Da an der Freien Universität Berlin die Fonds gegen Budget bewirtschaftet werden, kann (und muss) die Bewirtschaftung eines Fonds bereits erfolgen, auch wenn noch kein Zahlungsfluss vom Mittel- oder Auftraggeber geschehen ist.

Bei Zuwendungen (Kapitel 04) muss das bewilligte Geld per Mittelabruf angefordert werden. Hierfür ist die Drittmittelverwaltung zuständig, die dies in Absprache mit der Projektleitung in den erforderlichen Intervallen durchführt. Insbesondere bei Bundprojekten muss darauf geachtet werden, nicht zu viele Mittel abzurufen, da sonst bei nicht rechtzeitiger Verausgabung vom Geldgeber Zinsen berechnet werden können.

Bei Projekten der Auftragsforschung (Kapitel 06) müssen gemäß den im Vertrag vereinbarten Bedingungen Rechnungen gestellt werden. Die Rechnungstellung erfolgt durch das Projekt, da die Projektleitung davon Kenntnis hat, ob die Arbeiten vertragsgemäß erfüllt wurden, und anhand eines Rechnungstools, das auf dem SAP-Portal (http://www.elsa.fu-berlin.de) zur Verfügung steht.