Mit dem Berliner Wissenschaftspreis sollen in Berlin entstandene hervorragende Leistungen in Wissenschaft und Forschung zielgerichtet gefördert werden. Ein zentrales Anliegen dabei ist, eine Basis für die weitere wirtschaftliche Entwicklung Berlins zu schaffen. Neben der wissenschaftlichen Exzellenz ist aus diesem Grunde auch die Möglichkeit der praktischen Umsetzung der Forschung ein ausschlaggebendes Kriterium. Das Preisgeld in Höhe von 40.000 Euro kommt der Einrichtung zugute, in der der Wissenschaftler oder die Wissenschaftlerin die Leistung erbracht hat.

Zusammen mit der Verleihung des Berliner Wissenschaftspreises wird eine wissenschaftliche Nachwuchsleistung ausgezeichnet. Mit dieser Auszeichnung sollen innovative Forschungsansätze in einem Berliner Zukunftsfeld mit besonderem Nutzen für den Wissenschafts- und Wirtschaftsstandort Berlin gewürdigt werden. Der mit 10.000 Euro dotierte Nachwuchspreis soll an Wissenschaftler oder Wissenschaftlerinnen vergeben werden, die nicht älter als 35 Jahre sind.