(19 254)
- K - |
Algorithmen in der Systembiologie (P3)
(6 SWS) (10 LP) (max. 35 Teiln.) (Englisch); Mo 10.00-12.00, Fr 10.00-12.00 - PI-Gebäude Arnimallee 6, SR 025/026 (Seminarraum) |
(14.4.) |
Alexander Bockmayr,
Martin Vingron |
Inhalt
Pflichtveranstaltung im Master Bioinformatik;Inhalt: Modellierung, Simulation und Analyse molekularer und zellulärer Netzwerke;kontinuierliche, stochastische, diskrete, hybride Modelle;Struktur und Dynamik biologischer Netzwerke.
Zielgruppe
Masterstudenten der Bioinformatik
Homepage
http://page.mi.fu-berlin.de/bockmayr/ |
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(19 590)
- V - |
Advanced Algorithms in Bioinformatics (P4): Sequence and Structure Analysis
(1)
(4+2 SWS) (10 LP) (max. 35 Teiln.) (Englisch); Siehe Webseite Mo 14.00-16.00 - Takustr. 9, SR 006 (Übungsraum) |
(16.4.) |
Knut Reinert |
Inhalt
Key words:
- Exact and approximative string searching.
- Filtering algorithms.
- Suffix arrays.
- RNA folding and alignment.
- Lagrangian relaxation.
- RNA scanners.
- Protein threading.
- Multiple (genome) alignment.
- Chaining algorithms.
- Motif finding.
The course consists of two parts:
- In the first 10 weeks there will be lectures and theoretical exercises.
- In the last 5 weeks, there will be practical and programming exercises.
Zielgruppe
Master Bioinformatik
Literatur
See web page. |
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Mi 14.00-16.00 - PI-Gebäude Arnimallee 6, SR 031 (Seminarraum)
(Ue) |
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Fr 14.00-16.00 - PI-Gebäude Arnimallee 6, SR 031 (Seminarraum) |
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Mi 10.00-12.00 - PI-Gebäude Arnimallee 6, R 017 (Rechnerraum)
(Pr) |
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Sprechstunden
Knut Reinert: Fr 10:30 - 11:30 Uhr
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(19 590a)
- Ü - |
Übung zu Advanced Algorithms in Bioinformatics (P4): Sequence and Structure Analysis
; Siehe Webseite. Blockseminar 27.06.-18.07. mittwochs n. V. Mi 14.00-16.00 - PI-Gebäude Arnimallee 6, SR 031 (Seminarraum) |
(n. V.) |
Knut Reinert |
Sprechstunden
Knut Reinert: Fr 10:30 - 11:30 Uhr
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(19 597)
- P - |
Praktikum zum Seminar Didaktik der Informatik (Teil des Moduls Vert. FD Info)
(1 SWS) (2 LP) (max. 20 Teiln.); erstes Treffen am: 15.04.2008 Di 13.00-14.00 - Takustr. 9, K 040 (Multimediaraum) |
(15.4.) |
Carsten Schulte,
Maria Knobelsdorf |
Inhalt
Im Praktikum erfolgt die praktische Umsetzung der im Seminar erprobten Unterrichtskonzepte unter Einsatz der erarbeiteten Materialien.
Zielgruppe
Lehramt Informatik und Studierende im Masterstudiengang Bioinformatik.Diese Veranstaltung ist ein Teil des Moduls /Vertiefung Fachdidaktik Informatik/ im Master-Studiengang /Lehramt Informatik /und im Master-Studiengang Bioinformatik.//
Homepage
https://www.inf.fu-berlin.de/w/DDI/PraktikumSeminarDDIVertFDInfo |
Sprechstunden
Carsten Schulte: n.V.
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(19 598a)
- HS - |
Seminar Didaktik der Informatik (Teil des Moduls Vert. FD Info)
(2 SWS) (2 LP) (max. 20 Teiln.); erstes Treffen am: 15.04.2008 Di 14.00-16.00 - Takustr. 9, K 040 (Multimediaraum) |
(15.4.) |
Carsten Schulte |
Inhalt
Im Seminar /Didaktik der Informatik/ beschäftigen wir uns damit, wie man fachliche Inhalte didaktisch aufbereitet und einer Gruppe von Lernenden in einem Unterrichtsrahmen präsentiert. Das kann beispielsweise eine Vorlesung, eine Fortbildung oder eine Einzelschulung sein. Der Schwerpunkt liegt in diesem Seminar auf der Erwachsenenbildung, schließt den Schulbereich jedoch nicht aus.Wir werden uns mit den Teilaspekten wie Themeneinstieg, Kontextbezug und Bildungsstandards generell beschäftigen. Außerdem werden zentrale didaktische Kernelemente bearbeitet. Dazu zählen die folgenden Themen: * Analyse, Entwicklung und Erprobung von Unterrichtskonzepten und ?materialien * Adressatenbezogene Zugänge und Unterrichtssequenzen: Einstiege, Motivation, Interesse, Problemorientierung, Kontextbezug, Curricula und Bildungsstandards.
Zielgruppe
Lehramt Informatik und Studierende im Masterstudiengang Bioinformatik.Diese Veranstaltung ist ein Teil des Moduls /Vertiefung Fachdidaktik Informatik/ im Master-Studiengang /Lehramt Informatik/ und im Master-Studiengang Bioinformatik. Sie kann auch im alten Staatsexamens-Studiengang belegt werden. Empfohlen insbesondere für Lehramtstudierende mit zwei Fächern.
Homepage
https://www.inf.fu-berlin.de/w/DDI/SeminarDidaktikInformatikVertFDInfo |
Sprechstunden
Carsten Schulte: n.V.
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(19 591)
- S - |
Journal Club Computational Biology
(2 SWS) (4 LP) (max. 20 Teiln.) (Englisch); Di 14.00-16.00 - Takustr. 9, 049 (Seminarraum) |
(15.4.) |
Knut Reinert |
Inhalt
We will read original research papers in Computational Biology as well as progress reports from PhD students. Master students canparticipate and are assigned a paper to present. If they talk abouttheir masters thesis, no credits are awarded.The main emphasis of this seminar will be on algorithmic problems in sequence analysis and mass spectrometry-based proteomics.
Zielgruppe
Master bzw. Diplom-Studenten der Bioinformatik, Informatik oder Mathematik sowie Doktoranden
Homepage
http://www.inf.fu-berlin.de/inst/ag-bio/file.php?p=ROOT/Teaching/Lectures/SS07/04 ,journal_club_comp_biology.lecture.htm |
Sprechstunden
Knut Reinert: Fr 10:30 - 11:30 Uhr
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(19 137)
- S - |
Verteiltes Rechnen und Parallelprogrammierung
(AM)
(3 LP) (max. 12 Teiln.); n. V.
Arnimallee 14, 1.3.14 (Hörsaal A) |
(17.4.) |
Christof Schütte,
Tim Conrad |
Inhalt
Begleitseminar zum Softwarepraktikum "Verteiltes Rechnen und Parallelprogrammierung
Zielgruppe
Bachelor und Master Studierende ab dem 5. Semester
Homepage
http://www.inf.fu-berlin.de/stud/bioinf-stud/index.shtml |
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(19 156)
- P - |
Praktikum Verteiltes Rechnen und Parallelprogrammierung
(AM)
(9 LP) (max. 12 Teiln.); n. V. |
(17.4.) |
Christof Schütte,
Tim Conrad |
Inhalt
In diesem Praktikum werden die Techniken des verteilten Rechnens im GRID und der Parallelprogrammierung eingeführt und in Projekten angewandt.In vielen Bereichen der Bioinformatik (und auch anderen angewandten Lebenswissenschaften) stoßen herkömmliche Algorithmen an Ihre Grenzen, wenn die zu verarbeitende Datenmenge eine gewisse Größe erreicht. Dies ist sehr oft der Fall, wenn die Daten moderner biologischer Experimente analysiert werden sollen, deren Größe sich über die letzten Jahre vervielfacht haben.Ein oft benutzter Ausweg ist das Aufteilen der Datensätze in mehrere kleine Pakete, die dann auf verschiedenen Rechnern getrennt berechnet werden - solche Rechnernetze werden oft als Cluster oder Grid bezeichnet. Die Ergebnisse fügt man dann in einem abschließenden Schritt wieder zu einem Gesamtergebnis zusammen. Lässt sich das Ursprungsproblem nicht in unabhängige Teilprobleme aufteilen, kommen meistens Multiprozessorsysteme zum Einsatz, bei denen Techniken der Parallelprogrammierung zum Einsatz kommen.Anhand vorhandener (open-source) Softwareframeworks und vorhandener Hardware (PC-Cluster mit 30x8 Kernen + weitere ca. 50 grid Knoten, Sonys Playstation 3 mit Cell/BE Prozessor, Grafikkarte mit 128 Kernen) sollen Algorithmen aus der Bioinformatik ausgesucht und für das Zielsystem (Grid oder Multiprozessorsystem) programmiert werden.Das Praktikum ist so gestaltet, dass es bis Ende Mai abgeschlossen werden kann, damit die Teilnehmer noch ausreichend Zeit für die Anfertigung ihrer Bachelorarbeit haben.Das Begleitseminar findet als Blockkurs statt und muss von allen Teilnehmern des Praktikums belegt werden.Diese Veranstaltung richtet sich an Bachelor oder Master Studierende der Bioinformatik. Die Projekte können als Bachelor- oder Masterarbeiten weitergeführt werden.
Zielgruppe
Bachelor- oder Master Studierende der Bioinformatik ab dem 5. Semester
Homepage
http://www.inf.fu-berlin.de/stud/bioinf-stud/index.shtml |
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(19 022)
- V - |
Multiscale Modelling, Analysis, and Numerics
(AM)
(4+2 SWS) (10 LP) (Englisch); Blockveranstaltung: vom 01.09.2008-12.09.2008, Vorbeprechung am 16. 4. 2008, 15.15 Uhr im Raum 126, Arnimallee 6 |
(1.9.) |
Christof Schütte,
Ralf Kornhuber,
Carsten Hartmann |
Zielgruppe
Studenten der mathematischen Diplom- und Master-Studiengänge, inklusive Scientific Computing und Bioinformatik
Literatur
Wird auf der Veranstaltungswebpage veröffentlicht und aktualisiert. |
Sprechstunden
,
Ralf Kornhuber: Fr 11.00 - 12.00 Uhr
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(19 022a)
- Ü - |
Übung zu Multiscale
(2 SWS) |
(n. V.) |
Christof Schütte |
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19 022a
- Ü - |
Übung zu Multiscale
(2 SWS) |
(n. V.) |
Christof Schütte |
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(CUB 314)
- SE/UE - |
Methoden zur Identifizierung von Spleißstellen und Genen (Genannotation)
(Zugangsvoraussetzung: Bachelor Abschluss in Bioinformatik oder vergleichbare Ausbildung in Statistik, Algorithmen und Informatik)
(4+4 SWS) (8 cr) (max. 12 Teiln.); Do 14.00-16.00 - Arnimallee 22, Hs B (Hörsaal) |
(s. A.) |
Jürgen Kleffe |
| Qualifikationsziele und Inhalte: Die medizinische und pharmakologische Forschung nutzt zunehmend die Kenntnis von Genen zur Entwicklung wirksamer Medikamente und Heilverfahren. Dabei spielt der sichere Umgang mit den in Datenbanken gespeicherten Informationen über pathogen veränderte Genprodukte eine zentrale Rolle. Die Studenten erlernen aktuelle, allgemeine und spezielle Methoden zur Prüfung bekannter und zur Vorhersage von neuen Spleißstellen und Genen mit Hilfe von Markoffschen Prozessen, logitlinearen Modellen und Support Vektor Maschinen. Durch das Lösen von Übungsaufgaben bweisen sie ihr Verständnis der grundlegenden Zusammenhänge. Sie wenden die behandelten Verfahren an, umd Transkriptome verschiedener Organismen zu vergleichen, alternative Genomformen zu ermitteln oder medizinisch relevante Genfamilien zu untersuchen. Einen Schwerpunkt der Ausbildung bildet die Genvorhersage unter Nebenbedingungen. Jeder Teilnehmer liest 1-2 Veröffentlichungen über eine aktuelle Methode, trägt darüber im Seminar vor und überprüft dessen Leistungsfähigkeit mit Hilfe bereitgestellter Rechner, Software und Daten. Anrechenbar in den Schwerpunkten C und D. max. 12 Teilnehmer. Nähere Informationen zum Kurs: juergen.kleffe@charite.de |
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(CUB 315)
- SE - |
Medizinische Bioinformatik: Beiträge zur Immunoinformatik
(2 SWS) (4 cr); Mo 17.00-19.00 - Arnimallee 22, Hs B (Hörsaal) |
(s. A.) |
Paul Wrede |
| Anrechenbar für Bioinformatiker im Bereich B: paul.wrede@charite.de. Weitere Informationen: http://www.charite.de/molbiol/LV/ |
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(CUB 316)
- VL/SE - |
Modellierung biologischer Wachstums- und Adaptationsvorgänge A
(Grundkenntnisse in Physiologie und Biologie, Vorlesung, Praktikum und Seminar zu Systemische Physiologie, Integrative Physiologie für Bio-Informatiker (Bachelorstudiengang) sowie Elementare PC-Kenntnisse, gewünscht: Programmierkenntnisse)
(3 SWS) (6 cr); s. A. - Arnimallee 22, s. A. |
(s. A.) |
Axel Pries,
Michael Höpfner,
Bettina Reglin |
Inhalt: Seminar: Mathematische Simulation biologischer Adaptationsvorgänge, Aufgaben: Entwicklung eigener Simulationsansätze, Freies Arbeiten am PC zur Vertiefung der Kenntnisse (nach Vereinbarung), Literaturstudium nach Vorgaben; Leistungsnachweise: Referat, Vorlage einer Softwarelösung, aktive Mitarbeit;
Termine: Interessierte Studenten melden sich bitte bis zum 18. April per email an axel.pries@charite.de. Änderungen werden ggf. kurzfristig per email angekündigt! Ort und Termin der Vorbesprechung werden rechtzeitig auf den Web-Seiten des Institutes für Physiologie (Dahlem) und der Bioinformatik bekannt gegeben. |
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(CUB 317)
- SE - |
Modellierung biologischer Wachstums- und Adaptationsvorgänge B
(Grundkenntnisse in Physiologie und Biologie, Vorlesung, Praktikum und Seminar zu Systemische Physiologie, Integrative Physiologie für Bio-Informatiker (Bachelorstudiengang) sowie Elementare PC-Kenntnisse, gewünscht: Programmierkenntnisse)
(2 SWS) (4 cr); s. A. - Arnimallee 22, s. A. |
(s. A.) |
Axel Pries,
Michael Höpfner,
Bettina Reglin |
Inhalt: Seminar: Mathematische Simulation biologischer Adaptationsvorgänge, Aufgaben: Entwicklung eigener Simulationsansätze, Freies Arbeiten am PC zur Vertiefung der Kenntnisse (nach Vereinbarung), Literaturstudium nach Vorgaben; Leistungsnachweise: Referat, Vorlage einer Softwarelösung, aktive Mitarbeit;
Termine: Interessierte Studenten melden sich bitte bis zum 18. April per email an axel.pries@charite.de. Änderungen werden ggf. kurzfristig per email angekündigt! Ort und Termin der Vorbesprechung werden rechtzeitig auf den Web-Seiten des Institutes für Physiologie (Dahlem) und der Bioinformatik bekannt gegeben. |
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(CUB 318)
- S - |
Pathophysiologie A
(1 SWS) (2 cr); Block s. A. - Arminallee 22 |
(s. A.) |
Dorothee Guenzel,
Michael Fromm,
Salah Amasheh,
Joachim Mankertz,
Jan Richter |
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(CUB 319)
- S - |
Pathophysiologie B
(1 SWS) (2 cr); Block s. A. - Arminallee 22 |
(s. A.) |
Dorothee Guenzel,
Michael Fromm,
Salah Amasheh,
Joachim Mankertz,
Jan Richter |
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(CUB 320)
- VL/SE - |
Messung und Analyse biologischer Prozesse A
(3 SWS) (6 cr); Block s. A. - AA 22 |
(s. A.) |
Hanns-Christian Gunga,
Matthias Lambertz,
Franziska Sauer |
Voraussetzung: Grundkenntnisse in Physiologie und Biologie, Vorlesung, Praktikum und Seminar zu Physiologie II für Bioinformatiker (BSc), Elementare PC-Kenntnisse.
Inhalte. Vorlesung: Messmethoden (elektrophysiologische, biometrische, mechanische, optische) telemetrischer und nichtinvasiver Messungen im Labor und Feld, Methoden der Signalaufbereitung, Analysemethoden in Zeitbereich, Frequenzbereich und Phasenraum, nichtlineare und nichtstationäre Analyseverfahren, Seminar: Anwendung digitaler Analysemethoden am PC, Interpretation von Analyseergebnissen, Freies Arbeiten am PC zur Vertiefung der Kenntnisse (nach Vereinbarung), Literaturstudium nach Vorgaben.
Leistungsnachweise: Referate, aktive Mitarbeit, Analyseberichte.
Termine: Vorbesprechung mit Festlegung der Teilnehmer und aller Termine: Ort und Termin der Vorbesprechung werden rechtzeitig auf den Web-Seiten des Institutes für Physiologie (Dahlem) und der Bioinformatik bekannt gegeben. |
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(CUB 321)
- SE - |
Messung und Analyse biologischer Prozesse B
(2 SWS) (4 cr); Block s. A. - AA 22 |
(s. A.) |
Hanns-Christian Gunga,
Matthias Lambertz,
Franziska Sauer |
Voraussetzung: Grundkenntnisse in Physiologie und Biologie, Vorlesung, Praktikum und Seminar zu Physiologie II für Bioinformatiker (BSc), Elementare PC-Kenntnisse.
Inhalte. Semiar: Messmethoden telemetrischer und nichtinvasive Messungen im Labor und Feld, Methoden der Signalaufbereitung, nichtlineare und nichtstationäre Analyseverfahren, Analysemethoden in Zeitbereich, Frequenzbereich und Phasenraum, Darstellung und Interpretation von Analyseergebnisse physiologischer Prozesse, Literaturstudium nach Vorgaben.
Leistungsnachweise: Referate, aktive Mitarbeit, Analyseberichte.
Termine: Vorbesprechung mit Festlegung der Teilnehmer und aller Termine: Ort und Termin der Vorbesprechung werden rechtzeitig auf den Web-Seiten des Institutes für Physiologie (Dahlem) und der Bioinformatik bekannt gegeben. |
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(CUB 322)
- V/Ü - |
Schlüsseltechnologien bei der Untersuchung der epithelialen
Barriere
(1 SWS) (2 cr); Block s. A. - s. A. |
(s. A.) |
Joachim Mankertz,
Dorothee Guenzel,
Salah Amasheh,
Jan Richter |
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CUB 399
- V - |
Stochastische Prozesse
(2 SWS) (4 LP); Diese Veranstaltung kann im Master-Modul \"Vertiefung und Spezialisierung\" unter \"Vertiefung statistischer Methoden in Genetik und Bioinformatik\" (A) angerechnet werden. Di 10.00-12.00 - PI-Gebäude Arnimallee 6, SR 007/008 (Seminarraum) |
(15.4.) |
Peter Martus |
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CUB 399a
- Ü - |
Stochastische Prozesse
(1 SWS) (2 LP); Diese Übung gehört zur Veranstaltung Nr. CUB 399 14-tägl. - Takustr. 9, Hs (Hörsaal) |
(15.4.) |
Peter Martus |
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(19 144)
- S - |
Fortgeschrittene Methoden in der Simulation von Biomolekülen
(AM)
(2 SWS) (4 LP); Mo 12.00-14.00 - Arnimallee 3, SR 005 (Seminarraum) |
(14.4.) |
Frank Noe,
Burkhard Schmidt,
Marcus Weber |
Inhalt
In der modernen (Bio-) Chemie sind Simulationen zur Struktur und Dynamik von Biomolekülen ein unverzichtbares Werkzeug geworden und damit fast gleichberechtigt neben Experimente getreten.In dem angekündigten Seminar sollen die Studenten selbständig eine der fortgeschrittenen Techniken aus der Literatur erarbeiten, diese in numerische Computersimulationen umsetzen und die Ergebnisse den Mitstudenten im Seminar vorstellen. Mögliche Themen umfassen u.a. die Berechnung freier Energien, Molekulardynamik mit Zwangsbedingungen, implizite und explizite Wassermodelle.
Zielgruppe
Studenten des Master-Studiengangs Bioinformatik
Literatur
D. Frenkel and B. SmitUnderstanding Molecular Simulations, Academic Press, San Diego (2002)A. R. LeachMolecular Modelling: Principles and Applications, Prentice Hall, Harlow (2001)
Homepage
http://www.math.fu-berlin.de/groups/biocomputing/teaching/index.shtml |
