Von 1920 bis 1926 studierte Harndt Medizin und Zahnmedizin in Berlin und war von 1927 an am Zahnärztlichen Institut der Friedrich-Wilhelms-Universität tätig. 1938 erhielt er –wegen "politischer Unzuverlässigkeit" mit zweijähriger Verspätung –eine Dozentur.

Im Mai 1950 wurde Harndt Professor und kommissarischer Direktor des Zahnärztlichen Instituts, verließ dieses aber im November 1950 aus politischen Gründen und wechselte 1951 an die Freie Universität.

1956 wurde er an der Freien Universität Professor für Zahn-, Mund- und Kieferheilkunde und übernahm die Leitung der Poliklinik für Zahn-, Mund- und Kieferkrankheiten.

Harndt wurde zum Ehrenmitglied zahlreicher zahnärztlicher Gesellschaften ernannt und erhielt viele internationale Auszeichnungen.

2001  – im Jahr des 100. Geburtstages von Ewald Harndt – führte die Zahnärztekammer Berlin die Ewald-Harndt-Medaille zu Ehren Ihres Namensgebers ein. Sie wird seither jährlich an Persönlichkeiten oder Organisationen vergeben, die sich um den zahnärztlichen Berufsstand verdient gemacht haben.