In der Förderlinie "Graduiertenschulen" (Förderlinie 1) des Exzellenzwettbewerbes des Bundes und der Länder (2006 bis 2012) konnte die Freie Universität Berlin in ihren forschungsstarken Geistes- und Sozialwissenschaften drei Graduiertenschulen einwerben. Der Erfolg setzte sich auch in der zweiten Programmphase (2012 bis 2017) fort: für eine weitere geistes-/sozialwissenschaftliche Graduiertenschule wurde die Freie Universität Berlin Sprecherin. Von 2006 bis 2017/18 war sie gemeinsam mit der Technischen Universität Berlin und der Humboldt-Universität zu Berlin sowie der Charité - Universitätsmedizin Berlin an fünf weiteren Graduiertenschulen beteiligt.

Unterstützt wurden die Graduiertenschulen an der Freien Universität Berlin von der Dahlem Research School, der Dachorganisation für strukturierte Promotionsprogramme, die aus Mitteln des Zukunftskonzepts etabliert wurde.

Die Förderlinie "Graduiertenschulen" wurde im Exzellenzstrategie-Wettbewerb 2019 nicht mehr fortgesetzt. Ziel ist es aber, die Graduiertenschulen, die durch den erfolgreichen Exzellenzwettbewerb entstanden sind, als Einrichtungen der strukturierten Promovierendenausbildung zu verstetigen.

Übersicht der Graduiertenschulen seit 2006

• Graduate School for North American Studies (seit 2006, Freie Universität Berlin)

• Friedrich Schlegel Graduate School of Literary Studies (seit 2007, Freie Universität Berlin)

• Berlin Graduate School Muslim Cultures and Societies (seit 2007, Freie Universität Berlin)

• Graduate School of East Asian Studies (seit 2012, Freie Universität Berlin)

• Berlin Mathematical School (seit 2006, gemeinsam mit der Technischen Universität Berlin und der Humboldt-Universität zu Berlin)

• Berlin Brandenburg School for Regenerative Therapies (BSRT) (seit 2007, Charité - Universitätsmedizin Berlin)

• Berlin School of Mind and Brain (seit 2007, Humboldt-Universität zu Berlin)

• Berlin School of Social Sciences (seit 2007, Humboldt-Universität zu Berlin)

• Berlin School of Integrative Oncology (seit 2012, Charité - Universitätsmedizin Berlin)