Am Institut für Chemie und Biochemie werden Studierende zu Chemikern (mit Lehramtsoption) und Biochemikern ausgebildet. Gemeinsam mit dem Institut für Informatik wird zudem der Studiengang Bioinformatik angeboten. Die Graduiertenschule Molecular Science bietet unter dem Dach der Dahlem Research School (DRS) optimale Promotionsbedingungen. Schwerpunkte des Instituts sind Strukturbildung, Funktion und chemische Reaktivität, stereoselektive und makromolekulare Synthese, molekulare und medizinische Biochemie und Strukturbiochemie.

Am Institut für Biologie liegt der Fokus in Lehre und Forschung auf den Bereichen der Molekularen Pflanzenwissenschaft und Mikrobiologie, Neurobiologie, den ökologischen Prozessen und der tierlichen und pflanzlichen Evolution sowie der Biodiversität. Es besteht eine enge Verzahnung mit der Zentraleinrichtung Botanischer Garten und Botanisches Museum, etwa bei der gemeinsamen Forschung innerhalb der Focus Area Dahlem Centre of Plant Sciences. Hier wurde die Graduiertenschule Plant Sciences unter dem Dach der DRS eingerichtet.

Das Institut für Pharmazie der Freien Universität Berlin ist die größte pharmazeutische Ausbildungsstätte in Deutschland. In Berlin-Brandenburg ist die Freie Universität die einzige Hochschule, die das Fach Pharmazie anbietet. Lehre und Forschung erfolgen in den Bereichen Pharmazeutische Biologie, Pharmazeutische Chemie, Klinische Pharmazie, Pharmakologie und  Pharmazeutische Technologie. Im Mittelpunkt stehen die Arzneistoffentwicklung und -prüfung, Naturstoffanalytik, alternative Testverfahren und innovative Trägersysteme.

Neben dem Fachbereich für Biologie, Chemie, Pharmazie sind an der Freien Universität elf weitere Fachbereiche und vier Zentralinstitute angesiedelt:

Fachbereiche

• Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie
• Fachbereich Erziehungswissenschaft und Psychologie
• Fachbereich Geowissenschaften
• Fachbereich Geschichts- und Kulturwissenschaften
• Fachbereich Mathematik und Informatik
• Fachbereich Philosophie und Geisteswissenschaften
• Fachbereich Physik
• Fachbereich Politik- und Sozialwissenschaften
• Fachbereich Rechtswissenschaft
• Fachbereich Veterinärmedizin
• Fachbereich Wirtschaftswissenschaft
• Medizinische Fakultät Charité -Universitätsmedizin Berlin

Zentralinstitute

• Dahlem School of Education
• Zentralinstitut John-F.-Kennedy-Institut für Nordamerikastudien
• Zentralinstitut Lateinamerika-Institut
• Zentralinstitut Osteuropa-Institut