SoSe 23: Bioinformatik

• Gesamtes Lehrangebot der Bioinformatik

  E61aA1.1
  • 19000170 Begrüßungs- und Abschlussveranstaltung
    Absolventenfeier (Günther Rothe)
    Zeit: Do 06.07. 14:00-18:00 (Erster Termin: 06.07.2023)
    Ort: T9/Gr. Hörsaal (Takustr. 9)
    

    Kommentar

    Der Fachbereich verabschiedet seine Absolventinnen und Absolventen im Rahmen einer Feier, in der u.a. über wichtige Ereignisse des vergangenen Semesters berichtet wird, die Zeugnisse überreicht sowie Preise vergeben werden. 
    Eingeladen sind alle Mitglieder des Fachbereichs Mathematik und Informatik

  • 19000370 Begrüßungs- und Abschlussveranstaltung
    Begrüßungsveranstaltung für Studienanfänger der Informatik (Barry Linnert)
    Zeit: Mo 17.04. 10:00-12:00 (Erster Termin: 17.04.2023)
    Ort: T9/SR 006 Seminarraum (Takustr. 9)
    

    Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

    Einmalige Veranstaltung jeweils zu Semesterbeginn.

    Kommentar

    Am Montag, den 17.04.2023 findet ab 10:15 Uhr eine Einführungsveranstaltung für Neuimmatrikulierte der Informatik statt. Nach der offiziellen Begrüßung des Fachbereichs übernehmen die Mentorinnen und Mentoren mit fach- und studiengangspezifische Informationen und diversen nützlichen Tipps und HInweisen. Außerdem werden das Mentoringprogramm und weitere studentische Initiativen vorgestellt.

    Zielgruppe: Neuimmatrikulierte in einem Informatik-Studiengang (Bachelor)

    Weitere Informationen

  • 19000546 Mentorium
    Mentoring (Ulrike Seyferth)
    Zeit: Veranstaltungstermine s. Whiteboardkurs (Erster Termin: 04.04.2023)
    Ort: A7/SR 031 (Arnimallee 7)
    

    Kommentar

    Das Mentoringprogramm bietet Veranstaltungen und Beratungsangebote vor allem (aber nicht nur!) für Studienanfänger*innen an. Alle Angebote sind freiwillig und können in der Regel ohne vorherige Anmeldung besucht werden.

    Meldet euch einfach im Whiteboard zum Mentoringkurs (19000546) an, dann bekommt ihr immer alle Infos und könnt selbst entscheiden, was für euch interessant ist!

    Weitere Infos findet ihr auf den Seiten des Studentischen Beratungszentrums.

    Wenn ihr Fragen oder Wünsche habt, wendet euch an uns!

    Eure Mentor*innen der Mathematik, Informatik und Bioinformatik

  • 19000699 Verschiedenes
    Pseudo-LV: Gremiumssitzungen (N.N.)
    Zeit: Mi 16:00-18:00, zusätzliche Termine siehe LV-Details (Erster Termin: 17.04.2023)
    Ort: T9/137 Konferenzraum (Takustr. 9)
    

    Kommentar

    Reservierungen für Verteidigungen, Sitzungen und Bau- oder IT-Arbeiten sind als "Reservierung zu einer Lehrveranstaltung" zu behandeln.

    Bitte halten Sie sich ausnahmslos daran, damit diese Reservierung nicht noch einmal händisch von Fr. Üzel in Evento übernommen werden müssen, sondern über die Exportfunktion von myCampus direkt nach Evento übertragen werden können!

    Für folgende Anlässe von Raumreservierungen wurden Pseudo-Lehrveranstaltungen geschaffen:

    • 
      Verteidigungen von BSc, MSc, PhD: "Pseudo-LV 19000450 Bachelor-/Master- und Promotionskolloquium" Tragen Sie bitte den betreuenden Dozenten als Veranstalter ein.

    • Sitzungen von BKIs, Gremien, Institutsrat, Prüfungsausschüssen: "Pseudo-LV 19000699 Gremiumssitzungen"

    • Bauarbeiten und IT-Arbeiten: "Pseudo-LV 19000799 Bau- und IT-Arbeiten"

  • 19211901 Vorlesung
    Computerorientierte Mathematik II (5 LP) (Claudia Schillings)
    Zeit: Fr 12:00-14:00, zusätzliche Termine siehe LV-Details (Erster Termin: 21.04.2023)
    Ort: T9/Gr. Hörsaal (Takustr. 9)
    

    Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

    Studierende der Mathematik (Monobachelor und Lehramt) und Bioinformatik, sowie Numerikinteressierte aus Physik, Informatik und anderen Natur- und Geisteswissenschaften.

    Kommentar

    Inhalt:

    Die Auswahl der behandelten numerischen Verfahren enthält Polynominterpolation, Newton-Cotes-Formeln zur numerische Integration und Euler-Verfahren für lineare Differentialgleichungen.

     

  • 19211902 Übung
    Übung zu Computerorientierte Mathematik II (Claudia Schillings)
    Zeit: Mo 08:00-10:00, Mo 10:00-12:00, Di 16:00-18:00, Mi 14:00-16:00, Do 08:00-10:00, Do 12:00-14:00, Fr 08:00-10:00, Fr 14:00-16:00 (Erster Termin: 18.04.2023)
    Ort: A6/SR 009 Seminarraum (Arnimallee 6)
    
  • 19213510 Proseminar Abgesagt
    Frauen in der Geschichte der Mathematik und Informatik (Anina Mischau)
    Zeit: Di 14:00-18:00 (Erster Termin: 18.04.2023)
    Ort: A6/SR 031 Seminarraum (Arnimallee 6)
    

    Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

    Für MathematikerInnen und InformatikerInnen im Monobachelor als ABV anrechenbar!

    Kommentar

    Bitte beachten Sie die für das Proseminar zusammengestellten allgemeinen Informationen unter https://box.fu-berlin.de/s/EnnbH2g257bJF8a

    Im Zentrum des Seminars steht die Erarbeitung und Wiederentdeckung der Lebensgeschichten und des Wirken einiger bedeutender Mathematikerinnen und Informatikerinnen im 19. und 20. Jahrhundert. Betrachtet werden z.B. das Leben und Werk von Sophie Germaine (1776-1831), Ada Lovelace (1815-1852), Sonja Kovalevskaya (1850-1891), Emmy Noether (1882-1935), Ruth Moufang (1905-1977), Grace Murray Hopper (1906-1992) und weiterer Wissenschaftlerinnen.

    Im Seminar geht es nicht darum, diese Frauen als Ausnahmeerscheinung hervorzuheben, denn dies würde sie lediglich auf ihren Exotinnenstatus festschreiben. Es geht vielmehr um eine historische Kontextualisierung deren Leben und Werk. Dies ermöglicht nicht nur eine exemplarische Auseinandersetzung mit gesellschaftlichen wie fachkulturellen Inklusions- und Exklusionsprozessen entlang der Kategorie Geschlecht, sondern auch die Entwicklung neuer Sichtweisen auf die tradierte Kulturgeschichte beider Disziplinen. Das Seminar basiert auf dem Ansatz eines forschenden oder entdeckenden Lernens, d.h. die Studierenden werden selbständig in Gruppenarbeiten einzelne Seminarthemen vorbereiten und präsentieren. Diese Präsentationen werden dann im Seminar diskutiert. Durch den Einsatz von Beobachtungsbögen soll zudem eine Feedbackkultur erprobt werden, die im späteren Berufsalltag im Umgang mit Schüler*innen und/oder Kolleg*innen hilfreich ist.

  • 19234810 Proseminar
    Frauen in der Geschichte der Mathematik und Informatik (Anina Mischau)
    Zeit: Di 14:00-16:00 (Erster Termin: 18.04.2023)
    Ort: A6/SR 031 Seminarraum (Arnimallee 6)
    

    Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

    Für MathematikerInnen und InformatikerInnen im Monobachelor als ABV anrechenbar!

    Kommentar

    Im Zentrum des Seminars steht die Erarbeitung und Wiederentdeckung der Lebensgeschichten und des Wirken einiger bedeutender Mathematikerinnen und Informatikerinnen im 19. und 20. Jahrhundert. Betrachtet werden z.B. das Leben und Werk von Sophie Germaine (1776-1831), Ada Lovelace (1815-1852), Sonja Kovalevskaya (1850-1891), Emmy Noether (1882-1935), Ruth Moufang (1905-1977), Grace Murray Hopper (1906-1992) und weiterer Wissenschaftlerinnen.

    Im Seminar geht es nicht darum, diese Frauen als Ausnahmeerscheinung hervorzuheben, denn dies würde sie lediglich auf ihren Exotinnenstatus festschreiben. Es geht vielmehr um eine historische Kontextualisierung deren Leben und Werk. Dies ermöglicht nicht nur eine exemplarische Auseinandersetzung mit gesellschaftlichen wie fachkulturellen Inklusions- und Exklusionsprozessen entlang der Kategorie Geschlecht, sondern auch die Entwicklung neuer Sichtweisen auf die tradierte Kulturgeschichte beider Disziplinen. Das Seminar basiert auf dem Ansatz eines forschenden oder entdeckenden Lernens, d.h. die Studierenden werden selbständig in Gruppenarbeiten einzelne Seminarthemen vorbereiten und präsentieren. Diese Präsentationen werden dann im Seminar diskutiert. Durch den Einsatz von Beobachtungsbögen soll zudem eine Feedbackkultur erprobt werden, die im späteren Berufsalltag im Umgang mit SchülerInnen und/oder KollegInnen hilfreich ist.

  • 19301201 Vorlesung
    Grundlagen der theoretischen Informatik (László Kozma)
    Zeit: Mo 10:00-12:00, Mi 10:00-12:00, zusätzliche Termine siehe LV-Details (Erster Termin: 19.04.2023)
    Ort: T9/Gr. Hörsaal (Takustr. 9)
    

    Kommentar

    Inhalt:

    • Theoretische Rechnermodelle
      • Automaten
      • formale Sprachen
      • Grammatiken und die Chomsky-Hierarchie
      • Turing-Maschinen
      • Berechenbarkeit
    • Einführung in die Komplexität von Problemen

    Literaturhinweise

    • Uwe Schöning, Theoretische Informatik kurzgefasst, 5. Auflage, Spektrum Akademischer Verlag, 2008
    • John E. Hopcroft, Rajeev Motwani, Jeffrey D. Ullman, Einführung in die Automatentheorie, Formale Sprachen und Komplexität, Pearson Studium, 3. Auflage, 2011
    • Ingo Wegener: Theoretische Informatik - Eine algorithmenorientierte Einführung, 2. Auflage, Teubner, 1999
    • Michael Sipser, Introduction to the Theory of Computation, 2nd ed., Thomson Course Technology, 2006
    • Wegener, Kompendium theoretische Informatik - Eine Ideensammlung, Teubner 1996

  • 19301202 Übung
    Übung zu Grundlagen der theoretischen Informatik (László Kozma)
    Zeit: Mo 12:00-14:00, Di 08:00-10:00, Di 14:00-16:00, Di 16:00-18:00, Mi 08:00-10:00, Mi 14:00-16:00, Mi 16:00-18:00, Do 14:00-16:00, Do 16:00-18:00, Fr 14:00-16:00 (Erster Termin: 18.04.2023)
    Ort: T9/051 Seminarraum (Takustr. 9)
    
  • 19301501 Vorlesung
    Datenbanksysteme (Agnès Voisard)
    Zeit: Di 14:00-16:00, Do 14:00-16:00, zusätzliche Termine siehe LV-Details (Erster Termin: 18.04.2023)
    Ort: T9/Gr. Hörsaal (Takustr. 9)
    

    Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

    Zielgruppe

    • Pflichtmodul im Bachelorstudiengang Informatik
    • Pflichtmodul im lehramtsbezogenen Bachelorstudiengang mit Kernfach Informatik und Ziel: Großer Master
    • Studierende im lehramtsbezogenen Masterstudiengang (Großer Master mit Zeitfach Informatik) können dieses Modul zusammen mit dem "Praktikum DBS" absolvieren
    • Wahlpflichtmodul im Nebenfach Informatik

    Voraussetzungen

    • ALP 1 - Funktionale Programmierung
    • ALP 2 - Objektorientierte Programmierung
    • ALP 3 - Datenstrukturen und Datenabstraktion
    • ODER Informatik B

    Kommentar

    Inhalt

    Datenbankentwurf mit ERM/ERDD. Theoretische Grundlagen relationaler Datenbanksysteme: Relationale Algebra, Funktionale Abhängigkeiten, Normalformen. Relationale Datenbankentwicklung: SQL Datendefinition, Fremdschlüssel und andere Integritätsbedingungen. SQL als applikative Sprache: wesentliche Sprachelemente, Einbettung in Programmiersprachen, Anwendungsprogrammierung; objekt-relationale Abbildung. Transaktionsbegriff, transaktionale Garantien, Synchronisation des Mehrbenutzerbetriebs, Fehlertoleranzeigenschaften. Anwendungen und neue Entwicklungen: Data Warehousing, Data Mining, OLAP.

    Projekt: im begleitenden Projekt werden die Themen praktisch vertieft.

    Literaturhinweise

    • Alfons Kemper, Andre Eickler: Datenbanksysteme - Eine Einführung, 5. Auflage, Oldenbourg 2004
    • R. Elmasri, S. Navathe: Grundlagen von Datenbanksystemen, Pearson Studium, 2005

  • 19301502 Übung
    Übung zu Datenbanksysteme (Muhammed-Ugur Karagülle)
    Zeit: Mi 10:00-12:00, Mi 14:00-16:00, Do 10:00-12:00, Fr 12:00-14:00, Fr 14:00-16:00, Fr 16:00-18:00 (Erster Termin: 19.04.2023)
    Ort: T9/055 Seminarraum (Takustr. 9)
    
  • 19302101 Vorlesung
    Informatik B (Katharina Klost)
    Zeit: Mi 08:00-10:00, Fr 08:00-10:00, zusätzliche Termine siehe LV-Details (Erster Termin: 19.04.2023)
    Ort: T9/Gr. Hörsaal (Takustr. 9)
    

    Kommentar

    Inhalt

    Die thematischen Schwerpunkte sind:

    • Grundlagen der Programmierung: Imperative und objekt-orientierte Programmierung
    • Algorithmen und Datenstrukturen: Entwurf und Implementierung von Datenstrukturen
    • Analyse von Algorithmen

    Programmiert wird in C++.

    Zielgruppe

    Studierende mit dem Nebenfach Informatik und Studierende der Bioinformatik

    Literaturhinweise

    • Goodrich, Tamassia: Data Structures and Algorithms in C++
    • Stroustrup: Die C++ Programmiersprache
    • Cormen, Leiserson, Rivest, Stein: Introduction to Algorithms
    • Kleinberg, Tardos: Algorithm Design
    • Schöning: Algorithmen - kurz gefasst

  • 19302102 Übung
    Übung zu Informatik B (Katharina Klost)
    Zeit: Di 12:00-14:00, Mi 12:00-14:00, Do 08:00-10:00, Do 10:00-12:00, Do 12:00-14:00, Fr 10:00-12:00, Fr 12:00-14:00 (Erster Termin: 18.04.2023)
    Ort: T9/046 Seminarraum (Takustr. 9)
    
  • 19333211 Seminar
    Seminar: Visual Computing with Information Theory (Georges Hattab)
    Zeit: Mi 12:00-14:00 (Erster Termin: 19.04.2023)
    Ort: T9/055 Seminarraum (Takustr. 9)
    

    Kommentar

    In diesem Seminar soll untersucht werden, wie die Informationstheorie zur Verbesserung der visuellen Datenverarbeitung eingesetzt werden kann, einschließlich der Verwendung von Datenkompression, Merkmalsextraktion und anderen informationstheoretischen Methoden in der visuellen Datenverarbeitung und Informationsvisualisierung.

    Informationstheoretische Werkzeuge werden beim Visual Computing oft vergessen. Wir leihen uns aus der Informationstheorie die Prozessoptimierung, das Multiplexing, die Gesetze und Maßnahmen zur Sicherstel- lung der visuellen Darstellung von Informationen. In diesem sich wiederholenden Seminar wird die Informationsvisualisierung mit informationstheoretischen Werkzeugen gekoppelt.

  • 19334111 Seminar
    Seminar: Biological Data Visualization (Georges Hattab)
    Zeit: Mi 14:00-16:00 (Erster Termin: 19.04.2023)
    Ort: T9/055 Seminarraum (Takustr. 9)
    

    Kommentar

    In diesem Seminar geht es darum, wie Visualisierungstechniken zur Analyse und Interpretation biologischer Daten eingesetzt werden können, einschließlich Beispielen und Fallstudien aus der Praxis.

    Die Visualisierung biologischer Daten ist ein Zweig der Bioinformatik, der sich mit der An- wendung von Computergrafik, wissenschaftlicher Visualisierung und Informationsvisualisierung in ver- schiedenen Bereichen der Biowissenschaften befasst. In diesem wöchentlichen Seminar konzentrie- ren wir uns auf die Präsentation von Methoden, die sich mit Problemen befassen, die sich aus der Analy- se biologischer Daten ergeben.

     

  • 19400313 Praxisseminar
    Angewandte Sequenzanalyse (Sandro Andreotti)
    Zeit: Fr 12:00-16:00 (Erster Termin: 21.04.2023)
    Ort: A6/017 Frontalunterrichtsraum (Bioinf) (Arnimallee 6)
    

    Kommentar

    Ziel der Lehrveranstaltung:

    Die Studentinnen und Studenten können Standardprogramme im Bereich der Sequenzanalyse selbständig benutzen. Sie kennen die verschiedenen Konzepte und sind in der Lage, ausgewählte Systeme zu bedienen und zu programmieren. Die Studentinnen und Studenten können neue Workflows konzipieren und die Ergebnisse grafisch aufbereiten.

  • 19400432 Forschungspraktikum
    Forschungspraktikum Bioinformatik (Priyanka Banerjee, Alexander Bockmayr, Tim Conrad, Dorothee Günzel, Camila Mazzoni, Irmtraud Meyer, Frank Noe, Robert Preissner, Knut Reinert, Bernhard Renard, Heike Siebert, Martin Vingron, Max von Kleist)
    Zeit: -
    Ort: keine Angabe
    

    Kommentar

    Thema bitte individuell mit einem Betreuer absprechen.

    Weitere Informationen: s. Homepage Bioinformatik

  • 19400813 Praxisseminar Abgesagt
    Rechnergestützte Systembiologie (Heike Siebert, Jana Wolf)
    Zeit: Do 10:00-14:00 (Erster Termin: 20.04.2023)
    Ort: A6/017 Frontalunterrichtsraum (Bioinf) (Arnimallee 6)
    

    Kommentar

    Inhalt:

    Im Praxisseminar geht es um die Modellierung molekularer Netzwerke mittels diskreter/logischer Methoden und Differentialgleichungen. Im Laufe des Semesters werden theoretische Grundlagen erarbeitet, Tools vorgestellt und in Gruppen Modelle ausgesuchter Systeme auf Basis von Fachartikeln analysiert.

    
    Zielgruppe:

    Studierende im Master Bioinformatik ab dem 2. Semester.

  • 19402011 Seminar
    Seminar zu Projektmanagement im Softwarebereich (Phylodynamic analysis of SARS-CoV-2) (Prabhav Kalaghatgi)
    Zeit: -
    Ort: keine Angabe
    

    Kommentar

    Inhalt:

    In the course we will be building a web interface for an existing toolkit for boolean modeling and analysis. The toolkit allows for constructing a model, checking for compliance with experimental data, discrete simulations, statistical analysis etc. The main applications are reverse engineering and structural validation for small models (up to 30 components).

  • 19402013 Praxisseminar
    Projektmanagement im Softwarebereich (Phylodynamic analysis of SARS-CoV-2) (Prabhav Kalaghatgi)
    Zeit: -
    Ort: keine Angabe
    

    Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

    Die Plätze wurden bereits im Februar vergeben.

    Kommentar

    Informationen zum Softwarepraktikum befinden sich auf der Homepage des Studiengangs Bioinformatik.

  • 19402201 Vorlesung
    Mathematik für Bioinformatiker II (Heike Siebert)
    Zeit: Di 14:00-16:00, Mi 10:00-12:00, zusätzliche Termine siehe LV-Details (Erster Termin: 18.04.2023)
    Ort: A3/Hs 001 Hörsaal (Arnimallee 3-5)
    

    Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

    Zielgruppe:

    Studierende der Bioinformatik im 2. Semester

    Voraussetzungen:

    Mathematik für Bioinformatiker I

    Kommentar

    Inhalt:

    • Aufbau der Zahlenbereiche von den natürlichen bis zu den komplexen Zahlen, Vollständigkeitseigenschaft der reellen Zahlen
    • Polynome, Nullstellen und rationale Funktionen, Polynominterpolation
    • Exponential- und Logarithmusfunktion, trigonometrische Funktionen
    • Konvergenz von Folgen und Reihen, Konvergenz und Stetigkeit von Funktionen,
    • Differentialrechnung: Ableitung einer Funktion, ihre Interpretation und Anwendungen
    • Integralrechnung: Bestimmtes und unbestimmtes Integral, Hauptsatz der Differential- und Integralrechnung, Anwendungen
    • Taylor-Reihen - Grundbegriffe der Differentialrechnung mehrerer Veränderlicher: Partielle Ableitung, Gradient, Jacobi-Matrix
    • Lösen einfacher Differentialgleichungen

    Literaturhinweise

    • Kurt Meyberg, Peter Vachenauer: Höhere Mathematik 1, Springer-Verlag, 6.Auflage 2001
    • Dirk Hachenberger: Mathematik für Informatiker, Pearson 2005
    • Gerhard Berendt: Mathematische Grundlagen der Informatik, Band 2, B.I.-Wissenschaftsverlag; 1990
    • Thomas Westermann: Mathematik für Ingenieure mit Maple 1, Springer-Verlag, 4.Auflage 2005

  • 19402202 Übung
    Übung zu Mathematik für Bioinformatiker II (Alexander Bockmayr, Heike Siebert)
    Zeit: Mi 14:00-16:00, Do 08:00-10:00, Fr 12:00-14:00, Fr 14:00-16:00 (Erster Termin: 19.04.2023)
    Ort: A3/SR 120 (Arnimallee 3-5)
    
  • 19402433 Berufspraktikum
    Berufspraktikum für Bioinformatik (Robert Szulcek)
    Zeit: -
    Ort: keine Angabe
    

    Kommentar

    Zielgruppe:

    Studierende im Bachelorstudiengang Bioinformatik

    Das Berufspraktikum soll nicht vor dem 3. Semester absolviert werden, empfohlen ist die Zeit zwischen 4. und 5. Semester.

    Weitere Informationen:

    http://www.mi.fu-berlin.de/bioinf/stud/bachelor/abv/berufspraktikum/index.html

  • 19402511 Seminar
    Seminar zu Projektmanagement im Softwarebereich (Single-cell transcriptomics) (Helene Kretzmer)
    Zeit: -
    Ort: keine Angabe
    
  • 19402513 Praxisseminar
    Projektmanagement im Softwarebereich (Single-cell transcriptomics) (Helene Kretzmer)
    Zeit: -
    Ort: keine Angabe
    

    Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

    Die Platzvergabe findet jedes Jahr im Februar statt.

    Kommentar

    Informationen zum Softwarepraktikum befinden sich auf der Homepage des Studiengangs Bioinformatik.

  • 19402911 Seminar
    Journal Club Computational Biology (Knut Reinert)
    Zeit: Mo 14:00-16:00 (Erster Termin: 24.04.2023)
    Ort: T9/051 Seminarraum (Takustr. 9)
    

    Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

    Zielgruppe:

    Master- und PhD-Student*inn*en

    Kommentar

    Inhalt:

    In diesem Seminar werden aktuelle Forschungsarbeiten der Bioinformatik sowie die Fortschrittsberichte der PhD-Student*inn*en vorgestellt. Master-Student*inn*en stellen entweder einen ihnen zugewiesenen Zeitschriftenartikel oder ihre Masterarbeit vor oder sie berichten über ihr Forschungspraktikum. Credits werden nur für die Präsentation von Artikeln vergeben.

    Anmeldungen bitte über Whiteboard ("Site Browser" aufrufen und nach Journal Club suchen).

    Literaturhinweise

    aktuelle Publikationen aus der Forschung

  • 19403411 Seminar
    Seminar zu Projektmanagement im Softwarebereich (Faster Bioinformatics with C++) (Chris Bielow)
    Zeit: -
    Ort: keine Angabe
    
  • 19403413 Praxisseminar
    Projektmanagement im Softwarebereich (Faster Bioinformatics with C++) (Chris Bielow)
    Zeit: Termine siehe LV-Details (Erster Termin: 20.03.2023)
    Ort: A6/017 Frontalunterrichtsraum (Bioinf) (Arnimallee 6)
    

    Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

    Die Verteilung der Plätze findet jedes Jahr im Februar statt.

    Kommentar

    Informationen zum Softwarepraktikum befinden sich auf der Homepage des Studiengangs Bioinformatik.

  • 19403613 Praxisseminar
    Applied Machine Learning in Bioinformatics (Tim Conrad)
    Zeit: Fr 08:00-12:00 (Erster Termin: 21.04.2023)
    Ort: A6/017 Frontalunterrichtsraum (Bioinf) (Arnimallee 6)
    

    Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

    Voraussetzungen:

    Vorlesung Statistik im Master Bioinformatik (oder äquivalente Veranstaltungen)

    Kommentar

    In diesem Kurs lernen Sie die grundlegenden statistischen und algorithmischen Konzepte des maschinellen Lernens mit einem Schwerpunkt auf deren praktischen Anwendungen im Bereich der Bioinformatik. Sie werden an praktischen Problemen arbeiten und die in den Vorlesungen vorgestellten Methoden implementieren und anwenden. Der Fokus liegt dabei auf der Analyse von biologischen Datensätze, insbesondere Omics-Daten. Dafür sollten Sie Erfahrung in Programmiersprachen wie R, Python, Java oder C/C++ haben.
    
    Behandelt werden u.a. die Vorverarbeitung von biologischen Daten, Modellimplementierungen und Analysemethoden. Sie lernen Modelle für Regression, Clustering und Klassifikation, Merkmalsauswahl und fortgeschrittene Datenvorverarbeitung, wie z. B. Imputation, kennen. Dabei werden auch Deep Learning-Ansätze behandelt.
    
    Im Rahmen des Kurses werden wöchentliche Projekte bearbeitet und die Ergebnisse präsentieren. Diese Übungen dienen dazu, die praktischen Anwendungen des behandelten Materials zu vertiefen.
    
    Am Ende des Kurses werden Sie in der Lage sein, Daten zu verarbeiten, geeignete Modelle zur Beantwortung spezifischer Fragen auszuwählen, Ergebnisse zu bewerten und Ihre Erkenntnisse in schriftlichen Berichten verständlich zu kommunizieren.

  • 19404311 Seminar
    Seminar zu Projektmanagement im Softwarebereich (Workflows) (Sandro Andreotti)
    Zeit: -
    Ort: keine Angabe
    
  • 19404313 Praxisseminar
    Projektmanagement im Softwarebereich (Workflows) (Sandro Andreotti)
    Zeit: Termine siehe LV-Details (Erster Termin: 20.03.2023)
    Ort: A6/108/109 Seminarraum nur über das Sekretariat Buchm
    

    Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

    Die Plätze wurden im Februar verteilt.

    Kommentar

    Informationen zum Softwarepraktikum befinden sich auf der Homepage des Studiengangs Bioinformatik.

    In diesem Praktikum werden realistische Workflows zur Analyse von biologischen Daten konzeptioniert und implementiert. Die Teilnehmer werden dabei verschiedene Workflowsysteme (KNIME, Snakemake) kennenlernen und verwenden. Die Teilnehmer werden dabei anhand aktueller Literatur ihre Workflows eigenständig erarbeiten, testen und verfeinern. Dabei werden sowohl Kenntnisse im Rahmen der Workflow Programmierung als auch ein Umfangreiches Wissen über existierende Bioinformatik-Software erlangt.

    Gute Kenntnisse in Skriptsprachen (Python) sowie R sind Voraussetzung

  • 19404511 Seminar Abgesagt
    Einführung in die computergestützte Proteomik (Chris Bielow)
    Zeit: Di 14:00-16:00 (Erster Termin: 18.04.2023)
    Ort: A6/SR 007/008 Seminarraum (Arnimallee 6)
    

    Kommentar

    Dieses Seminar behandelt zentrale Aspekte der modernen Bottom-up-Proteomanalyse mittels Massenspektrometrie mit Schwerpunkt auf bioinformatischen Algorithmen und Datenanalyse.

    Nach einer kurzen Einführung in die Massenspektrometrie-basierte Proteomik (Gerätetypen, Dateneigenschaften, Überblick über bioinformatische Herausforderungen) werden wir die großen Eckpfeiler untersuchen, darunter Isotopenmodelle und Averagines, Scoring-Algorithmen zur Identifizierung von Massenspektren, False-Discovery-rate-Schätzung mittels Köderpeptiden, absolute und relative Quantifizierung von Proteinen und Korrelation zwischen mRNA und Proteinexpression.

  • 19404811 Seminar Abgesagt
    Computational Meta-Omics (Thilo Muth)
    Zeit: Do 08:00-10:00 (Erster Termin: 20.04.2023)
    Ort: T9/049 Seminarraum (Takustr. 9)
    

    Kommentar

    S. englischen Text

  • 19405201 Vorlesung
    Complex Systems in Bioinformatics (Alexander Bockmayr, Max von Kleist, Martin Vingron)
    Zeit: Di 12:00-14:00 (Erster Termin: 18.04.2023)
    Ort: A6/SR 025/026 Seminarraum (Arnimallee 6)
    

    Kommentar

    Die Studierenden haben ein vertieftes Verständnis grundlegender mathematischer und algorithmischer Konzepte im Bereich der Modellierung, Simulation und Analyse von komplexen biologischen Systeme vor dem Hintergrund aktueller Forschungsrichtungen der Systembiologie und Biotechnologie. Sie sind in der Lage, eine gegebene biologische oder medizinische Fragestellung zu analysieren, einen geeigneten Modellierungsansatz auszuwählen, eigenständig eine Problemlösung zu entwickeln sowie die Ergebnisse zu beurteilen und zu kommunizieren.

    Inhalte:

    Es werden vertieft Themen aus folgenden Gebieten behandelt:

    - Netzwerkstrukturanalyse

    - Graphische Modellierung

    - Modellierung biochemischer Netzwerke mit gewöhnlichen Differentialgleichungen

    - Diskrete Modellierung regulatorischer Netzwerke

    - Constraint-basierte Modellierung

    - Stochastische und hybride Modellierung

    Literaturhinweise

    wird in der Veranstaltung bekanntgegeben.

  • 19405202 Übung
    Übung zu Complex Systems in Bioinformatics (Alexander Bockmayr, Max von Kleist, Martin Vingron)
    Zeit: Fr 10:00-12:00 (Erster Termin: 21.04.2023)
    Ort: A6/SR 031 Seminarraum (Arnimallee 6)
    
  • 19405211 Seminar
    Seminar zu Complex Systems in Bioinformatics (Alexander Bockmayr, Max von Kleist, Martin Vingron)
    Zeit: Fr 12:00-14:00 (Erster Termin: 21.04.2023)
    Ort: A6/SR 031 Seminarraum (Arnimallee 6)
    
  • 19405301 Vorlesung
    Advanced Algorithms in Bioinformatics (Knut Reinert)
    Zeit: Di 10:00-12:00 (Erster Termin: 18.04.2023)
    Ort: A3/SR 119 (Arnimallee 3-5)
    

    Kommentar

    Ziele:

    Die Studentinnen und Studenten erlangen ein tieferes Verständnis für grundlegende algorithmische Konzepte im Bereich der Analyse genomischer Sequenzen vor dem Hintergrund aktueller Forschungsrichtungen der Bioinformatik und Biotechnologie. Sie verstehen verschiedene Paradigmen zur approximativen Suche, sie wissen, unter welchen Voraussetzungen bestimmte Algorithmen anderen vorzuziehen sind, und können wissenschaftliche Publikationen auf dem Gebiet entsprechend einschätzen.

    Es werden vertieft Themen aus beispielsweise folgenden Gebieten behandelt:

    • Paradigmen für approximative, semiglobale Alignments (read mapping)
    • Methoden zur Genomassemblierung und Metagenomassemblierung
    • Methoden zum Bestimmen genetischer Variationen (SNVs, SNPs, CNVs)
    • Algorithmische Probleme bei der Quantifizierung mit Hilfe von NGS Daten

    Alle weiteren Informationen im Whiteboard: https://mycampus.imp.fu-berlin.de/portal

  • 19405302 Übung
    Übung zu Advanced Algorithms in Bioinformatics (Knut Reinert)
    Zeit: Di 08:00-10:00 (Erster Termin: 18.04.2023)
    Ort: A3/SR 119 (Arnimallee 3-5)
    
  • 19405311 Seminar
    Seminar zu Advanced Algorithms in Bioinformatics (Knut Reinert)
    Zeit: Do 14:00-16:00 (Erster Termin: 20.04.2023)
    Ort: T9/055 Seminarraum (Takustr. 9)
    
  • 19405606 Seminaristischer Unterricht
    Data Science in the Life Sciences (Katharina Jahn)
    Zeit: Mo 10:00-14:00, zusätzliche Termine siehe LV-Details (Erster Termin: 17.04.2023)
    Ort: T9/SR 005 Übungsraum (Takustr. 9)
    

    Kommentar

    This course offers an introduction to various types of data and analysis techniques which are typically used in the life sciences (e.g. omics technologies). The goal is to get a deeper understanding of advanced concepts and data analytical methods in the area of life sciences.

    The focus will be on the following topics:

    • acquisition and pre-processing of data from the area of life sciences,
    • explorative analysis techniques,
    • concepts and tools for reproducible research,
    • theory and practice of methods and models for the analysis of data from the life sciences (statistical inference, regression models, methods of machine learning),
    • introduction to methods of big data analysis.

    After successful completion of this course, participants are able to evaluate, plan and conduct investigations in the life sciences using common methods.

     

  • 19405612 Projektseminar
    Projektseminar zu Data Science in the Life Sciences (Katharina Jahn)
    Zeit: Mi 10:00-14:00 (Erster Termin: 19.04.2023)
    Ort: T9/SR 006 Seminarraum (Takustr. 9)
    
  • 19405701 Vorlesung
    Machine Learning in Bioinformatics (Philipp Florian Benner, Hugues Richard)
    Zeit: Mo 08:00-10:00, zusätzliche Termine siehe LV-Details (Erster Termin: 17.04.2023)
    Ort: T9/049 Seminarraum (Takustr. 9)
    

    Kommentar

    Dieser Kurs führt Schlüsselkonzepte des maschinellen Lernens ein und wird von Tutorien und Übungsaufgaben begleitet, in denen Methoden des maschinellen Lernens auf aktuelle Probleme der Bioinformatik angewendet werden. Nach einer kurzen Wiederholung der Wahrscheinlichkeitstheorie stellen wir probabilistische Methoden zur Klassifikation und Sequenzanalyse vor (Naive Bayes, Mixture Models, Hidden Markov Models). Wir diskutieren die Erwartungs-Maximierung (EM) aus probabilistischer Perspektive und verwenden sie für die Sequenzanalyse. Lineare und logistische Regression dienen als Einstiegspunkt für komplexere Methoden des maschinellen Lernens, einschließlich Kernel-Methoden und neuronale Netze. Die Vorlesung behandelt mehrere neuronale Netzwerkarchitekturen (CNNs, GNN, Transformers), die derzeit in der Bioinformatik-Community und anderen Forschungsbereichen verwendet werden. In den Tutorien und im Rahmen von Übungsaufgaben werden ausgewählte Machine-Learning-Modelle mit scikit-learn und pytorch in Python implementiert. Der Kurs soll es den Studierenden ermöglichen, alle gängigen Techniken des maschinellen Lernens zu verstehen und State-of-the-Art-Klassifizierungsstrategien zu entwickeln, die dann auf Probleme in der Bioinformatik und verwandten Bereichen angewendet werden können.   Inhalte:
    - Naive Bayes
    - Clustering und Mixture Models
    - Hidden Markov Models
    - Regression und Partial Least Squares
    - Kernel Methods
    - Neural Networks und Architekturen
    - Regularization und Model Selection   Voraussetzungen:
    - Lineare Algebra (einfache Vector- and Matrixalgebra)
    - Analysis (mathematische Optimierung, Lagrange)
    - Programmierkenntnisse in Python -- einschließlich objektorientierte Programmierung
    - Grundlegende Kenntnisse oder starkes Interesse in molekularer Biologie und Anwendungen in der Bioinformatik

  • 19405702 Übung
    Übung zu Machine Learning in Bioinformatics (Alexander Karl Kister, Aakash Ashok Naik, Kristin Vogel)
    Zeit: Mi 08:00-10:00 (Erster Termin: 19.04.2023)
    Ort: T9/049 Seminarraum (Takustr. 9)
    
  • 19406001 Vorlesung
    Bioinformatik für Biochemiestudierende (Helene Kretzmer)
    Zeit: Do 08:00-10:00 (Erster Termin: 20.04.2023)
    Ort: MPI Molgen, Ihnestr. 63, Seminarraum 1
    

    Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

    Die Veranstaltung findet im MPI für molekulare Genetik statt: Ihnestr. 63, Seminarraum 1

    Kommentar

    Das Ziel dieses Kurses ist es wichtige Konzepte, Algorithmen, und Werkzeuge der Bioinformatik vorzustellen. Ein Fokus ist dabei das praktische Arbeiten mit Programmen die die Analyse von biologischen Daten ermöglichen. Für einige wichtige Algorithmen wie den Needleman-Wunsch-Algorithmus werden wir die Funktionsweise auch genauer analysieren. Des Weiteren, werden wir mit verschieden biologische Datenbanken arbeiten, um die Teilnehmer mit deren Funktionalität vertraut zu machen. Die behandelten Themen im Kurs beinhalten Sequenzalignment, Phylogenetische Bäume, Gene Ontology, Analyse von Genexpression Daten, Clusteranalyse, Proteinstrukturvorhersage.

  • 19406002 Übung
    Übung Bioinformatik für Biochemie (Helene Kretzmer)
    Zeit: Mo 16:00-18:00, Mi 08:00-10:00 (Erster Termin: 24.04.2023)
    Ort: A6/SR 007/008 Seminarraum (Arnimallee 6)
    

    Kommentar

    In der Übung werden die Vorlesungsinhalte aus der Vorlesung 21609a vertieft.

  • 19406111 Seminar Abgesagt
    Large-scale phylogeny inference (Prabhav Kalaghatgi)
    Zeit: Di 14:00-16:00 (Erster Termin: 18.04.2023)
    Ort: T9/049 Seminarraum (Takustr. 9)
    

    Kommentar

    S. englische Beschreibung

  • 19406213 Praxisseminar
    SARS-CoV-2 Bioinformatics & Data Science (Max von Kleist, Nils Gubela)
    Zeit: Mo 18.09. 09:00-17:00 (Erster Termin: 18.09.2023)
    Ort: A6/017 Frontalunterrichtsraum (Bioinf) (Arnimallee 6)
    

    Kommentar

    S. englische Seite

  • 19406311 Seminar
    Computational Cancer Research (Katharina Jahn)
    Zeit: Do 08:00-10:00 (Erster Termin: 20.04.2023)
    Ort: A6/SR 025/026 Seminarraum (Arnimallee 6)
    

    Kommentar

    Modern cancer research is increasingly driven by high-volume molecular patient data, such as multi-omics and single-cell data. This type of data provides unprecedented insights into tumour biology and disease trajectories, and can be utilized to optimise targeted cancer therapies. The analysis of such complex molecular data requires specialised computational and statistical methods that are geared towards its unique technical and medical challenges. In this course, we study original research papers and discuss the current state-of-the-art of computational cancer research and its contributions to the clinical practice.

  • 19406411 Seminar
    Journal Club: Public Health Data Science (Max von Kleist)
    Zeit: Do 10:00-12:00 (Erster Termin: 20.04.2023)
    Ort: Online - Link wird den Teilnehmern mitgeteilt.
    

    Kommentar

    In diesem Seminar werden aktuelle Forschungsarbeiten im Bereich der datengetriebenen public health Forschung, sowie die Fortschrittsberichte der PhD-Student*inn*en und Post-Docs vorgestellt. Master-Student*inn*en stellen entweder einen ihnen zugewiesenen Zeitschriftenartikel oder ihre Masterarbeit vor oder sie berichten über ihr Forschungspraktikum. Credits werden nur für die Präsentation von Artikeln vergeben.

  • 21601a Vorlesung
    Biochemie I - Grundlagen der Biochemie (Helge Ewers, Florian Heyd, Markus Wahl)
    Zeit: Mi 12:00 - 14:00 Uhr; Vorbesprechung Di, 18.04.23, 12:00 - 14:00 Uhr (HS Kristallographie Takustr. 6) (Erster Termin: 18.04.2023)
    Ort: Hs Anorganik (Fabeckstr. 34 / 36)
    

    Hinweise für Studierende

    Entspricht Molekularbiologie und Biochemie I für Bioinformatiker.

    Kommentar

    Qualifikationsziele:
    Die Studentinnen und Studenten kennen die Entstehung und molekulare Struktur der wichtigsten zellulären Makromoleküle und Stoffklassen sowie ihren biologischen Kontext. Der Schwerpunkt liegt auf einem chemischen Grundverständnis des molekularen Aufbaus von Biomolekülen.
    
    Inhalte:
    Chemische und zellbiologische Grundlagen, Struktur von DNA und RNA, Replikation und Transkription, Proteinbiosynthese, Regulation der Genexpression, gentechnologische Methoden, Aminosäuren und Peptide, Proteinstruktur und Proteinfaltung, Proteom, posttranslationale Modifikationen, Methoden der Proteinforschung, Enzyme, Kohlenhydrate, Lipide und Biomembranen, Einführung in den Stoffwechsel und die Stoffwechselregulation.
    
    Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
    Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
    Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de
    

  • 21601b Übung
    Übungen zur Biochemie I - Grundlagen der Biochemie (Helge Ewers, Florian Heyd, Markus Wahl)
    Zeit: Di/Mi 25.04.23-19.07.23 (s. Lektionen, LV-Details) (Erster Termin: 25.04.2023)
    Ort: Ort nach Ansage je nach Übungsgruppe
    

    Hinweise für Studierende

    Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

    Die Übungen finden n.V. in kleineren Gruppen i.d.R. dienstags von 12:00 - 14:00 Uhr bzw. mittwochs von 10:00 - 12:00 Uhr Uhr statt. Die Verteilung findet im Rahmen der Vorbesprechung (s. 21601a) statt.

    Kommentar

    Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die Entstehung und molekulare Struktur der wichtigsten zellulären Makromoleküle und Stoffklassen sowie ihren biologischen Kontext. Der Schwerpunkt liegt auf einem chemischen Grundverständnis des molekularen Aufbaus von Biomolekülen. Inhalte: Chemische und zellbiologische Grundlagen, Struktur von DNA und RNA, Replikation und Transkription, Proteinbiosynthese, Regulation der Genexpression, gentechnologische Methoden, Aminosäuren und Peptide, Proteinstruktur und Proteinfaltung, Proteom, posttranslationale Modifikationen, Methoden der Proteinforschung, Enzyme, Kohlenhydrate, Lipide und Biomembranen, Einführung in den Stoffwechsel und die Stoffwechselregulation. Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de

  • 21699a Vorlesung
    Molekularbiologie und Biochemie III (Sutapa Chakrabarti, Sigmar Stricker, Holger Sieg)
    Zeit: erster Termin: Fr. 21.04.2023, 10:15 - 11:45 (Erster Termin: 21.04.2023)
    Ort: Hs B (Raum B.004, 100 Pl.) (Arnimallee 22)
    

    Hinweise für Studierende

    Vorlesung für Studierende der Bioinformatik
    

    UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 14, 15

    Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

    Qualifikationsziele:
    Das in Molekularbiologie und Biochemie II erlangte Grundlagenverständnis wird in den Zusammenhang komplexer biologischer Systeme gestellt. Diese sind:
    Verständnis der Rezeptorvermittelten Signaltransduktion und der Regulation von Zellzyklus und Zelltod.
    Verständnis der molekularbiologischen und zellbiologischen Eigenschaften von metastasierenden Tumorzellen
    Verständnis der Wechselwirkungen von Pathogenen, Wirtszellen und Immunsystem
    Verständnis der Prinzipien der DNA-Medizin
    
    Inhalte:
    Wachstumsfaktoren, Rezeptoren und Signaltransduktion zur Regulation von Zellzyklus und Zelltod
    Grundlagen der Immunologie: angeborene, erworbene Immunabwehr
    Antigen-präsentierende Zellen, Effektorzellen
    PAMP- und DAMP-Konzepte der Antigen-Prozessierung bei Infektion und Tumor-Bekämpfung
    DNA-Medizin und Gentherapie

  • 21699b Übung
    Übungen zu Molekularbiologie und Biochemie III (Sutapa Chakrabarti, Sigmar Stricker, Holger Sieg)
    Zeit: Am Mi , d. 26.04.23 und 03.05.23 , 12:15-13:45 Uhr, danach Mi 14:15 - 15:45 Uhr (Erster Termin: 26.04.2023)
    Ort: Hörsaal Thielallee 67
    

    Hinweise für Studierende

    Übungen zu 21699a für Studierende der Bioinformatik
    

    UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 14, 15

    Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

    Qualifikationsziele:
    Das in Molekularbiologie und Biochemie II erlangte Grundlagenverständnis wird in den Zusammenhang komplexer biologischer Systeme gestellt. Diese sind:
    Verständnis der Rezeptorvermittelten Signaltransduktion und der Regulation von Zellzyklus und Zelltod.
    Verständnis der molekularbiologischen und zellbiologischen Eigenschaften von metastasierenden Tumorzellen
    Verständnis der Wechselwirkungen von Pathogenen, Wirtszellen und Immunsystem
    Verständnis der Prinzipien der DNA-Medizin
    
    Inhalte:
    Wachstumsfaktoren, Rezeptoren und Signaltransduktion zur Regulation von Zellzyklus und Zelltod
    Grundlagen der Immunologie: angeborene, erworbene Immunabwehr
    Antigen-präsentierende Zellen, Effektorzellen
    PAMP- und DAMP-Konzepte der Antigen-Prozessierung bei Infektion und Tumor-Bekämpfung
    DNA-Medizin und Gentherapie

  • 23784a Vorlesung
    V Human Evolution (Vladimir Jovanovic, Katja Nowick, Vladimir Bajic)
    Zeit: Block: 22.05. - 12.06.2023; 10:00 - 12:00 (Erster Termin: 22.05.2023)
    Ort: Seminarraum I (R 1) (Königin-Luise-Str. 1 / 3)
    

    Hinweise für Studierende

    zusätzlich 10 Plätze für Bioinformatiker; Zusätzliche Modulinformationen: Modulbeschreibung der Modulvariante Human Evolution

    UN Sustainable Development Goals (SDGs): 1, 4, 6

    Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

    Bitte Laptop mitbringen!

    Kommentar

    Das Thema der Vorlesung ist die molekulare Evolution des Menschen und beinhaltet folgenden Themen:
    Vergleich des Menschen mit anderen Primaten auf Ebene des Genomes, Transkriptomes, Phänotyps, kognitiver Fähigikeiten Archaische Menschen, Neolithische Revolution, moderne Menschen Adaptation, evolutionäre Medizin. LV findet in Englisch statt

  • 23784b Seminar
    S I Human Evolution (Vladimir Jovanovic, Katja Nowick, Vladimir Bajic)
    Zeit: 2. Block: 22.05. - 12.06.2023; 12:00 - 13:00 (Erster Termin: 22.05.2023)
    Ort: Seminarraum I (R 1) (Königin-Luise-Str. 1 / 3)
    

    Hinweise für Studierende

    zusätzlich 10 Plätze für Bioinformatiker; Zusätzliche Modulinformationen: Modulbeschreibung der Modulvariante Human Evolution

    UN Sustainable Development Goals (SDGs): 1, 4, 6

    Kommentar

    Inhalt:
    Vertiefende Diskussionen zu den Themen der Vorlesung. LV findet in Englisch statt

  • 23784c Seminar am PC
    S II Human Evolution (Vladimir Jovanovic, Katja Nowick, Vladimir Bajic)
    Zeit: 2. Block: 22.05. - 12.06.2023; 13:00 - 15:00 (Erster Termin: 22.05.2023)
    Ort: Seminarraum I (R 1) (Königin-Luise-Str. 1 / 3)
    

    Hinweise für Studierende

    zusätzlich 10 Plätze für Bioinformatiker; Zusätzliche Modulinformationen: Modulbeschreibung der Modulvariante Human Evolution

    UN Sustainable Development Goals (SDGs): 1, 4, 6

    Kommentar

    Mithilfe des Computers werden unter anderem folgende Themen bearbeitet: Sequenzvergleiche ausgewählter Genomregionen, Transkriptomanalyse, statistische Tests für Selektion, Genombrowser, biologische Datenbanken, Rekonstruktion von Migrationen, Populationsgenomik. LV findet in Englisch statt

  • 60100101 Vorlesung
    Statistik für Biowissenschaften II (Konrad Neumann, Carolin Herrmann)
    Zeit: Di 16:00-18:00, Do 16:00-18:00, zusätzliche Termine siehe LV-Details (Erster Termin: 18.04.2023)
    Ort: T9/Gr. Hörsaal (Takustr. 9)
    

    Kommentar

    In der Vorlesung werden die grundlegenden Methoden aus der Vorlesung „Statistik für Biowissenschaften I“ erweitert und vertieft. Weiterhin wird er starker Fokus auf die Anwendung der besprochenen statistischen Verfahren und Methoden gelegt. Nach einer kurzen orientierenden Einführung, die die Grundlagen aus "Statistik für Biowissenschaften I" und somit die beschreibende und schließende Statistik wiederholt, werden folgende Themenbereiche ausführlicher behandelt:

    1. PCA/Cluster/Klassifizierung
    2. Faktoranalyse
    3. Missing Values
    4. Einführung: Nichtparametrik, Ausreißer
    5. Multiples Testen /Posthoc-Tests
    6. Regression - Diagnostische Studien mit der Vertiefung logistische Regression & ROC
    7. Regression - Überlebenszeitanalyse
    8. Regression - Variablenselektion
    9. Regression - Varianzanalyse (mit Messwiederholung)
    10. Regression - Gemischte Modelle

    Zu allen Themen werden wöchentlich Übungsaufgaben, viele mit Bezug zu den Lebenswissenschaften, gestellt. Die Aufgaben werden gemischt handschriftlich und mit der Statistiksoftware R bearbeitet (Bezug über http://www.r-project.org/). Ein grundlegendes Verständnis von R Programmierung wird vorausgesetzt.

  • 60100102 Übung
    Übung zu Statistik für Biowissenschaften II (Konrad Neumann, Carolin Herrmann)
    Zeit: Mi 16:00-18:00 (Erster Termin: 19.04.2023)
    Ort: A3/SR 119 (Arnimallee 3-5)
    
  • 60100201 Vorlesung
    Medizinische Physiologie (Mathias Steinach)
    Zeit: -
    Ort: keine Angabe
    

    Kommentar

    Inhalte:

    Zelluläre Grundlagen, Muskel, Herz, Kreislauf, Atmung, Wärmehaushalt, Nierenfunktion, Energie/Leistung

    Weitere Informationen und Veranstaltungszeiten:

    https://physiologie-ccm.charite.de/studium_lehre_am_institut/bioinformatik/

     

  • 60100211 Seminar
    Seminar zu Medizinische Physiologie (Mathias Steinach)
    Zeit: -
    Ort: keine Angabe
    

    Kommentar

    Alte LV-Nr.: CUB 810

    Anmeldung im Lehrsekretariat (Frau Marruhn) erforderlich.<br>

    https://physiologie-ccm.charite.de/studium_lehre_am_institut/bioinformatik/

  • 60100230 Praktikum
    Praktikum zu Medizinische Physiologie (Mathias Steinach)
    Zeit: -
    Ort: keine Angabe
    

    Kommentar

    Alte LV-Nr.: CUB 811

    Anmeldung im Lehrsekretariat (Frau Marruhn) erforderlich.

    https://physiologie-ccm.charite.de/studium_lehre_am_institut/bioinformatik/

  • 60100613 Praxisseminar
    Aktuelle zellphysiologische Fragestellungen (Dorothee Günzel)
    Zeit: -
    Ort: keine Angabe
    

    Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

    Bitte Laborkittel mitbringen, wenn vorhanden!

    Kommentar

    Bockveranstaltung in der vorlesungsfreien Zeit, Termin: tba (zwei Wochen, ganztägig)

    Ort: Charité Campus Benjamin Franklin (Steglitz, Hindenburgdamm 30), Institut für Klinische Physiologie

    Informationen zur Veranstaltung: http://klinphys.charite.de/bioinfo/

    oder bei Dorothee Günzel

    Im Rahmen dieses Kurses werden durch Homologie-Modelling Protein-Strukturmodelle erstellt und Hypothesen aufgestellt, welche Aminosäuren für die Struktur von herausragender Bedeutung sein sollten. Diese Hypothesen werden anhand von molekularbiologischen Arbeiten überprüft (z.B. ortsgerichtete Mutagenese mittels two-step PCR o.ä.). Die Konstrukte werden in Expressionsvektoren kloniert, in Bakterien transformiert und vermehrt, extrahiert, sequenziert und in der Zellkultur überexprimiert.

    Diese Zellen werden u.a. im konfokalen Laserscanning-Mikroskop analysiert und die Ergebnisse in Hinblick auf die ursprüngliche Hypothese interpretiert.

    Der experimentelle Teil wird von Seminaren zum theoretischen Hintergrund und zu den verwendeten Methoden flankiert.

    Das genaue Kursprogramm hängt von den laufenden Forschungsaktivitäten des Institut ab und ist eng in laufende Projekte eingebunden.

    Literaturhinweise

    Milatz S, Piontek J, Hempel C, Meoli L, Grohe C, Fromm A, Lee IM, El-Athman R, Günzel D (2017) Tight junction strand formation by claudin-10 isoforms and claudin-10a/-10b chimeras. Ann. N.Y. Acad. Sci. 1405: 102-115 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28633196)

    Piontek J, Winkler L, Wolburg H, Müller SL, Zuleger N, Piehl C, Wiesner B, Krause G, Blasig IE (2008) Formation of tight junction: determinants of homophilic interaction between classic claudins. FASEB J. 22: 146-158 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17761522)

     

  • 60102301 Vorlesung
    Statistik für kleine Fallzahlen (Frank Konietschke)
    Zeit: Mi 14:00-16:00 (Erster Termin: 19.04.2023)
    Ort: A6/SR 031 Seminarraum (Arnimallee 6)
    

    Kommentar

    Beschreibung liegt auf Englisch vor.

  • 60102302 Übung
    Übung zu Statistik mit kleinen Fallzahlen (Frank Konietschke)
    Zeit: Mi 16:00-18:00 (Erster Termin: 19.04.2023)
    Ort: A6/SR 031 Seminarraum (Arnimallee 6)
    
  • 60102701 Vorlesung
    Complex Data Analysis in Physiology (Dorothee Günzel)
    Zeit: -
    Ort: keine Angabe
    

    Kommentar

    Gemeinsame Veranstaltung des Instituts für Klinische Physiologie und des Instituts für Physiologie der Charité.

    Theoretische und praktische Aspekte der Daten-Akquise, real-time Daten-Verarbeitung und automatisierte Mustererkennung in der Biomedizin. Es werden vertieft Themen aus folgenden Gebieten behandelt:

    • Datenerfassung und Prozessierung von Bilddateien in Forschung und Klinik (z. B. Live Cell Imaging, Super-Resolution-Mikroskopie, bildgebende Verfahren in der Medizin)
    • Elektrophysiologische Verfahren (z. B. Impedanzspektroskopie, Microarrays, EEG, EKG)
    • Verfahren und Anwendung automatisierter Mustererkennung (z. B. automatisierte Tumorerkennung, real-time Analyse biologischer Signale im Brain-Computer Interface oder in Retinaimplantaten, Vorhersage von individuellen Arrhythmierisiken)

    Der Kurs ist zeitlich geteilt: die ersten sieben Termine im Semester finden am Institut für Physiologie statt, die zweiten sieben Termine am Instituts für Klinische Physiologie.

    Weitere Informationen zur Veranstaltung: http://klinphys.charite.de/bioinfo/ oder bei Dorothee Günzel

  • 60102702 Übung
    Übung zu Complex Data Analysis in Physiology (Dorothee Günzel)
    Zeit: -
    Ort: keine Angabe
    
  • 60102811 Seminar
    Seminar zu Projektmanagement im Softwarebereich (AI for Health) (Roland Eils)
    Zeit: -
    Ort: keine Angabe
    
  • 60102813 Praxisseminar
    Projektmanagement im Softwarebereich (AI for Health) (Roland Eils)
    Zeit: -
    Ort: keine Angabe
    

    Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

    Die Plätze wurden bereits im Februar vergeben.

    Kommentar

    Informationen zum Softwarepraktikum befinden sich auf der Homepage des Studiengangsgangs Bioinformatik.

  • 60102911 Seminar
    Seminar zu Projektmanagement im Softwarebereich (Bioinformatische Aufklärung monogener Krankheiten) (Dominik Seelow)
    Zeit: -
    Ort: keine Angabe
    
  • 60102913 Praxisseminar
    Projektmanagement im Softwarebereich (Bioinformatische Aufklärung monogener Krankheiten) (Dominik Seelow)
    Zeit: -
    Ort: keine Angabe
    

    Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

    Die Plätze wurden bereits im Februar vergeben.

    Kommentar

    Informationen zum Softwarepraktikum befinden sich auf der Homepage des Studiengangs Bioinformatik.

  • 60103407 Integrierte Veranstaltung
    Ethics an Policy Questions (Ulrike Grittner, Fabian Prasser, Daniel Strech)
    Zeit: Do 16:00-18:00 (Erster Termin: 20.04.2023)
    Ort: T9/SR 005 Übungsraum (Takustr. 9)
    

    Kommentar

    Basic scientific and philosophical concepts are conveyed for dealing with bioethical issues. Topics are dealt with such as big data and health, fertilization, embryo adoption, three-parent babies, reproductive and therapeutic cloning, genetic diagnosis, alterations to plant, animal and human genomes, human-animal beasts, brain death and organ donation, vaccination as a duty. The participants learn to make well-founded judgments on relevant bioethical issues.