: Die Themen im Seminar ergeben sich aus der aktuellen Forschung der beteiligten Arbeitsgruppe.
Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
Prof. Dr. V. Haucke: haucke@fmp-berlin.de
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216680a
Forschungsseminar
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Freies Wahlmodul (5 LP)
0390aH1.1-
21359
Vorlesung
Nanotechnologie: Charakterisierung von Nanomaterialien in biologischen Systemen, Aufnahme/ Biokinetik, Exposition und Toxizitätstestung (Andrea Haase)
Zeit: Mo 10-12 Uhr (Beginn voraussichtlich 20.10.2025; Rückfragen bitte an: andrea.haase@bfr.bund.de (Erster Termin: 20.10.2025)
Ort: SR PTC (Raum A.006, EG) (Arnimallee 22)
Hinweise für Studierende
Bitte die Ankündigungen in Blackboard beachten. Rückfragen bitte an: andrea.haase@bfr.bund.de
Kommentar
Nanotechnologie gilt weltweit als Schlüsseltechnologie. Nano- und andere innovative Materialien („Advanced Materials“) kommen in vielen unterschiedlichen Bereichen einschließlich der modernen Medizin zum EInsatz. In diesem Seminar erwerben die Studierenden einen Überblick über verschiedene innovative Materialklassen, deren Eigenschaften und ausgewählte Einsatzgebiete. Weiterhin erwerben sie Kenntnisse darüber, wie sich Materialien in biologischen Systemen verhalten. Schwerpunktmäßig geht es um ein fundiertes Verständnis möglicher adverser Effekte auf die menschliche Gesundheit, mögliche Expositionspfade sowie verschiedene Testmethoden zur Charakterisierung der Toxizität. Es werden neben Standardmethoden auch moderne toxikologische Untersuchungsverfahren besprochen, z.B. integrierte/ intelligente Testverfahren, automatisierte Hochdurchsatzverfahren und Omics-Techniken Die Studierenden erwerben Grundkenntnisse der Risikobewertung.und gewinnen abschließend erste Einblicke in moderen Designprinzipien, die darauf abzielen bereits im Innovationsprozess Materialsicherheit zu berücksichtigen.
Dieses Seminar beinhaltet die folgenden Themen:- Charakterisierung von Nano- und anderen innovativen Materialien
- Interaktion mit biologischen Molekülen
- Aufnahme in Zellen, Gewebe, Organismen, Biokinetik
- Expositionspfade und Toxiizitätstestmethoden (in silico, in vitro, in vivo)
- Expositionsmessung und - modellierung
- Risikobewertung, Regulation
- Ansätze zu nachhaltigen Designprinzipien (Safe-and-Sustainable Innovation)
Literaturhinweise
Usmani et al. 2024. Review of New Approach Methodologies for Application in Risk Assessment of Nanoparticles in the Food and Feed Sector: Status and Challenges. EFSA supporting publication. DOI: https://doi.org/10.2903/sp.efsa.2024.EN-8826
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216201a
Seminar
Strukturaufklärung von Biomolekülen durch Röntgenkristallographie (Markus Wahl; Berhard Loll)
Zeit: 17.11. - 28.11.25 Mo, Mi, Fr - 9-:00 - 11:00 Uhr and concluding seminar on 12.12.25
Ort: Takustr. 6, room 323 (Wahl group)
Hinweise für Studierende
Teilmodul des Methodenkurses "Grundlagen der Strukturbiochemie" sowie separat belegbares theoretisches Teilmodul im Bereich Strukturbiochemie
Kommentar
Methodenmodul: Grundlagen der Strukturbiochemie
Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
Zugangsvoraussetzungen: keine
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten lernen Verfahren für die Präparation von biologischen Makromolekülen und für die Strukturanalyse kennen. Sie eignen sich theoretische Grundlagen zu Verfahren der makromolekularen Strukturanalyse an. Die Studentinnen und Studenten können makromolekulare Eigenschaften, die für die Strukturanalyse eine Rolle spielen, beurteilen. Sie können Manuskripte, in denen makromolekulare Strukturen und Strukturanalysen beschrieben werden, kritisch erfassen und die Qualität von makromolekularen Strukturen beurteilen. Inhalte: Herstellung einer Probe eines biologischen Makromoleküls für die Strukturanalyse; Bioinformatische, biochemische oder biophysikalische Charakterisierung eines biologischen Makromoleküls; Durchführung eines oder mehrerer Verfahren zur Strukturanalyse; Strukturbeschreibung und graphische Darstellung von Strukturen; Präsentation strukturbiologischer Experimente und Ergebnisse.
Inhalt des Seminars:
- Protein production and characterization
- Protein crystallization and protein crystals
- Crystallographic symmetry
- X-ray diffraction theory
- The phase problem and phasing strategies
- Electron density, model building, refinement, validation
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
Dr. B. Loll: loll@chemie.fu-berlin.de -
216201b
Seminar
Spezielle Aspekte der Röntgenstrukturanalyse (Oliver Daumke, Bernhard Loll, Gert Weber, Manfred Weiss)
Zeit: see additional information 01.12. - 05.12.25 and 08.12. - 11.12.25, Mo, Mi, Fr - 9:00 - 11:00 Uhr and concluding seminar on 12.12.25
Ort: see additional information
Hinweise für Studierende
Teilmodul des Methodenkurses "Grundlagen der Strukturbiochemie"
Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen
In der Zeit vom 01.12. - 05.12.25 am HZB/BESSSY und vom 08.12. - 11.12.25 am MDC sowie Abschlussseminar am 12.12.25, Takustr. 6 Raum 323 (AG Wahl)
Genaue Termine und Orte (HZB/BESSSY und MDC) auf Anfrage (wird von jeder der beteiligten Gruppen individuell organisiert und richtet sich flexibel nach dem Verlauf der Versuche).
Kommentar
Methodenmodul: Grundlagen der Strukturbiochemie
Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
Zugangsvoraussetzungen: keine
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten lernen Verfahren für die Präparation von biologischen Makromolekülen und für die Strukturanalyse kennen. Sie eignen sich theoretische Grundlagen zu Verfahren der makromolekularen Strukturanalyse an. Die Studentinnen und Studenten können makromolekulare Eigenschaften, die für die Strukturanalyse eine Rolle spielen, beurteilen. Sie können Manuskripte, in denen makromolekulare Strukturen und Strukturanalysen beschrieben werden, kritisch erfassen und die Qualität von makromolekularen Strukturen beurteilen. Inhalte: Herstellung einer Probe eines biologischen Makromoleküls für die Strukturanalyse; Bioinformatische, biochemische oder biophysikalische Charakterisierung eines biologischen Makromoleküls; Durchführung eines oder mehrerer Verfahren zur Strukturanalyse; Strukturbeschreibung und graphische Darstellung von Strukturen; Präsentation strukturbiologischer Experimente und Ergebnisse.
Inhalt des Seminars:
- Synchrotron radiation
- Linux and vi
- Data collection strategies
- Data processing using XDS and XDSAPP
- Data quality indicators
- Structure solution
- Refinement
- Electron density
- Model building
- Structure validation
Dr. M. Weiss: manfred.weiss@helmholtz-berlin.de
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de
Dr. B. Loll: Loll@chemie.fu-berlin.de -
216202a
Seminar
Quantitative Fluoreszenzmikroskopie (Helge Ewers, Bas van Bommel)
Zeit: Block seminar: 19.01. - 30.01.2026; 9:00 h (Erster Termin: 19.01.2026)
Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
Hinweise für Studierende
Das Seminar ist Teilmodul des Methodenkurses "Quantitative Fluoreszenzmikroskopie" und findet parallel zum Praktikum statt. Das Seminar kann separat als theoretisches Teilmodul im Bereich Strukturbiochemie belegt werden.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studierenden erhalten einen Überblick über die Möglichkeiten moderner Lichtmikroskopie und ein grundlegendes Verständnis, wie durch Probenpräparation und Imaging quantitative digitale Daten generiert werden können. Sie erhalten einen Einblick in die Grundlagen der computerbasierten Bilddatenanalyse und wie Parameter aus Bilddaten extrahiert werden können. Die Studierenden digitale Bildaten selbst analysieren und grundlegende Fehler in der Mikroskopie und der Bilddatenverarbeitung erkennen und vermeiden. Inhalte: - Grundlagen der Fluoreszenzmikroskopie - Grundlagen der digitalen Mikroskopie - Grundlagen der digitalen Bilddatenanalyse - Spezielle Methoden der Mikroskopie - Einzelmolekülmikroskopie - hochauflösende Mikroskopie - Förster-transfer - maschinelles Lernen in der Bilddatenanalyse Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Dr. Bas van Bommel: bas.van.bommel@fu-berlin.de
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216202b
Laborpraktikum
Quantitative Fluoreszenzmikroskopie (Helge Ewers, Bas van Bommel)
Zeit: Block course: 19.01. - 30.01.2026; all-day (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Thielallee 63, Raum 106a (AG Ewers)
Hinweise für Studierende
Teilmodul des Methodenkurses "Quantitative Fluoreszenzmikroskopie". Das Seminar ist Bedingung zur Teilnahme am Praktikum.
Kommentar
Qualifikationsziele: Die Studierenden erstellen Proben für die Fluoreszenzmikroskopie und nehmen sie selbst am konfokalen Mikroskop und am Einzelmolekülmikroskop auf. Die Studierendend führen dann unterschiedliche Experimente durch, und werten die erhaltenen Bilddaten dann mittels ImageJ und anderer Software aus. Die Studierenden trainieren ein Deep-learning Modell and analysieren anschliessend damit die erhaltenen Bilddaten aus der hochauflösenden Mikroskopie. Die Studierenden erarbeiten die Möglichkeiten weiterer Mikroskopietechniken aus Literaturrecherche und stellen Techniken vor. Inhalte des Praktikums: • Lebendzellmikroskopie • Bildgebung und Punktspreizfunktion • Background, Noise, Extraktion von quantitativen Daten • Umgang mit Image J • Fluoreszence-Recovery after Photobleaching • Single molecule superresolution microscopy • Bilddatenanalyse mit Hilfe von Deep-Learning Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Dr. Bas van Bommel: bas.van.bommel@fu-berlin.de
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216302a
Seminar
Strukturuntersuchungen an supramolekularen Architekturen und Proteinen mit elektronenmikroskopischen Methoden (Kai Ludwig, Tarek Hilal)
Zeit: Block course 09.02. – 20.02.26 (9:00 - 18:00 h);
Ort: Fabeckstr. 36a, room 205 (Research Center of Electron Microscopy)
Kommentar
Die Blockveranstaltung wendet sich an Studierende mit Interesse an forschungsrelevanten Fragen der Strukturaufklärung an synthetischen supramolekularen Architekturen sowie biologischen Makromolekülen und führt insbesondere in die Transmissions-Elektronenmikroskopie (TEM) im Kryobetrieb ein. Im ersten Teil werden Fragen der Präparation, insbesondere der Kryofixierung, Grundlagen zu Aufbau und Funktion der Geräte, zur Bildgebung und -auswertung, zu Prinzipien der digitalen Bildverarbeitung sowie zur Handhabung von Transmissions-Elektronenmikroskopen theoretisch und praktisch behandelt. Der zweite Teil umfasst theoretische und praktische Aspekte der modernen Strukturaufklärung mittels Einzelpartikelanalyse und ermöglicht es den Studierenden die Entstehung einer hochaufgelösten 3D-Rekonstruktion einer Proteinstruktur nachzuvollziehen.
Dr. Kai Ludwig: kai.ludwig@fzem.fu-berlin.de
Dr. Tarek Hilal: tarek.hilal@fzem.fu-berlin.de -
216302b
Laborpraktikum
Strukturuntersuchungen an supramolekularen Architekturen und Proteinen mit elektronenmikroskopischen Methoden (Kai Ludwig, Tarek Hilal)
Zeit: Block course 09.02. – 20.02.26 (9:00 - 18:00 h); (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Fabeckstr. 36a, room 205 (Research Center of Electron Microscopy)
Kommentar
Die Blockveranstaltung wendet sich an Studierende mit Interesse an forschungsrelevanten Fragen der Strukturaufklärung an synthetischen supramolekularen Architekturen sowie biologischen Makromolekülen und führt insbesondere in die Transmissions-Elektronenmikroskopie (TEM) im Kryobetrieb ein. Im ersten Teil werden Fragen der Präparation, insbesondere der Kryofixierung, Grundlagen zu Aufbau und Funktion der Geräte, zur Bildgebung und -auswertung, zu Prinzipien der digitalen Bildverarbeitung sowie zur Handhabung von Transmissions-Elektronenmikroskopen theoretisch und praktisch behandelt. Der zweite Teil umfasst theoretische und praktische Aspekte der modernen Strukturaufklärung mittels Einzelpartikelanalyse und ermöglicht es den Studierenden die Entstehung einer hochaufgelösten 3D-Rekonstruktion einer Proteinstruktur nachzuvollziehen.
Dr. Kai Ludwig: kai.ludwig@fzem.fu-berlin.de
Dr. Tarek Hilal: tarek.hilal@fzem.fu-berlin.de -
216321b
Seminar
Aktuelle Strukturbiologie (Oliver Daumke)
Zeit: Mi 11:00 - 12:00 h, Beginn 15.10.25
Ort: Online zeitAbhängig and Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin (MDC), Robert-Rössle-Straße 10 13125 Berlin, Haus 31.2., SR 0211
Hinweise für Studierende
Please contact Prof. Dr. O. Daumke (oliver.daumke@mdc-berlin.de) if you would like to participate.
Kommentar
Content:
Journal-club seminars on various topics in structural biology, including:
- new X-ray, NMR and cryo-EM structures
- method developments in macromolecular crystallography
- method developments in cryo-electron microscopy
- new concepts in molecular and cell biology
- current studies in membrane biology
- current studies in gene expression regulation
- structure-based identification and optimization of chemical probes
Kontakt:
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de -
216405a
Seminar
Mechanismen der Regulierung des alternativen Spleißens (Florian Heyd, Marco Preußner)
Zeit: block seminar: 19.01.26 - 30.01.26; begin: 19.01.26, 9:00 h, The exact schedule will be announced during the first course day.
Ort: Takustr. 6, room 003 (seminar room)
Hinweise für Studierende
Das Seminar findet parallel zum Praktikum statt.
Kommentar
Qualifikationsziele:
Die Studentinnen und Studenten haben ein breites Verständnis über experimentelle Herangehensweisen zur Untersuchung der Regulation von alternativem Spleißen. Sie haben die grundlegenden experimentellen Verfahren zur Identifizierung von cis-wirkenden Elementen und trans-wirkenden Faktoren erlernt, haben durch Überexpression und knockdown eines RNA-bindenden Proteins dessen Rolle in der Regulation eines bestimmten Spleiß-Events gezeigt und (bioinformatische) Methoden kennengelernt, um coregulierte Exons zu identifizieren. Die Studierenden sind nach Abschluss des Moduls in der Lage, aktuelle fachspezifische Literatur kritisch zu beurteilen, offene Fragen zu identifizieren und experimentelle Ansätze zu entwerfen, um diese Fragestellungen zu adressieren.
Inhalte:
Transfektion, Kultivierung und Synchronisierung von Säuger-Zellen, RNA-Extraktion, Minigen-Analysen, Quantifizierung von alternativem Spleißen durch (radioaktive) RT-PCR, siRNA-vermittelter knock down, RT-qPCR, Westernblot, Herstellung von Kernextrakten, radioaktiver UV-X-link, gängige bioinformatische Analysen, Grundlagen der Analyse von RNA-Seq Daten
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de Dr. Marco Preußner: mpreussner@zedat.fu-berlin.de -
216405b
Laborpraktikum
Mechanismen der Regulierung des alternativen Spleißens (Florian Heyd, Marco Preußner)
Zeit: block seminar and practical course: 19.01.26 - 30.01.26, all day, (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Takustr. 6, room 001-002 (laboratory)
Hinweise für Studierende
Die Teilnahme am Seminar ist Voraussetzung für die Teilnahme am Praktikum.
Kommentar
Qualifikationsziele:
Die Studentinnen und Studenten haben ein breites Verständnis über experimentelle Herangehensweisen zur Untersuchung der Regulation von alternativem Spleißen. Sie haben die grundlegenden experimentellen Verfahren zur Identifizierung von cis-wirkenden Elementen und trans-wirkenden Faktoren erlernt, haben durch Überexpression und knockdown eines RNA-bindenden Proteins dessen Rolle in der Regulation eines bestimmten Spleiß-Events gezeigt und (bioinformatische) Methoden kennengelernt, um coregulierte Exons zu identifizieren. Die Studierenden sind nach Abschluss des Moduls in der Lage, aktuelle fachspezifische Literatur kritisch zu beurteilen, offene Fragen zu identifizieren und experimentelle Ansätze zu entwerfen, um diese Fragestellungen zu adressieren.
Inhalte:
Transfektion, Kultivierung und Synchronisierung von Säuger-Zellen, RNA-Extraktion, Minigen-Analysen, Quantifizierung von alternativem Spleißen durch (radioaktive) RT-PCR, siRNA-vermittelter knock down, RT-qPCR, Westernblot, Herstellung von Kernextrakten, radioaktiver UV-X-link, gängige bioinformatische Analysen, Grundlagen der Analyse von RNA-Seq Daten
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de Dr. Marco Preußner: mpreussner@zedat.fu-berlin.de -
216406a
Seminar
Gene Editing mit CRISPR/Cas9 für Zellbiologie (Francesca Bottanelli)
Zeit: block course 02.02. - 13.02.26; 09:00-10:00 h The exact schedule will be announced during the seminar.
Ort: Thielallee 63, Raum 321 (AG Bottanelli)
Hinweise für Studierende
Das Seminar ist auf 10 Studierende limitiert. Anmeldungen per Mail bis zum 19.12.2025 an: bottanelli@zedat.fu-berlin.de
Kommentar
Content:
The students will learn:
• How to use bio-informatic tools for CRISPR/Cas9 technology
• How to clone all the required plasmids for the insertion of tags into the genomic locus of genes of interest
• How to culture and transfect human cell culture models
Prof. Bottanelli: Francesca.bottanelli@fu-berlin.de -
216406b
Laborpraktikum
Gene Editing mit CRISPR/Cas9 für Zellbiologie (Francesca Bottanelli)
Zeit: block course 02.02. - 13.02.26; 09:00 h, all day (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Thielallee 63, Rauminformation über Blackboard (AG Bottanelli)
Kommentar
Content:
The students will learn:
• How to use bio-informatic tools for CRISPR/Cas9 technology
• How to clone all the required plasmids for the insertion of tags into the genomic locus of genes of interest
• How to culture and transfect human cell culture models
Prof. Bottanelli: Francesca.bottanelli@fu-berlin.de -
216501a
Vorlesung
Membranproteine: Klassifizierung, Struktur und Funktion (Stefan Kubick)
Zeit: Di 18:00 st. - 19:00 h (Erster Termin: 14.10.2025)
Ort: Hs Biochemie, Thielallee 63 (Lise-Meitner-Hörsaal)
Hinweise für Studierende
Anmeldung zur Vorlesung per email an: stefan.kubick@fu-berlin.de dann erhalten Sie die Zugangsdaten. Muss zusammen mit Seminar 216501b besucht werden.
Ist Voraussetzung für das S/P 216451 a, bUN Sustainable Development Goals (SDGs): 4, 5, 9, 12, 17
Kommentar
Inhalt / Content:
Biomembranes and synthesis of transmembrane proteins:
- Molecular structure of membranes
- Synthesis of biomembranes
- Lipid rafts
- Subcellular organization of the eukaryotic cell, cell metabolism and secretion
- Protein synthesis
Receptors and signal transduction:
- Cell surface receptors
- Signal transduction pathways
Multigene families encoding membrane proteins:
- G protein-coupled receptors (structure, signal transduction, agonists/antagonists)
- Odorant receptors
- Non-peptide receptors
- Peptide receptors
Ion channels:
- voltage-gated ion channels
- ligand-gated ion channels
- mechanosensitive ion channels
Methods in molecular biology and protein chemistry:
- Production of membrane proteins
- Cell-free protein synthesis (prokaryotic systems, eukaryotic systems, labeling)
- Structural and functional analysis of membrane proteins
Lernziele:
Den Studierenden werden in dieser Vorlesung Kenntnisse der Topologie und Funktion der wichtigsten Klassen von Membranproteinen vermittelt. Es werden Strukturen, biochemische Eigenschaften, Regulation und physiologische Bedeutung verschiedener Membranproteine erläutert. Signaltransduktionskaskaden, Rezeptor-Ligand Interaktionen und pharmakologische Eigenschaften dieser Membranproteine werden dargestellt. Lipid-Membranproteinwechselwirkungen und posttranslationale Modifikationen werden an ausgewählten Beispielen membranadhärenter und transmembranärer Proteine behandelt. Die aufgezeigten analytischen Methoden zur Darstellung und Charakterisierung von Membranproteinen erweitern das Spektrum biochemischer Arbeitsmethoden.
Literatur:
- Stryer: Biochemie
- Alberts: Molekularbiologie der Zelle
- Forth, Henschler: Pharmakologie und Toxikologie
- Offermanns, Rosenthal: Encyclopedic Reference of Molecular Pharmacology
- Boron: Medical Physiology, A Cellular and Molecular Approach
- Fielding: Lipid Rafts and Caveolae
- Krauss: Biochemistry of Signal Transduction and Regulation
- Aktories, Förstermann, Hofmann: Allgemeine und spezielle Pharmakologie und Toxikologie
- Aktuelle Publikationen
Dr. S. Kubick: stefan.kubick@fu-berlin.de
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216501b
Seminar
Seminar zur Vorlesung Membranproteine: Klassifizierung, Struktur und Funktion (Stefan Kubick)
Zeit: Di 19:00 - 20:00 h (Erster Termin: 14.10.2025)
Ort: Hs Biochemie, Thielallee 63 (Lise-Meitner-Hörsaal)
Hinweise für Studierende
Anmeldung zur Vorlesung per email an: stefan.kubick@fu-berlin.de Dann erhalten Sie die Zugangsdaten. Muss zusammen mit V 216501a besucht werden.
Ist Voraussetzung für das S/P 216451 a, bUN Sustainable Development Goals (SDGs): 4, 5, 9, 12, 17
Kommentar
Inhalt / Content:
Intended for graduate students, this seminar will introduce the tools of membrane protein synthesis and their functional characterization. Membrane proteins account for more than 30% of the genome in living organisms and many membrane-embedded receptors, transporters and ion channels are important therapeutic targets. In this context, methodologies concerning the functional characterization, the structure and the biochemical properties of membrane proteins, their regulation and their physiological relevance are in the focus of this seminar. Emphasis is given to topics that will be useful in other disciplines, including systems for the in vivo and in vitro expression of membrane proteins. The seminar gives a detailed introduction on problems concerning the interaction of chemical messengers with specific cell-surface receptors, the activation of signal-transduction cascades leading to the accumulation of specific intracellular second messenger molecules and the cell’s response to an external stimulus. Beside others the following topics are discussed in detail: Ligand-gated ion channels and their signaling between electrically excitable cells; G protein-coupled receptors, triggering downstream signal transduction cascades, thereby activating separate membrane-associated enzymes and catalytic receptors, acting as enzymes themselves. A critical approach to lipid-membrane protein interactions and the pharmacological properties of selected membrane proteins is also in the focus of this seminar.
Zeitgleiche Durchführung zur o.g. Vorlesung, detaillierte Beschreibung siehe Vorlesung.
Dr. S. Kubick: stefan.kubick@fu-berlin.de
Fraunhofer Institut für Zelltherapie und Immunologie (IZI), Institutsteil Bioanalytik und Bioprozesse(IZI-BB) Potsdam-Golm, Am Mühlenberg 13, 14476 Potsdam -
216531
Seminar
Einführung in die Epigenomik (Alexander Meissner)
Zeit: Thursday, 15.01.26 (9.30 - 17:00 h) and Friday 16.01.26 ( 09:30 - 16:00 h)
Ort: MPIMG, Ihnestr. 63, Seminarraum S3, 14195 Berlin
Hinweise für Studierende
Seminar ist ausschließlich in Englisch.
Kommentar
Inhalt: Chemische Modifikationen an DNA- und Histonproteinen bilden ein komplexes regulatorisches Netzwerk, das die Chromatinstruktur und die Genomfunktion moduliert. Das Epigenom bezieht sich auf die vollständige Beschreibung dieser potenziell vererbbaren Veränderungen im gesamten Genom. Die Zusammensetzung des Epigenoms innerhalb einer bestimmten Zelle ist eine Funktion der genetischen Determinanten, der Abstammungslinie und der Umgebung. Nachdem die Sequenzierung des menschlichen Genoms abgeschlossen ist, versuchen Forscher nun einen umfassenden Überblick über die epigenetischen Veränderungen zu bekommen, die bestimmen, wie sich genetische Informationen vor einem unglaublich unterschiedlichen Hintergrund von Entwicklungsstadien, Gewebetypen und Krankheitszuständen manifestieren. Ziel des Seminars ist es, eine Einführung in die Epigenetik zu geben, einschließlich eines Überblicks und eines grundlegenden Verständnisses der Schlüsseltechnologien, die die heutigen epigenomischen Daten erzeugen. Am zweiten Tag wird die entsprechende Datenverarbeitung und -analyse behandelt. Donnerstag: Einführung in die Epigenetik Einführung in die Next-Generation Sequenzierung Schlüsseltechnologien: DNA-Mapping, Chromatin-Mapping, 3D-Architektur, Long-Read Sequenzierung Isolierung von DNA mit hohem Molekulargewicht (für Long-Read Sequenzierung), Erzeugung von Bibliotheken auf dem neuesten Stand der Technik und Qualitätskontrolle, Sequenzierung Freitag: Vom DNA-Sequenzer zur Datenanalyse Nanopore-Sequenzierung und -Analyse (Epi) Genom-Browsing Epigenetische Deregulierung bei Krankheiten
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216542
Vorlesung
Emerging Viruses (Susann Kummer)
Zeit: 05.11. - 07.11.25, 12.11. - 14.11.25 and 19.11.-20.11.25 from 09:30 - 11.00 h
Ort: Online - zeitABhängig
Hinweise für Studierende
If you would like to participate please write to Dr. Susann Kummer: susann.kummer@fu-berlin.de
Kommentar
Description:
Introduction into principles of emerging viruses. The lecture will address the definition and description of emerging viruses and processes behind the development of emerging diseases. In the following examples of emerging viruses will be presented and their risk potential discussed. The topic of pandemic events, health care measures and ways to prevent and/or handle future pandemics will be part of the lecture series as well.
1) Introduction, what are emerging viruses, what is an endemic/pandemic, history of pandemics and what we can learn from the past
2) Influenza viruses
3) SARS and MERS related corona viruses
4) Ebola viruses
5) human immunodeficiency viruses
6) Mosquito-transmitted viruses (ZIKA, Dengue, West Nile virus, Chikungunya, Yellow fever)
7) Emerging diseases in animals (risk potential for transfer to humans)
8) Emerging marine viruses and conclusions, open discussion, Q & A session to virus research related topics
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216601a
Seminar
Seminar zum Zellbiologischen Praktikum, Signaltransduktion (Petra Knaus)
Zeit: Seminar: 09.03. - 20.03.26 , 1st week: Mo. 9:00-11:00 am, Tue.-Thu. 10:00 - 11:30 am 2nd week: Thu. 9:00 am - 06:00 pm, Fri. 9:00 am - 01:00 pm
Ort: Thielallee 63, room 221 (Knaus group) and Onlinelehre – zeitABhängig.
Hinweise für Studierende
Achtung: Änderungen im Zeitplan sind möglich; nach Eintragung in den Kurs werden diese per Mail mitgeteilt
Kommentar
Methodenmodul: Signaltransduktion
Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
Zugangsvoraussetzungen: keine
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten verfügen über grundlegende theoretische Kenntnisse und praktisch-methodische Fähigkeiten zu Forschungen zur Signaltransduktion. Nach Abschluss des Moduls verstehen sie themenbezogene Fragestellungen und sind in der Lage, diese zu formulieren, experimentell zu bearbeiten sowie Ergebnisse zu diskutieren und in publikationsgemäßer Form zusammenzufassen; sie sind fähig, entsprechende Fachliteratur kritisch zu interpretieren.
Inhalte: Experimente zur Signaltransduktion; aktuelle Methoden zur Signaltransduktionsforschung auf DNA-, mRNA-, Protein- und Zellebene, Immunocytochemie, Enzymaktivitätsassays, Durchlichtmikroskopie)
Seminar content:
- The current view on BMP and TGFß signal transduction beyond the fundamental knowledge (intracellular and extracellular modulators, the importance of intensity and kinetics as well as subcellular localization of effector proteins, crosstalk mechanisms between related pathways).
- Step-by-Step experimental outline and rational to address each individual step of signal transduction starting with ligand binding to the receptors, receptor activation and intracellular activation and shuttling of SMAD transcription factors binding to the DNA upon nuclear import.
- How to investigate the different steps of signal transduction by complementary methods.
- Paper discussion (presented by the students) focusing on recent papers that have been influential in the current view on BMP and TGFß signal transduction.
- Intense practical and theoretical supervision due to the limited number of participants.
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
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216601b
Laborpraktikum
Zellbiologisches Praktikum, Signaltransduktion (Petra Knaus)
Zeit: block course: 09.03. - 20.03.26, with seminars; (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Thielallee 63, Raum 001 and 004/005 (Labore)
Kommentar
Methodenmodul: Signaltransduktion
Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
Zugangsvoraussetzungen: keine
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten verfügen über grundlegende theoretische Kenntnisse und praktisch-methodische Fähigkeiten zu Forschungen zur Signaltransduktion. Nach Abschluss des Moduls verstehen sie themenbezogene Fragestellungen und sind in der Lage, diese zu formulieren, experimentell zu bearbeiten sowie Ergebnisse zu diskutieren und in publikationsgemäßer Form zusammenzufassen; sie sind fähig, entsprechende Fachliteratur kritisch zu interpretieren.
Inhalte: Experimente zur Signaltransduktion; aktuelle Methoden zur Signaltransduktionsforschung auf DNA-, mRNA-, Protein- und Zellebene, Immunocytochemie, Enzymaktivitätsassays, Durchlichtmikroskopie)
Practical content:
- Studying BMP/TGFß- induced signal transduction on multiple levels of the signaling cascade
- Use of biochemical assays which allow to analyze BMP/TGFß signal transduction in a quantitative manner (qRT-PCR, quantitative Western-Blotting)
- Use of biochemical assays which allow for analysis of BMP/TGFß signal transduction in a kinetic manner. Ligand stimulation, transcription factor translocation events, use of Luciferase-based reporter gene assay, activation of BMP-SMAD target genes
- Use of biochemical assays which allow to analyze BMP/TGFß signal transduction with spatial resolution, subcellular localization of transcription factors using fluorescence microscopy
- Using tools/strategies to artificially manipulate signal transduction (small molecule inhibitors targeting receptor-kinase activity, overexpression of tagged proteins of the BMP signal transduction cascade by transient-transfection methodology of overexpression plasmids.
- Extensive discussion on experimental design, drawbacks and pitfalls when designing an experiment to investigate signal transduction.
- Extensive discussions on appropriate controls to be implemented into the experimental design.
- Summary of the experimental results by simulating how to write a primary research paper.
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
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216602a
Seminar
Molekulare Immunologie (Christian Freund, Jana Sticht)
Zeit: block course: 03.11.-14.11.25 (Erster Termin: 03.11.2025)
Ort: Thielallee 63, Seminarraum (Anbau)
Hinweise für Studierende
Die Seminare sind auf 4 Studierende zusätzlich zu den 6 Teilnehmenden des Praktikums 216602b limitiert. Anmeldung per Mail bis zum 15. Oktober 2025 an: chfreund@zedat.fu-berlin.de
UND sticht@zedat.fu-berlin.deKommentar
Inhalt/Content:
- Introduction to Immunology: Innate and adaptive immune responses
- The adaptive immune system: B and T cells
- The adaptive immune system: antigen presentation by MHC molecules
- Investigating MHC-peptide complexes by NMR spectroscopy
- Immunopeptidomics (Mass spectrometry analysis of peptide presentation)
- PyMol to visualize and analyze protein structures
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Dr. J. Sticht: sticht@zedat.fu-berlin.de -
216602b
Laborpraktikum
Molekulare Immunologie (Christian Freund, Jana Sticht)
Zeit: block course: 03.11.-14.11.25 (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Thielallee 63, Raum 016/018 und 025/027 (AG Freund)
Kommentar
Content:
- - MHC-peptide exchange experiments
- Measuring the stability of MHC-peptide complexes
- NMR of MHC-peptide complexes
- Visualization of mutations and mapped epitopes in PyMol
- Immunopeptidomics I - Affinity purification
- Immunopeptidomics II - MS analysis and epitope prediction for T cell antigens
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Dr. J. Sticht: sticht@zedat.fu-berlin.de -
216613a
Seminar
Molekulare Pharmakologie und zelluläre Signaltransduktion (Ralf Schülein, Volker Haucke)
Zeit: block seminar and practical course S/P: 16.03. - 27.03.26, 9:00 - 17:00 h; Seminar Di - Fr 9:00 - 10:30 h
Ort: Leibniz-Forschungsinstitut für Molekulare Pharmakologie (FMP) , Robert-Rössle-Str. 10, 13125 Berlin Buch
Hinweise für Studierende
Seminar in den 2 Wochen Praktikum integriert.
Kommentar
Das Seminar wird von Wissenschaftlern aus dem gesamten Berliner Raum gestaltet (Leibniz-Institut für Molekulare Pharmakologie, Charité, Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin) und findet täglich jeweils vor den Praktikumseinheiten statt. Die Studenten tragen hierzu mit themenspezifischen Kurzreferaten bei. Die Inhalte der einzelnen Seminare sind aktuelle Forschungsthemen der Seminarsprecher (Walter Birchmeier, Christian Hackenberger, Volker Haucke, Thomas Jentsch, Gunnar Kleinau, Jens-Peter von Kries, Gary Lewin, Andrew Plested).
Exemplary seminar content:
- Mechanoreception
- Epigenetic mechanisms downstream of Wnt/beta-catenin in carcinomas and cancer stem cells
- CIC chloride channels and transporters: insights from knockout mice and inherited diseases
- G protein-coupled receptors and effector systems
- Identification of novel drugs using high throughput screening
- Ligand-gated ion channels
- Neurotransmitter release and vesicle recycling
- Protein conjugates
Prof. Dr. R. Schülein: schuelein@fmp-berlin.de -
216613b
Laborpraktikum
Molekulare Pharmakologie und zelluläre Signaltransduktion (Ralf Schülein, Volker Haucke)
Zeit: block seminar and practical course S/P: 16.03. - 27.03.26, 9:00 - 17:00 h; Seminar Di - Fr 9:00 - 10:30 h (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. Please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: Leibniz-Forschungsinstitut für Molekulare Pharmakologie (FMP) , Robert-Rössle-Str. 10, 13125 Berlin Buch
Hinweise für Studierende
Praktikum mit integriertem Seminar.
Kommentar
Für das Praktikum wird die Teilnahme am entsprechenden Seminar vorausgesetzt. Ziel des zweiwöchigen Praktikums ist die Vermittlung von Methoden, die das gesamte Spektrum der modernen molekularen Pharmakologie abdecken. Neben der Etablierung computergestützter Strukturmodelle für Rezeptoren werden biochemische und molekularbiologische Methoden vorgestellt. Ferner soll ein Einblick in die Methodik eines Tierversuchs in der Pharmakologie gegeben werden (Mitarbeit freigestellt).
Practical content:
- TIRF microscopy
- Molecular modelling
- Signaling by inositol pyrophosphates
- Mass spectrometry and proteomics
- Transgenic animals
- Proteostasis in C. elegans
- Voltage clamp
- NMR spectroscopy
Prof. Dr. R. Schülein: schuelein@fmp-berlin.de -
216709a
Seminar
(S) Methoden der Wissenschaftskommunikation (Jerome Jatzlau)
Zeit: Takes place regularly on Tuesdays or Wednesdays, 18:00 h on site, please contact the instructor for further information. First Meeting: 15.10.2025
Ort: Thielallee 63, Raum 221 (AG Knaus)
Hinweise für Studierende
Seminar is open for both Bachelor and Master students independent of the semester. It is recommended to visit the course towards the end of the Bachelor studies or within the Master studies. Seminar will be on german or english. For registration send an e-mail to: jerome.jatzlau@fu-berlin.de with your name and your FU Student ID Nummer.
Kommentar
Content:
Students will get to known key aspects of good scientific communication. Further they will get to know different creative methods to express and communicate their scientific results to peers and the broader public. From the different methods students should select two to further explore and apply to a topic of their choice. This could be used as a preparation for any lab presentation of a research project or using a topic handed out by the instructors.
Methods include:
• Science Slam
• 3D printing of scientific models
• 3D rendering & animation ( proteins, DNA, membranes, cells)
• Memes as vehicle of science communication
• Artifical intelligence for scientific graphic rendering
Dr. J. Jatzlau: jerome.jatzlau@fu-berlin.de; L. Obendorf: leon.obendorf@fu-berlin.de
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216709b
Seminar
(P) Methoden der Wissenschaftskommunikation (Jerome Jatzlau)
Zeit: In preparation for the following week, course participants work on a practical creative project at home. The time required varies depending on the subject area. First date: 15.10.2025
Ort: Thielallee 63, Raum 221 (AG Knaus)
Hinweise für Studierende
Seminar is open for both Bachelor and Master students independent of the semester. It is recommended to visit the course towards the end of the Bachelor studies or within the Master studies. Seminar will be on german or english. For registration send an e-mail to: jerome.jatzlau@fu-berlin.de with your name and your FU Student ID Nummer.
Kommentar
Content:
Presentation of the chosen project.
Methods include:
• Science Slam
• 3D printing of scientific models
• 3D rendering & animation ( proteins, DNA, membranes, cells)
• Memes as vehicle of science communication
• Artifical intelligence for scientific graphic rendering
Dr. J. Jatzlau: jerome.jatzlau@fu-berlin.de; L. Obendorf: leon.obendorf@fu-berlin.de
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216711a
Seminar
Stammzellbiologie (Nan Ma)
Zeit: 13.10. - 10.11.2025, every Monday, 15:00 -19:00 h (Erster Termin: 13.10.2025)
Ort: PC-Pool Chemie (Raum A.-106, UG1) (Arnimallee 22)
Hinweise für Studierende
Seminare 216711a und b müssen zusammen belegt werden < br=""> Die Anmeldung erfolgt direkt bei der Dozentin: Prof Dr. Nan Ma: nan.ma@fu-berlin.de
Kommentar
Content:
- Stem cell and regenerative medicine
- Adult stem cell
- Embryonic stem cell
- Induced pluripotent stem cell
- Stem cell niche
- Technique of purification and characterization(FACS)
Prof. Dr. N. Ma: Nan.Ma@fu-berlin.de -
216711b
Seminar
Stammzell-Therapie (Nan Ma)
Zeit: 17.11.25 - 15.12.25 every monday, 15:00 -19:00 h (Erster Termin: 17.11.2025)
Ort: PC-Pool Chemie (Raum A.-106, UG1) (Arnimallee 22)
Hinweise für Studierende
Seminare 216711a und b müssen zusammen belegt werden < br=""> Die Anmeldung erfolgt direkt bei der Dozentin: Prof Dr. Nan Ma: nan.ma@fu-berlin..de
Kommentar
Content:
- The basic of stem cell transplantation
- Hematopoietic stem cell transplantation(HSCT)
- Cancer stem cell and targeted therapy
- Skin stem cell and their clinical application
- Stem cell and cardiac repair
Prof Dr. N. Ma,: Nan.Ma@fu-berlin.de -
216762
Seminar
Wirkstoffentwicklung - Vom target zur hit-Findung (Roman Hillig, Holger Steuber)
Zeit: Schedule: Di and Do, 08:00 - 09:30 h, duration: 04.11.25 - 27.11.25
Ort: Online - zeitABhängig. Vertonte ppt und/oder Videokonferenz zur regulären Zeit.
Hinweise für Studierende
Die Teile (I im SS und II im WS) können in beliebiger Reihenfolge besucht werden, sie sind nicht aufbauend.
Kommentar
Content:
1. Target Identification and Hit Finding
2. X-ray Crystallography in DD
3. Molecular Modeling
4. Fragment-Based Drug Design
5. New Modalities, New target Classes
6. Target Class: Ras GTPase superfamily
7. Target Class: Epigenetic Targets
8. Nuclear Magnetic Resonance
Dr. R. Hillig: roman.hillig@nuvisan.com
Dr. H. Steuber: holger.steuber@nuvisan.com -
216880
Seminar
Lise-Meitner-Kolloquium der Biochemie/ Biochemie-Kolloquium (Francesca Bottanelli, Sutapa Chakrabarti, Helge Ewers, Christian Freund, Lydia Herzel, Florian Heyd, Petra Knaus, Markus Wahl)
Zeit: ganzjährig Fr 12.30-14.00 - nur nach besonderer Ankündigung http://www.bcp.fu-berlin.de/en/chemie/biochemie/news-seminars/index.html
Ort: Termin und Ort nach Ansage
Hinweise für Studierende
ganzjährig Fr 12.30-14.00 - nur nach besonderer Ankündigung
http://www.bcp.fu-berlin.de/chemie/biochemie/ Die Formulare für die Bestätigung der Teilnahme finden Sie auf der Homepage unter Lehrangebot, MSc-Studiengang:
http://www.bcp.fu-berlin.de/chemie/biochemie/BC_LV/Master/Kommentar
Prof. Dr. F. Bottanelli: bottanelli@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. S. Chakrabarti: chakraba@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
Prof. Dr. C. Freund: chfreund@zedat.fu-berlin.de
Prof. Dr. L.. Herzel: lydia.herzel@fu-berlin.de
Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
Prof. Dr. P. Knaus: knaus@chemie.fu-berlin.de
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
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21359
Vorlesung
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Freies Wahlmodul (10 LP)
0390aH1.10-
216201a
Seminar
Strukturaufklärung von Biomolekülen durch Röntgenkristallographie (Markus Wahl; Berhard Loll)
Zeit: 17.11. - 28.11.25 Mo, Mi, Fr - 9-:00 - 11:00 Uhr and concluding seminar on 12.12.25
Ort: Takustr. 6, room 323 (Wahl group)
Hinweise für Studierende
Teilmodul des Methodenkurses "Grundlagen der Strukturbiochemie" sowie separat belegbares theoretisches Teilmodul im Bereich Strukturbiochemie
Kommentar
Methodenmodul: Grundlagen der Strukturbiochemie
Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
Zugangsvoraussetzungen: keine
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten lernen Verfahren für die Präparation von biologischen Makromolekülen und für die Strukturanalyse kennen. Sie eignen sich theoretische Grundlagen zu Verfahren der makromolekularen Strukturanalyse an. Die Studentinnen und Studenten können makromolekulare Eigenschaften, die für die Strukturanalyse eine Rolle spielen, beurteilen. Sie können Manuskripte, in denen makromolekulare Strukturen und Strukturanalysen beschrieben werden, kritisch erfassen und die Qualität von makromolekularen Strukturen beurteilen. Inhalte: Herstellung einer Probe eines biologischen Makromoleküls für die Strukturanalyse; Bioinformatische, biochemische oder biophysikalische Charakterisierung eines biologischen Makromoleküls; Durchführung eines oder mehrerer Verfahren zur Strukturanalyse; Strukturbeschreibung und graphische Darstellung von Strukturen; Präsentation strukturbiologischer Experimente und Ergebnisse.
Inhalt des Seminars:
- Protein production and characterization
- Protein crystallization and protein crystals
- Crystallographic symmetry
- X-ray diffraction theory
- The phase problem and phasing strategies
- Electron density, model building, refinement, validation
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
Dr. B. Loll: loll@chemie.fu-berlin.de -
216201b
Seminar
Spezielle Aspekte der Röntgenstrukturanalyse (Oliver Daumke, Bernhard Loll, Gert Weber, Manfred Weiss)
Zeit: see additional information 01.12. - 05.12.25 and 08.12. - 11.12.25, Mo, Mi, Fr - 9:00 - 11:00 Uhr and concluding seminar on 12.12.25
Ort: see additional information
Hinweise für Studierende
Teilmodul des Methodenkurses "Grundlagen der Strukturbiochemie"
Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen
In der Zeit vom 01.12. - 05.12.25 am HZB/BESSSY und vom 08.12. - 11.12.25 am MDC sowie Abschlussseminar am 12.12.25, Takustr. 6 Raum 323 (AG Wahl)
Genaue Termine und Orte (HZB/BESSSY und MDC) auf Anfrage (wird von jeder der beteiligten Gruppen individuell organisiert und richtet sich flexibel nach dem Verlauf der Versuche).
Kommentar
Methodenmodul: Grundlagen der Strukturbiochemie
Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
Zugangsvoraussetzungen: keine
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten lernen Verfahren für die Präparation von biologischen Makromolekülen und für die Strukturanalyse kennen. Sie eignen sich theoretische Grundlagen zu Verfahren der makromolekularen Strukturanalyse an. Die Studentinnen und Studenten können makromolekulare Eigenschaften, die für die Strukturanalyse eine Rolle spielen, beurteilen. Sie können Manuskripte, in denen makromolekulare Strukturen und Strukturanalysen beschrieben werden, kritisch erfassen und die Qualität von makromolekularen Strukturen beurteilen. Inhalte: Herstellung einer Probe eines biologischen Makromoleküls für die Strukturanalyse; Bioinformatische, biochemische oder biophysikalische Charakterisierung eines biologischen Makromoleküls; Durchführung eines oder mehrerer Verfahren zur Strukturanalyse; Strukturbeschreibung und graphische Darstellung von Strukturen; Präsentation strukturbiologischer Experimente und Ergebnisse.
Inhalt des Seminars:
- Synchrotron radiation
- Linux and vi
- Data collection strategies
- Data processing using XDS and XDSAPP
- Data quality indicators
- Structure solution
- Refinement
- Electron density
- Model building
- Structure validation
Dr. M. Weiss: manfred.weiss@helmholtz-berlin.de
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de
Dr. B. Loll: Loll@chemie.fu-berlin.de -
216201c
Laborpraktikum
Strukturaufklärung von Biomolekülen durch Röntgenkristallographie (Oliver Daumke, Bernhard Loll, Markus Wahl, Gert Weber, Manfred Weiss)
Zeit: see additional information 17.11. - 28.11.2025 and 01.12. - 05.12.2025 and 08.12 - 11.12.2025 (Tombola – Attention: the distribution mode has been changed. For further information, please refer to the notice at the beginning of the course catalog.)
Ort: see additional information
Hinweise für Studierende
Teilmodul des Methodenkurses "Grundlagen der Strukturbiochemie"
Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen
Weitere Angaben zum Praktikum:
Teil 1: Wahl, Loll
Termin: 17.11. - 28.11.2025
Ort: Takustr. 6, 3. OG, AG Wahl Laborräume
Teil 2: Weiss , Weber
Wichtiger Hinweis: Schwangeren und stillenden Frauen ist aufgrund der Strahlenschutzbestimmungen das Arbeiten am Speicherring (Teil 2) untersagt.
Termin: 01.12. - 05.12.2025, Treffpunkt um 10:00 Uhr beim Pförtner
Ort: c/o Macromolecular Crystallography, Elektronenspeicherring BESSY II, Albert-Einstein-Str. 15, 12489 Berlin, Adlershof
Teil 3: Daumke
Termin: 08.12. - 11.11.2025
Ort: MDC für Molekulare Medizin, Robert-Rössle-Str. 10. 13125 Berlin (Buch), Seminar: MDC, Haus 31.2, Raum 0211; Praktikum: Haus 31.2, Raum 0248 (AG Daumke)
Kommentar
Methodenmodul: Grundlagen der Strukturbiochemie
Hochschule/Fachbereich/Institut: Freie Universität Berlin/Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie/Institut für Chemie und Biochemie
Modulverantwortliche/r: Dozentinnen oder Dozenten des Moduls
Zugangsvoraussetzungen: keine
Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten lernen Verfahren für die Präparation von biologischen Makromolekülen und für die Strukturanalyse kennen. Sie eignen sich theoretische Grundlagen zu Verfahren der makromolekularen Strukturanalyse an. Die Studentinnen und Studenten können makromolekulare Eigenschaften, die für die Strukturanalyse eine Rolle spielen, beurteilen. Sie können Manuskripte, in denen makromolekulare Strukturen und Strukturanalysen beschrieben werden, kritisch erfassen und die Qualität von makromolekularen Strukturen beurteilen. Inhalte: Herstellung einer Probe eines biologischen Makromoleküls für die Strukturanalyse; Bioinformatische, biochemische oder biophysikalische Charakterisierung eines biologischen Makromoleküls; Durchführung eines oder mehrerer Verfahren zur Strukturanalyse; Strukturbeschreibung und graphische Darstellung von Strukturen; Präsentation strukturbiologischer Experimente und Ergebnisse.
Inhalte des Praktikums:
- In silico characterization of a target protein
- Recombinant protein production and purification
- Limited proteolysis
- Biochemical and biophysical characterization of target protein (ITC, Thermofluor, CD spectroscopy)
- Crystallization, crystal harvesting and cryo-protection
- Derivatization of protein crystals
- X-ray diffraction data collection at a synchrotron source
- Data reduction
- Structure determination (MAD, SIRAS and molecular replacement)
- Interpretation of electron density maps and model building
- Refinement and validation
- Structure analysis and preparation of structure figures
Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
Dr. B. Loll: loll@chemie.fu-berlin.de
Dr. M. Weiss: manfred.weiss@helmholtz-berlin.de
Prof. Dr. O. Daumke: oliver.daumke@mdc-berlin.de -
216221a
Vorlesung
Methoden zur Erforschung des RNA-Strukturoms und des RNA-RNA Interaktoms (Irmtraud Meyer)
Zeit: block course: 23. 02. - 27. 02.26 (Mo to Fr), 16. 03. - 20. 03.26 (Mo to Fr) and 23.03. - 24.03.26 ; (Mo and Tu); all day
Ort: Berlin Institute for Medical Systems Biology (BIMSB); Max Delbrück Center for Molecular Medicine in the Helmholtz Association Hannoversche Str. 28, 10115 Berlin, room 2.04 (seminar room)
Hinweise für Studierende
This module comprises lectures (216221a), exercises (216221b) and a seminar (216221c) which have to be booked in conjunction. The registrations for this module opens at the start of the winter term for one month (and is NOT part of the tombola system). Please be sure to register twice (!), both via Campus Management and via Whiteboard. More information on the course is listed on the corresponding course web-page on Whiteboard..
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216221b
Übung
Methoden zur Erforschung des RNA-Strukturoms und des RNA-RNA Interaktoms (Irmtraud Meyer)
Zeit: block course: 23. 02. - 27. 02.26 (Mo to Fr), 16. 03. - 20. 03.26 (Mo to Fr) and 23.03. - 24.03.26 ; (Mo and Tu); all day
Ort: Berlin Institute for Medical Systems Biology (BIMSB); Max Delbrück Center for Molecular Medicine in the Helmholtz Association Hannoversche Str. 28, 10115 Berlin, room 2.04
Hinweise für Studierende
This module comprises lectures (216221a), exercises (216221b) and a seminar (216221c) which have to be booked in conjunction. The registrations for this module opens at the start of the winter term for one month (and is NOT part of the tombola system). Please be sure to register twice (!), both via Campus Management and via Whiteboard. More information on the course is listed on the corresponding course web-page on Whiteboard.
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216221c
Seminar
Methoden zur Erforschung des RNA-Strukturoms und des RNA-RNA Interaktoms (Irmtraud Meyer)
Zeit: block course: 23. 02. - 27. 02.26 (Mo to Fr), 16. 03. - 20. 03.26 (Mo to Fr) and 23.03. - 24.03.26 ; (Mo and Tu); all day
Ort: Berlin Institute for Medical Systems Biology (BIMSB); Max Delbrück Center for Molecular Medicine in the Helmholtz Association Hannoversche Str. 28, 10115 Berlin, room 2.04
Hinweise für Studierende
This module comprises lectures (216221a), exercises (216221b) and a seminar (216221c) which have to be booked in conjunction. The registrations for this module opens at the start of the winter term for one month (and is NOT part of the tombola system). Please be sure to register twice (!), both via Campus Management and via Whiteboard. More information on the course is listed on the corresponding course web-page on Whiteboard.
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216201a
Seminar
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Methodenmodul: Strukturaufklärung durch NMR-Spektroskopie (5 LP) 0390aB1.2
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Methodenmodul: Proteinbiochemie (5 LP) 0390aB2.1
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Methodenmodul: Nukleinsäurebiochemie (5 LP) 0390aB2.2
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Methodenmodul: Membranbiochemie (5 LP) 0390aB3.1
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Methodenmodul: Neurodegenerative Erkrankungen (5 LP) 0390aB3.3
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Methodenmodul eines affinen Studienfaches (5 LP) 0390aB4.1
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Weitere Lehrveranstaltungen aller Themengebiete E56mA1.1
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