Die Wissenschaft des Judentums hat in Berlin eine verhältnismäßig lange Tradition, die Judaistik an einer Universität dagegen noch nicht. Im 19. Jahrhundert bemühte sich insbesondere Leopold Zunz (1794–1886) infolge der Aufklärung um die wissenschaftliche Auseinandersetzung mit der hebräischen Sprache und der Bibel, der Philosophie und der Geschichte des Judentums, dem Rechtswesen und der Medizin sowie mit verschiedenen anderen Disziplinen.

Zunz’ Anstrengungen, 1848 einen Lehrstuhl für jüdische Geschichte und Literatur an der Berliner Universität zu etablieren, scheiterten am Widerstand der Professoren und des Preußischen Kultusministeriums. Dennoch gelang es 1872, wenngleich außeruniversitär, in Berlin die „Hochschule für die Wissenschaft des Judentums“ zu eröffnen. Mit großem Selbstbewusstsein wurde damit eine Institution gegründet, die sich der wissenschaftlich gestützten Ausbildung liberaler Rabbiner widmete. Damals in der Artilleriestraße (heute: Tucholskystraße) ansässig, wurde sie – in Abgrenzung zum ebenfalls in dieser Straße angesiedelten, 1873 eröffneten orthodoxen Rabbinerseminar von Adass Jisroel – als die „große Artillerie“ bezeichnet.

1942 musste die 1934 in „Lehranstalt“ umbenannte Hochschule für die Wissenschaft des Judentums im Zuge der nationalsozialistischen Zwangsmaßnahmen ihren Betrieb einstellen. Die Bibliothek wurde geplündert, das Gebäude beschlagnahmt. Die Lehrenden, zu denen auch Rabbiner Leo Baeck gehörte, wurden, sofern sie nicht rechtzeitig fliehen konnten oder in sogenannten privilegierten Mischehen lebten, in Konzentrationslager deportiert, einige von ihnen ermordet.

Die nationalsozialistischen Verbrechen an den europäischen Juden ließen es nach Kriegsende unmöglich erscheinen, dass sich Gelehrte in Deutschland jemals wieder mit judaistischen Fragestellungen befassten. Die Freie Universität Berlin wagte jedoch damals den Schritt, eine nichttheologisch ausgerichtete Judaistik zu etablieren. Als die evangelischen und katholischen Seminare errichtet wurden, war die Gründung einer judaistischen Einheit bereits debattiert und erwogen worden.

Seit 1952 hatte der Germanist und Pädagoge Adolf Leschnitzer (1899–1980) an der Freien Universität Berlin in den Sommersemestern Veranstaltungen zur jüdischen Geschichte angeboten, zum Beispiel im Sommersemester 1957 am Historischen Seminar eine Übung zur Geschichte der Juden in Deutschland sowie eine offene Vorlesung unter dem Titel „Das Judentum und die neuere deutsche Literatur“. Dieses Angebot stieß auf rege Nachfrage seitens der Studierenden. Leschnitzer war in dieser Zeit einer von wenigen Juden, die nach Berlin zurückkehrten, wenn auch nur zeitweise.

1935 war er aus rassistischen Gründen als Studienrat von der Preußischen Schulverwaltung mit einem Berufsverbot belegt worden. Mit seinen Lehrveranstaltungen an der Freien Universität Berlin gelang es ihm, eine ganze Reihe von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern zur Auseinandersetzung mit der jüngsten Vergangenheit zu bewegen – so gehörten Stefi Jersch-Wenzel, Konrad Kwiet und Monika Richarz zu seiner Schülerschaft.

Es dauerte noch bis zum Jahr 1963, dass ein eigenständiges judaistisches Seminar aufgebaut wurde. Die erste Professur übernahm Jacob Taubes (1923–1987), der 1947 mit der Dissertation „Abendländische Eschatologie“ promoviert wurde. Taubes hatte bei der Stellenübernahme darauf bestanden, zugleich an der Philosophischen Fakultät Hermeneutik zu lehren. Mit seiner schillernden und charismatischen Persönlichkeit verstand er es, viele Menschen, insbesondere der jüngeren Generation, zu fesseln.

Die Kärrnerarbeit des Aufbaus eines Instituts in einem völlig neu zu etablierenden Fach lag ihm weniger; eine große Unterstützung war in diesem Prozess die Judaistin Marianne Awerbuch (1917–2004), die fast 30 Jahre nach ihrer erzwungenen Emigration nach Berlin zurückgekehrt war. Von 1967 an war sie Taubes’ wissenschaftliche Assistentin. 1970 promovierte sie an der Freien Universität in mittelalterlicher Geschichte und legte 1974 ihre Habilitationsschrift am Historischen Institut unter dem Titel „Christlich-jüdische Begegnung im Zeitalter der Frühscholastik“ vor. Taubes konzentrierte sich von 1979 an ausschließlich auf die Lehre der Hermeneutik. Bis zu ihrer Pensionierung im Jahr 1982 leitete Marianne Awerbuch das Institut für Judaistik.

Ihr wurde im Jahr 2011 eine Berliner Gedenktafel an ihrem ehemaligen Wohnhaus am Holsteiner Ufer 18–20 im Hansaviertel gewidmet.

Nachdem 1983 Peter Schäfer dem Ruf auf eine Judaistik- Professur gefolgt war, wurde die zu diesem Zeitpunkt noch im Bachstelzenweg 29/31 ansässige Einrichtung räumlich und inhaltlich umstrukturiert. 1984 zog es in die Schwendenerstraße 27 um. 1988 trat Michael Brocke eine neu geschaffene zweite Professur an. Mit dem 1994 an Schäfer verliehenen Leibniz-Preis gewann das Institut weiter an wissenschaftlicher Reputation. Die Zuteilung einer dritten Professur und eines weiteren Gebäudes – in der Fabeckstraße 37 – verbesserten die Studienbedingungen.

Peter Schäfer, der von 1998 an zusätzlich an der Princeton University forschte und lehrte, befasste sich im Schwerpunkt mit dem Judentum der Antike und des Mittelalters. Zwei seiner zentralen Forschungsarbeiten waren die Erschließung der frühen jüdischen Mystik (Hekhalot- Literatur) und die Erstellung einer Synopse des Jerusalemer beziehungsweise palästinischen Talmuds.

Michael Brocke verließ 1996 die Freie Universität Berlin. Er hatte sich in seiner Arbeit mit der systematischen Erschließung der Hebräischen Epigraphik im deutschen Sprachraum beschäftigt, insbesondere der Dokumentation und Auswertung von Zeugnissen auf den noch erhaltenen Grabsteinen jüdischer Familien in Deutschland.

Von 1993 bis 2003 übernahm Joseph Dan, Gershom- Scholem-Professor für Kabbala von der Hebräischen Universität Jerusalem, in den Sommersemestern eine ständige Gastprofessur. Schäfer entschloss sich 2003, dauerhaft in Princeton zu lehren, blieb aber dem Institut für Judaistik verbunden.

Aufgrund seiner vielseitigen Forschungen, belegt durch zahlreiche Publikationen, wurde Schäfer neben anderen bedeutenden Würdigungen 2006 mit dem angesehenen Mellon Award der Andrew W. Mellon Foundation ausgezeichnet. Schäfer, der seit 2008 emeritiert ist, trat im September 2014 die Nachfolge von Michael Blumenthal als Direktor des Jüdischen Museums Berlin an.

1999 wurde Giulio Busi, zuvor Professor an der Universität Venedig, an das Institut berufen. Er verbreiterte die Forschungsschwerpunkte des Instituts und entwickelte neue Projekte im Bereich der mittelalterlichen Kabbala und der christlichen Hebraistik der Renaissance. In Kooperation mit dem Istituto Nazionale di Studi sul Rinascimento (Florenz) leitet Busi seit 2003 die kritische Ausgabe der kabbalistischen Werke, die für Giovanni Pico della Mirandola (1463–1494) – dem ersten christlichen Kabbalisten – ins Lateinische übersetzt wurden; zwei weitere Forschungsprojekte sind dem jüdischen Renaissance-Gelehrten Johanan Alemanno und dem Einfluss des Sefer ha-Zohar – des zentralen Werkes der Kabbala – auf die europäische Kultur gewidmet. Busis Lehrtätigkeit ist fokussiert auf die Spätantike und Neuzeit; diesen Bereich deckt auch Silvana Greco als Lehrbeauftragte ab, die sich als Sozialwissenschaftlerin insbesondere mit der historischen Entwicklung der jüdischen Identität beschäftigt.

Die zweite Professur hat seit 2003 Tal Ilan inne. Sie konzentriert sich in ihrer Arbeit auf die Geschichte der Juden in der Spätantike und forscht hier vor allem an der Schnittstelle von Gender-Theorie und der rabbinischen Literatur. Seit 2005 ist das internationale Forschungsprojekt Ein feministischer Kommentar zum Babylonischen Talmud unter ihrer Leitung am Institut für Judaistik angesiedelt. In einem weiteren Projekt, das von der Einstein-Stiftung gefördert wird, geht es um die Aufarbeitung von Papyri aus Ägypten, die eine schwer zugängliche und bisher kaum bekannte Quelle der Juden im antiken Ägypten darstellen. Ein umfassendes Projekt zur systematischen Erschließung sämtlicher Namen der antiken jüdischen Bevölkerung in Palästina und in der Diaspora konnte inzwischen abgeschlossen werden.

Eine Juniorprofessur für Jüdische Philosophie und Ästhetik hat seit dem Jahr 2013 Lukas Mühlethaler inne, dessen Lehr- und Forschungstätigkeit im Bereich der jüdisch-arabischen Philosophie liegt. Seit mehr als drei Jahrzehnten lehrt und forscht der Akademische Rat Klaus Herrmann am Institut; seine Schwerpunkte sind die frühe jüdische Mystik und das Reformjudentum. Mit einem großen Festakt beging das Institut im Jahr 2014 sein 50-jähriges Jubiläum.