Berlin war bereits im 19. Jahrhundert ein bedeutender Standort der Klassischen Archäologie, die sich mit den Objekten der griechischen, italisch-etruskischen und römischen Kulturen der Antike befasst: Das Archäologische Institut der Friedrich-Wilhelms-Universität, an dem deutschlandweit der erste Lehrstuhl für Klassische Archäologie eingerichtet wurde, hatte hier seinen Sitz.

In Berlin ansässig war auch die 1842 gegründete Archäologische Gesellschaft zu Berlin, die auch Laien aufnahm. Bereits 1829 gegründet wurde das Deutsche Archäologische Institut, eine international tätige wissenschaftliche Forschungseinrichtung, die heute als Bundesanstalt mit Hauptsitz in Berlin zum Geschäftsbereich des Auswärtigen Amts gehört.

Präsidentin des Instituts ist seit 2011 die Professorin für Klassische Archäologie Friederike Fless. Sie war 2003 an die Freie Universität Berlin berufen worden und hatte als Wissenschaftlerin maßgeblichen Anteil an der erfolgreichen Einwerbung des Exzellenzclusters Topoi, der gemeinsam mit der Humboldt-Universität betrieben wird.

Gerhart Rodenwaldt (1886–1945), der langjährige Ordinarius des Winckelmann-Instituts, hatte während seiner Amtszeit die Fotothek, die Diathek und die Abguss- Sammlung Antiker Plastik wesentlich ausgebaut und das Renommee des Instituts in Deutschland befördert. Zu Kriegsende nahmen er und seine Frau Jane sich in ihrem Wohnhaus in Berlin-Lichterfelde das Leben.

Nach der Wiedereröffnung der Universität Unter den Linden wurden 1946 neben Carl Weickert (1885–1975) auch Friedrich Wilhelm Goethert (1907–1978) und Gerhard Kleiner (1908–1978) Professoren am Winckelmann- Institut. Goethert und Kleiner verließen es bereits 1948 wieder. Kleiner wechselte nach Hamburg, Goethert an die neu gegründete Freie Universität Berlin. Hier beteiligte er sich gemeinsam mit dem Altertumswissenschaftler Anton Moortgat (1897–1977) am Aufbau der archäologischen Forschung und Lehre.

Beide verfolgten für die junge Universität das ehrgeizige Ziel, neue anerkannte Institute zu etablieren. Goethert verstand es dabei im besonderen Maße, die politischen Dissonanzen zwischen Ost und West während des Kalten Krieges zum Vorteil für sein Institut zu nutzen. So wurde auf juristischem Weg erreicht, dass die Freie Universität Berlin als Rechtsnachfolgerin der Friedrich-Wilhelms-Universität anerkannt wurde.

Dies hatte die Humboldt-Universität, wie die alte Berliner Universität inzwischen hieß, aus politischen Erwägungen und naheliegenden Gründen abgelehnt. Alle Fachleute wussten um den Einlagerungsort der Bibliothek des Winckelmann-Instituts im niedersächsischen Celle, also in der West-Zone und späteren Bundesrepublik Deutschland. Goethert setzte sich dafür ein, dass die Bibliothek an das Institut der Freien Universität Berlin gelangte.

In 144 Kisten verpackt, kamen die Bücher 1952 auf dem Luftweg nach Berlin – so konnte eine etwaige Beschlagnahmung auf der Transitstrecke verhindert werden. Auch das Erbe Rodenwaldts wurde vonseiten der Freien Universität beansprucht, dieser hatte es der Friedrich-Wilhelm-Universität zur Förderung der Klassischen Archäologie hinterlassen. 1979 wurde Rodenwaldts Wohnhaus in Lichterfelde verkauft, sein Nachlass ist mittlerweile in eine Stiftung überführt worden; die Erträge werden seit 1996 mit der Humboldt-Universität zu Berlin geteilt. Nach der Vereinigung trafen die Freie Universität und die Humboldt-Universität eine Übereinkunft und behielten den Status quo bei.

Nach der Gründung der Freien Universität 1948 beherbergte das zentrale Universitätsgebäude in der Boltzmannstraße 3 in einem seiner Räume auch die Klassische Archäologie. Von dort zog sie schon 1951, kurz vor dem Eintreffen der verlagerten Bibliothek, in den Kiebitzweg 11. Bis 1999 trug die Straße noch diesen Namen, dann wurde sie dem Kunsthistoriker Otto von Simson gewidmet, der nach Remigration und Tätigkeit für die Organisation der Vereinten Nationen für Erziehung, Wissenschaft und Kultur (Unesco) an der Freien Universität Berlin lehrte.

Auf der Basis der alten Bibliotheksbestände entstand am Institut mithilfe von Neuerwerbungen eine weithin geschätzte Fachbibliothek. Über zwei Dekaden prägten es Goethert und die hier habilitierte Erika E. Schmidt (1912–1974) mit dem von ihnen gesetzten Schwerpunkt in der römischen Kunst. 1974 starb Schmidt, ein Jahr später wurde Goethert emeritiert. Im Jahr 1977 wurden die beiden vakanten Professuren mit Adolf Heinrich Borbein und Wolf-Dieter Heilmeyer besetzt. In der Lehre wurde die Fotothek zu einem zunehmend unentbehrlichen Arbeitsmittel; die Sammlung bildlicher Zeugnisse wurde dank Sondermitteln weiter ausgebaut.

Für Studierende der Archäologie war und ist es zudem unverzichtbar, nicht nur mit zweidimensionaler Abbildung zu arbeiten, sondern auch die Untersuchungsmethoden anhand von dreidimensionalen Objekten – vor allem Plastiken und Reliefs – zu erlernen. Da Originale selten verfügbar sind und auch der Augenschein bei Forschungsreisen eine unmittelbare Gegenüberstellung von Objekten nicht ersetzen kann, wurde in Berlin schon 1921 eine universitäre Abguss-Sammlung aufgebaut. Die Sammlung hatte schon vorher bestanden und war aus dem Besitz der königlichen Museen übernommen worden. Im 19. Jahrhundert war die Abguss-Sammlung im Neuen Museum aufgestellt gewesen.

Die Abguss-Sammlung war durch Kriegseinwirkung teilweise beschädigt worden; gravierender indes waren die mutwilligen Zerstörungen der Abgüsse 1950 in der Humboldt-Universität. Die erhalten gebliebenen Teile wurden im Pergamonmuseum gelagert und waren für niemanden mehr zugänglich, auch nicht für die Studierenden der Freien Universität. Da die Berliner Gipsformerei in Charlottenburg aber noch über die alten Gussformen verfügte, wurde von 1977 an mit Unterstützung der Museen und des Senats sowie mithilfe von Spenden aus der Wirtschaft die Fertigung von neuen Abgüssen vorangetrieben.

Im Jahr 1988 konnte die erste Ausstellung mit dem Titel „Kaiser Marc Aurel und seine Zeit“ der Öffentlichkeit präsentiert werden. Wie bei weiteren Ausstellungen, initiiert vom damaligen Kustos Klaus Stemmer und unter Mitwirkung der Studierenden der Freien Universität Berlin, erwies es sich als vorteilhaft, dass Wolf-Dieter Heilmeyer seit 1978 zugleich Direktor des Antikenmuseums war und später auch stellvertretender Generaldirektor der Staatlichen Museen zu Berlin / Preußischer Kulturbesitz wurde. Heilmeyer behielt seine Professur bis zur Emeritierung 2003 bei, selbst nachdem er 1991 Direktor der Berliner Antikensammlung geworden war. Zwischen 1998 bis zu seinem Ruhestand im Jahr 2002 forschte und lehrte außerdem Wolfram Hoepfner auf einer Professur für Bauforschung und antike Architekturgeschichte.

Adolf Heinrich Borbein, der sich besonders mit griechischer Plastik auseinandersetzt und zu ihrer Einordnung und kritischen Bewertung mit neuen theoretischen Konzepten beiträgt, gehörte mehr als drei Jahrzehnte lang der Zentraldirektion des Deutschen Archäologischen Instituts an. 2005 wurde er emeritiert.

Seine Nachfolge trat 2006 Johanna Fabricius an, die griechische und römische Skulptur sowie die Nekropolen des antiken Griechenlands erforscht und sich in jüngster Zeit verstärkt den theoretischen Konzepten der Gender Studies und der vergleichenden Untersuchung griechischer und römischer Körperkonzepte zuwendet. Zusammen mit Andreas Scholl, dem Direktor der Antikensammlung, leitete sie zwischen 2009 und 2013 das Berliner Skulpturennetzwerk, ein vom Bundesforschungsministerium gefördertes Verbundprojekt zur datenbankgestützen Erschließung der antiken Originalskulpturen der Antikensammlungen und der Berliner Gipsabgüsse nach antiken Skulpturen.

Als Kustos der Abguss-Sammlung Antiker Plastik ist seit 2007 Lorenz Winkler-Horaček tätig. Die Sammlung mit ihren rund 2 000 Objekten ist in Charlottenburg in der Schlossstraße 69 b, neben dem Museum Sammlung Scharf-Gerstenberg untergebracht.

Seit 2009 wird auch auf dem Forschungsgebiet der Archäoinformatik gearbeitet, für das eine eigene Juniorprofessur eingerichtet und mit Silvia Polla besetzt wurde. 2013 übernahm Monika Trümper die zweite Professur, auf der zuvor Friederike Fless gelehrt hatte. Ihr Forschungsschwerpunkt liegt in der antiken griechischen und römischen Architektur und dem Siedlungswesen, wobei sie wirtschaftliche Komponenten einbezieht. Zentrale Forschungsthemen sind Wohnkultur, Wassermanagement und Badekultur antiker Siedlungen, die unter anderem mit Grabungen in Morgantina (Sizilien) und Pompeji erforscht wird.