Sobald vom Zuwender die Zustimmung zum Verwendungsnachweis erteilt wurde (Entlastungsschreiben) und der Kontostand des Drittmittelfonds ausgeglichen ist, wird der Fonds gelöscht. Fehlbeträge infolge nicht anerkannter Ausgaben müssen entweder durch Umbuchung dieser Ausgaben in andere Fonds der Projektleitung oder durch anderweitigen Ausgleich aus freien Drittmitteln der Projektleitung beseitigt werden.

Die Projektleitung und die Fachbereichs-/Institutsverwaltung erhalten eine Kopie der Kontolöschung. Die Projektakten werden gemäß den Zuwendungsbestimmungen für einen Zeitraum von meist mindestens fünf Jahren nach Entlastungsmitteilung durch den Zuwender aufbewahrt, um bei möglichen späteren Prüfungen, zu denen die Zuwender berechtigt sind, vorgelegt werden zu können.